为了克制血魔的蜀山正派首领白眉，在飞升仙阙之前，把蜀山遗秘"心剑"传授给座下髥仙李元化徒弟赵燕儿(男的)。白眉是为了让燕儿维护苍生，并由"燕"字推算只有燕儿能当此大任。白眉升天后，留下燕儿一人，没办法，燕儿只得一人离去。一个月之后，燕儿被一堆所谓"正派帮众"围剿，还异口同声说燕儿谋害白眉，并且偷学了秘籍剑心传。众人要求燕儿交出心剑录。燕儿连忙解释给众兄长解释，正派帮众全然不听。邪教教徒又在旁边添油加醋，燕儿含恨自刎而死。
围绕争夺探索燕儿尸体的优先权第N次正邪大战展开。正派的实力大大的减弱了，最后邪教趁虚而入，以邪教的胜利而告终。那一年，战乱不断。自从燕儿自刎乌鸦嘴，其妻子烟雨精神错乱，时好时坏。
一晃16年过去了。燕行烟正准备出门，和酿烟雨做了简短的告别后，一脸苦笑，出门而去。到了门口，燕行烟准备出村打猎。(南边的野外打猎)
来到村外，找到野猪很简单。一直向左走-过图-向上走-过图，野猪就在左边的位置。找到野猪之后，就要打死它。打败野猪后，原路返回，拿给娘去~。刚回到村里燕行烟就发现死人，突然感到一种不好的预感，燕行烟立刻回到房子找娘。这时候看到4个人站在娘的旁边，烟雨已经奄奄一息了。这时候三人围剿燕行烟，打败三人后，又要打三人的老大，一个胖子。请放心，燕行烟是肯定要被打败的。胖子逼问燕行烟交出心剑录。燕行烟根本不知道什么是剑心录，胖子恼羞成怒，一掌就把燕行烟打个半死。
燕行烟被噩梦惊醒，这时候他看到的是一个陌生的房间。
房间里有一股淡淡的香气，这时候燕行烟听到外面有笛声，笛声很悲伤，像是在诉说着什么。去屋外看看是谁吧，来到屋外后，燕行烟看到的是一位漂亮的蓝衣姑娘。
燕行烟失神的望着这位姑娘，愣了愣。姑娘叫着燕行烟，才把燕行烟叫醒。燕行烟询问姑娘是谁，自己的娘又在哪里。姑娘告诉燕行烟，自己叫玄思月，燕行烟所在之地就是蜀山昆仑派，是思月的爹爹救了燕行烟，而燕行烟之母已经死了。燕行烟不相信自己娘已死，但是还是不得不相信这个事实。就当燕行烟悲痛欲绝之时，昏倒了，一口闷血喷涌而出。
玄思月把燕行烟送回厢房，一直在照顾他。就这样过了六个月。
思月询问燕行烟丹田有没有起色，燕行烟却告诉思月自己有点饿了。这句回答气的思月要命，再次寻恩燕行烟的丹田有没有起色。燕行烟嘿嘿一笑，说，还是老样子。思月催促燕行烟该区上课了，顺便要拜见爹爹一下。(去华凌阁找玄天宗)
华凌阁就在燕行烟房间的西北方向。进入华凌阁之后，玄天宗要求看一些燕行烟的修炼情况。玄天宗和燕行烟PK，打败玄天宗后，玄天宗夸奖燕行烟。这时候，玄天宗旧病复发，思月询问玄天宗发生了什么事情，使得自己的旧病复发。玄天宗告诉二人，近日下山弟子总是失踪，有没有人帮忙调查，自己担心过度，使得旧病复发。思月决定带燕行烟查找事情真相。
一夜过后，二人准备出发。出发前玄天宗告诉思月，下山之前要和母亲告别。于是二人进入屋内，去向母亲告别。母亲如月告诉二人，要想下山要先打败她。打败如月后告诉二人可以下上了。然后告诉燕行烟，自己在前日整理他娘遗物的时候，发现了2封信和一根发钗，随即交给燕行烟。
燕行烟打开第一封信，从信中得知那根发钗真是心剑录，并且只有燕家的人才能打开发钗的封印，得到心剑录。
