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在《永远的伊苏1+2》大获好评之后，falcom却再度陷入了危机之中，在这个关键时刻，伊苏系列正统续作《永远的伊苏6》提上了研发日程，正是这款游戏后来拯救了falcom，而falcom在缓过来之后以这作的模板为基础又推出了两款作品，使得伊苏系列逐渐复苏。
拯救了Falcom的《伊苏6》
2002年末，由于当年发售的《VMJapan》和《Dinosaor》销量惨淡，Falcom再次陷入财政危机，濒临破产的消息甚至传到了国内。除了大量复刻旧作重卖，接连发行海外代理游戏以缓解尴尬境况外，开发中的《伊苏6》也成为挽救Falcom的底牌之一。
Ys6是Falcom的第二部3D游戏（第一部是Dinosaor），也是Ys系列首次使用3D引擎的作品。尽管Falcom在3D方面起步较晚，但Ys6的3D画面表现却毫不逊色：将即时运算画面的视角固定并适时变动，同时以更细腻的光影水雾效果对环境进行渲染，使Ys6的3D画面在展示宏大场景之余，依旧表现出2D时代的精巧细致。系统方面，结合3D引擎的新战斗系统极大提升了游戏操作的爽快感，整体节奏也相当的明快。尽管剧情类似小品，但Ys6着实成功地标榜了Falcom新世代的技术实力。
《伊苏6》的品质至今来看也可圈可点“Ys”的老牌名号和《永远的伊苏1+2》的推广为Ys6奠定了坚实的受众基础，事实也证明Ys6的销售成绩相当可观，官方通贩的30000套限定版在游戏发售前一周就被热情的爱好者们订购一空，至于之前濒临破产的Falcom，Ys6发售数月之后便传来Falcom在东京证券交易所挂牌上市的消息，Falcom与韩国网络游戏公司签订合作计划的消息，Falcom觊觎中国手机游戏市场的消息，Falcom计划开发大型游戏系统的消息。种种消息背后的潜台词是“Falcom被Ys6救活了”，这对于当时深陷重重危机的Falcom而言可谓天大的好事。
作为较新一些的玩家可能应该是从伊苏6开始接触伊苏系列的，而且本作后来还发行了psp版本，也使得本作在玩家中的接受度蛮高。本作作为首部3D化的伊苏作品，也是windows平台首部伊苏系列新作，一登场就给人眼前一亮的感觉。华丽战斗特效演出、生动的3D场景、优美的城镇景观和人设以及魄力十足的大型boss战让伊苏6成为当时PC平台上不可多得的一款佳作，而且热带雨林风格的风景特色在当时也令很多玩家耳目一新。本作的剑魔法系统成为后面几部系列作品的战斗系统雏形，3把不同属性（风、火、雷）艾玫拉司剑各自拥有独特的招式和魔法，相互间招式组合让战斗效果华丽非常。本作的3D迷宫场景设计也非常出色，一些宝物的获得颇为考验玩家，本作在游戏难度上做了区分，让不同水平玩家都能够体会游戏的乐趣，但nightmare难度模式的挑战相当变态。体会一丝丝磨掉boss的血槽而自己却奔跑游走于死亡的边缘的感受能让职业级玩家得到不一样的感觉。
《伊苏6》在伊苏系列历史上具有重大转折意义《伊苏6》当时出现在PC平台有着很大的优势，在当时日本PC游戏已经进入了衰落期，愿意给PC开发游戏的公司越来越少，而且在PC平台上大量游戏都是GAL之类的文字游戏，类似于《伊苏6》这种3D动作游戏十分罕见，即便有那么几款也大多都是独立游戏或者同人游戏，素质上远远无法和《伊苏6》相比，而且更为重要的是《伊苏6》这种比较传统的爽快感动作游戏和当时常见的日本动作游戏鬼泣系列、鬼武者系列、忍者龙剑传系列大为不同，《伊苏6》延续了系列一贯的简洁爽快的特征，因此操作上并不复杂，门槛较低，难度也适中，因此就差异化这一点而言或许正是《伊苏6》可以获得成功的重要关键因素。
