编者注：原文首发于知乎专栏《— Gotham Daily — 高谭日报》，新浪游戏获得原文转载授权，如需转载请联系原作者。
#8.3.更新#
阿泰尔与艾吉奥，两位历史上最重要的刺客大师，就这么永远地告别了我们。他们在生命的最后，都依然守护着视为真理的信条。两人的一生，无法用某个词或某句话来简单概括。两人的贡献，也不仅仅是伟大可以形容的。他们留给后世许多许多无价之宝，致力于让每个人意识到关于自由的意义、选择的权利。无论自由会付出多少代价，都是值得追寻的。大部分时间，他们独自抵抗当时世界上最强大恶势力的统治，勇敢无畏，奋不顾身。他们也都经历过迷茫和困惑，最终在苦难与曲折中伤痕累累地成长，达到常人难以企及的境界。
阿泰尔直到在图书馆去世，都把兄弟会放在永远的第一位，誓死保护着危险的伊甸碎片，可谓一生壮烈。而艾吉奥晚年则隐居于世，过着梦寐以求的平凡生活，他经历了仇恨的洗礼，又因为亲眼见到过先行者而大彻大悟。两人虽然晚年经历不同，看起来艾吉奥比阿泰尔更幸福一些。但可以肯定的是，他们都是拥有大智慧的人，是兄弟会历史上两座不可逾越的高峰。
然而，甜不辣和刺客的斗争依旧没有结束。我们也要再次跳跃时间线，为的是以现代剧情部分为本，继续讲述《刺客信条3》的故事。若按照历史进程的话，《刺客信条4：黑旗》本应在前，但是现代部分却不是这种倒叙模式。因此还是按照游戏推出的顺序来写吧。
戴斯蒙的意识回到了自己的身体中，他得知了大神殿的位置，并告诉父亲威廉，只有到那里去，才能阻止2012世界末日。大神殿位于纽约附近，按照朱庇特所说，所有穹顶和密室的信息，最后都汇集到了那里。大神殿里坐落着当初密涅瓦创造的名为“眼睛”的基座，这就是拯救世界的关键。戴斯蒙的父亲，威廉·迈尔斯为现代刺客组织的实际领导者，他立刻带着儿子，瑞贝卡和肖恩前往大神殿所在。四人来到山洞中，被眼前的奇观震撼了。大神殿里充斥着第一文明的遗迹，处处显露出当年他们发达的科技和超乎时代的工艺水平。戴斯蒙和其他人一起启动了一些设备，但基座仍然与他们相隔着一道光门。肖恩认为，必须利用神殿钥匙，启动所有的设备才能接触到基座。因此他们在这里安顿下来，准备再次派呆死萌进入阿尼玛死，利用先祖记忆找到钥匙。他们锁定了呆死萌的另两个祖先——海森·肯威和康纳·肯威父子。两人都接触过神殿钥匙。于是新的意识冒险到来了。
呆死萌坐在了机器上，经过调试之后，一眨眼的工夫，他便来到了英国皇家剧院的门口。一个高大的贵族站在那里，这就是他的祖先——海森·肯威。
海森是爱德华·肯威与第二任妻子特莎·肯威的儿子，出生于1725年的英格兰。他自六岁起就接受爱德华的严酷训练，包括袖剑的使用，跑酷技能等等。但是爱德华并没有告诉海森这些训练的原因和意义，这一直困扰着他。海森的童年几乎没有玩伴，与戴斯蒙一样，过着相当与世隔绝的生活，尽管他们家是贵族。这也令他走上了与其他刺客不同的道路。
戴斯蒙随着阿尼玛死来到的年份是1754年，此时海森29岁，就在皇家剧院的门口。他很有风度的与路人打招呼，得体的言行举止，处处显露出自己绅士的一面。他来到剧院靠后的座位，旁边的则是自己的同伴雷金纳德·波奇。两人用含蓄的方式讨论了一下下一步的行动，海森就趁戏剧开始后，摸黑起身来到上层包间，刺杀了一个叫米科的老头，并夺走了他身上的先行者遗物。
他回到据点，与各位同僚研究了一下这个遗物，发现坐标指向新大陆——北美。现在那里还是大英帝国的殖民地。因此海森准备远航美洲，目的地是波士顿，那里可以寻找到这个神秘的指引，且顺便争取在新大陆上建立分部，壮大组织力量。
海森很快收拾好细软登上了名为“天命号”的大型帆船，船长叫塞缪尔·斯麦斯。海森在船上坚持写着日记，表达了对理想的坚持与向往。旅途的第二天，几名船员对他寻滋挑事，海森与他们打了一架，随后与赛缪尔聊了起来。船长告诉海森，他怀疑船上有人要暴动，希望海森调查一下，否则他的波士顿之旅估计就要葬送大海了。海森于是答应下来。
一个月过去了，海森依旧没有调查出什么，船长也显得很着急。海森加快了调查速度，他询问船员们，最终在一个叫詹姆斯的人那里得到了一些讯息。詹姆斯告诉他，一些船员在甲板上曾讨论过不详的事情。随后海森听到有东西掉水里的声音，跑过去看，发现海中漂浮的是一个被人标记过的木桶。
随后几天，他接连发现有标记的木桶被人扔到海里。他来到船长室，警告赛缪尔这艘船可能被人跟踪了。随后他来到下层甲板，碰到了一个叫路易斯的水手。他告诉海森，自己是扔下木桶的人，并打算杀了他。海森与他击剑数回合，把路易斯杀死了。接着一艘船便开始攻击天命号。海森告诉塞缪尔，唯有逃到暴风雨海域才能脱险。风暴中，天命号全速前进，但桅杆和船帆却陆续断裂，海森冒着恶劣天气，依靠自己的跑酷技巧，在高处修补船帆，解救船员，最终令天命号脱险。
随后，他们即将靠岸，海森站在瞭望台上，享受海风的吹拂，他眺望远方岸上的波士顿，这座年轻的城市笼罩在云雾之中，《刺客信条3》的大标题在天空浮现。
海森登岸后，与接头人查尔斯·李回合。查尔斯向他简要讲述了美国的情况，在游览城市的途中，海森还碰到了本杰明·富兰克林，并帮他找到了一张遗失的书页。随后查尔斯带海森来到了酒馆。在这里，海森见到了另一个同伴威廉·约翰逊，他知道人多力量大，集思广益，才能找到遗迹的位置。因此他决定先招揽力量。
首先他们找来了约翰逊的手下托马斯·西奇，决定先帮约翰逊解决一些麻烦。海森在西奇和查尔斯的协助下，潜入一座英军要塞，那里有约翰逊被偷走的文件。他们成功夺回文件，杀掉了那里的大部分士兵。
