游戏中比较有趣的反倒是一些可以一时使用的重武器，像是CELL遗留下来的重机枪座，或是从Ceph手上取得的高科技武器。重机枪座和一些其他FPS中也会遇到的重机枪类似，可以在台座上使用，也能用先知的天生神力拔下来趴趴走，弹药打光了就丢掉。

　　Ceph武器则是在剧情上以及使用上都比较有趣的一部分。故事中先知为了继续这场与Ceph的战争，在身上融合了许多Ceph的零件，加上因为他与Ceph主脑间有某种连结的缘故，让先知可以连接并使用Ceph的武器。

　　这些武器大多威力惊人，不过弹药量不多，携带时行动也不方便。而且要取得Ceph​​武器也不是简单的事情。有时候必须先透过入侵手段把对手一时震晕，之后在不破坏外装甲的状况下打倒，才会遗留下武器让先知使用。

　　在连结Ceph武器时，玩家画面上显示奈米生化装的介面也会随之改变，仔细留心左上角还会显示“非支援硬体侦测成功”。明明不支援还能用，这相容性太强大啦。

　　先知与Ceph之间的连结，也是《孤岛危机3》剧情中相当关键的一环。

　　奈米生化装的特殊机能

　　先知身上穿着的奈米生化装，又被称为“战斗外骨骼”，但是随着三部曲剧情推进…众人发现这并不只是一件战斗装备那么简单的东西。来到了《孤岛危机3》，由于CELL强行剥除战士们身上的奈米生化装，到了故事发生当下，先知身上的奈米生化装已经是仅存的一套。在Ceph威胁再度降临时，先知也成了唯一的对抗希望。

　　在玩家进行游戏之中，战斗所接触到的各种系统几乎都和奈米生化装脱不了关系。无论是强大的生命力、体力、机动力、入侵能力…等等，几乎都是来自这套战斗装的恩惠。不过具体上我们感受最深的机能，则是两个奈米生化装消耗能量启动的模式，“装甲模式”以及“隐形模式”。

　　“装甲模式”按下“Q”可以发动或停止，发动之后画面视野上会出现透明蜂窝状，感觉有如鳞片的特效。

　　在装甲模式下，先知在受到攻击时会有更高的稳定性，被Ceph潜行者飞扑攻击也不会倒地。并且在遭受攻击时受到的伤害会大幅度降低，让先知有本钱正面和敌人的火力对轰。不过这只是减少伤害，并不是无敌…所以没办法仗着装甲模式大摇大摆乱晃。

　　开启装甲模式中右下角的能量会渐渐削减，被攻击到时则会加快减少速度，一旦耗尽就会自动解除装甲模式。除了承受攻击外，装甲模式的另一个主要功能则是吸收冲击。游戏中有不少需要从高处落下的地形，而先知…是会摔死的。这时就必须在落地前开启装甲模式，将高处落下的冲击给吸收掉，好安然落地。