序言：破灭的前兆
即使不灭帝王施瓦茨已经沉睡在历史的泥潭中，盖斯特帝国亦名存实亡，但在他愤怒中被破坏的布拉齐恩大陆已经牺牲了太多太多的生灵。尽管大地上渐渐恢复了生机，但仍然难以抚平人类被摧残的心灵。虽然战争中的生还者们逐渐找到了希望，但对于伟大英雄伊格妮斯来说，这些只是短暂的和平。伊格妮斯无法忍受上下位次元的诸神居高临下以操控镜次元的生灵，倘若这个世界可以重新开始，那么各次元中所有不正确、不公平的法则都能够重新书写。为此，伊格妮斯作出了一个艰难的决定……
一、崩溃的伊瑟琳，帝王封印被夺。
封印施瓦茨已经是很久以前的事了。人们早已淡忘历史，享受着布拉齐恩大陆的宁静生活。某一天，一艘神秘的飞艇出现在联邦共和国首都伊瑟琳的上方。曾经担任反抗军作战指挥官、目前的位居联邦共和国议会长的欧纳斯特下令全城戒备，全力抵抗入侵者！但却万万意料不到，来者竟然是昔日反抗军的精神领袖伊格妮斯。不灭帝王的封印被伊格妮斯的部队轻易夺走，更不费吹灰之力将伊瑟琳摧毁。
在伊格妮斯扬长而去之际，欧纳斯特迅速命令精英密探潜入伊格妮斯的部队。过了数十日，联邦共和国终于接到了密探发来的密函。密函中写到伊格妮斯夺取封印是为了施展禁咒，一旦禁咒成功施展，那么诸神所在的上位次元、下位次元和人类所在的镜次元将全部崩溃。奥克拉城内流传的塞利安特大陆确实存在，在那里可以找到伊格妮斯想要施展的禁咒线索。欧纳斯特为了阻止这个世界的崩溃决定阻止伊格妮斯的行动。他拜托奥克拉伟大的族长克罗理斯与博学者们建造能够前往塞利安特大陆的飞艇，并决心组建布拉齐恩史上最强的远征军——科特迪瓦远征军。
二、占据科勒特科城镇，遗失地之钥匙。
在奥克拉城居民的帮助下飞艇很快就建好了，以欧纳斯特为首的远征军立刻向未知的领地塞利安特出发。远征军来到了被称作科勒特科城镇的海岸线，将那里定为远征军的据点以便日后增援与探索新城镇。远征军将依照一定规律运作的结界石全部破坏后，才安全地进入了科勒特科城镇，并解救了科勒特科部族。他们告诉欧纳斯特，伊格妮斯带领凯勒纳特斯骑士团从自己部族手中夺走了地之钥匙，但不幸的是无人知晓钥匙的秘密。
三、寻找更大的城市据点，受阻于加勒诺亚丛林。
占领科勒特科城镇的远征军终于在塞利安特大陆找到了落脚的地方。但为了确保日后布拉齐恩可以派来更多的物资与兵力补给，需要更大的城市作为据点。在科勒特科族长的介绍下得知塞利安特大陆有一个最核心的城镇——古城艾斯莫拉，但早已被伊格妮斯的部队占据。加勒诺亚丛林是科勒特科城镇前往古城艾斯莫拉的唯一通路，而土著嗜血爪牙部族却一再阻挠远征军的前进。原来生性好战、易倒戈的土著嗜血爪牙部族早已宣誓为伊格妮斯效忠。远征队不得不重新寻找通往艾斯莫拉的另一条通道，同时还要对塞利安特的土著部族展开调查工作。
四、深入诺布尔斯卡尔莱特洞穴，净化被污染的饮用水。