然后众人又找到了本杰明·丘奇。正巧丘奇被一伙债主绑架了，海森和查尔斯把他救了出来，吸纳进组织里。接着，他们出发寻找下一个被推荐的人选——约翰·皮特凯恩。此时皮特凯恩在“斗牛犬”爱德华·布雷多克手下做事，此人脾气暴躁，冥顽不化，为当地英国军队的将领。海森带人找到约翰时，正看见他被爱德华训话。海森希望能带走约翰，却被“斗牛犬”将军严词拒绝。合计之后，他与查尔斯把爱德华和巡逻队引到小巷中，杀死了他的士兵，并羞辱爱德华一番，带走了约翰·皮特凯恩。
然后，众人开始筹划袭击英军的南部要塞，因为那里有大量的印第安俘虏，而这些印第安人知道遗迹的位置。几人截下了一辆运输奴隶的马车，乔装成英军士兵，潜入要塞，杀掉了要塞军官塞拉斯。在这场战斗中，海森注意到了一个印第安女人，直觉告诉他这个人可能知道遗迹的位置，并且在部族中可能有一定威望。
六个月后，海森在保留地找到了这名女人，他追逐了对方半天，终于抓住了她。这个女人叫卡涅齐欧，属于莫霍克部族。海森向她求教了关于遗物与遗迹的事情，原来这个先行者的遗物是一把钥匙。卡尼齐欧出于对上次战斗中欠下的人情，向他解释了一些遗迹的事情，但多余的则不愿讲，除非继续帮他们印第安人做些事。
海森在一个山坡上与卡涅齐欧再次回合，女人告诉他，爱德华的军队想要驱赶这里的印第安人，希望海森能阻止他。他们来到酒馆里，与里面爱德华的几名士兵发生了冲突，探查到了爱德华准备在某处与法国士兵开战。
海森为了削弱爱德华的力量，潜进一座要塞，并破坏了两门大炮。随后他偷听到乔治·华盛顿与一名军官的对话，得知爱德华并不像结束法国-印第安战争。海森偷走了营地里的作战计划，准备与卡涅齐欧的族人在阿莱根尼河伏击斗牛犬的军队。
又过了几个月，海森与卡尼齐欧回合，在河边埋伏好，等待爱德华军队的到来。他暗杀了一名英军士兵，并假扮之以接近爱德华。然后他看到斗牛犬杀了一名自己的部下，并遭到了法国军队的进攻。爱德华开始逃跑，海森急忙追了上去。两人开始了一场赛马比赛，最终爱德华被一颗倒下的大树截住，海森正要骑马接近他，乔治·华盛顿突然杀了出来，一枪击毙了海森的坐骑。卡涅齐欧也及时跟上，把华盛顿拉下马制服了。海森徒步追上爱德华·布雷多克，一刀解决了他，并取下他的戒指。
随后他在卡涅齐欧的带领下来到了遗迹——大神殿所在的山洞，那里有一些人类描绘第一文明的壁画，但海森看的似懂非懂。他俩试了试手中的伊甸碎片，发现并不能打开大神殿的门，于是作罢。但是海森与卡尼齐欧互生情愫，在山洞里接吻了。
海森·肯威回到波士顿，在酒馆里召集了约翰逊、本杰明·丘奇，托马斯·西奇与约翰·皮特凯恩，他让查尔斯·李面对着自己，然后掏出从爱德华·布雷多克那里夺来的戒指，开始念誓词：“引领所有躁动的灵魂，直到走上宁静之道。引领所有鼓动的欲望，直到激昂的热血冷却。引领所有浮动的意志，以至化为安稳的沉思。愿认知洞察之父指引我们。”说罢，他把戒指戴在查尔斯·李的手上，大声宣告：“欢迎加入圣殿骑士。”
呆死萌：“卧槽，逗我呢？”
#8.4.更新#
戴斯蒙在震惊中脱离机器，询问威廉为何家族中曾有圣殿骑士的人，威廉也表示不知道，并说先人所选择的道路自有他们的理由，但也难免会误入歧途。然后戴斯蒙向瑞贝卡和肖恩了解工作进展情况，两人认为目前所经历的记忆还不足以找出其他钥匙的位置。随后戴斯蒙看到了朱诺的幻象，他追随幻影，并与朱诺的全息图进行了一次会话。肖恩了解到海森的钥匙最终让他的儿子得到了。于是戴斯蒙再次回到机器。开始了新一段的重历。
卡涅齐欧与海森的爱情一直处于地下阶段，因为他们知道白人和印第安人最终是不可能在一起的。海森开始在殖民地扩大圣殿骑士的势力，他希望借由自己的方式来统治，因此与英军法军等势力处于敌对，并在大方向上支持美国独立。于是，他与卡涅齐欧的会面越来越少。
但是卡涅齐欧怀孕了。1756年，她在部落的关照中生下了一名男婴，并取名拉顿哈给顿。这个男孩懂事之后便表现出对世界的渴望，他非常爱自己的部落，也爱自己的母亲。他有着许多的好友和兄弟，在印第安的世外桃源中逐渐成长，最终成为一个道德感强烈以及怀有英雄主义情结的人。
四岁那年，拉顿哈给顿在外面与小伙伴捉迷藏，却碰到了以查尔斯·李为首的圣殿骑士一伙人，他们在继续寻找先行者的遗迹。拉顿哈给顿不惧这些面露凶煞的成年人，质问他们为什么来到自己的家园，查尔斯于是把他按在树上，威胁说印第安人最终将被驱逐出这片领地。拉顿哈给顿愤怒地质问他的名字，查尔斯·李却觉得这个小孩很有意思，便告诉了他，并让他记住自己，然后将他狠狠扔在一边，导致了拉顿哈给顿的短暂昏迷。随后甜不辣一伙人就走了。
男孩醒来后，预感到会有不详的事情发生，于是飞速向部落奔去，却发现那里已成为一片火海。他焦急地喊着妈妈的名字，穿过受伤的人群和烧毁的帐篷，最终找到了卡涅齐欧。此时自己的母亲已被木梁压倒，无法动弹。拉顿哈给顿奋力搬开了一节木头，却依旧无法拉出妈妈。最后他被族人从大火中拖出，眼睁睁地看着自己的母亲葬身火海。
族人开始重建家园，但痛苦的拉顿哈给顿却永远无法忘记那场大火，与艾吉奥一样，拉顿哈给顿最初也是受仇恨的驱使，发誓要找到查尔斯·李并杀死他。他在部落中继续生活，但族母却不让他离开峡谷。拉顿哈给顿在青少年时期，习得大量的狩猎技巧。他带着最亲密的朋友嘎纳多贡外出打猎，遇到黑熊，独自一人与之对抗，并杀死了它。这些经历磨砺了他的意志，他在13岁的时候便已成为一名出色的猎人，以及掌握了猎人的所有技巧：精湛的射术，敏锐的嗅觉以及无声的脚步。他恪守部族的教导，认为那些被猎杀的动物、被采摘的花果均是大自然的馈赠，并对森林和山川有着很深的敬畏之情。
拉顿哈给顿再一次找到族母，恳求她让自己出山历险，并替妈妈报仇。族母把他领到帐篷中，向他展示了一块伊甸碎片——水晶球。拉顿哈给顿于是看到了朱诺的影像，族母告诉她，之所以不让他们离开峡谷，是因为千百年来莫霍克部族都在听从这位神灵的引导，保护此地的一个秘密。
