任务开始是一段克莱尔的形势描述，只要CELL控制着能源，就控制和奴役着人类，CELL的查克曼(zuckermann)能源枢纽被称为X系统，位于百老汇车站地下几百米处的收割厂中，这里守卫严密，是CELL的阿喀琉斯之踵，即主要弱点。抵抗组织在过去几个月蒙受了重大损失，因此克莱尔不得不担起重任，宁可玉碎不为瓦全。

　　塞可和普若非终于抵达抵抗组织的指挥部，己方部队正在作战，伤员躺在破败的房间里，塞可解释说由于经常面临CELL的追击，所以不得不经常改变基地的位置，克莱尔背对着他们观看着显示器指挥作战，CELL正用数字炮兵进行轰击，作战网络开始瘫痪。克莱尔要求迅速恢复网络，然后转身拥抱塞可，她看上去非常年轻，一头黑发，额头缠着褐色的布条，脖子上有块绿色的围巾，身上是白色的夹克和迷彩裤，这身打扮让她看起来有些另类，似乎不像是个军人，她对站在旁边的普若非非常害怕，觉得普若非经过了太多人为的修改，无法判断是CELL、Ceph或是人类，甚至称他为变异人(mutation)。

　　这时一头白发的瑞希(Rasch)走了过来，他穿着一件黑色的背心，狭长的脸上脸颊深陷，颧骨高耸，劝她说，不对称战争使他们支持了很多时间，但他们仍然东躲西藏，零敲碎打无法力挽狂澜，因此他们需要一个游戏规则的改变者，他称呼普若非为劳伦斯·巴尔内斯少校(Major Laurence Barnes)，介绍自己是是卡尔·恩斯特·瑞希(Karl Ernst Rasch)，并微微鞠了一躬。在说这句话时，他所用的句式“Karl Ernst Rasch at your service”和孤岛危机二代中哈格里夫(hargreave)第一次向阿卡特兹(也就是普若非)介绍自己时所用的句式是一样的，而且从长相上看，瑞希确实像是较为年轻的哈格里夫。普若非敏感的意识到瑞希的真正身份，但纳米服脸部扫描视网膜和DNA没有能够确认，瑞希近距离观察普若非时提到他有着人类和Ceph重组过的基因，普若非抓住了瑞希的右手，说无法确认其身份，瑞希说他设计了纳米服，自然无法扫描到他的资料。然后瑞希转首对克莱尔说看来她是对的，此事有风险，普若非显得非常强大，但显得不稳定、任性且易怒(volatile,willful,fractious)。普若非提到他的预感，如果不把CELL除掉，CELL的行为可能将会导致人类灭绝。

　　出房间以后来到巷道末尾，外面是高大的富尔顿水坝(Fulton Hydrodam)，上面CELL的直升机正在巡逻，这个水坝为CELL的防御体系提供500兆瓦的电力，只要摧毁水坝，CELL的核心防御将会停顿，但普若非不理解为何CELL不从X系统中获得电力启动核心防御。普若非问塞可为何克莱尔厌恶纳米服，塞可回答说他也不知道原因，只知道是她带队将他从剥离纳米服的实验室里救出。

　　塞可掰开电梯门后普若非在跳下的过程中坠到了底部，从那里出来后跳下高坡，来到下面的草地上，有些地方被泉水覆盖，CELL的步兵**在各处，控制自动机枪塔能够减轻不少压力，进入基地入口后控制走廊里的机枪塔，乘坐电梯上楼，但中途CELL切断了电梯的电力，从上面的通风管道出去，干掉外面的几个敌兵。克莱尔告诉普若非富尔顿水坝是自动运行的，但是发电机过载后将会损坏。这个房间的出口用激光封锁，解锁后出门，从码头下水，游到对面的楼梯上去，进通风管道，下楼后弹药堆上能拿到DSG-1狙击枪和JAW火箭筒，在后面控制CELL的防空系统，接近发电机后，克莱尔让普若非让其过载，但CELL步兵追杀而来，普若非拆毁了发电机，电力输出减少到70%，并逐渐下降。

　　塞可通知CELL的QRF刺杀小组在武装直升机的支援下即将赶到。回到上面后那里有两个拿着JACKAL霰弹枪的敌兵，击杀后上楼，解除门口的封锁，游到另一面的建筑边上岸，以同样的方法来到下面的发电机处，让其过载。系统发出疏散人员的警告，克莱尔让普若非撤离，但普若非不听从命令，出去以后游到对岸，到最上面的房间里拿到台风步枪(Typhoon)，出来以后游到水坝上，在铁管上安装炸药，武直发现以后进行扫射，普若非跳下水坝，遥控引爆了炸药，抓住一条铁缆滑到了对面。水坝爆炸后将普若非冲到了水里。

　　克莱尔对普若非的行动非常不满，认为他的行为无法预测且非常疯狂，而且继续称呼他为硬件，普若非重申了他的名字，但克莱尔坚持说只有人类才有名字，他只有代号。普若非回答说没有他，克莱尔的计划不会成功，并让克莱尔报告情况。CELL的防御系统已经瘫痪，敌兵正在撤退，并在枢纽基地重新集合，塞可说他需要援助，但克莱尔说她正有紧急事务要处理，普若非调侃她很像塞可，已经有点开始喜欢她了。