进军古城艾斯莫拉失败，从加勒诺亚丛林败退回来之后，远征军决定从另外一条通路前往古城。这时远征军前线收到了一条急报，科勒特科城镇内正迅速地传播着一种疫病，死亡人数逐渐增加。通过日夜勘查，调查团终于发现，科勒特科城镇的疫病是由受到了污染的饮用水引起的，而这些饮用水来自诺布尔斯卡尔莱特，于是欧纳斯特派遣兵力前往洞穴调查污染源并解决问题。
在诺布尔斯卡尔莱特洞穴深处，调查团发现这种剧毒的根源来自洞穴墙壁上流淌泉水的泉眼，而这正是因伊格妮斯势力施展的堕落魔法引起的。最终调查团潜入洞穴最深处消灭了污染水源的青之骑士团，成功净化了水源。但却没想到这是伊格妮斯为了分散远征军兵力的陷阱。
五、守卫永恒之城，发现米伊美之泉。
攻破塞利安特智慧结晶的要塞——古城艾斯莫拉，这是一项艰巨的任务。科勒特科土著居民告诉远征军，艾斯莫拉的唯一缺陷是城市内部没有可产出的资源。他们建议远征军到达位于古城外的永恒之城区域，将通往艾斯莫拉的所有补给路全面封锁。
远征军到达永恒之城后发现，在丛林中央的世界之树周围，凯勒纳特斯骑士团与守护世界之树的圣泉部族正在展开激烈的战斗。远征军立刻加入战斗，帮助圣泉部族取得了胜利。圣泉部落的长老告诉远征军，伊格妮斯为了掌握禁咒的正确施展方法才进攻此地，是因为米伊美之泉装有渊博的知识。
因此凯勒纳特斯骑士团很快就带领嗜血爪牙部族和蓝犀鸟部落对圣泉部落发动了第二次的猛烈攻势。在远征军的帮助下，圣泉部落最终击退了骑士团。为了感谢远征军，圣泉部落将从米伊美之泉得到的关于禁咒的相关信息告诉了远征军。
六、占领艾森特雷亚丛林，截断艾斯莫拉的支援路。
古城艾斯莫拉唯一的弱点就是城镇没有自身的生产能力，所以远征军要经过永恒之城地带来截断古城艾斯莫拉重要的支援路——艾森特雷亚丛林。在丛林主要路口巡守的是伊格妮斯的凯勒纳特斯骑士团，但这里的兵力并不强大，因为伊格妮斯安排了更多的兵力镇守在古城艾斯莫拉。通过连日对艾森特雷亚丛林骑士团防御据点的进攻，远征军击退了骑士团，成功占领了艾森特雷亚丛林，截断了艾斯莫拉的补给路，为攻破古城提供了有利的条件。
七、探索上古人安息处，风之钥匙被夺。
尽管暂时截断了古城艾斯莫拉的补给路，但是这对于储备资源丰富的古城来说，短时间内还不能对其造成有力威胁。而与此同时，伊格妮斯为施展禁咒而加快了前进的步伐，因此时间拖得越久越不利的是远征军。欧纳斯特派出暗影部队不断地侦查，终于得知通过塞利安特文明的古代神殿——上古人安息处，可以通向古城艾斯莫拉。
据此远征军迅速组成了少数的精英部队进入上古人安息处。在进入神殿内部时，保护神殿的神殿守护者突然出现，阻挡远征军的探索。打败神殿的守护者后远征军好不容易才进入神殿内部最深处，发现在大厅中央的大石像集中的凯勒纳特斯骑士团的魔法师们正准备着迷你的仪式。正当远征军要阻止仪式进行时，巨大的守护神兽从冰块中苏醒并向远征军咆哮而来。远征军艰苦地解决了守护神兽之后，骑士团早已带着风之钥匙撤离了。
八、施展声东击西之计，攻下古城艾斯莫拉。
上古人安息处的边际与古城艾斯莫拉内部的巨大圣堂的走廊连接着。来到圣堂走廊的远征军，决定兵分两路进攻古城艾斯莫拉。第一组在古城内部的重要设施里放火，第二组负责打开通往艾森特雷亚丛林的城门，让远征军的主力军团从城门攻入。