燕行烟再打开第二封信，里面是母亲的日记，里面包含了对赵燕儿与燕行烟的爱。
燕行烟得到了心剑录(靠提高等级后慢慢领悟)。告别了母亲之后，二人就准备下山了。
到了山下的小村庄，思月就按耐不住内心的欣喜。燕行烟提醒思月，此次下山是为了调查事情，并不是来玩的。燕行烟想了一想，得知酒馆的人最多，于是二人前去酒馆。就在二人商量去哪的时候，一名红衣少女出来了。嘲笑二人的孤陋寡闻。
燕行烟夸奖红衣姑娘很漂亮，这时候思月又生气了，告诉燕行烟该区调查事情了。二人与红衣姑娘就此告别，直到二人走后，红衣姑娘还傻呆呆的看着二人的背影。
二人在城里得知城里有一个包打听，什么都知道，于是二人就找包打听。包打听就在酒楼旁边，拿一个卦字的白衣先生。二人询问包打听最近村里有没有发生什么事情。给完包打听后，包打听告诉二人最近妓院有事，据说妓院小怜香有事情发生，传说和妖魔有关系。二人前去妓院，小怜香就在妓院中间的房间里。
与小怜香对话，得知，最近小怜香的肚兜总是不见，只放在衣服的地方找到几根据毛，要求燕行烟帮忙查明。燕行烟找到包打听，得知这羽毛是镇西枯木林鸟类所有。二人准备前去镇西的枯木里面，来到枯木林，羽毛的主人就在西北角，正是一只坏鸟。与坏鸟pk，打败坏鸟之后，刚准备去妓院找小怜香，就出现了刚才那名红衣姑娘，与燕行烟攀谈一会后，红衣姑娘就离去了。于是二人终于准备动身去妓院找小怜香了。把东西还给小怜香之后，继续去找包打听。
从包打听嘴里得知，酒店的老板最近有事情，具体是老板后院的鸡总是被偷。二人前去酒楼吧，走到酒楼的后院，仔细观察一圈。思月发现一些野兽的脚印，怀疑是什么犬类动物。继续回去询问包打听，得知镇东有个野狗坡，怀疑是哪里的妖怪作祟。二人前去野狗坡。在野狗坡的左上角发现恶狗，思月怕狗，这时候红衣姑娘许红绡出来了，代替了害怕恶狗的思月。二人打败恶狗之后，许红绡提议能不能带上她，燕行烟答应了许红绡的提议。三人前去酒馆邀功去吧。来到酒馆，酒馆老板就是右边第二个人。从老板那里出来后，在门口间看见一对老夫妇，三人立刻冲上前去，发现在地上躺着的人思月恰好认识，可是这个人已经奄奄一息，这时候包打听在旁边说，必须要紫竹林的蛇妖之胆，以百颗蛋清做药引，方可见效。三人打算前去紫竹林，紫竹林就在枯木林的西边。(枯木林的左下角)
来到紫竹林，那蛇就在图的西边，顺着路走就到了。打败紫蛇之后，得到蛇胆，就要为蛋清着急了。许红绡告诉二人，枯木林有一只带肚兜的大鸡。三人回到枯木林，寻找大鸡。大鸡就在刚才偷走小怜香肚兜的怪鸟那里，同样的地方。打败大鸡后，得到蛋清，回到小镇，找到包打听。把药配置好后，喂入小德子的口内，小德子没一会就醒了。
思月询问小德子到底发生了什么，小德子告诉思月，师兄们在春意城收到了邪教的袭击，全军覆没，邪教到处抓人，不知道是为了什么。小德子告诉思月，自己要前去报告师傅，与三人告别。
思月告诉二人，先去春意城查明事情经过。三人准备动身去紫竹林，就在左上角的出口，三人被绿袍拦住。
三人打败绿袍后，继续往前走，到了春意城。就看到了毛男正在欺负一个老人家。燕行烟出手劝阻，可是毛男不听，后来毛男看是叫嚣。燕行烟从毛男口中得知，自己的杀母仇人正是此人，按耐不住内心的怒气。打败了毛男之后，燕行烟独自流泪，杀母之仇总算报了。被救下的老人给燕行烟了一个葫芦，要求燕行烟去拿着葫芦找自己的老大领奖。思月让燕行烟回客栈，燕行烟看看两女，说让二人去客栈等他，他静一静。燕行烟来到醉道人的面前(东北角，拿着葫芦)，经过一番攀谈，燕行烟学会了御剑术(凡是去过的地方，就可以使用御剑术)。