朱诺带拉顿哈给顿进行了一次精神旅程，他化身为一只鹰，朱诺则变成凤凰，两人在天空中翱翔。朱诺向他讲述了使命，告诉拉顿哈给顿，先行者已经等了他一千年，他是最后一块拼图，可指引那个人打开大门，他比自己所认为的更加重要，这令拉顿哈给顿听着莫名其妙。然后朱诺向他告诉了部族的未来——毁灭，这是任何人都逃不掉的命运，而美洲大陆目前正有秘密势力集结，这将导致世界末日的提前到来。最后，她向拉顿哈给顿展示了刺客徽记，并让他寻找带有这种徽记的人，以寻求帮助。
拉顿哈给顿醒来后，发现自己躺在河边。他犹如大梦初醒一般，凭借记忆在地上画下了刺客徽记。族母来到他的身边，问他在哪里看到的这个标志，他说是神告诉他的。于是族母明白了他的使命，并准许他离开部族。
拉顿哈给顿简单收拾了行囊，便启程向未知的世界进发。在开拓地，他遇到了形形色色的白人。按照族母的指示，康纳的旅行目标是开拓地东边的达文波特庄园，那里曾有这种标记。他经过几天的风餐露宿，最终来到庄园。拉顿哈给顿礼貌地敲门，迎接的是一位拄着拐的黑人老头，带着礼貌，身穿破旧但体面的服装。老人很快展示出了顽固的一面，拒绝了印第安小伙子拜师的请求。无奈，拉顿哈给顿只得在庄园的马厩中凑合一晚。
第二天一早，他再次敲门，得到了依旧是严厉的拒绝。拉顿哈给顿也是个急脾气，在他学习打猎的时光中，免不了要对着树爬上爬下，再加上天赋异禀，因此练就了高超的跑酷技巧。于是他爬到黑人老头别墅的二楼，准备伺机进入，却被老头发现，年迈的黑人用拐杖轻松制服了拉顿哈给顿，并警告他远离此地，否则下次见到就杀了他。拉顿哈给顿的倔脾气也上来了，告诉老头，如果他不接纳自己，自己就不会走。说罢回到马厩准备继续凑合一晚。
当晚，天降大雨，一伙匪徒闯入庄园，他们没有注意到马厩里的印第安人，但拉顿哈给顿注意到了他们。小伙子噔地起身，瞬间用自己携带的印第安战斧干掉了三名匪徒。当埋伏在身后的匪徒头目准备偷袭拉顿哈给顿时，黑人老者无声地出现，用匕首暗杀了他。
他终于允许拉顿哈给顿进入别墅，前提是埋了这些恶棍。随后印第安人来到老人的屋内，却一屁股把椅子坐碎了——从此以后我们的主角再也没有正身做过椅子，都是把椅背放在前面倒坐。老人自我介绍，名叫阿基里斯·达文波特，是一名刺客——失去了组织的刺客。美国这片土地上的兄弟会，在还没有形成气候的时候就被海森扼杀在摇篮中了。阿基里斯随后展示了自己的刺客徽记，并向拉顿哈给顿详细讲了刺客组织和圣殿骑士斗争的历史，这花了他们一宿的时间。然后黑人老者带着拉顿哈给顿来到地下室，给他看了甜不辣六人组的画像，由于拉顿哈给顿自小便从母亲口中听说过父亲的事情，因此认出了其中一人——海森·肯威——就是自己的父亲。
阿基里斯正式收留了拉顿哈给顿，并给他起了一个白人名字——康纳——因为这货的印第安名太难念了，同时也是为了让他更好地融入殖民地的生活。在地下室中，阿基里斯还存有多年未穿的刺客战服以及一双袖剑。康纳开始接受阿基里斯的训练，并在生活中逐渐把他当成父亲看待，虽然这个黑人老头有些顽固，不近人情。
1770年，阿基里斯带着康纳来到波士顿。对于从没有看见过大城市的人来说，一切都很新奇，有种老乡进城的感觉——即使当年的波士顿还比较破败萧条。阿基里斯教康纳去商店里买东西，出来的时候却看到大街一片骚乱。原来人们正抗议英国人的严酷统治，要求他们滚回欧洲。英军则荷枪实弹，严阵以待。局势相当紧张，康纳和阿基里斯却发现了海森·肯威的身影。由于阿基里斯担心这位甜不辣会挑起事端，因此派康纳去探查海森与同伙在策划些什么。
康纳很想潜入到父亲身边，毕竟打出生后就没见过。但他还是按照阿基里斯的命令，跟踪另一个人来到屋顶，并阻止他朝人群中开枪。但没料到的是，对面屋顶的查尔斯·李还是开了枪，街上顿时大乱，英军开始朝人群射击，这便是波士顿大屠杀。然后，海森发现了屋顶的康纳，并告诉军队是他开的枪，士兵们开始追击康纳。灵敏的印第安人则很快摆脱了追捕。
他找不见阿基里斯了，却碰到了一个叫萨缪尔·亚当斯的人。萨缪尔帮助康纳撕掉街上的通缉令，并利用印刷厂，洗清了他的嫌疑。康纳告谢后，回到达文波特庄园。在别墅中，他质问阿基里斯为什么丢下自己不管，阿基里斯则说，今天的经历胜过所有的训练，为了表彰康纳的，他终于把袖剑送给了年轻人。这把改良过的袖剑，可以让剑刃出鞘后改变方向，当作匕首使用，令其威力和灵活性倍增。
在两人讨论美国今后的民主与政治时，别墅外面一个胖子猛敲窗户，原来是自己的同伴落水了。康纳急忙追出去，从奔腾的河流中救下了瘦子。两人本是伐木工，因为城里课税繁重，因此来到乡下准备寻觅一片地建造伐木场，康纳让他们在达文波特安家，并允许他们在这里开展自己的生意。于是，越来越多的人来这里定居，旷工、神父、女猎人等等。破败的庄园慢慢恢复了生机，变成了一个自给自足的小型社区。康纳还在这里开辟了贸易线路，让这些生产者的产品和原料通过商队销往城市，使他们富足起来(似乎每一代刺客都有很强的经商头脑)，同时还帮助抵御一些士兵的骚扰。随后的几年中，社区发展越来越成熟，其中旷工还和女猎人恋爱了，并在神父的主持下结为连理。庄园里的各种支线剧情在游戏中是相当温馨的存在。老顽固阿基里斯也受到感染，性格不再那么阴郁。
同时，康纳在庄园已经废弃的码头边看到了一艘年久失修的老船，他见到了老胖的罗伯特·福克纳，此人正是这艘船——天鹰号当年的大副。如今的罗伯特终日酗酒，早已没有了航海的热情。康纳于是筹措资金，修好了船只，并让福特纳重新振作起来。两人重新召集了一批船员，并时不时在加勒比海域航行。
