两个风格各走极端的科学家—次方博士和D博士在世界上各领风骚，D博士认为要令世界得到真正和平，必须清治“有害”的人类，将世界重新定位，同时研究“改造人”计划，将人体重新改造成没有感觉的杀人机器以进行“人类清洗计划”，最后被次方式识破了他的计划，利用强化装备—“斗神”军团将D博士消灭……

　　当次方博士满以为世界得到了和平之际，被消灭的D博士竟然利用“改造人”技术改造自己，更创造了虚拟世界“Destroyer”，将真实世界上有利用价值的人和物透过电脑程式拉进“Destroyer”里，企图与这个隐藏的世界制造大军反攻真实世界，抢夺世界的控制权。

　　次方博士洞悉此事后，由于没有进入“Destroyer”的技术所以一直无法派出斗神大军直接击破，最后派遣了病毒程式—拯救舰“次方”进入“Destroyer”企图拯救被吸进去的生存者，D博士也同时一边制造改造人，一边追击“次方”，两方进行一场超越时空、年代的争霸之战！