高中生侦探工藤新一因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭，并被灌下代号“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成一年级小学生的模样，在阿笠博士的提议下，寄住于小兰的父亲毛利小五郎家中，不仅解决着各种案件，并且秘密调查黑衣组织。而他的真实身份一直隐藏在暗处，那么到目前为止都有什么人知晓他的真身呢？
阿笠博士
在新一被变小后，他介绍新一寄宿在毛利小五郎家中，而且还发明了许多设备帮助新一破案，是柯南最信任的理解者、协助者。柯南所使用的道具都是由其发明。现与灰原哀住在一起。爱车是大众甲壳虫。是第一个知道江户川柯南真正身份的人。
工藤优作，有希子
世界首屈一指的推理小说家，代表作品是《暗夜男爵》系列。推理能力在新一之上，与目暮警官是好友。他现与妻子工藤有希子定居在美国洛杉矶，经常周游世界，从阿笠博士处得知新一变小的事情。
有希子知道柯南的真实身份，假扮成柯南的母亲身份出现时，化名为江户川文代。
灰原哀
自己调查，之后由阿笠博士告知
贝尔摩德
黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德。因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体原因至今不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术，各方面能力出众。在组织中负责收集重要的情报，是“那位先生”欣赏的人。经常单独行动，被称为“神秘主义者”。早年与工藤有希子在黑羽盗一（第一代怪盗基德）门下学习易容，成为朋友。曾易容为杀人魔后，被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”。
服部平次
关西的高中生名侦探，和工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。父亲是大阪府警本部长服部平藏，父子两人都是剑道高手。与远山和叶是青梅竹马的同班同学。深色皮肤，带着浓厚的关西腔。在调查一起案件时发现了江户川柯南的真实身份就是工藤新一，是《名侦探柯南》中第一个主动发现柯南身份的人。之后成为江户川柯南（工藤新一）的好友，两人经常联手办案。
宫野明美
银行职员，实际上为黑衣组织成员，宫野志保（即灰原哀）的姐姐，FBI搜查官赤井秀一的前女友。为了和妹妹一起脱离黑衣组织，化名为广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒枪杀。临死前柯南对其告知了自己的真实身份。
本堂瑛佑
帝丹高中2年B班的转学生，本堂瑛海（化名水无怜奈）的弟弟，伊森·本堂的儿子，父亲、姐姐均为CIA的情报人员。一直努力寻找失踪的姐姐，后得知姐姐与水无怜奈为同一人。发现江户川柯南的真实身份就是工藤新一。
冲矢昴/赤井秀一
自称是东都大学工科研究生，由于原来租住的房屋在一次事件中被纵火，现暂住在工藤新一家。 是个左撇子，总是眯着眼睛，身手矫健，推理能力极强。知晓柯南真实身份，经常协助柯南等人，柯南对他也非常信任 。TV 783（File.898）确认其真实身份为FBI搜查官赤井秀一。赤井在设计假死后以冲矢昴身份出现，目的是暗中保护灰原哀。
怪盗基德
在《名侦探柯南》M 3《世纪末的魔术师》中，基德还得知了江户川柯南的真实身份（推测是通过窃听），但在《名侦探柯南》漫画原作中未明确表现出基德知晓柯南身份，此事也不影响《名侦探柯南》原作的发展和基本设定。
泽田弘树
弘树把自己的思想存入诺亚方舟中，诺亚方舟根据分析每个进入游戏的孩子的资料，知道柯南就是工藤新一。毕竟弘树开发的诺亚方舟就是研究人类基因的，每个人的基因不同，如果一样就说明是同一个人。弘树的父亲和工藤新一的父亲是世交，虽然弘树离开了生父，但肯定也知道工藤新一的事情，且工藤新一也小有名气。而且他说了一句谢谢你父亲帮助了我父亲，所以弘树不仅知道工藤新一这个名字，而且也知道有关工藤新一的事情。
爱尔兰
通过黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比，得出了新一和柯南实为同一人的推论。
鲁邦三世、峰不二子、次元大介、石川五右卫门
在合作篇《柯南vs鲁邦三世 》中这几人的设定是一开始就知道柯南是新一的身份。
阿朗·斯密斯
鲁邦三世VS名侦探柯南THE MOVIE登场，爱国，自己的国家正在被侵略，为了国家而不择手段，目标为维斯巴尼亚王国的可用于军事的特殊宝石。他临死前柯南亲口告知。
以下还未正面证实自己知晓柯南身份，但又掌握极强证据的人：
世良真纯
世良从出场就透露出对新一的好奇，而她的表现也说明对新一的过去非常了解，经常说一些意味深长的话。
毛利小五郎
关于毛利大叔是真蠢还是假傻这个问题网上已经有N多网友吵了很多年，不过介于前职业的身份以及那“大智若愚般”的头脑没有理由还不发现。
高木涉
高木涉被柯南救过，还问过柯南“你到底是何方神圣”，在之后的一系列案件中都很信任柯南，并且之后得到了柯南的指纹，如果查验就能知道柯南的身份。
白马探
连怪盗基德的真实身份都能知道，这样的人对柯南已经有所怀疑，没理由猜不到他的身份。
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