地点：纽约双桥珍珠街(Pearl Street,Two Bridges,NY)

　　时间：2047年11月30日早晨6点15分(06:15,November 30th, 2047)

　　克莱尔获得了有关红星升起的情报，大天使(Archangel)是CELL最新的无线能源网络的关键调控平台，同时这个系统储备的大量电力可以被大面积定向能武器释放，以确保消灭敌人，以及灭绝城市人口。好几个条件可以触发这个协议，一旦Ceph事件达到第三阶段，大天使就会实施这个协议，这个协议就叫做红星升起，一旦实施，纽约将被摧毁。普若非认为大天使是全球能源储备，这会把所有能源传给Alpha-Ceph，会在地球上炸开一个大洞，地球将会毁灭。普若非想要联系上Ceph的心灵控制装置，希望能够使所有Ceph进行休眠状态。如果没有Ceph的威胁，CELL将会取消大天使计划。克莱尔对普若非的这个计划表示怀疑，觉得他在带有阻拦器的时候尚挣扎于Ceph的影响，现在没有阻拦器，他的心智就会全部暴露，有可能会变成Ceph。普若非认为他必须冒险一试。在他们的这段谈话中，由于塞可一事的影响，克莱尔对普若非的态度有了非常明显的改变，已经不再称呼他为hardware，说话的时候已经带有了恳求的口气。

　　前进不久在地上的一个桔色箱子里找到了一把MK60机枪，Grendel步枪现在也有两种弹药，还能安装新增的高倍瞄准镜和迷你台风组件，但是仍然没有消音器。在不远处的房子边除掉几个Ceph后，可以捡起他们的Pinch Rifle，射出去的弓箭也可以从尸体上回收。和心灵控制装置连上以后，周围的Ceph不再攻击普若非，并跪了下来，认为普若非就是Alpha-Ceph，普若非险些迷失在集体意识里，但克莱尔的呼唤唤醒了他，他意识到C穿好的集体意识正是其能量来源，不久真正的Alpha-Ceph重新唤醒了那些Ceph，但普若非纳米服的能量不再下降，处于无敌模式，只是这种情况并没有维持多久，很快出现了一个Ceph的重型步兵，左手能发射导弹和迫击炮，右手是一把机枪。在它尸体上可以拿到迫击炮(X-PAC MORTAR)和收割者加农炮(Reaper Cannon)，消灭后克莱尔通报大天使的情况，它已经处于传输轨道上了，半小时内就可能发射。除了一座5英里外的设施，CELL已经在大量撤离，这个设施可能是卫星的指挥站，只要能进入其中，就能关闭大天使。

　　当普若非跳下高地，进入对面积水的房间后，克莱尔提到Ceph瘫痪了抵抗组织的步兵车，她要求普若非去支援她。驾驶一辆四驱车行驶了近一公里后上了桥，克莱尔再次发来信息说Ceph进攻猛烈，另一小队建立了防御，但支持不了太久。普若非杀进桥后的房屋，跳下楼道后克莱尔那边已经开始撤离，她让普若非继续执行阻止大天使计划的任务，而不要再去支援她。在接收这段信息的过程中，普若非再次产生了幻觉，看到克莱尔那边混乱的战况。

　　当普若非走出楼房时，塞可驾驶着运输机赶来，克莱尔激动的直呼他的名字，塞可这时却让她遵守通讯协议，赶到了克莱尔那边帮助进行撤离，下坡以后普若非再次找辆四驱车前进，半路上还会遭到武直和步兵车的攻击，路上到处是车辆的残骸，Ceph和CELL正在激战，包括Ceph的Pinger和重型步兵，在基地前坐车无法通过，只能步行进入旁边的工事登上楼道打开大门，然后乘坐四驱车继续前进，进入远处的一个隧道后，塞可来电说收到瑞希的求救信号，克莱尔正在追踪大天使的轨道信号，还有15分钟大天使就将抵达纽约上空，她和瑞希的信号来源地相距只有几英里，五分钟内就会抵达那里。

