第一关：超人类POST HUMAN

　　地点：纽约自由穹顶西面第30号门(West 30th Gate,Liberty Dome,NY)

　　时间：2047年11月29日凌晨4点30分(04:30,November 29th, 2047)

　　茫茫雨夜，塞可(Psycho)带着几名部下登上了CELL的货船，用消音武器清除了几名敌兵后找到了关押普若非(Prophet)的货柜，重新启动以后塞可的部下走进货柜，突然苏醒的普若非抓住了此人，塞可解释之后普若非放下了他，问他的纳米服到哪去了，塞可回答说除了普若非，CELL脱掉了其他人的纳米服，随后塞可给了普若非一把HammerⅡ手枪，这把手枪有不同的弹种，还能加装激光瞄准器。

　　塞可让两个部下去吸引敌人，告诉普若非想要把他送进穹顶内部，但敌人已经不是早期的Alpha-Ceph，塞可提到普若非先前在西伯利亚被CELL用k-volts枪击倒，封在柜子里很多年，这些人脱掉了其他人的纳米服，并准备以同样手段脱掉普若非的。进入室内后给手枪加上消音器，击倒一名士兵后就能拿到Feline，经过下面的仓库来到对面的房间里打开大门，塞可进入后穿过过道，在另一边的玻璃窗前塞可交给普若非一把复合弓，便于其隐身暗杀，但普若非刚开始并不喜欢这把弓。塞可解释说谈激光枪能够把弓投射到纳米服上，弓的动能足够干掉犀牛，而且还带有爆炸箭头，最重要的是使用弓箭时仍然能够保持隐身。

　　这时队友汇报已经突破四号大门，穹顶东墙边的风速超过运行上限，清除下层区域的敌人后登上旁边的楼梯，走出大门后外面的货船上发生了爆炸，在过道末尾使用纳米服远程控制窗户里的计算机打开大门，里面是CELL总部，大约有一两千的特种兵，在楼下的显示器前塞可发现了剥掉他纳米服的CELL士兵，在剥掉纳米服时很多人因心脏无法承受，在惨叫中痛苦的死去。外面雨中的过道上有不少CELL士兵，有些人装备了Scar。通过以后用纳米服打开大门，和塞可分头行动，普若非问他行不行，塞可还调侃说他才不需要纳米服。走廊边上的箱子里可以拿到K-volt电枪，出去以后是仓库区，打开另一面的大门后控制对面的机枪塔，这个装置会帮助普若非控制住那条走廊，打开右侧的大门后不久和塞可会合，塞可说他们将和他的部下会合，普若非好奇的问他说你现在居然有部下了？塞可说他一向有部下。

　　普若非利用纳米服的功能查看了塞可的资料，他的变节率(renegade)是87.3%，行为不和常规率(maverick)是74%，违抗命令(disobedient)的可能性是58.6%，失去控制(out of control)的可能性是45.1%，播放的一段视频是孤岛危机一代第一关末尾发现那艘冰冻的轮船后，塞可公然违抗普若非命令的场面。

　　在电梯中，塞可说大多数人都是债务的奴隶，CELL控制了所有能源，普通人无法支付账单，只能通过不停工作来偿还，当然还有另一种选择就是进行反抗。电梯停止后他们进入一个房间，塞可打开了窗口的护罩，迷蒙的阳光下，纽约市的废墟一览无遗，纳米服竟然收到了城市中传来的能源信号。原来CELL利用Ceph的科技在穹顶中建造了一台机器，通过这台机器向全球供电。塞可认为只能破坏CELL的能源，就能除掉CELL。异形已经是过去时，只不过残留了一些残兵败将，但CELL正在逐步控制整个世界，普若非应该帮助他们除掉CELL。但是普若非认为Alpha-Ceph曾经给过他一个预示(vision)，人类曾经在过去经历过这些事情，两者之间必有联系，事情并不简单，需要寻找线索跟进，这不仅仅是场简单的革命。CELL并不知道他们正在做的事情将会导致世界毁灭，因此必须阻止CELL的进一步行动。

　　第二关：丛林召唤WELCOME TO THE JUNGLE

　　地点：纽约佩尼车站西翼(West Side Yard,Penn Station,NY)

　　时间：2047年11月29日上午8点05分(08:05,November 29th, 2047)

　　塞可和纽约战区指挥官(regional commander)克莱尔·弗他娜丽(Claire Fontanelli )进行了联系，在CELL作出有效反应之前，塞可有半小时时间将普若非送入穹顶，穹顶内的敌人并不多，但是信号塔仍然在扫描整个区域。随后塞可向普若非介绍了克莱尔，她不是士兵，但工作非常出色，普若非对塞可对克莱尔的高度评价非常惊讶，认为他竟然也会开始尊重上级的命令，塞可回答说她与众不同，口气十分暧昧。