　　X系统位于地下，但控制系统却在上方，CELL在稳定矩阵缺乏电力的情况下仍然在运行枢纽，这样可能会导致其爆炸。因此必须将电力输出到控制系统，才能安全关闭X系统。沿着水路穿过管道，跳下山坡，下面的建筑边上埋有地雷，跳到下面的管道旁，从管道内进入，里面部署了几个激光地雷，内层还有积水，游出管道后登上平台，登上楼梯，系统警告将把非战斗人员疏散到15英里以外，上方的基地里不仅有CELL步兵，还有带有机枪的履带机器人。

　　乘坐电梯进入收割厂下去时，克莱尔要求尽快关闭两个发电机，进入工厂时里面弥漫着橘黄色的雾气，其中一个发电机可以直接关闭，另一个要用纳米服关闭。完成后乘坐中央的电梯上去，普若非在这个工厂中产生了好几次幻觉，克莱尔解释说X系统的力场将会严重影响大脑的颞叶，容易产生幻觉。从电梯里出来后消灭那里的CELL士兵，紧急关闭X系统的电力，控制棒弹出后普若非拉出控制棒，关闭了X系统，系统自动转换到备用电源，但是X系统的密封外壳失效，系统在倒数数秒后自毁，普若非从顶端炸飞到另一边的建筑上，他发现原来X系统的能源来源就是Alpha-Ceph，但这并非是他所预见的世界末日，Alpha-Ceph仍可被消灭。

　　第四关：险象环生SAFETIES OFF

　　地点：纽约唐人街德兰西街(Delancy street,Chinatown,NY)

　　时间：2047年11月29日晚上19点(19:00,November 29th, 2047)

　　克莱尔从CELL的数据库中得知Alpha-Ceph是其能量来源，普若非在靠近他时看到了Ceph不想让他看到的东西，可能普若非也可以通过这种方法进入他们的思想寻找弱点，塞可知道纳米服的维修地就在纳米服的剥离实验室内。

　　纽约的唐人街已经变成了一片沼泽地，冷月残楼之下到处是杂草和浅水，CELL士兵散布其中，用匕首杀掉一个以后，其他敌兵没有发现普若非，上报时对方回答AI系统已经发出了红星升起(red star rising)的警告，CELL的士兵惊慌一片，匆忙撤离。普若非和塞可都不知道这个代号代表着什么意思，普若非让塞可查明代号的含义，克莱尔和瑞希都断线了，普若非需要独自穿越这片区域。塞可让普若非去收集情报，以获取剥离实验室的文件，并搞清是谁脱下了他的纳米服。这片区域很多地方都部署了地雷和自动机枪塔，如有时间可全部控制，通过隐身和复合弓就不会惊动CELL，按着任务提示去几个不同的地点获得情报，不久克莱尔的通讯恢复，提到电磁脉冲炸弹影响了通讯，瑞希擅离职守。

　　普若非在穿行于破败的房屋中时，CELL的武直正在攻击Alpha-Ceph，其中有一架被其击落，情报显示Ceph的心灵控制装置(mindcarrier)正在附近，克莱尔让他去试试，普若非认为Ceph具有集体意识，完全受Alpha-Ceph控制。Alpha-Ceph被释放后所有的Ceph都清醒过来，mindcarrier的情况如何需要进一步确认。

　　往前推进一段后，在某个仓库前大门突然被打开，几个身上着火的CELL士兵走了出来，后面是Ceph的烈焰者(Scorcher)，消灭以后继续前进，克莱尔通报军情，穹顶内Ceph正在大肆屠杀人类，不远处的Ceph大多可以远程控制后取消其敌意或变成友军，从敌区穿过后进入工厂，来到实验室里和塞可会合，塞可把纳米服类比成Ceph的外骨骼，在实验室里找到维修点后普若非躺在了手术台上，开始手术以后可以听到瑞希的声音，他说对属性进行根本性的改变，这样的做法总是非常冒险的，但是为了击败具有先进科技的敌人，除了变成他们以外别无选择。为了确保安全，纳米服的设计者在多巴胺受体上安置了一个阻拦器，以保护纳米服使用者的心智不受影响。如果没有这个阻拦器，Ceph的集体意志将会吞噬纳米兵。不久手术结束，多巴胺阻拦器被取出。

　　这时塞可在屏幕上发现了一段视频，原来克莱尔正是当年剥离塞可纳米服的人。克莱尔解释说她是因为塞可才背叛CELL，当时她为了偿还债务，不得不这么做，每天听着人们的惨叫声，毕生活在这段挥之不去的记忆里。普若非劝塞可说克莱尔是被迫这么做，塞可反唇相讥，认为普若非确实是个服从命令的机器，缺乏人类感情，整天带着头盔，甚至没有自己的脸庞。普若非说谁都要做出牺牲，塞可将以前那些纳米兵的狗牌扔给他，认为他当年为了服从命令，害死了每个人。面对这种说法，普若非无言以对，两人分道扬镳。

　　第五关：红星升起RED STAR RISING