复刻之作《伊苏F》
在当年《伊苏3》推出后因为横版动作游戏的模式惹来了诸多争议，因此和《伊苏4》一样往往被视为系列黑历史。
在《伊苏6》之后推出的《伊苏：菲尔迦纳的誓约》也即是《伊苏F》则是全面复刻《伊苏3》的一款作品，毕竟在此之前《永远的伊苏1+2》这个复刻之作已经获得了玩家们一片好评，因此将《伊苏3》进行复刻并且洗白声誉也就在情理之中了。
《伊苏F》在剧情上相比原作并无太大变化，还是延续了亚特鲁冒险故事的模板，不同的地方主要在于那个时候falcom的剧本故事主要担当者T氏喜欢设计反转剧情，即游戏前期会有一个人畜无害看似善良的角色，到了游戏后期则会开始反转成一个邪恶人物，这种手法在当时的falcom不少游戏中经常出现，乃至于后来的《伊苏7》中也出现了这样的反转人物，而《伊苏F》中同样也出现了一个这样的反转人物修女，这使得不少玩家有审美疲劳之感。
另外这款游戏依然沿用了《伊苏6》的引擎，人物也依然是Q版造型，因此画面上算不上惊艳，但是因为游戏场景的设计非常多样化，雪山和火焰地下迷宫以及城堡等都各具特色，充分体现了日本游戏公司美工大于技术的优势，以及螺狮壳里面做道场的极致工匠精神。
《伊苏F》的场景非常丰富战斗系统方面，本作与YS6相比动作要素更华丽，设定上考虑更全面（比如可以再各个存盘点间进行传送）。6代的剑魔法进化为新的魔法腕轮（风、火、土）系统，让剑与魔法能更有效的结合起来，但是因为取消了可以随时打开菜单加血的物品，改为打怪掉出即时加血的血球，因此在难度上比起之前的《伊苏6》和后来的《伊苏：起源》难度都要高很多，客观来说是《永远的伊苏1+2》之后最难的一款伊苏系列作品，当然早年的《伊苏3》就已经难度非常高带有硬核特征了，《伊苏F》的这种做法可能还是想吸引到更多核心玩家吧。
《伊苏F》最终BOSS战难度相当高而且在BOSS战设计上，这款游戏充分体现出了传统的日式游戏BOSS战的精巧感，每个BOSS都有着独特的行动轨迹和特征，玩家需要摸索出规律后才能击败BOSS，而且因为无法带上大量加血道具加血，因此容错率很低，所以需要玩家经常刷小怪提高等级然后通过等级压制来打败BOSS，游戏在这方面的数据设计非常用心，对于普通玩家而言，经常是差一两个等级就非常难以打败BOSS。游戏的最终BOSS战最能体现这款游戏的这种传统设计套路，在对决最终BOSS的最后阶段，玩家需要看准时机将BOSS发出的光球反击回去，类似于打乒乓球，这个过程难倒了不少玩家，使得很多动作游戏苦手玩家叫苦不迭，而在后来的伊苏系列作品中，再难以看到如此高难度的BOSS战了，普通难度下大多数玩家大多都能通关。
另外因为《伊苏6》中的冲跳斩在操作上问题多多，所以《伊苏F》很明智的改为了二段跳，在游戏中二段跳加旋风魔法的组合使得游戏的爽快感更加十足，这其实也是伊苏系列最大卖点之一爽快感的重要体现。
原版的《伊苏3》是横版形式，而《伊苏F》也并没有抛弃原版的一些特色，不少原来的场景改造后依然是横版的形式出现，只是因为3D的关系所以有了纵深立体空间，因此不至于使得老玩家感觉不适应。
《伊苏F》的二段跳爽快感十足综合来看《伊苏F》延续了《伊苏6》的诸多优点，并且将《伊苏6》的一些缺陷也改善了，虽然难度很高，但是整体评价不错，而且和《伊苏6》一样，这款游戏后来也登陆了STEAM平台。