　　下了电梯以后从里面的墙壁上拿到一个设备，获得的点数可以对纳米服的功能进行升级，打开大门后，外面是杂草丛生的街道和战车的残骸，塞可调侃说这里已经热的像是冒汗的腋窝，普若非在纳米服里当然不觉得热，但实际上天气比咖喱肉还热。一路上塞可介绍着这些年的情况，CELL向全球提供廉价能源。由于没有成本，所以没有其他公司能够和CELL进行竞争，通过这种手段，CELL在市场上建立起垄断地位，当能源使用者债务缠身以后，CELL将他们驱逐进“志愿者”劳动营做奴隶。

　　刚走了没多远，前面出现了一片雷区，这些CELL部署的智能地雷只有在察觉到未授权者进入该区域时才会爆炸，通过纳米服关闭这些地雷，经过以后过道外面有一个Pinger的残骸，纳米服似乎受到了干扰，纳米服提示充能超过基本参数，普若非察觉到有问题，塞可问他怎么回事，他说只是能量浪涌，离开Pinger一定距离后恢复正常。帮助塞可踢开大门后，登上楼梯后是条废弃的铁轨，轨道末尾右侧俯视下面的低地，距离34街车站还有数公里，塞可似乎身体不适，高塔上的大炮不停的轰炸下方的目标，塞可想要避开高塔的火力覆盖区域，但普若非认为时间紧迫，可以冒险穿越。塞可大为不满，认为他没了纳米服，只是个普通人，没法和普若非比。他要获得支援和情报，才能逐步消灭敌人，普若非觉得塞可变了，塞可也没否认。

　　随后两人分头行动，塞可向普若非通报敌情，让普若非到几个地方去拿装备。隐身后穿过这片区域，一旦被发现就会遭到炮火袭击，前两个地点都没什么发现，第三个地点可以拿到Scar MOD 2自动步枪，塔上火炮弹药耗尽后自动下线装弹，第四个地点比较远，那里有一把异形的狙击枪(Bolt Sniper)，可以拿来击毁高塔上的炮台。用纳米服关闭边上的雷区，穿过一大片草地，CELL的部队正在赶来，塞可提示普若非复合弓的电箭头可以通过水面击倒敌人，击毙数名敌人，跑过草地后在一个生锈的大门口和塞可会合，塞可对普若非能发现那把Ceph的狙击枪非常奇怪，进入下面的隧道以后，他提到很多人都在谈论普若非和纳米服、异形的模块和一些预示，其他人并不确认普若非是否可靠。

　　隧道里部署有CELL士兵，来到外面的空地上后用纳米服远程控制机枪塔，隐身通过后从另一面上楼，下面的敌兵开始扔出电磁手雷，会使纳米服受到干扰。走到末尾跳过残缺的楼板和塞可会合，转弯后地上有不少尸体，塞可让普若非搞清他们的死因，他去高处查看情况。过道末尾打开大门后下面黑暗的草地里Ceph的追踪者(Stalker)正在袭击CELL士兵，消灭这里的stalker后普若非发现他们的行为看起来不像是高级智慧生物，通过后面的过道时要用纳米服逐步解锁激光地雷，打开底部的大门，登上楼梯，CELL的广播里提到佩尼车站发现了异形，下面的厂房内有大量CELL士兵，通过以后楼上的小屋里能补充弹药和手雷，边上的走廊上有个自动机枪塔。从右侧的过道隐身过去，地上可以看到L-tag榴弹发射器和Grendel自动步枪。

　　末尾跳到上面的过道上，那里也有一个机枪塔。前进一段后通过滑索穿过斜对面的窗口，来到另一个屋子里，弹药箱边有把MK60 MOD0机枪。这时纳米服突然失效，通话也受到干扰，屋外是片草地，到处是Ceph，穿过草地，来到对面的高地，那里有个自动榴弹发射器，坚守一段时间后和塞可继续前进，却发现火车隧道已经被封了，两人登上不远处一辆装满了高爆物品的火车，普若非在后面推了一段，火车撞开了隧道的墙壁，两人趴在车顶上通过防守严密的隧道，火车撞毁了里面好几辆步兵车，最后火车出轨，普若非引爆了火车上的炸药。

　　猛烈的爆炸过后，黑暗中塞可用手电照亮了自己的脸，说这一次任务干的完美无缺。在随后的对话里，塞可称呼战区指挥官克莱尔为甜心，说他十分钟后将会返回安全屋。指挥官让他维持以往的通讯协议，含义就是别乱说话，并让塞可把“硬件”(hardware)，也就是普若非带回基地。普若非对指挥官把他称为硬件非常奇怪，但没有得到塞可的答复。

　　第三关：罪恶之源THE ROOT OF ALL EVIL

　　地点：纽约金融区拿索街(Nassau Street, Financial District,NY)

　　时间：2047年11月29日下午13点45分(13:45,November 29th, 2047)