　　继续前进一段后，在一路烧毁的步兵车旁找到了高斯步枪(Gauss sabot gun)，塞可让普若非去帮助他关闭CELL的防空设施电源，克莱尔已经找到了瑞希，虽然并没有受伤，但他似乎有点神志不清，不知自己在哪里，也不认识克莱尔，基地门口有一些烈焰者和重型步兵，消灭后打开大门，进入基地，这时Ceph已经不再进攻克莱尔那边，原因不明。清除附近的敌兵进入电梯，大门打开时克莱尔等人已经在大厅里，在操作另一台终端时，CELL的部队正在撤到地下设施里，不久大天使轰击了地面，但其只有释放了5%的能量，其打击力仍然在Ceph能量产生链式反应的临界值之下。CELL紧急状态结束后进行点名，开始进入第三阶段。这时瑞希开始喃喃自语，他要求抵抗组织帮助他逃离CELL的监狱，当他在沉睡时他的孩子(Ceph)处于一盘散沙的状态，感谢抵抗组织关闭了大天使，进入第三阶段后，Ceph在地球上释放出强大的光柱，形成爱因斯坦-罗森桥(Einstein-Rosen bridge)，也就是可以直达M33银河系的虫洞。

　　普若非突然提到在基地时他无法扫描到瑞希的资料，瑞希说他是纳米服的创造者，但实际上并不是这样，而是他用Ceph的DNA延长了寿命，此时他也不得不开始和Ceph的集体意识进行斗争，但瑞希没能敌得过集体意识，成为了Ceph的一员。当普若非扭转过瑞希的头颅时，幻觉里他的左脸已经变得狰狞不堪，眼中放出白光，窗外Alpha-Ceph伸了过来，瑞希双手释放出巨大的能量，击倒了普若非，也击倒了冲上前来的克莱尔。塞可向其开枪，普若非冲上前去猛击，当瑞希清醒过来后他让普若非赶紧离开，普若非从边上的大门出去，跳上了塞可的飞机，操纵炮台轰击Alpha-Ceph，竭力避开外面Ceph大量的战斗机。

　　这个关卡几个任务地点之间相距很远，大多要有几公里之遥，地图非常庞大，即使驾车也要不少时间才能抵达，一路上作战场面也比较激烈，很有孤岛危机一代的感觉，和二代的小型地图不可同日而语。

　　第六关：人的力量ONLY HUMAN

　　地点：纽约地狱厨房西面第五十二号(West 52nd,Hell's Kitchen,NY)

　　时间：2047年11月30日上午11点50分(11:50,November 30th, 2047)

　　第三阶段是Ceph殖民战略的最后一步，也就是最致命的一步。如果Ceph的入侵部队受到显著而持久的抵抗，他们将通过爱因斯坦-罗森桥连接母星系的中央。通过这种方式，Ceph可部署精英部队消灭所有抵抗者。现在地球上的Ceph只是一小部分，Alpha-Ceph在入侵部队抵达之前都会为光柱充能。

　　塞可驾驶的飞机遭到大量Ceph战机的拦截，坠毁于地表，克莱尔因伤势过重而死亡，在临死之前，她终于获得了塞可的原谅。克莱尔死后塞可心灰意冷，认为他只是个普通人，无法拯救他人，而普若非意在劝说他继续执行任务，两人因此发生争吵，普若非提到正因为他没有穿纳米服，未被围困，才救了大家。塞可被说服后，让普若非去摧毁防空炮，他去寻找另一架运输机。纳米服截取的CELL通讯显示，光柱的充能已经达到5%，VELA3卫星侦测到了距离地球1.2天文单位的霍金辐射，根据太阳光谱遥感技术，白洞已经形成。抵抗组织的另一名指挥官获得了普若非的通讯信号，表示能够相互支援，且形势严峻。普若非提及他将赶去摧毁Ceph的防空炮，指挥官表示一旦他清除了防空炮，运输机就能赶来支援。