饱受争议的《伊苏：起源》
YSF发售1年半后，系列新作诞生，但出乎意料的是等来的依旧不是YS7而是《伊苏-起源》（YSO），也就是伊苏前传，讲述的是初代时代的700年前在古代伊苏王国，神官后人尤妮卡•托霸和尤格•法克特在寻找“黑珍珠”和双子女神的旅程中慢慢揭开隐藏在塔之后谜团的传说故事。
本作首次将万年主角-亚鲁特先生抛弃，而选择了手持巨斧擅长肉搏战的少女尤妮卡和拥有魔眼以远程轰炸为主要攻击手段的尤格这样的双主角设定。同时当两个人物通关后还可以使用以速度、魔人化见长的托尔（尤格的哥哥）来进行游戏，并最终揭示游戏的真正结局。
《伊苏：起源》中的主角拿巨斧的萝莉尤妮卡这样的角色非常罕见可以说游戏3个角色的设计每个都很出色，每个角色都有自己独特的招式，而且每个角色也都有自己不为人知的故事。不过游戏在战斗系统上与YSF相比并没有什么太大革新，当然战斗依然华丽流畅；而且本作自始至终都在那个黑暗的高塔中进行游戏，未免有些单调。但作为一款前传作品，其存在意义远大于游戏本身，通过本作，伊苏整个世界观更加清晰，解释了伊苏1和2中那个伊苏古国为什么是那种存在状态。
但是《伊苏：起源》出现后争议很大，其中最大的争议在于游戏的剧情方面被不少玩家讥讽为同人水准，这主要是因为托尔这个游戏中真正主角的剧情部分和两位女神有说不清道不明的暧昧关系，因为被很多系列老玩家认为是玛丽苏剧情进而否认该作存在的意义。
另外一个争议较大的地方在于游戏的战斗系统变化不大，仅仅只是将系列以前的单一主角变成了三个主角，但是核心技能部分变化依旧不大，还是沿袭了《伊苏6》和《伊苏F》的那套系统，而这似乎也说明了《伊苏6》开创的那一套系统发展到了极致之后难以突破，已经进入了一个瓶颈状态。
还有一个争议也能说明这款游戏遇到了瓶颈状态，即游戏的画面，因为依然采用了《伊苏6》的引擎，而这款游戏是2006年的时候发售的，游戏的画面比起同时代很多日本游戏都要显得落后了，而且2006年已经是PS2的末期，PS3也在当年11月发售，因此在那个时代来看《伊苏：起源》的画面，确实已经落后于时代了。
《伊苏：起源》的画面明显跟不上时代脚步了值得说明的是，这款游戏非常奇怪的没有移植到任何平台，到目前为止只有PC版，要知道进入本世纪之后出现的伊苏系列正统作品大多都移植到了主机或者掌机上面，唯有《伊苏：起源》从来没有移植过，这款游戏本来定位就是外传性质，而且某种程度上而言似乎也是Falcom将《伊苏6》的引擎再次拿来使用以达到引擎利用率最大化的目的，对于Falcom这种小公司而言，开发一个引擎并不容易，反复多次利用引擎其实也在情理之中。
主机平台的作品
Falcom似乎对主机平台一直念念不忘，所以在这一阶段，他们在NDS和主机平台上推出了多款作品，但是和以往一样，这些授权或者移植的作品大多反响平平。
由Marvelous Interactive制作的《伊苏》最新作《伊苏Strategy》，对应平台为NDS，令人吃惊的是，该作不再是《伊苏》传统的ARPG，而是一款以在线联机为主的策略游戏，玩家要使用NDS的Wi-Fi功能连接到本作的WEB服务器进行游戏，在线游戏是免费的。
《伊苏Strategy》的背景设定与RPG版的《伊苏》相同，处于世界混乱的大战争时期。发售日为2006年春。
在《伊苏Strategy》中，玩家操作大战争的世界中普通的居民，玩家从属的国家，人物风格都由玩家自己决定。在本作中玩家可以作为普通的一分子在战争过程中了解原作宏大的世界观。
