《纵横时空》的阵营系统是整个游戏的一大特色,阵营对抗将会贯穿整个游戏的内容。所有玩家在“穿越者的岛屿”中完成了新手任务后,都会面临选择阵营的问题,只有选择了阵营,才能离开新手岛,开始真正的冒险。
选择“新洛”的玩家会被传送到奈河平原,见到“新洛”的王城——盘榕镇。选择“正仪”的玩家会被传送到祭牙平原,见到“正仪”的大本营——祭牙镇。在游戏中阵营并不代表正义和邪恶,只是两方的信仰与处事方式存在分歧。两派分别有自己的根据地和势力范围,主线任务有着明显的差别。