为这样一款饱受磨难的经典名著制作续集自然也是一种磨难，这从C&C3公布开发的第一天起就应验了，玩家的挑剔五花八门，甚至连“&”的字体不对都是可以讨论的话题，以至于制作组后来自己都受不了了：“你们花了一周时间，把一个艺术图制作成游戏中可动的单位，满心欢喜的放出截图，然后社区开始质问为什么角落里的斗牛吉普没有顶盖”。当然这和EALA自身的破绽太多也脱不了干系，例如游戏的副标题《泰伯利亚战争》，且不说当年计划的《泰伯利亚黄昏》去哪了，制作组使用了代表名词的Tiberium而非形容词的Tiberian，所以游戏的名字其实应该是《泰伯利亚矿战争》，更恶俗一点可以叫做《资源争霸战》。与名字一样偏离的还有游戏的设定，尽管游戏的剧情衔接的是C&C2，但游戏的设定更让人觉得这是C&C1的续作，C&C2中的经典元素钻地车、泰坦机甲、电子生化人、泰伯利亚生物、闪电风暴矿树以及永远被遗忘的被遗忘者都不见了，甚至C&C2中的末日世界也消失了，取而代之的是一个可以被拯救的世界，这个世界按照被拯救的程度模仿现实中的巴格达被划分为了红区、黄区和蓝区，更可笑的是这个区域的分界线最早就是现实国家的国境线，这当然招致了玩家的嘲讽。为此EALA除了不断的进行修改外还不得不编写各种设定说明来解释，有些解释还不错，比如因为泰伯利亚矿破坏了土壤结构，所以钻地武器无法使用；当然也有“为何GDI会放弃机甲武器？因为他们太贵了”这种虽然合理但明显偷懒的回答。按照某种莫名的理论，RTS必须拥有三个阵营，在谁是第三阵营的悬念上EALA还玩了些噱头，只是在正式公布外星人Scrin时大家的反应更像是听到了冷笑话。不过无论玩家还是Mike Verdu领导的制作团队，大家对于C&C3的热情是毋庸置疑的，毕竟C&C就要回来了。
2007年3月26日，《命令与征服3：泰伯利亚战争》正式发售。游戏继续使用SAGE引擎，在《中土之战2》的基础上进行改进，光影HDR比之前略为柔和，但使用上更加大胆，典型的代表就是红区的地图，一道道阳光穿过风暴的阴云，云随风动，光随影移，照耀在绿色的泰伯利亚晶体之上，反射出诡异的光芒。系统上，在玩家的强烈要求下游戏回归了RA2式的基地车+侧边栏模式，但做出了改进，在种类标签下再加了一列工厂序号标签，既保留了传统侧边栏的统筹生产，又解决了以往无法多工厂同时开工的问题。随着分辨率的提高，侧边栏占用的面积比以往更小，界面中还有足够的空间放置单位技能和科技升级的按钮，游戏的技能和科研系统类似《将军》，将军技能系统做了部分调整，变成了跟随特定建筑而非总经验升级，技能的释放也需要花费资源。游戏的资源系统最初并不理想，平衡设计师Greg Black在接手C&C3时还是一个靠手持秒表调整数据的新人，游戏最初版本的资源效率过于夸张，一车蓝矿收入将近5000的结果就是经济大爆炸，开局5分钟后玩家就能积累近50辆的顶级坦克，于是不得不在补丁中一再调低泰伯利亚矿的价值才保住了游戏的战术性。单位方面，游戏加入了方向装甲和相应的倒车功能，但由于战斗节奏过快，在游戏中基本感觉不到区别，倒是倒车功能解决了《将军》中由于掉头缓慢和寻路低级造成战场混乱的问题。GDI和Nod的单位维持了C&C1起的基本架构，都能看到最初的C&C的影子，同时沿用了C&C2确定的艺术风格，GDI硬朗古板，而Nod圆滑机敏，而Scrin的一切元素都基于C&C2中那条坠毁的飞船，再加入一些海洋生物的灵感，这在红区中尤为明显，Scrin的基地简直就是一个海底世界。
游戏包含GDI和Nod双方各17个任务，游戏的剧情应该是以Westwood当年为C&C3准备的大纲为基础编写的，从Nod摧毁费城空间站凯恩归来开始，接着离子炮轰击Nod萨拉热窝神殿后泰伯利亚灾难的罪魁祸首Scrin开始入侵，随后人类为了生存与外星人展开激战并获得了最后的胜利。可怜的Scrin只有短短4个任务，玩家可以体验到外星人是如何从耀武扬威的入侵者变为狼狈逃窜的灰太狼的故事。任务难度适中，一般玩家都可顺利通关，加入的资料库搜集元素进一步的解释了设定上与前作的偏差，同时也带来了一些新的疑问。