御剑术能直接去想去的地方。该回酒店找思月和许红绡，来到酒店之后，只见一片狼藉，燕行烟强烈的感到不安的感觉。燕行烟立刻询问小儿，经过了解，得知思月被独臂僧人抓走，红绡为救思月，向北方追去。
燕行烟刚准备去追二人，包打听就出现了，燕行烟询问包打听在邪教是否有一位独臂的僧人。包打听告诉燕行烟，邪派是有一位独臂僧人，名叫熊毛太，并住在城北的不赦庄。说罢，燕行烟立刻前去救人。
来到不赦庄后，就看到红绡躺在地上，并在附近找到歇脚之处；一直守在红绡身边，彻夜未眠。待第二天等红绡醒来之后，告诉燕行烟思月抓走的事情。于是二人决定去阴毒城把思月救出来。刚出来的二人，被毛沙拦住，原来毛沙是，毛男的哥哥，pk吧。打败了毛沙之后，就前去阴毒城吧。阴毒城就在春意城的西北角，来到埋骨岭，走到西北角。到了阴毒城后，就找包打听，在杂货店的西北边。找到包打听后，得知毛太每次把抓回来的人藏在东北角的地牢里。二人准备去地牢救思月。进入地牢后，左-左-上-右-下-右-上-左-上-右-下-右-右。
这时候就到了思月被关的地方，
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打败地牢看守，救出思月后，原路返回吧。刚走到一半，思月停下来了，燕行烟一位思月不舒服，于是就停下了。这时候红绡已经知道，思月是假的，妖怪变得。就在红绡准备拿到冲向假思月的时候，燕行烟慌忙的拦住，红绡让燕行烟仔细看。原来这个思月是狐狸将妲己变的，打败妲己之后，妲己告诉二人，思月被关在望月台。于是二人前往望月台，前提是先出了地牢(- -b)。
回到城镇，就向北走。
到了血海，这里的迷宫很简单，就顺着道路走，走靠上的太极传送点，中间要路过一个平行太极传送点。从血海里出来，就到了幽暗城。幽暗城的迷宫只要顺着走就可以出来了。这时候来到了一个大殿，殿上的初晨找到了自己的师妹红绡。
其实红绡也是邪教中人，是许飞娘(- -此乃蜀山奇侠传2009柔情版中的人物)收留了自己。并且向燕行烟表明了自己的心意。
看着燕行烟和红绡，初晨很生气，吃醋了。于是就和燕行烟打起来，打败了初晨之后。燕行烟告诉红绡，带她回家。红绡很开心，这时候初晨出招，魔掌狠狠的拍向痴情的燕行烟，这时候一个红色的身影挡住燕行烟。初晨错把红绡杀了。燕行烟顿时崩溃了，红颜知己香消玉殒。
燕行烟吟诗："锦瑟无端五十弦，一弦一柱思华年。庄生晓梦迷蝴蝶，望帝春心托杜鹃。沧海月明珠有泪，蓝田日暖玉生烟......"
红绡接下最后一句："此情可待成追忆，只是当时已惘然......"
红绡让思月照顾燕行烟，思月带着两行泪水不住地点头。
此时，红绡吐了口血，死在了燕行烟的怀里。
初晨因为师妹红绡的死而变得疯狂，遍身了；原来初晨把灵魂早已经卖给了血魔。此时的初晨，对燕行烟冲过来。
打败了血魔之后，燕行烟决意要带红绡回家，这时候，幽暗城开始崩塌。燕行烟带着思月走了。留下了无尽的遗憾。至此，游戏也结束了 |