1773年，康纳和罗伯特为天鹰号装上火炮，并再次出海。他们来到另一个城市的码头，探听到了一些圣殿骑士的消息。在返航的途中，还消灭了一队掠夺船。回到达文波特庄园后，康纳遭到了阿基里斯的严厉批评，因为出海多天却未告知师父。康纳顶了下嘴，但仍然被阿基里斯教训了一番。即便如此，当天晚上阿基里斯还是把刺客制服送给了康纳，他表示按照传统，入会应该有个严肃的仪式的，但这里的刺客组织就剩他们俩人了，而看起来他俩也都不是搞仪式的料，于是作罢。康纳在灯光昏暗的地下室简单穿上衣服，就算正式成为刺客组织的一员了。
此时美国已经进入革命酝酿期。一天，嘎纳多贡来到达文波特庄园，告诉康纳他们的家乡即将被一个叫威廉·约翰逊的人占领驱逐。康纳听后相当愤怒，立刻准备出发去杀掉这位甜不辣。
阿基里斯奉劝康纳谨慎行事，但遭到了康纳严厉的反驳。他视保护族人比生命还重要，于是把嘎纳多贡的战斧砍进别墅门口的柱子上，声称到危机解除后他才会拔下。阿基里斯显得非常不高兴，摇着头回屋了。
康纳首先去拜访了萨缪尔·亚当斯，这位进步人士保证会协助康纳，但首先要削弱茶叶的倾销。他们找到一个叫史蒂芬·夏菲尔的人，帮他击退了徵税官。史蒂芬不久后受康纳指使开始在波士顿各处发动人民对亲英分子的暴乱。几天后，康纳找到了运输茶叶的监工，并派史蒂芬刺杀了他。亚当斯找到他们，希望他们能协助把船只刚刚运送过来的茶叶都倾倒进水里，康纳同意了。
波士顿倾茶事件开始后，康纳保护自由之子不被英军杀害，并向众人展示了自己把最后一箱茶叶扔进河中。这一切都被不远处的威廉·约翰逊看在眼里。随后，康纳开始帮助殖民地的百姓脱离甜不辣和英国的不公平待遇，期间还招募了一些刺客学徒，史蒂芬也成为了刺客学徒之一。
#8.6.更新#
波士顿倾茶事件激起了英国统治者的怒火，议会很快通过了“强制法令”，并下令封闭波士顿港口。殖民地的百姓与当局的矛盾日益尖锐。
半年后的1774年中旬，康纳·肯威跟随嘎纳多贡来到约翰逊山。威廉·约翰逊把当地印第安原住民半强制地召集在一起，勒令他们搬出土地。约翰逊软硬兼施，但原住民确认为他的所有话都是谎言。当约翰逊正要付诸武力的时候，康纳从屋顶跳下杀死了他。临终前，约翰逊说他并不是想要占领这些土地，而是真的要保护原住民的安全与和平。
呆死萌从机器中醒了过来，父亲告诉他不得不中断阿尼玛死的程序，因为大神殿里的能量源供应有限，需要寻找更多的能量源。呆死萌于是出了一次任务——以真正的刺客身份。他来到曼哈顿，在摩天大楼间攀上爬下，最后利用降落伞抵达了能量源所在的建筑，却意外碰到了一个叫丹尼尔·克洛斯的人。他与呆死萌一番搏斗之后，终因武艺不精而败下阵来，被打昏。戴斯蒙拿走了能量源。
丹尼尔·克洛斯虽几乎没在几部游戏中露过面，但真正的粉丝都很熟悉他。此人贯穿于三部衍生系列之中：网络社区项目《起始》，漫画《陨落》及《锁链》。所以已经是一个被塑造的相当丰满的角色。丹尼尔是俄国著名刺客大师尼古拉·奥列洛夫的后代，生于1974年。他在小时候便被阿布斯泰戈绑架并做了实验，即“4号实验体”。在试验中，他产生了出血效应，因此继承了一些刺客技能。最终，阿布斯泰戈把他扔在了大街上。一对好心的夫妇收留了他，但丹尼尔因为幼小过早接触了阿尼玛死，常常会引起幻觉。许多幻觉都是在重演他的祖先——尼古拉的记忆。他无法理解这些事情，渐渐变得精神紊乱，最终成为一名罪犯，并染上了毒品和酒精。这也因此导致他的女友凯莉的死亡。丹尼尔被关进监狱，法院要求他按时服药，以减少幻觉。
1998年，丹尼尔离开精神病院，他从未按时服药过。他把药瓶都扔掉之后，来到一间酒吧并酩酊大醉。他试图挑逗几名姑娘未果，随后来到厕所狂吐。在从酒吧后门出去时，一名男人拦住了他，并询问他的身体是否有事。丹尼尔此时幻觉再起，看到尼古拉在暗杀沙皇亚历山大三世，因而他把眼前的男人当成了圣殿骑士。在他即将刺死男人时，女刺客汉娜·米勒及时现身阻止。她把丹尼尔拖进车里，并告诉他他是一名刺客。
第二天，汉娜把丹尼尔带到费城的一个刺客据点，这里的总管是保罗·贝拉米，一名外表文质彬彬的黑人。保罗告诉丹尼尔，他们查不到他的任何资料，也从没在任何刺客据点听闻过他。丹尼尔则表示自己完全不知道刺客和甜不辣都是什么东西，但却发现自己身上的刺青正是兄弟会的标志。
幻觉又来了，丹尼尔看到尼古拉正在经历通古斯大爆炸。他于是试图离开，但被几名刺客拦住去路。丹尼尔击倒这些刺客，却被保罗的袖剑抵住了咽喉。他只得被关在一个屋子里。夜晚，汉娜听到丹尼尔在屋子里砸东西，于是过去询问，得知他已经陷入极度的绝望中。汉娜劝说他不要再封闭脑子里的东西，应该把它们全都释放出来。
丹尼尔在屋子的窗户上借着雾气画出权杖的样子，但他自己也不知道这是什么东西。保罗因为之前的骚动事件，于是派人去查通古斯到底是怎么回事，很快便从威廉·迈尔斯处得知1908年丹尼尔的曾祖父尼古拉曾经历过那次事件。丹尼尔听到尼古拉的名字后，幻觉达到高潮，他看到了伊甸碎片、先行者、特斯拉以及自己的出生，还有零碎的阿布斯泰戈实验。随后便晕倒了。
汉娜把他的身体治好后，丹尼尔认为自己必须要找到刺客导师解决问题。他花了两年的时间，最终来到位于迪拜兄弟会总部的导师面前。导师表示一直在跟踪他的动向，也知道他产生幻觉的事情。他把袖剑给了丹尼尔，并向他讲述了刺客组织和圣殿骑士的历史，表示现在兄弟会的行事作风已经改变，对敌人会更加冷酷无情，为了理想会更加不惜代价，而他将会成为自己的接班人。
丹尼尔拿到袖剑后，马上装在手上。他的大脑不知为何，有一种强烈的想使用武器的欲望。原来阿布斯泰戈当年不仅仅对他做了实验，还改造了他——利用伊甸苹果，在他脑中植入了一个思想开关。当丹尼尔见到刺客导师时，这个开关被打开了，他马上利用自己的袖剑，刺死了面前的导师。他感到无比悔恨，但之前却无法控制住自己的身体。丹尼尔跳窗逃脱，只得逃向阿布斯泰戈。