　　在距离坠机地点不远处可拿到狙击枪，然后从杂草丛生的高地上逐渐跳跃下来，来到对面的一幢建筑里关闭防空炮，门口的Ceph拿着一支狙击枪。这时塞可已经找了其他的运输机，Ceph正用集体意识所产生的能量运行防空炮，普若非冲进房屋后连入集体意识之中，摧毁了能量罐，塞可赶来击毁了防空设施。

　　另外两个防空炮所在地都在五六百米以外，下山后CELL的通讯里提到光柱的能量已经达到13%，白洞非自发的扩展进了太阳系，微引力透镜显示现在的水平线倾斜了不到10微米。这里的地形颇为奇怪，大部分区域都布满了浅水，显得十分空旷，山头之间相距甚远，上面覆盖着植被，看上去像是从远处飞来的山峰径直降落在浅滩上。这里敌兵数量也不多，偶尔有几个Pinger从远处开火，在一些武器堆上还能拿到火箭筒，如要快速行进，可驾驶一些四驱车。以同样手法摧毁第二个防空炮后，光柱的能量达到28%，白洞的水平长度至少18公里，白洞中心将要形成。

　　摧毁第三个防空炮后塞可驾驶着VTOL降落，普若非登机后是一段空战，击毁了大量Ceph的战机，不过VTOL也严重受损，不得不暂时降落修理引擎，Ceph在该区域大量空投部队，普若非使用VTOL上的榴弹发射器进行压制，起飞后Ceph空投下了心灵控制者(mastermind)，它有四足四手，把普若非吸出了机舱，通过控制周围的物体进行攻击，生命值异常之高，中途还有其他单位增援，需要缠斗很久才能消灭，最后在把普若非吸到身边时，普若非同样释放出了巨大的能量将其摧毁。成功以后来到平台的边缘，外面不远处光柱正射向天空，发射时聚集的能量越来越大，导致周围的建筑不断的坍塌，把普若非掩埋在其中。

　　第七关：众神与魔鬼GODS AND MONSTERS

　　地点：纽约哥伦布广_场下(Under Columbus Circle,NY)

　　时间：2047年11月30日上午15点55分(15:55,November 30th, 2047)

　　当普若非苏醒过来时正身处废墟之中，下方有一具CELL士兵的尸体，从铁架后抽出双腿后，捡起带有手电的NOVA手枪，纳米服的核心系统断线，需要重新启动，呼叫塞可一时也没有回音，前进了一段后受Ceph集体意识的影响又开始产生幻觉，在废墟狭窄的巷道里走了没多远就掉进了下面的水里，然后再次钻入山洞，穿过一个小瀑布，后面的山洞里到处是燃烧的木架，再穿行过很长一段的隧道后来到外面的峡谷里，光柱充能达到52%。过道边上有一些火箭筒和弹药，不久还听到以前哈格里夫让普若非进入迷宫(克里特迷宫)对抗弥诺陶洛斯(人身牛面怪)的话，周围的山洞里已经出现了很多Ceph特有的触角，远程解锁一些地雷，外面是一艘Ceph的飞船，船头是第一个心灵控制装置(mindcarrier)，除掉几个Ceph步兵后来到指定地点时再次出现幻觉，纳米服获得了外部能量，短时间内处于无敌状态。不远处有具重型步兵的尸体，X-PAC迫击炮和收割者加农炮就扔在旁边，捡起迫击炮轰击附近的敌兵，根据CELL人工智能系统NAX的通讯，光柱充能已达到61%，虫洞已经扩展开来，外星战舰预计抵达时间为25分钟。

