Big Boss，也就是本作的Snake(他和四代主角Solid Snake算是父子关系)，在三代“食蛇者行动”中亲手杀害被冠上叛国罪名的师父“The Boss”，也从她手中继承了“贤者的遗产”，在Kaz的帮助之下建立了海上的“MSF(无国界军队)”组织。这是一个专属于佣兵的国度，不隶属于任何国 家。同时，曾与Snake携手建立美国特务组织“FOX”的Zero少校，则秘密建立了另一组织“Cipher”，并且派遣双面间谍Paz渗透窃取MSF 的新型兵器“ZEKE” ，然而事迹败露，Paz被Snake打倒后落海生死不明。

Snake：让你久等了吗？我：哇嘎嘎嘎！ ！ ！ (失控粉丝)

这次Snake要拯救的人之一：Chico。那Paz又身在何处？

　　当然一个拥有大型兵器与众多佣兵的组织，是不可能见容于其他军事强权的。就在Snake意外接获Paz生还的消息，得知她被美军俘虏至古巴基地 拷问的同时，联合国也表示要查验MSF是否持有核武。由于Paz是唯一知道Zero所在地的关键人物，于是Snake决定趁联合国的“客人”造访MSF 时，只身冒险潜入古巴基地，救出Paz与之前冒进救人反而也被俘虏的少年兵Chico。然而，Snake却不知道他与MSF早已深陷谜样组织“XOF”的 陷阱当中…

XOF首领“Skull Face(骷髅脸)”。他口中的“讨伐海盗去”又是什么意思？

　　《合金装备5：原爆点》承继了系列作的传统，是一款正统的匿踪游戏。玩家越是不被敌军察觉与避免杀人，不但对战局极为有利，任务过关评价也会变 高。 《原爆点》采用了现行匿踪游戏流行的标记系统，只要利用望远镜或一定距离内举枪瞄准，就能标记敌人以便追踪其动向。除此之外，Snake还带了一个就算是 现在的科技也做不出来的情报装置“iDroid”，玩家可以利用它查阅地图、标记目标地点，甚至呼叫直升机等等。而玩家藉由胁迫敌兵而获得的情报也会收录 在iDroid中。

用方向键即可切换武器。初期有麻醉枪、灭音步枪与手榴弹可用。

用望远镜即可标记敌兵。

超不科学的iDroid。可以用A键标记目标地点，游戏画面就会出现箭头指示。

还可以呼叫直升机，降落区的危险度都各不相同。

　　最安全的降落区其实就是Snake任务开始时站的地方。

　　但千万别以为敌兵是好惹的，《原爆点》敌兵的视力与警觉性远远超过系列前作登场的“前辈”。一旦发现任何风吹草动，或是发现同僚倒地、摄影机被 破坏、无线电没人回，他们就会请求总部支援并加强巡逻。除了敌兵，监视器也是很讨人厌的玩意儿，正当你以为自己神不知鬼不觉，头上的监视器就对着你笑，笑 到敌兵增援为止。当然你可以把监视器打坏，不过总部还是会发现有异状，派一两个小兵到“案发现场”巡逻，总之，不管怎么做都有风险。

当敌兵有所警觉时，画面上会出现白色弧光指示敌兵的位置。而且背景音乐也会变。

Snake的天敌：监视器。