回到阿布斯泰戈之后，他要求进入阿尼玛死。丹尼尔用机器重历了曾祖父尼古拉和祖父因诺肯季的记忆，这也让他终于不再受幻觉的困扰。随后，在一次药物注射中，丹尼尔变得无意识，并说出了两年间他所拜访过的所有刺客据点和秘密藏身处的地址，于是甜不辣全力出击，导致刺客组织几乎覆灭。这些事情，都是在千禧年发生的。
丹尼尔从阿布斯泰戈的宋医生那里偷走要是卡，来到机器中心，那里躺着许多被俘虏过来的刺客成员，其中便包括保罗·贝拉米。他找到一部没人用的机器，再次徜徉进记忆之海。重历对他来讲，渐渐成为一种依赖。在这一次的重历中，他感受到了尼古拉为了训练因诺肯季而表现出的冷酷无情，醒来后便撕掉了自己祖先的照片。
随后他正式加入了圣殿骑士，他认为刺客组织的理念对人类文明的发展只会起到阻碍作用，而他们的作风也是简单粗暴，毫无人性。然后，丹尼尔在一次莫斯科的任务中，得知了戴斯蒙的存在。在加入圣殿骑士之后，经过治疗，他的幻觉越来越少，但是脾气暴躁，性格冷酷，情绪相当不稳定。
经过几年出色的表现，丹尼尔进入到圣殿骑士内殿团，并成为圣殿大师。2011年，他带领人马突袭了一处残存的刺客据点，等在那里的是汉娜·米勒。这位对丹尼尔有好感的女孩劝说他回到刺客组织，不要与这些人狼狈为奸。但丹尼尔二话不说便残忍地杀死了她。
他与露西之间也保持着联络，然后他就开始负责追杀戴斯蒙的任务。2012年10月，他得知露西被杀死之后，非常担心计划会失败，加紧了对戴斯蒙的调查。于是两人的第一次交锋出现在了曼哈顿。
书归正传。戴斯蒙拿到能量源之后，回到了康纳的年代。1775年，一名信使来到达文波特庄园，希望康纳帮助一个叫保罗·列维尔的人，康纳委婉的拒绝了，因为这跟保护自己的部落没什么关系，而且他很反感美国的革命者把他当成自己的一员。阿基里斯劝导：“那难道不是你战斗的原因吗？保护你的族人？你的挣扎就是殖民地的挣扎。帮了一样就是帮了另一样。”然后信使提到了圣殿骑士约翰·皮特凯恩的名字，于是康纳改变了主意。
康纳找到了列维尔，却失望地发现皮特凯恩不在场。列维尔请求康纳与他一起骑马警告莱克星顿和康科德的居民，提防英军的到来。4月19日，莱克星顿爆发枪声，独立战争打响了。康纳也一同参战，并指挥着一小支民兵部队。在战场上，他发现了皮特凯恩的身影，但依旧坚守阵地。战役结束后两个月，乔治·华盛顿被推举为大陆军总司令，在就职仪式上，康纳意外地看到了查尔斯·李(再次提醒，圣殿骑士也是站在大陆军这一边)，愤怒的他想就地报仇，却被萨缪尔阻止了。随后康纳与华盛顿见面，他觉得面前的人能给这片大陆带来正义与自由。
在邦克山，普南特正与皮特凯恩的军队对抗。康纳赶到了这里，从树上跳下刺杀了皮特凯恩。皮特凯恩的遗言与约翰逊一样，把自己的所作所为正义化。康纳从他身上找出了一封信，信里提及了一场针对华盛顿的阴谋。
1776年，康纳持续调查这场阴谋，得到了一位兄弟会盟友的帮助，他找到了一个假币制造者托马斯·希基，并认为他是准备刺杀华盛顿的人。但他们不知道的是，康纳的父亲海森才是幕后的指使者。由于约翰逊和皮特凯恩相继死亡，查尔斯·李也因华盛顿而被大陆军免职，海森才出此奸策。
康纳来到托马斯的假币工作室，亮出了袖剑，托马斯感到非常惊讶，他认为刺客组织已经都被杀光了。随后两人在街上公开搏斗，却被赶来的卫兵双双抓进监狱。在狱中康纳再次见到查尔斯·李，并且也看到了自己的父亲，虽然只是惊鸿一瞥。查尔斯把托马斯转移到了另一个牢房中，在那里海森训斥了托马斯的无能。
康纳偷听到了一个牢房中一名叫梅森的犯人的对话，得知他也是华盛顿的支持者，并且在偷偷制造一把能越狱的钥匙，但钥匙被别人偷走了。康纳经过一番周折，夺回了钥匙，梅森却告诉他自己造的钥匙其实打不开门，只是为了能掉包典狱长的真钥匙。于是康纳引发一场斗殴，把自己关在地牢中，从而换得了典狱长的真钥匙。他开始越狱，并来到托马斯·希基的房间希望杀掉他，但房间里却只躺着典狱长的尸体，而查尔斯·李则带着人马出现在门口。士兵们拿枪指着康纳，告诉他将以试图谋害华盛顿的罪名起诉并判决。被逼急了的康纳试图直接冲向查尔斯，却被士兵们摁在墙上。而查尔斯也发现他就是多年前那个印第安小孩，感到相当惊讶并发笑起来。随后康纳被重新押往大牢。
第二天起来，他被带到行刑场准备处决。而阿基里斯则找到刺客学徒率先埋伏在此。在绞刑台上，托马斯·希基却作为受害人，与华盛顿和查尔斯·李一同在台下观看。康纳被押解上去，当地板打开，他被吊起时，一柄飞刀精准地隔断绳索，康纳摔倒在地上，但随即挣脱起身，接过阿基里斯的战斧，奔向华盛顿——托马斯正要冲过去刺杀他。他最终抢先一步，在华盛顿面前结果了托马斯。
康纳被一群士兵包围住，普南特及时赶到，并命令士兵们放下枪，康纳才是真正阻止暗杀华盛顿的英雄。康纳随后询问普南特华盛顿去哪了，得知司令正前往费城。
他与阿基里斯来到费城，并建议把刺客组织和圣殿骑士的渊源全部告诉华盛顿，好让他知道自己在对抗着什么。但阿基里斯并不同意这么做，他认为这只会给华盛顿带来困扰。然后，康纳参与签署了《独立宣言》，宣告殖民地脱离了英国的统治。但他依旧没有见到华盛顿。
戴斯蒙再次醒来，能量又不够用了。威廉一行人经过追踪，发现另一块能量源在巴西圣保罗，属于那里的一个贵妇人。于是戴斯蒙来到圣保罗体育馆，在他锁定了女人的位置后，又与丹尼斯碰面了。丹尼斯射杀了女人和其丈夫，然后拿着能量源逃跑。戴斯蒙追上了他，把他痛殴一顿，随即带着能量源回到大神殿。
继续重历。1777年的冬天，康纳与阿基里斯的分歧越来越严重。康纳只想一心保护族人，并为了正义和自由而战，他保守着自己的仁慈，但对理想决不妥协。而这种理念指导他的每一次行动都很急躁，直接。阿基里斯多次警告康纳不要如此鲁莽和固执，并试图让他认识到保护部落的方式应该是保护整个殖民地，而非撇清自己与战争的关系。同时阿基里斯也意识到，印第安部落迟早还是要被赶出去的，康纳应该为了更大的理想去奋斗，这样才更有几率保护住自己部落的完整。
