另一个模式“隐形模式”，则是整个游戏中相当重要的一环。整体来说…因为可以进行暗杀、使用弓箭无声杀敌等，让《孤岛危机3》也很有匿踪游戏的味道，但是和匿踪游戏相比，《孤岛危机3》的隐匿轻松太多了，等于是内建光学迷彩的Snake。

　　只要按下“E”，先知就会进入不可视的隐匿状态中，然后就算正面走到敌人面前，只要维持一定的距离就完全不会被发现。这个节奏与其说是一些匿踪要素的FPS，个人更觉得很像在玩《魔兽世界》盗贼隐匿的手感…

　　隐匿之中靠近敌人的背面，就能对敌人使出暗杀动作“隐匿击杀”。这是可以对人型敌人一招毙命的攻击，只要不在视野内也不会惊动到其他敌人。后期对战Ceph时，也有部份敌人可以靠隐匿击杀放倒。

　　虽然隐匿模式如此好用，但是也不是完全没有罩门。在使用隐匿模式时，奈米生化装的能量同样也会不断下降。如果先知在隐匿中进行移动，能量消耗将会更快，消耗速度与移动速度成正比。结果来说，隐匿时最省能量的移动方式，就是蹲下来慢慢走。当然也能开着隐匿跑动，但是很快就会把能量耗光。

　　不管是装甲模式或是隐匿模式消耗钓得能量，只要解除模式，很快就会从周遭吸收能量恢复。需要长距离隐匿移动时，最好看准可以躲藏的掩体，在中途解除隐匿恢复能量。装甲模式也相同，必须考虑喘息的空间。

　　而令人振奋的是，奈米生化装是可以进行升级进化的！在游戏中先知可以取得CELL遗留下来的许多“奈米生化装升级装备”，对自身的奈米生化装进行升级。

　　取得的升级装备将会转换为点数，按下“H”开启升级介面之后就能以点数解锁奈米生化装的升级项目。同时可以装备的项目有4条的种类，垂直转动可以切换每一条中想装备的项目。每个垂直条共有4个可切换的项目，全部共16个升级项目可以进行组合。