CIA成员，27岁，本堂瑛祐之姊，潜入黑暗组织的CIA情报员，组织代号KIR(基尔)；表面身分为日卖电视台女主播水无怜奈。于一次暗杀行动发生车祸并昏迷不醒，受FBI保护。在“红与黑的碰撞”中，与FBI合作被救回组织，并答应提供组织情报给FBI(交换条件是要FBI对弟弟本堂瑛佑进行保护)。名字来自“007”：“无”与“0”同义、“怜”与“0”同音、“奈”与“7”同音。

　　本堂瑛祐(配音演员：日本→野田顺子；台湾→刘杰)

　　CIA成员，本堂瑛海之弟，帝丹高中2年B班的转校生。小时候因为白血病的关系，做过骨髓移植的手术，血型已经由当初的O型，变为AB型。对柯南的一举一动都十分注意。已知道柯南的真正身份，并且立志加入CIA。曾经向柯南表示自已对小兰一见钟情，并从柯南的反应知道柯南的真正身份。拒绝FBI的保护。初登场于漫画第49期。

　　伊桑本堂(配音员：小山力也)

　　CIA成员，本堂瑛海之父，同样身为CIA情报员，拥有多种名字护照的神秘人物，在调查黑衣组织案件的时候为了保护女儿身份不被Gin等人发现而就此牺牲。

　　《神偷怪盗》重叠人物

　　怪盗基德(配音演员：日本→山口胜平；台湾→官志宏；香港→陈卓智)

　　17岁，就读江古田高中2年B班，本名黑羽快斗，身高174cm，体重58kg，视力2.0，IQ 400，高中学生，也是专门盗窃艺术品的盗贼，国际编号1412，被警察称为“怪盗基德”(KID，又译“怪盗小子”)，被人称呼为“平成的亚森罗苹”、“月光下的魔术师”。最大弱点是怕鱼、不会溜冰，喜欢、上课看报纸，擅长魔术、易容、变声、射击，偷盗的目的是为查明父亲黑羽盗一死亡真相，偷到的东西事后一般都会归还。设定与工藤新一长相极为相似，稍微改变一下发型即可轻易伪装成对方。原本只是类似题外话的设定，在剧场版中才被活用。以知名侦探小说里的怪盗亚森罗苹为蓝本创造。“亚森罗苹”系列中“怪盗大战名侦探”中罗苹与福尔摩斯的有名对决也因此在《名侦探柯南》中化身为名侦探柯南与怪盗基德的斗智之战(KID知道柯南的真实身份)。初登场于漫画第16期，动画第76话。

　　中森青子(声优：岩居由希子(初代)/高山南(二代)/藤村步(三代))

　　17岁，就读江古田高中2年B班，与黑羽快斗视同班同学兼女友，她和快斗是从小就认识的青梅竹马，现在也常一起上学，不过也常常起小争吵。个性单纯，擅长溜冰。得知快斗怕鱼后，会用鱼吓快斗，甚至内裤图案也是鱼，父亲正是负责缉捕怪盗基德的中森银三。最喜欢的人是快斗，最讨厌的人是KID(曾经怒吼道：全世界哪一个男人都比基德好！还敢在一大群KID的粉丝中无畏的高举著反基德的标语.。。)，不知道快斗就是KID。设定与毛利兰长相极为相似，但是功夫应该没小兰好，因为追杀快斗时需要用武器(拖把)。在《怪盗基德诞生的秘密》中的迅速解开复杂方程式的表现，可以推测她的头脑也很不错，这一点可能胜过小兰。初登场于漫画第16期，动画第76话。

　　小泉红子(声优：林原惠)

　　17岁，就读江古田高中2年B班，快斗的同班同学，知道快斗的身份，而且喜欢黑羽快斗。身份是侍奉邪神Lucifer的魔女。初登场于动画第219话。

　　寺井黄之助(声优：肝付兼太)

　　与黑羽盗一是旧相识，服侍怪盗KID，是黑羽盗一的忠心老仆。在黑羽盗一被暗杀，怪盗KID失踪的时间，曾假扮怪盗KID，想借此引出杀害盗一的凶手，后来黑羽快斗继承父亲的怪盗身分，寺井便转而照顾快斗。台球技术不错，曾赢得台球界的王者台球杆“神奇球杆”，以经营一间台球店维生，本来卓球店快经营不下去了，后来靠快斗夺回神奇球杆，终于恢复台球场的生意。初登场于动画第219话。

　　剧场版人物

　　泽田弘树(配音演员：折笠爱)

　　10岁，麻省理工学运的研究生，天才电脑程式设计编程师，他通过血液和皮肤追溯人类的祖先，而研发出“DNA探查程序”。在得知“开膛手杰克”的秘密后自杀，临死前完成人工智能程式“诺亚方舟”(弘树的化身)。只出现在剧场版《贝克街的亡灵》。

　　西野真人

　　29岁，铃木史郎的秘书。旅居世界各国，所以英文、法文和德文都非常流利。只出现在剧场版《世纪末的魔术师》。

　　其他

　　麻生尉中(漫画)麻生成实(动画，配音演员：折笠爱)

　　曾化名为浅井尉中(漫画)、浅井成实(动画)，是名男扮女装的医师。是柯南第一个也是唯一一个眼睁睁看着他自杀的嫌犯，他的死带给柯南很大的冲击。

　　串场真实人物

　　高山南

　　动画版第81、82集：当红歌星绑架事件(上／下集)，漫画版第15册：FILE.4～FILE.6。动画版第238集：大阪3K事件(上集)，漫画版第29册：FILE.9～FILE.11。

　　永野椎菜

　　动画版第81、82集：当红歌星绑架事件(上／下集)，漫画版第15册：FILE.4～FILE.6。动画版第238集：大阪3K事件(上集)，漫画版第29册：FILE.9～FILE.11。

　　仓木麻衣

　　动画版第238集：大阪3K事件(上集)，漫画版第29册：FILE.9～FILE.11。

　　小松未步

　　动画版第238集：大阪3K事件(上集)，漫画版第29册：FILE.9～FILE.11。

　　上户彩

　　动画版第437集：上户彩和新一—4年前的约定。

　　注释

　　^ TV385-387话 史特拉第瓦里的不协和音

　　^ 日文原文是【闇の男爵(ナイトバロン】“Night Baron”，正确的翻译应该是“暗夜男爵”。早期台湾的翻译将“Baron”误译为“公爵”，后来才更正成“男爵”(漫画第418话)。

　　^ TV516话 风林火山 迷宫的铠甲武士

　　^ TV517话 风林火山 阴与雷霆的终结

　　^ TV286-288话 工藤新一NY事件

　　^ TV345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案话

　　^ TV425话 黑色冲击！被组织魔掌触碰的瞬间

　　^ TV118话 浪花连续杀人事件

　　^ TV289-290话 迷途森林的光彦

　　^ TV129话 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件

　　^ TV128话 黑暗组织十亿元抢劫事件

　　^ TV176-178话 与黑暗组织的再会

　　^ TV54话 游戏公司杀人事件