一天，福克纳告诉康纳，最近海域上经常有商船被袭击的事件。他们开始驾驶天鹰号调查，并在葡萄庄园岛附近遇到阿曼达·贝利。阿曼达告诉二人，罪魁祸首是伦道夫号，这艘船的主人是大陆军海军指挥官尼古拉斯·毕德尔。在一次保护法国贝拉多娜号的任务中，本应护航的伦道夫号却偷偷逃脱，于是康纳驾驶天鹰号赶来。不久后英军的船只开始攻击贝拉多娜，康纳和福克纳则成功保护住了船只。他们俘虏了一名船长，船长告诉他们，袭击贝拉多娜的并非英军，这些船包括毕德尔，都是圣殿骑士的人。康纳决定开始追查逃跑的毕德尔。
海上事件告一段落后，康纳碰到了一位从新奥尔良来的非洲裔刺客——艾芙琳。这位女侠准备对付当地的圣殿大师戴维森，并请求康纳的帮助。康纳在纽约郊区发现了戴维森，并协同艾芙琳一起杀了他。由于艾芙琳最近复杂的经历，他开始质疑刺客组织的行事方式是否真正正确，值不值得为组织奋斗终生。康纳没有直接回答她，而是说“我相信我的双手。”
1778年，天鹰号锁定了伦道夫号的位置。康纳乘胜追击，却陷入毕德尔的圈套中。即便如此，天赋异禀的印第安人依旧成功击沉了埋伏的船只，并瘫痪了伦道夫号。康纳带领水手们登船开杀，自己则径直冲向毕德尔。毕德尔宣称康纳把他当成敌人是非常愚蠢的，并要求康纳能让他与伦道夫号一同沉入海底而非一刀了结。康纳同意了，毕德尔葬身大海，福克纳则非常惋惜，因为他相当喜爱庞大且装备齐全的伦道夫号。
#8.10.更新#
虽然康纳已经杀死了不少甜不辣，但华盛顿的生命依然受到威胁。圣殿骑士想剽窃独立战争果实的计划依旧行进着。在一次与阿基里斯的讨论中，康纳和他的意见又产生了冲突。阿基里斯劝告康纳要小心行事，遵循信条，遵循兄弟会的三原则：不伤及无辜，隐秘谨慎，以及不危及组织。但康纳则执意要把一切的阴谋都告诉华盛顿，以便他们一起想出对策，并表示几个世纪前的信条有一部分已经不适用于现在了。鲁莽的康纳不听师父的劝告，骑上马奔向华盛顿的营地。此时已是入冬。
康纳找到华盛顿，后者则苦恼自己的一批军需品被偷了。大陆军司令怀疑此事是一名叫本杰明·丘奇的叛徒所为。与此同时，海森·肯威也在追捕本杰明·丘奇，作为最初的甜不辣六人组成员，丘奇已经背叛了组织。经线报，海森得知本杰明可能藏在开拓地的一处废弃教堂里，于是拍马赶到，他发现此地空空如也，遂隐藏起自己。结果等来的却是自己的儿子康纳。这是海森与康纳的第一次见面。起初海森跳下房梁，用匕首抵住康纳的脖子，发现是自己的儿子后，便断了杀念。但他与儿子进行了一番激烈的争吵，康纳认为海森与英国是一丘之貉，但海森极力反驳，向康纳解释自己并非红衫军和他们白痴国王的盟友，并用略显无奈的口气告诉康纳，圣殿骑士追求的东西与他们刺客其实是一样的：自由，正义，独立。康纳大声质问，那为何约翰逊、皮特凯恩和希基要干那些坏事。海森辩解道，约翰逊占领土地是为了保护，皮特凯恩是为了促成外交，而托马斯·希基想刺杀华盛顿，只因华盛顿是个无能的领导，他所指挥的战役场场皆败。两人虽在理念上依旧有着巨大分歧，但康纳和自己的父亲还是结成了短暂而脆弱的同盟，只因为他们的目标都是本杰明·丘奇。
两人从教堂出来，继续在雪地中寻找线索，以便查出丘奇的位置。但他们抓获了一个看起来鬼鬼祟祟的雇佣兵，父子俩很快审问了他一番，然后海森冷酷地掏枪击毙了他，这令康纳感到极度不悦。后来两人来到了一处营地，海森命令康纳前去窃听消息，康纳虽不乐意，但还是服从了。在他专心潜行时，海瑟却故意暴露自己的位置，招致士兵们的攻击，因为他知道自己的儿子就在附近。果然，康纳及时出现救了他。海森却撇下康纳，独自回到纽约安排其他的计划。
一个月后，父子俩追查到一间酒厂仓库，那里由大陆军守卫。海森建议利用自己的威望直接进去，但康纳不同意，他表示要进一起进，要么不进。海森只得把他打扮成一名雇佣兵，在通过关卡时，他却明确告诉守卫这是自己的儿子。在追查的过程中，海森询问起卡涅齐欧的近况，因为自打她怀孕之后，便断绝了与海森的联系。康纳说自己的母亲已于多年前死于圣殿骑士的大火。海森相当震惊，并表示自己从未下过这种命令。康纳不加理会，明确告诉自己的父亲无法宽恕他。他们在尴尬的气氛中进入仓库内部，却发现这是一个圈套，两人很快被大量被策反的雇佣兵包围住。父子俩——一个刺客一个圣殿骑士，相当默契地合力干掉了伏兵，并从一人口中得知丘奇已带着补给品乘船离开。
于是康纳带着自己的父亲登上天鹰号，准备追捕丘奇的欢迎号。海森对海上旅行相当不适应，因为想起了从英国来到美国的那段日子。康纳驾驶船只，最终找到了欢迎号，并用链弹攻击，致使丘奇的船只瘫痪。这时海森突然抢过来舵盘，驾驶天鹰号直接撞了过去。两船的人开始肉搏，海森则径直奔向船长室，殴打丘奇。康纳随后赶到，阻止了海森的拳头，并严厉审问俘虏。丘奇临死前，承认补给品藏在了附近的岛上，而自己所做的一切也是为了正义，自己的背叛不是没理由的，因为英国也感受到了美国的背叛。康纳用袖剑了结了他的生命。
同盟关系暂告一段落，海森与康纳分道扬镳，向着各自的道路继续前进。康纳回到达文波特庄园，告诉阿基里斯，他觉得刺客和圣殿是有希望结盟的，因为他们所追求的东西是一样的。阿基里斯则说，只要海森还领导着甜不辣，刺客的目标便不可能实现。
但是康纳再次把师父的话当耳旁风。他来到纽约找到父亲，此时海森正与同伙探讨英军的下一步计划。康纳认为只不过是追捕几名英军军官而已。他和海森在纽约大火的废墟中抓到了三人，并带回去审问。每审问完一人，海森便杀掉之。这再次让康纳极度反感，他们得到情报后，海森建议去告诉查尔斯·李，康纳显然不同意，执意要去告诉华盛顿。
