大明天启年间，魏忠贤(1568年-1627年12月11日)被称为"九千九百岁"，排除异己，专断国政，以致人们"只知有忠贤，而不知有皇上"。杨涟、左光斗等人忠勇护国惨遭迫害入狱，燕大侠出于公义，夜闯牢狱，欲救忠勇。谁料两位忠臣拒绝了他的好意，表示要为国死节。

　　杨涟告诉燕大侠自己曾在游历学习时曾遇奇人，预测十六年后必会发生一件足以祸乱大明江山的事情，而如今的一切制度政权都将发生巨大的改变。他们愿意用自己的生命来换取细微的线索，但明代刑法严明，重罪定灭九族，希望燕大侠保留自己后人的性命，好让这些孩子能在十六年后成长为栋梁之才，待剧变之时力挽狂澜。

　　燕大侠颇为感动，含泪答应杨涟最后的请求。用尽一切办法险之丧命的就出一部分家属子女，带着他们远离北京，重建了东林书院；他们将聚居地取名为丹心坞，以纪念那些碧血丹心的忠臣。燕大侠又邀来各路名师倾囊以授，让少年们练就一身本领，默默等待杨涟所说那一天的来临。

　　朱由检继位伊始，就是大力清除阉党。天启七年十一月，朱由检抓准时机铲除了魏忠贤的羽翼，使魏忠贤处于孤立无援的境地，被迫自缢。朝廷决定为曾经被迫害的忠良平反，燕大侠却不想再让忠良后人步入朝廷。直到一天，有大批不速之客包围了小镇，把这世外桃源也卷入了乱世浩劫。

　　玩家到北京后，结识了神秘道人刘天罡；经过一番磨合，得知此人乃刘伯温的后人刘孔明(刘孔昭的弟弟)所化名，而刘伯温当年就得知了后世的一切，特建立了一个神秘组织“天机阁”，命他的后代寻觅合适的杰出青年守护大明，所以建文朝的铁铉、宣德朝的杨士奇、正统景泰朝的于谦、正德朝的王守仁、嘉靖朝的徐阶、万历朝的张居正和顾宪成、天启朝的孙承宗、崇祯朝的袁崇焕等人，都有另一个身份：天机阁的掌印使。