到2035年，十二人议会已经控制了启示会的政治、金融、军事、宗教等主要分支，成为了欧洲和亚洲的幕后领导者，而刚刚走出困境的美国成为了他们的下一个征服目标。在这一时期，十二人议会在技术领域也取得了两个巨大的成就。第一个成就来自于纳米科技领域——纳米机器人技术的完善导致了纳米器官改造技术和纳米生化武器“灰死病毒”的诞生；第二个成就发生在通讯领域——十二人议会成功地建造了掌控全球通讯的阿奎那斯系统(Aquinas)，并使用一个极度强大的人工智能来控制阿奎那斯系统中的信息流。在2052年的时候，十二人议会的势力遍及全球。他们下属的部队以“联合国安全部队”的名义出现，取代了联邦紧急状态局和联合国联合反恐局的部队。

　　生化器官改造(Mechanical augmentation)

　　生化器官改造技术是用生化器官来取代人体器官，或是增强人体器官的功能。生化器官与传统意义上的假肢相比有长足的进步，最显著的区别在于它所移植的生化器官与人体的中枢神经系统直接相连，而不是连接人体的神经末梢。这是第一种能够大幅度强化人体技能的器官改造技术，但其使用仍有局限性。生化器官改造副作用包括剧烈的生理疼痛和精神折磨，改造的接受者必须长期使用排斥反应抑制剂和止痛药。生化器官改造技术的研究开始于2000年前后，到2020年时，生化器官改造技术已经相当普及。之后的药理器官改造技术和纳米器官改造技术都发源于生化器官改造技术。

　　生化器官改造所面临的最主要的技术难题是实现人与机械的完美连接。虽然体外的移植器官可以用低排斥材料来制作，但是在制作颅腔内使用的移植器官的时候就没这么简单了。以用于治疗帕金森氏症的早期的生化器官改造为例，这种改造需要在病人的脑中植入电极以控制病人的震颤。虽然植入的电极可以有效地控制帕金森氏症的症状，但是它本身却经常由于人体的动作而损坏，并由此导致人体组织受损。植入电极的副作用几乎抵消了它本身的治疗效用。

　　达罗首创的生物芯片技术革命性地解决了这一问题。生物芯片的基础是PEDOT，一种具备导电性的生物有机聚合体。用PEDOT制作的电极可以直接与生物芯片上的人造神经元相连。当生物芯片被植入人的脑组织时，PEDOT聚合层的生物特性将会极大低降低生化器官改造造成的副作用，而它的神经连接将会提高生化器官的使用效率。

　　PEDOT的问题在于人体的神经胶质组织会依附在PEDOT聚合层上，这不但会降低生化芯片的效率，还可能会导致人体对生化芯片的排异反应，也就是我们所知的达罗缺陷综合症(Darrow Deficiency Syndrome)。阻止排异反应的唯一方法是注射排斥反应抑制剂，分解依附在PEDOT聚合层上的神经胶质组合。

　　萨里夫工业公司设计的X1型生化芯片将会解决神经胶质组织依附的问题。X1生化芯片上的PEDOT聚合层中加入了从“X病人”的DNA中所分离出的诱变化合物，在24小时之内，这种化合物会在PEDOT聚合层的表面形成一层保护层，阻止神经胶质组织对PEDOT聚合层的依附。

　　药理器官改造(Physiopharmaceutical augmentation )

　　药理器官改造是一种被启示会和十二人议会所垄断的改造技术。这种改造技术通过精神状况调节、行为模式调整和摄入特定的药物来提升改造接受者的能力，并且保证他们对组织的绝对忠诚。药理器官改造技术具备多种优势，首先，在它投入使用的年代，这是大规模制造改造人的最可靠、最快捷的手段；其次，药理器官改造的接受者不会像生化器官改造的接受者那样呈现出明显的非人类特征；再次，药理器官改造技术在当时比纳米器官改造技术更加稳定；最后，药理器官改造能保证接受者的忠诚。

　　药理器官改造技术有两大缺陷：接受者的生理特征会发生剧变，皮肤苍白、两眼发红、头发黑亮，一如吸血鬼复生；接受者的嗓音也会发生变化，呈现出机械化的特征。启示会和十二人议会下属的黑衣人(MIB)改造人特工就都是这个鬼样子，所以他们统统戴着太阳镜，而且用黑色的服装来掩盖外形上的异样。由于黑衣人存在的目的就是为他们的主人执行绝密任务，所以黑衣人的体内还被植入了自我毁灭机制。当黑衣人遭受重创甚至是被杀死的时候，他们体内的自毁机制就会启动，把周围的一切炸成碎片。

　　随着十二人议会背叛启示会的计划慢慢展开，他们对药理器官改造的研究也取得了更多的进展。他们改造出的P系列黑衣人与早先的A系列相比有16项重要的改进。由于十二人议会最终被摧毁，P系列黑衣人也就成为了最后也是最先进的黑衣人特工。

　　多年之后，逐渐苏醒过来的启示会用药理器官改造技术和前作主角JC·迪顿的基因生产出了新一代的改造人特工IET(启示会精锐士兵，Illuminati Elite Trooper)。这些特工与黑衣人类似，在遭受致命伤或失去意识的时候就会启动自毁机制，向四周释放出大量的剧毒气体。

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