来到华盛顿的营地并见到他后，海森趁康纳与华盛顿谈话间隙，溜到桌子边拿起一封信大声朗读起来。信中内容提及华盛顿刚刚下令焚毁了一处印第安村庄，而这个村庄正是康纳的家乡，理由则印第安人在帮助英军。康纳怒不可遏，指着华盛顿的鼻子大骂起来，并质问几年前的那场大火是否亦他所为，华盛顿承认了。于是康纳断绝了与华盛顿的联系。在一旁幸灾乐祸的海森则提议康纳与他一起去找查尔斯·李，但康纳也拒绝了他，并告诉他自己的行事作风与他不同，不会乱杀俘虏，以及海森一直在隐瞒真相，直到情况对自己有利时才公布。他离开了海森和华盛顿，赶往自己的部落。
沿途杀掉几名信使后，康纳回到村庄，欣慰地发现村庄还没被烧毁，但族母告诉他，查尔斯·李已经鼓动了几名族人去袭击大陆军。康纳知道不妙，如若此做的话，大陆军就有理由把印第安人赶尽杀绝了。
他马上奔进丛林，无害地撂倒了几名族人。当他来到最后一人的身后准备击晕他时，那人却突然转身并扔过来一把飞刀。康纳发现他是昔日最要好的玩伴嘎纳多贡。对方愤怒地职责康纳为叛徒，为华盛顿效力，成了摧毁家乡的刽子手的帮凶和走狗。康纳则辩解道查尔斯·李在撒谎，但嘎纳多贡不想听解释，开始袭击康纳，每招都朝着要害部位攻去。康纳与之一番搏斗，不得已杀掉了自己的好友。
康纳即悲痛又愤怒，于是开始追杀查尔斯·李。他来到蒙茅斯，发现这里战事激烈，由拉斐特领导的大陆军被英军包围，正在酣战，起因则是查尔斯·李的一句制造混乱的命令。康纳帮助拉斐特的军队杀出了一条血路，与华盛顿的主力部队成功汇合。他出于正义，还是大声告诉司令查尔斯·李已经背叛了大陆军，华盛顿表示会好好调查，康纳则愤怒地反驳道调查的时间早已没有了，并表示如果华盛顿不杀他，自己就会亲手砍下他的头。
戴斯蒙醒了过来，得知肖恩发现了第三个能量源，并被告知父亲威廉这回代替自己去埃及开罗出任务去了，因为时间紧迫，戴斯蒙还是在阿尼玛死中抓紧体验为好。于是戴斯蒙怀着忐忑不安的心情再次钻进机器中。
一晃两年过去了，1780年，独立战争进行的如火如荼。华盛顿再次求助康纳，希望他能阻止一名将要刺杀阿诺德将军的间谍，康纳答应了他，但随后明确表示华盛顿以后不要再求助于他了。康纳来到西点堡垒，找到了一个行踪可疑的探子并杀掉了他，随后告诉了阿诺德将军关于他的阴谋，阿诺德感谢康纳的帮助，并希望刺客能帮忙把火药分发给军队，以备即将到来的大战。康纳分发火药的时候，发现阿诺德与一名副官在角落里窃窃私语，于是上前偷听，结果得知阿诺德自己就是一名间谍，而那个副官则是红衫军少校安德烈，在这里当卧底。阿诺德让安德烈去给英军送信，信中内容是如果他把西点堡垒拱手相让给英军，自己则可以得到两万英镑。康纳跟踪安德烈，看着对方换上了英军服装，却被两名大陆军士兵拦住，安德烈正想办法绕过去时，康娜现身，命令两名士兵搜他的身，信被搜了出来，安德烈被捕。康纳拿着信回去与阿诺德对峙，阿诺德支支吾吾。此时英军突然开始进攻，阿诺德趁机逃跑。康纳帮助守军抵御了英军的进攻。华盛顿前来感谢康纳，并对自己的手下成为叛徒而感到遗憾，康纳则指责这些都是他种下的后果。他们只能眼睁睁的看着阿诺德乘船逃跑。
1781年，阿基里斯的身体状况变得非常糟糕。他在病榻上询问康纳战争的进展，康纳告诉他，殖民地人民的斗争节节胜利，这片大陆最终很有可能摆脱英国的统治，走向独立。阿基里斯则告诉他，虽然康纳依旧有着联合刺客与甜不辣的想法，但海森和查尔斯·李都必须死。康纳知道，自从加入兄弟会起，早晚都会有这一天的到来——弑父。哪怕不是为了兄弟会和殖民地，也是为了遭受过圣殿骑士迫害的那些无辜者。
随后，大陆军的一名少将拉法叶特前来拜访庄园。康纳与之交谈，建议拉法叶特的法国同盟军可以伪装成英军，以便为康纳进入乔治堡作掩护，然后他就可以趁乱杀死查尔斯·李。拉法叶特同意了这个方案。但要求康纳帮助他们的海军。
康纳动身前，按照阿基里斯的要求，去纽约的废墟里找一幅画。他找到了画作之后带回庄园，阿基里斯则让他把画储藏起来，连外面的包纸都没拆掉，表示等时机到了再说。此时这位黑人老者已气若游丝。
康纳让庄园的劳动者们照顾好阿基里斯，自己动身前去帮助法国舰队。他依靠出色的船技和谋略，力挽狂澜，用天鹰号击沉了英军舰队。拉法叶特按照康纳的指令，升起大英国旗，以便轻松靠近乔治堡。康纳则通过地道潜入乔治堡，点燃信号。法国舰队开始全力炮击，但康纳在轰炸中不幸受伤。趁英军大乱之际，康纳带伤寻找查尔斯·李，却碰到了自己的父亲海森。海森开始痛下杀招，康纳与之周旋搏斗。最后老辣的海森还是占了上风，扼住康纳的脖子准备掐死他，口中则不断责备儿子不听劝，非要追寻刺客兄弟会那毫无意义的目标，以及刺客所追寻的那种自由只能带给世界混乱。康纳奄奄一息之际，奋力弹出袖剑，捅进了海森的腹部。
临死前，海森微笑着表示为康纳感到骄傲，并希望他能继续奋斗下去。但作为一名父亲，海森后悔当初因为感情因素，没有在教堂杀掉自己的儿子。
康纳带着巨大的痛苦杀死了自己的父亲，随后为了以示决心，把发型换成了莫西干头，并在脸部涂上了莫霍克部族的战妆。在与查尔斯·李的大决战之前，他返回达文波特庄园，想再看一眼阿基里斯，却发现自己的师父已经在椅子上去世了。康纳陷入深深地悲伤中，他发现阿基里斯手中的遗书：
“康纳，如果你读到这封信，代表我没能如愿向你道别，因为总是找不到适当的时机。我将这片土地的所有资产留给你，我知道你已经了解这个庄园的特殊意义。因为当国家建成后，这个社区将成为人民最佳的范本。但当这里变得更大更强，想捍卫它就会变得更苦更难。希望你那些催生这个年轻村庄的朋友们能懂这道理。你那永不动摇的坚毅和诚实，让你比任何人都肩负着更重的责任。但你绝对比任何人都有才能，你给了一个老头子希望。我很感谢你，请让我长眠在那能俯瞰水源的山丘上，世上没有其他地方比那更好了。我很高兴能遇见你，也确信你能带领这片土地和人民迈向更美好的未来。你永远的朋友，阿基里斯。”
