状况：

　　你已经进入了ATC长期废弃的克隆工厂。预计敌人的部队已经进入了这里。随着你探究的越来越深入，超自然活动也随之增强了。

　　任务：

　　跟踪敌人的部队进入工厂的中心并组织他们获取Alma的基因数据。

　　从通风管里面出来，进入一个黑暗的房间，打开电源后出来。干掉挡路的佣兵，在一间实验室里面看到了Fettel。

　　Paxton Fettel：他们夺取了她的童年时光，窃取了她的小孩并夺走了她的生命。我母亲不喜欢窃贼。

　　继续走，在一扇门前貌似看到了Morrison和Chen，怎么回事，是幻觉吧……在一处有天窗的地方看到下面三个佣兵被小女孩化为白骨。干掉几个佣兵后来到一间有笔记本电脑的房间，操作笔记本听留言。

　　男声：课题改变了，大家都意识到了，Breyers说都是因为她。ATC隔离了工厂把我们都列入到了“预防性监视”。

　　继续走进入另外一间房子，操作桌上的笔记本听到另一个留言。

　　男声：我是John Breyers。我是Armacham的柏休斯项目中的一位基因学家，现在整个工厂都被封闭了，我们都被囚禁起来了。去找Fettel，他们过来了。第二个样本出了什么….问题。哦，老天，(接着就是枪声…)

　　Paxton Fettel：我从来不在乎他。

　　出房间走下楼梯，干掉下面的佣兵打开电梯大门，作电梯下去过关。

　　第七幕：根绝-克隆产品

　　状况：

　　Nightcrawler部队已经渗透进了克隆工厂。FEAR的中士正在打通前往那里的路，继续向地下深处前进进入工厂核心。Raynes上尉已经到达小岛并守卫着地面。

　　任务：

　　消灭Nightcrawler部队保护这些佣兵正在寻找的基因原料。

　　从电梯下来一直走，在一间满是研究员尸体的房间看到幻觉，等幻觉消失后开门听到佣兵对话。

　　A：刚收到第一级的消息，那里正在进行激战。

　　B：二号小队没有回话，他们到底发生什么了？

　　进门杀掉里面的所有佣兵后，穿过一个大型升降平台来到对面，再杀掉几个挡路的佣兵从一个梯子下去，路上会看到Fettel在自言自语。穿过一个满是骨架的地方，干掉路上的佣兵操作一个面板让上面的活动升降平台落下来，然后来到对面。在一个房间里面和几个佣兵和特种兵激战，之后听到Raynes的无线电。

　　Raynes：好了，他们确实是雇佣兵但是显然他们并没有集中一个小队来搞定这些。这是支各自为战的军队，我以前从未见过象这样的部队。他们没有名字，没有身份。但是他们却对我们了如指掌，你，我，Betters还有Chen…..不管他们是谁，他们之间必有联系。我看到的越多，就越不敢相信。

　　顺着管子下去，在里面听到Fettel说话。

　　Paxton Fettel：我感觉她进入了别人的思想。她找到了我，在这里，如果你能想象的话。他们在试图保护我，哈哈，他们真够蠢的，她是我的母亲啊。

　　出去操作面板放下平台来到对面，注意前方某个房子里面有多个佣兵特工，他们速度快，武器先进，小心干掉他们。最后在路上会再次遇到Fettel。

　　Paxton Fettel：我和你谈过我兄弟了吗？哈哈哈，你让我想起了他。我也不喜欢他。哈哈哈，我从未见过我兄弟，而见面的那天竟是他杀我之时。我们是……个关系复杂的家庭。你说呢？

　　等Fettel消失后，继续走，操作电梯平台下去过关。

　　第七幕：根绝-一决胜负

　　状况：

　　Nightcrawler的部队和FEAR的特工都已经渗进入了工厂的核心，工厂的底层又发现了一个暗房。Nightcrawler准备从那里夺取Alma的DNA数据。

　　任务：

　　不计代价的组织Nightcrawler部队获得Alma的DNA。与Raynes上尉在岛屿表层汇合。

　　出电梯后在外面听到佣兵和其boss对话。

　　佣兵boss：我要你们在5分钟内打开保险库并从这里撤离。

　　佣兵：长官，Paxton Fettel已经进入了这里。

　　佣兵boss：别管他，把保险库打开。我说了别管他。

　　接着下面发生了爆炸，看来他们炸开了保险库的大门。干掉前面的佣兵听到枪声，出来看到下面的佣兵在和隐形怪战斗，很快佣兵不支被全灭。下去从他们炸开的大门下去，看到Fettel。

　　Paxton Fettel：我已经警告过你了。这不关你的事，别插手。

　　来到下面的房间看到佣兵boss手提基因…..

　　佣兵boss：我拿到DNA了，准备撤退。

　　跟着佣兵boss回到上面，看到他抢先坐电梯跑上去了…….

　　佣兵boss：想必FEAR能作的比你更好吧….

　　进入电梯井，穿过那里下来干掉遇到的复制兵，一路杀到底会遇到本作的最终boss，佣兵头子。

　　佣兵boss：Betters派了他的一个毛虫手下想来干掉我？杀了他，否则就别回来。

　　干掉出现的几个雇佣兵之后boss会出来和你战斗。

　　佣兵boss：看来还得我亲自来收拾你。

　　用你的所有手段干掉他，之后进入电梯拿到DNA，之后电梯会向上走，出来遇到Raynes。

　　Raynes：我们已经呼叫了三角洲的直升机来返航。咱们走吧。

　　跟着Raynes上尉，后面遇到的都是加强复制兵，比较乃打。不过各位都能到现在的话收拾他们也不在话下了，这里推荐各位使用狙击枪。最后干掉着陆场所的所有复制兵后跟着上尉上飞机……

　　Raynes：你干的确实漂亮，孩子。任务结束后队里需要个新中尉，我认为Chen也会推荐你的。