没有真人过场老玩家是不会买帐的，EALA对此投入不小，演员名单里既有参演过《帝国反击战》的Billy Dee Williams和《星船伞兵》《壮志凌云》的Michael Ironside这样的老江湖，也有当年的热播美剧《迷失》中的Josh Halloway和《太空堡垒卡拉狄加》的Tricia Helfer等当红小生，当然更少不了C&C标志性的光头凯恩。尽管对EA关闭Westwood充满怨恨，但Joe Kucan还是接受了在C&C3中继续扮演凯恩的工作。由于长久以来Nod在玩家群众积累的巨大人气，这次凯恩的形象更加高大，前两代中的残暴当然无存，更像是一个执著但又不想也不被别人所理解的大男孩，正在排除万难向着自己的目标前进，这又何尝不是C&C的写照呢。相比之下过场导演Richard Taylor似乎就没这么专业了，他早年曾为《电子争霸战》做过特效，在EALA中一直负责过场CG的制作，迄今为止他在导演领域的成就也仅限于EALA的C&C。好在EA的投入够大，虽然部分演员表演或呆板生硬或过于夸张，GDI场景的科幻感也大不如前，但整体上还是达到了以往的水准的。不过音乐方面就没这么幸运了，音乐片段被剪的支离破碎，旋律在刚引起玩家注意后就戛然而止，毫无存在感可言。
凭借水准之上的表现，C&C3的销量也一路飙升，EA的财务报表好看自然也愿意为营销投钱，那段日子可以说是C&C社区最美好的时代。首先是盛大的C&C社区峰会，EA将全世界C&C社区的代表接到洛杉矶，参观EALA的工作室，体验尚在开发中的新项目，让制作者与玩家们面对面的交流；其次EA砸钱把C&C3送入了WCG，这对扩展游戏的玩家群体多少发挥了些作用；EALA的社区经理APOC总是用他那拉丁味英语不停得与玩家们交流着，发布新闻，接受反馈，制作了C&C Movies网站，收录了以往所有的真人过场和CG动画，甚至从2007年C&C1十二周年生日起，以每年一部的速度放出了从C&C1到RA2的免费下载！EA甚至为C&C3出了一本小说，尽管很让人怀疑作者是否把主角的父亲所属阵营给搞错了，但小说毕竟让读者得以一窥泰伯利亚世界的日常生活。最华丽的则数由EALA产品经理David Silverman和副制作人Raj Joshi主持的《战地直播》了，这档以C&C TV闻名的网络电视节目从2007年首播，持续两年半播出了超过25期节目，记录了各款游戏的开发内幕、最新进度、社区活动和精彩对战。最难能可贵的是这档节目并没有固定的预算和专门的人员，完全是凭借着制作组成员的热情坚持下去的。
当然，EA有自己的打算，整整一年后的2008年3月，C&C3的资料片《凯恩之怒》如期而至。游戏沿用了以往的模式，被外包给BreakAway Games制作，剧情方面可以看做是对玩家各种质疑与诉求的一种答复，分三个章节共13个任务，以凯恩为主角，从他的超级电脑CABAL的视角讲述了一些不为人知的故事，第一部分设定在C&C2与3之间，看凯恩如何将再次分裂的Nod重新聚集到自己旗下；第二部分的故事与C&C3的剧情同步展开，揭示了原作很多看似无法理解的事件背后的真相；第三部分则发生在C&C3的结局之后，围绕不死的电子生化人军团和塔西陀数据库展开。游戏还加入了全球征服模式，玩家可以在一张全球地图上进行战略操作，下达命令，释放技能，选择战斗，在带领自己的军队经过一场场战斗后达成目标获得胜利。游戏仿造《绝命时刻》为每个阵营各加入了两个子阵营，借此恢复了一批C&C2风格的武器，同时为每方加入了一个Epic单位，这些体型占据半个屏幕的巨大单位天生成为了战场的核心，永久改变了后期战斗的形态，也增加了游戏操作的乐趣。在平衡性方面，EALA继续执行通货紧缩政策，终于在最后一个补丁将矿车的生存能力砍到了一个前所未有的程度，加剧了经济的脆弱性，把战斗规模又拖低到了一个新的台阶。
平心而论，《凯恩之怒》仍旧有浓重的外包与赶工的痕迹，但这些小问题并不是致命的，游戏已经展现出了极大的潜力，如果继续获得后续支持的话，《凯恩之怒》完全可以走的更远。但在两个补丁后大家便明白这样的支持不会再有了，现在已经是2008年，EA已经在逼迫EALA拿出一款全新的RTS了，这就是《红色警报3》，发售于2008年10月。