康纳把之前从纽约找回来的画挂在墙上，那是阿基里斯一家人的画像。然后他与庄园里的伙伴们为阿基里斯举办了葬礼，他独自一人在滂沱大雨中埋葬了师父的灵柩，与老头子的家人埋在一起，在那能俯瞰水源的山丘上。阿基里斯的妻子和儿子，当初便是被圣殿骑士杀害的。现在，康纳希望他们一家人能在另一个世界相聚。他望向阿基里斯旁边的坟墓，那里是师父亲生子的墓碑，上面刻着名字则是康纳·达文波特……当神父带领大家念完悼词，人群怀着悲痛的心情散去之后，康纳在阿基里斯的墓碑前献上了一片象征自由的羽毛。庄园的人民此后追忆阿基里斯·达文波特为“山中的老人”。
1782年，在海森·肯威的葬礼上，康纳追捕到了查尔斯·李。他与查尔斯当面对质，在战争中受了伤的查尔斯对海森的死异常愤怒，并告诉康纳，自己不会杀了他，这样他才能活着看到自己把他心爱的一切全部摧毁。他下令士兵围住康纳，然后离开了。
康纳解决掉敌人后，来到波士顿，继续追杀查尔斯。他在码头发现了目标，随即追到了一个尚未建好的船只中，查尔斯与康纳搏斗时，船只失火，造成崩塌，康纳受到了不少伤，查尔斯则逃过一劫，他看着躺在地上的印第安人，问他为何在经历了这么多的抛弃和苦难后，依旧独自奋战。康纳回答道因为再没有其他人会这么做了，并开枪击中查尔斯腹部。查尔斯再次逃跑。康纳稍稍恢复之后，带伤来到蒙茅斯，并在酒馆中见到了奄奄一息的查尔斯。查尔斯正喝着酒，身体却血流不止。他看康纳进来后，把酒瓶递给他。康纳接过来喝了一口，然后两人安静地望着酒馆里的客人们。
过了一会儿，查尔斯向康纳点点头，淡定地等待生命的最后一刻。康纳弹出袖剑，结束了他的生命。然后，他把查尔斯的尸体摆好，看起来就像醉酒的客人一样，他拿走查尔斯戴在脖子上的大神殿钥匙，便安静离开了。
康纳回到村庄，发现族人已经都搬走了。但那个伊甸碎片——水晶球却安静地躺在那里。他打开盒子，水晶球发出光芒，朱诺再次现身，并告诉康纳，只要把大神殿的钥匙藏好，就可以过自己的生活了。康纳质问朱诺为何不保护自己的族人。朱诺则说他的任务只是保护大神殿。康纳不甘心，朱诺则表示，完全的正义和公平是不可能存在的，但康纳依旧可以改变这个世界。说完之后，朱诺随着水晶球一同消失了。
半年后，康纳回到达文波特庄园，将大神殿钥匙埋在了阿基里斯的儿子：康纳·达文波特的坟墓里。接着他把当年砍进柱子里的战斧拔了出来，以示自己的战争以及结束。随后他回到村庄，看到一名落单的族人坐在篝火前。康纳上前询问，族人说部落搬离此地的原因是因为这块地已经被新成立的国会卖给了一个人。那人说，因为英国已经不向国会提供物资，国会只得自己想办法弄。美国政府若是开始征税，他们就会变得像英国那样了，于是他们只好卖地筹钱。
1783年11月25日，康纳来到纽约，在码头看到最后一批英国船只驶离港岸，纽约的人民爆发出欢呼声，庆祝美国正式独立。而走远的英国船只则发射了一枚警告弹，却无力地落入水中。康纳替他们感到高兴，然后离开码头，发现广场处几个人正进行着黑奴交易，他意识到并不是所有人都获得了自由。
戴斯蒙经历完先祖的回忆后，却受到了沃伦·韦迪克发来的录像，原来自己的父亲威廉在开罗寻找能量源时被阿布斯泰戈抓获。戴斯蒙于是带着伊甸苹果前去营救，在阿布斯泰戈分部大闹了一场。他再次遇到丹尼尔·克洛斯，并与之搏斗起来。丹尼尔一直占据优势，把戴斯蒙逼到了角落处，当他正要向戴斯蒙开枪时，由于出血效应的影响，再次产生幻觉。戴斯蒙趁机出刀，结束了丹尼尔充满痛苦的一生。
戴斯蒙杀红了眼，捡起丹尼尔的枪，一路奔向关押父亲的房间。他利用苹果干掉了无数的守卫，来到五层韦迪克的房间。韦迪克依旧口气强硬，命令戴斯蒙交出苹果。而他则利用苹果的神力，控制了一名守卫，借刀杀人，了结了韦迪克。
他救出威廉，父子俩温情拥抱了一下。随后他们一行人把能量源带回大神殿，并依照康纳的记忆，来到了马萨诸塞州的达文波特庄园，从坟墓里取出钥匙，回到大神殿开启了大门。可以阻止世界末日的基座展现在大家眼前，而上面放着的正是康纳见过的那个水晶球。朱诺现身，表示戴斯蒙碰触水晶球的话，世界就会被拯救。但是密涅瓦也及时现身，并警告康纳如果碰触水晶球，世界虽会拯救，但他也会失去生命，而且还会释放出朱诺的能量，这样朱诺就能重新奴役全人类。
朱诺对密涅瓦的出现非常吃惊，密涅瓦则极力阻止戴斯蒙碰触基座。密涅瓦向戴斯蒙全息展示了世界末日后的景象：太阳耀斑再次爆发，地球一片焦土，幸存的人们衣衫褴褛。戴斯蒙·迈尔斯则会肩负起重建人类文明的重任，引导幸存者继续生存下去，并被奉为新的耶稣，成为爱与希望的象征。不过在他死后，他的话语会被追随者误解，从而引发战争，由此重启历史之循环。 尽管如此，密涅瓦还是希望戴斯蒙德即使让世界燃烧，也不要因为解救它而牺牲自己，并放出朱诺。
戴斯蒙陷入到重大的选择困境之中。考虑再三之后，他还是决定避免世界末日，他认为即使放出朱诺，人类仍有希望与之对抗，但如果任由末日的到来，几十亿人都将死去，希望会更为渺茫。戴斯蒙转身，让父亲、肖恩和瑞贝卡离开大神殿。三人劝说无果后，只得离去，威廉则留下了不舍的眼神。随后，戴斯蒙碰触了基座，顿时浑身剧烈颤抖，水晶球迸发出耀眼的白光，他的双臂渐渐被烧焦，但他忍着剧痛，没有松开双手。过了一会儿，白色光芒消退，戴斯蒙倒在地上，为了地球免于第二次灾难而献出自己的生命。
密涅瓦消失了，大神殿中只剩下朱诺的身影。她一眼都没瞥，跨过戴斯蒙的尸体，宣布道：“轮到我登场了。”（完结篇，内容待更新…）