　　跳上战舰后面的高地后在不远处的弹药箱里可以拿到狙击枪，可以狙杀不少远处山头上的Ceph，抵近以后下面的武器箱里还有火箭筒、C4和MIKE微波枪，接近第二个心灵控制装置后再次获得外部能量，用迫击炮轰击Ceph时，光柱充能达到81%，超光速粒子显示战舰抵达时间为15分钟。在第三个心灵控制装置充能后，用迫击炮在数秒内就能击杀重型步兵和Pinger。前进不久再次看到Ceph的飞船，破坏冷却装置后跑到船头，水中升起另一艘战舰，跳到平台上后，就能看到不远处的Alpha-Ceph，它正给光柱充能，和它遭遇不久，纳米服的外部能源就耗尽了，击毁Alpha-Ceph的一个武器端后，它把普若非吸到身边，但普若非释放出了红色的能量，将其击退，然后拿着台风步枪、高斯枪等装备击退一些Ceph步兵的进攻，一些固定机枪塔可以被遥控，靠近能源箱后还能使纳米服继续获得外部能量，之后接连两次被Alpha-Ceph吸到身边，均用红色能量击退，当Alpha-Ceph继续尝试用集体意识同化普若非时，塞可驾驶着VTOL及时赶到，打断了同化过程，但VTOL也被Alpha-Ceph击落，普若非用复合弓射出了致命的一箭，Alpha-Ceph和其他敌兵阵亡，光柱把周围的一切往中间吸，普若非为塞可打开VTOL的舱门后被卷入了光柱，和其他东西一起卷到了太空。

　　醒来以后是一段漫长的回忆，以前他牺牲了一切成为了普若非，但即使如此，任务仍然失败了，他绝望的放开了手中昔日队友的狗牌。然而幻觉中的克莱尔提醒他纳米服上的纳米结构已经自由，可以转换成任何形态，普若非借力跳到了大天使卫星上，控制卫星以后，对准穿越虫洞的外形战舰开火，战舰爆炸的冲击波将周围的一切摧毁，普若非坠入大气层时纳米服开始燃烧，最后他掉在了一个热带的小岛边，醒来时鸟语花香，海涛阵阵，新闻里正在播报政府没收CELL公司资产的事情，丝阙克兰德参议员(即孤岛危机2中打入CELL内部的CIA情报员，父亲在孤岛危机一代中掩护队友撤退时阵亡)在国际复苏高峰会议上透露了很多举措，并坦言在运用技术解决人类切身问题的过程中付出了沉重的代价，对未来缺乏远见。实际上技术应该是服务于人类的工具，而不是囚禁自我的牢笼，因此必须吸取教训，好好把握第二次机会。

　　普若非在照镜子时发现他的纳米服已经融入身体，变成了皮肤，眼睛也变成了蓝色，桌上放着队友的狗牌和合影，走出小屋时，他想起新兵训练营时第一周教官说的话，当纳米服损坏以后，真正可以仰赖的并非准确的情报，也非精良的装备，更不是顶级的武器，而是他自己。直到这次战争结束，他才真正意识到了这一点，然后他把狗牌扔到了海里，然后隐身离开，临走时还不忘来一句“They called me Prophet.Remember me。”，和孤岛危机2的结尾遥相呼应，而从周围的环境和地形来看，这里应该是孤岛危机1第一关太阳初升时看到的那个小屋，似乎又意味着一切重回到最初，人类重新开始新生活。

　　总评：

　　和二代长达十九章的战役相比，只有七关的三代略显简短，作为弥补，每个关卡的地图相较于二代大了许多，少数几关的规模达到了一代的程度，敌人的数量也有增加，除了主要任务以外，仿照一代的战役增加了一些支线任务，战役的地点仍然集中在纽约，只是二代中繁华的城市在多年以后已经变得荒芜，有机的结合了一代野外作战和二代城市作战的特点，在剧情上也较好的承接了一代和二代的内容，在很多细节上采用了前作的资料，只是二代中的阿卡特兹(alcatraz)在三代中完全没有出现，无论是躯体还是意识都被普若非全面取代，一代中的塞可成为了最重要的配角，从外貌看，塞可已经是个有着略胖圆脸的中年人，只是那口英国腔还是丝毫未改。新增的卡莱尔带有指挥官和科学家的两种性格特征，到第四关才揭开了她才是剥离塞可纳米服的人，后来才转入抵抗组织，经历也比较复杂，瑞希对普若非的态度充满了哈格里夫的逻辑，从他创造了纳米服这种说法，以及普若非认为他用Ceph的DNA延迟了衰老来看，他似乎正是当年的哈格里夫，或者和哈格里夫有某种牵连，但战役中并没有明确的说明他和哈格里夫是同一个人，对他的背景描绘并不多。为了进一步说明这些事件，实际上战役中可以穿插一些回忆性质的关卡，由塞可来完成，体验一下作为一个普通士兵在游戏中的作战情况。