这款游戏在当年公布后引起过一些热议，但是因为NDS平台名作实在太多，而这款游戏则缺乏突出亮点，因此推出后并没有引发太多反响。
NDS上的《伊苏Strategy》除此之外是《伊苏6》的PS2版和PSP版，由于当年《伊苏6》实在太成功，而且PS2和PSP缺乏这种Q版形式的3D动作爽快游戏，所以这款游戏出现在主机平台颇有新鲜感，其中尤为值得一提的是KONAMI公司代理发行了这款游戏的PS2版和PSP版，并且加入了3D过场动画和新要素，可谓大手笔。
除此之外，在PS2时代，falcom授权老牌日本游戏公司TAITO重制了伊苏系列的3、4、5三款作品，但是因为falcom授权作品多年来一直没有成功之作，这三款游戏也没能逃脱这种厄运，因此素质和口碑欠佳，并且因为在剧情和战斗系统方面改动过大引来很多玩家不满。
PS2上的《伊苏4》等TAITO制作的作品品质非常一般中国的代理情况
和《伊苏1+2》是由新天地公司代理不同的是，《伊苏6》和YSF乃至于YSO都是由娱乐通这家公司代理的，这是因为在当时随着网游逐渐崛起，新天地这家公司倒闭，而娱乐通这家公司因为和日本方面有些诸多联系，所以也就顺理成章代理了不少falcom的游戏以及其他日本游戏公司的PC作品，资料显示，北京娱乐通科技有限公司成立于2003年8月，其前身是日本HODO公司在中国的分公司，主要致力于游戏代理，手机增值业务的研发和代理，动画和漫画代理的业务。
娱乐通代理的《伊苏6》中文版值得说明的是，娱乐通这家公司虽然因为诸多原因前几年倒闭了，并且这家公司代理falcom的游戏经常表现出一些不够专业的情况，引来不少玩家批判，但是客观上来说，这家公司代理的伊苏系列和轨迹系列这些作品在当时充分满足了国内那些受到falcom此前的《永远的伊苏1+2》和《双星物语》以及卡卡布三部曲等游戏熏陶的伊苏系列粉丝的需求，对于falcom游戏在国内粉丝的培养起到了一定促进作用，而且更为重要的是，在那个网游崛起的年代，欧美也尚未推出诸多PC的3A大作，在那个时候，娱乐通代理引进这些游戏客观上使得国内喜爱PC单机游戏的玩家不至于没有新作可玩，毕竟那个时候国产单机游戏已经彻底衰落，一年也没有几款，而欧美单机虽然一年也有数款话题作品，但是并不足以满足所有PC单机玩家群体的需求。
而且正是因为这些伊苏系列和轨迹系列的中文版当时代理进来，促进了国内讨论falcom游戏的氛围，使得那个时候出现了多个以falcom游戏为主题的论坛，虽然这些论坛今天已经不复存在，但是那个时候这些论坛的讨论热度都相当高，可以说是培养了不少falcom游戏的粉丝，这些人现在有不少进入国内一些游戏公司就职做策划之类的工作，应该说当年伊苏系列和轨迹系列这些游戏对于这些玩家都起到了一定的启蒙作用。
彻底回到正轨的伊苏系列
过渡时代的这三款作品彻底使得伊苏系列回到了正轨，也使得持续混乱的falcom终于摆脱了财务危机，进而可以放开手脚进行其他的一些尝试，在这一时期falcom除了推出轨迹系列作品之外还推出了《咕噜小天使》和《迷城的国度》等作品，并且后来还得以全面转型到主机领域，并且使得falcom现在在日本主机游戏领域有了一定地位，这些都和这个过渡时代伊苏系列三款作品的贡献是分不开的。
还有一个例子可以说明当时伊苏系列回归了正轨，在当年falcom授权韩国某公司开发了一款《伊苏OL》的网游，这款游戏一度引起一些关注，虽然后来因为种种问题夭折，但是这款游戏当时能够得以研发，无疑和伊苏系列当时名声逐渐回复分不开关系。
中途夭折的《伊苏OL》
