2150年，太阳发生大规模灾难，太阳因受珥射线计划的外力刺激而发生异变，太阳能接收装置发生爆炸，各种灾难袭击地球，大部分陆地被淹没，人类大量死亡。部分幸存的人类因骚乱而被迫乘坐空天飞船逃离地球，经过长途迁徙在太阳系外的碧玲星系的一颗行星定居，并组建了新的国家星际同盟。另一部分则留守地球，他们在防辐射避难所中幸存下来，并联合太阳系内其他宇宙基地的幸存者共同组建了地球联邦。
同盟国的公民由于迁徙中宇宙波的辐射发生基因异变，导致人口出生率遽降，他们必须回地球找到生物科技的大乘——基金之钥来挽救自身。而爆炸后地球仅存一份的完整的基因之钥资料集合却是联邦人治疗地球病变生物，复苏地球文明的唯一希望。
外交谈判的破裂导致矛盾激化，战争最终爆发。强化过的变形机甲成为同盟与联邦主要战争个体。2171年9，基因之战拉开帷幕……
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