古城内的火势让凯勒纳特斯骑士团惊惶失措，远征军精英部队打开了城门，让主力军团全面进攻，最终轻易攻下了艾斯莫拉，并解放了古城周边的土著部落。他们为了答谢远征军，约定日后向远征军补给物资或提供有利的信息。此时欧纳斯特已经意料到，伊格妮斯的施展禁咒计划又抢先一步了，这从她对古城防守的松懈可以感知。
九、剑指天国之门，于迷雾峡谷歼灭雪豹部族。
远征军从闪电犄角部族口中得知，伊格妮斯已经前往藏有水之钥匙的天国之门。据此远征军稍作整顿后立即挥军前进，剑指位于雪峰之上的天国之门。在前进的道路上，由于海拔越来越高，积雪越来越厚，风雪越来越大，远征军的行军速度也越来越慢。
正当此时，为伊格妮斯效力的雪豹部族突然袭击远征军的队尾，远征军霎时间被打乱了阵脚，失去了前进的方向。幸亏在闪电犄角部族的帮助下，远征军改走神秘的山路——迷雾峡谷。此处山势险峻，从地表上来的蒸汽对视野有所妨碍，但却很好地阻止雪豹部族的持续攻击。根据闪电犄角部族曾经与雪豹部族作战的经验，远征军在闪电犄角部族的配合下歼灭了雪豹部族，为通往天国之门扫清了障碍。
十、登上天国之门，水之钥匙丢失。
曾经是反抗军英雄的莱因哈德带领伊格妮斯所属的狂战士部队攻击进入天国之门的远征军，这是为了保护他们后面魔法师们进行发掘水之钥匙的工作。战斗持续了许久，莱因哈德壮烈牺牲，但此时伊格妮斯已成功获得水之钥匙，远征军又迟了一步。正当远征军准备追赶伊格妮斯之时，钥匙的守护者登场阻挡了远征军的前路，伊格妮斯趁机逃走。至此，伊格妮斯拿到了三把钥匙。召唤破灭的禁咒施展时限越逼近，天空就变得越红。
十一、踏入梦幻沙漠，击败凯修宾特。
为了阻止伊格妮斯夺去最后一把钥匙——火之钥匙，远征军不得不加紧步伐。天之水部族告知远征军，最后一把火之钥匙在梦幻沙漠某处的世界中枢。到达沙漠的远征军遇到了强烈的太阳和蝎子类毒虫的妨碍，沙漠野生动物的攻击行动是有组织性的，这让远征军感到意外。
当远征军终于要进入藏着火之钥匙的世界中枢——奥雅西斯的瞬间，凯勒纳特斯骑士团的暗影精英凯修宾特指挥沙漠兽虫们截断远征军的前路。兽虫数量庞大，在凯修宾特的奇异信号下，沙漠兽虫的攻击非常猛烈，远征军不得不暂时撤退。
安全撤退后欧纳斯特迅速布置防守阵营，派遣调查团对兽虫们的奇怪行为和凯修宾特的奇异信号进行调查。调查团在广阔的沙漠南部发现了特殊纹样的空间移动传送门，兽虫们正是通过传送门出没。在远征军即将完全破坏传送门的时候，凯修宾特又出现了。不过为时已晚，凯修宾特已经无法阻止传送门被破坏。在成功破坏传送门并击退凯修宾特之后，远征军为了找到最后的火之钥匙向被称为世界中枢的奥雅西斯前进。
十二、到达世界中枢，火之钥匙不保。
远征军终于到达最后藏着火之钥匙的世界中枢——奥雅西斯，此时凯勒纳特斯骑士团的龙骑士们以中央的巨大柱子为中心正在与守护火之钥匙的蝎之影部族战斗着。龙骑士们波浪式的猛烈攻势让蝎之影部族的战士们退守到巨大的岩石上，要上岩石只有一条蔓延着毒草的路，这使龙骑士们的进攻变得困难。
