《合金装备：掌上行动》（Metal Gear Solid：Portable Ops） 2006
合金装备：掌上行动2006年发售于PSP平台，当时成为Fami通第一个PSP平台获得39分高分游戏。故事发生在3代6年之后的1970年，有着Big Boss称号的Snake已于FOX小队中退役。之后来自CIA底下的特殊部队偷走当时正在研发的最新型武器。虽然Snake已经不在FOX部队了，但依然被当成同谋者逮捕，遭特殊作战部队FOX小队囚禁在南美，在留置场中结识了同样被逮捕的年轻绿扁帽成员Roy Campball。在合力逃出牢房后，Snake试图联络之前的长官Zero上校，才发现Zero上校也已经被逮捕，而Snake则被视为这次叛乱事件的首谋者。之后从Roy Campball口中得知叛变的Fox小队指挥官Gene的意图后，决意要阻止Gene。
虽然PSP的机能有限，游戏还是完整的再现了《合金装备》独特的玩法和世界观，同时在本作中登场的诸多角色也对全系列的剧情起到了梳理贯穿的作用，另外首次用到的漫画风格CG过场让游戏的艺术性更进一步。
《合金装备4：爱国者之枪》（Metal Gear Solid 4：Guns Of The Patriots） 2008
合金装备4：爱国者之枪2008年发售于PS3平台（独占），Solid Snake故事的完结篇，在当时借助PS3的强大机能打造出细腻而真实的画面，过场动画更是达到了全程CG级的即时演算。故事发生在《合金装备2：自由之子》的5年后，世界发生了巨大的转变。美国政府要求为所有私人雇佣兵公司（PMC）的士兵植入一种“爱国者之子”的纳米机器人，借助此技术政府可以方便的控制士兵的身体机能和感情，同样使他们战力变得极强，随着PMC的强大，整个世界形成了一种“战争经济”的格局，背后则是“爱国者”的统治。此刻的Solid Snake因本身为克隆人导致身体加速老化，同时死狐病毒也在折磨着他的肉体和意志。为了终结这一切，老蛇再度出征。
《合金装备：和平行者》（Metal Gear Solid：Peace Walker） 2010
合金装备：和平行者2010年发售于PSP平台，小岛本人称这部作品的意义不亚于任何一部主机上的续作，后2011年在PS3及XBOX360平台发售HD版。故事设定在1974年，也就是3代剧情整10年之后，正当冷战接近尾声，美苏两强签订战略武器限制谈判的时机点，位于被称为“美国后院”的中美洲国家哥斯达黎加遭到不明外来军队入侵。但哥斯达黎加在和平宪法的制约下无法拥有自己的军队，由于外来军队入侵的目的不明，哥斯达黎加和平大学的女学生Paz和教授Galvez委托无国境军队的总指挥官Snake调查外来军队入侵的真相。而在委托过程中，Snake从Galvez提供的录音带里得知恩师The Boss可能还存活在世界的某个地方感到意外，因而接受了委托。然而在调查的过程中，Snake不但步步将自己和无国境军队推入险境，同时，也将揭开The Boss不为人知的过去。
《和平行者》对系列剧情的承前启后有至关重要的作用，也是Big Boss人格转变的发端，在迷茫和迟疑中重新崛起，建立Outer Heaven。也为后续的故事引导了方向。
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