　　CELL方面战役中并没有塑造一个鲜明的反面人物，而是用CELL非常冷静的NAX人工智能取代了人类形象，通过她来不断发布命令和提供各种资讯，就CELL的装备看，和二代并没有太大的区别，只是多了些智能地雷之类的改良产品，从剥离纳米服的措施来看，CELL似乎全面销毁了这种技术，但并没有取代它的技术出现，在游戏中很多角色都提到纳米服只是一个外骨骼，实际上纳米服是个生物外骨骼，从现有的技术条件来看，制造一种纯装甲性质的外骨骼并不是难事，如果CELL没有纳米兵，那么生产一些用于强化士兵的普通外骨骼装备也是可以的，这样可以增强装甲，携带更多的武器，保持更快的运动能力，如果要更强些，还能增加隐形能力。在缺乏足够的装甲车辆的情况下，出现这种兵种能够弥补CELL士兵战斗力较差的缺陷，这样也有了可以对抗纳米兵的有效单位，在基地内部，部署一些盾牌兵也是很不错的选择。

　　虽然在任务背景中CELL已经垄断了市场，但政府军在战役中置身事外仍然非常奇怪，在末尾普若非摧毁了外星战舰后，政府又突然出现没收了CELL的所有资产。从现实角度和战役编排看，CELL前期和抵抗组织的小规模作战政府军可以特种作战的形式介入，CELL、抵抗组织、Ceph和政府军之间是彼此对立和相互利用的，在Alpha-Ceph逃出以后，建立光柱和虫洞，想要从母星系召唤入侵舰队时政府军开始全面介入，刚开始四方混战，产生不少摩擦，尔后在大敌当前时再进行合作，这样也增加几个相互冲突的新关卡，也可以充分利用后期关卡那几个庞大的地图，进行更大规模的空地协同作战，引入类似于一代的地面装甲车辆和武装直升机。

　　Ceph这次增加了好几个新单位，包括喷火的烈焰者、悬浮的侦察单位、心灵控制者和Alpha-Ceph，但是出场的次数均不是很多，前作的大型兵种Pinger和重型步兵仍然在编，只是重型兵的装备略有改良，迫击炮的威力很大，从实际的作战情况来看，心灵控制者和重型步兵反而是最难的单位，个头不大，但武器很有杀伤力，令人奇怪的是Ceph似乎不再有隐形单位，也没有带有防护盾的小队长，少了很多特色，只是这一次Ceph的五种武器可以独立使用，相对实用的是闪电狙击枪和X-PAC迫击炮，只是弹药补给并不算多。

　　传统武器中这次主要新增了复合弓、台风步枪、FY71和一把新的机枪，复合弓最大的优势是暗杀时保持隐身，而且弓箭可以回收，弹头也有好几种，对付很多普通单位都是一击必杀。台风步枪的射速很高，近距离杀敌较快，后座不明显，但射程稍远弹着点的散布比较大，子弹的威力也偏小，弹药的消耗量过快。FY71和新机枪出现在联网作战中，单机任务里似乎没有注意到。配件方面这次增加了很多，有好几种枪支都有两种弹药，还增加了重型枪管和制退器，一些步枪上可以安装高倍瞄准镜，两种瞄准镜内的基线也做了调整，颜色改成了黑色，比二代要更细一些，这样在瞄准远处敌兵的时候不容易遮住目标。MK60机枪在游戏中出现的次数非常多，但是弹药基数仍然是200发，Grendel出现的次数反而少了，携弹量比前作略有增加，达到了144发。

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