远征军没有放弃机会攻击了龙骑士部队的后方，因前后两方的攻击而慌张的骑士团结果撤退了。当蝎之影部族知道远征军也为火之钥匙而来之后，没有任何对话的机会，即与远征军开战起来。远征军想以力量制压后再试图向他们解释。正当双方火拼之际，隐身的凯修宾特重新出现，手持火之钥匙在岩石高处现身，并以迅猛之身势闪离现场。至此，施展禁咒所需的四把钥匙已全部落入伊格妮斯的手中，此时的天空变得更加腥红了。
十三、血斗诺斯凯莉亚营地，击破骑士团最后防御线。
毁灭世界的禁咒即将在伊格妮斯的安排下施展，她根据古代记录在塞利安特的上古圣地——被遗忘的圣痕准备驱动禁咒魔法阵——紊乱的生命。但是要完成咒文需要很长的时间，利用这期间欧纳斯特决定统领远征军作最后的攻击。
与远征军结盟的塞利安特联盟部落聚集起来，和远征军构成了空前大规模的兵力，进攻凯勒纳特斯骑士团最后防御线的诺斯凯莉亚营地。营地的路口由伊格妮斯的得力助手劳洁玛丽带领圣射手军团防守，为伊格妮斯效忠的部落野兽们在他们的前方形成了坚固的防御墙。一场惊世的血斗一触即发。
在远征军的持续攻势之下，战场上顿时刀光剑影、枪林弹雨、血肉横飞、震天哀嚎、惨烈无比。骑士团的防御墙开始崩盘，因此骑士团的主力部队也遇到了苦战。正当伊格妮斯的最终防御兵力在要败退的瞬间，在远处升起了巨大的光柱。
十四、决战被遗忘的圣痕，一场悲剧的结局。
远征军和联盟部落迅速赶往出现光柱的地方——被遗忘的圣痕。紊乱的生命魔法阵正在祭坛上施展着，伊格妮斯站在祭坛上向天空举起封印着施瓦茨的帝王封印，精英骑士团在魔法阵周围护卫着伊格妮斯。终于，科特迪瓦远征军和联盟部落与维护伊格妮斯的凯勒那特斯精英骑士团展开了最后的决战。
随着时间的推移，涌上天空的光柱变得越来越巨大，顿时天摇地动、风起云涌。远征军并没有感到恐惧，更是愈战愈勇，欧纳斯特弄乱了构成魔法阵的钥匙的位置，成功阻止了魔法阵的施展。
愤怒的伊格妮斯唤醒在帝王封印中施瓦茨的力量，将之融入到自己的身体内，失去理性的伊格妮斯变成了大恶魔，与布拉齐恩的勇士们展开了终极一战。终于，伟大的英雄伊格妮斯被自己亲爱的人类所打败，带着所有的秘密和遗憾离开了这个世界。
尾声：无尽的黑暗
由施瓦茨引起的世界混乱背后，隐藏着天大的秘密。而这个秘密却只有伊格妮斯知道，施瓦茨只不过是诸神的一只棋子。伟大的英雄伊格妮斯无法改变这个世界的命运，即使施瓦茨以武力统治的时代结束了，然而这个世界的和平只不过是短暂的。诸神终有一日会找到取代施瓦茨位置的人，再次打破这个世界的宁静。
随着航海技术的发展，勇士们陆续发现了布拉齐恩和塞利安特以外的石雷亚、比尔丹巴罗、夏尔等新大陆，无数种族来到反抗军联邦的旗帜下。但是随着时间的推移，黑暗又再次抬起了头。古代的魔物一个个在褪色的遗址之中出现，没过多久神圣的魔法师们变成了疯子。几千年来在魔法师下低头生活的恶灵术士们抬起了头，他们一直等待着某一天，大危机——阿伯卡利斯的那一天……
