一.海上浮尸：楚留香和红袖在说话的时候发现三具浮尸，捞上来后发现其中一个死于天一神水。神水宫的人认为是楚留香偷了天一神水，让他在一个月之内找到线索。楚到云岭镇搜集线索，见到不少乞丐，后来又见到无花和尚(乞丐和无花都要对话)。然后到客栈遇见胡铁花，两人在二楼喝酒，楚得知有人用魔帅楚留香的名义作恶，怀疑可能跟神水被盗有关。
二.任氏之约：就在这时任夫人秋灵素让人送来一封信，叫楚到飘逸绝尘清净处相会。楚和胡动身前往飞云寺，在寺中遇见毒弥勒和左右镰，打败后再打斗狼魔人，战胜后毒弥勒逃跑。发现狼人是中了天一神水的武林人士所变，怀疑是罗刹教偷了天一神水。继续前进，发现石门关着，在地上捡到发簪，点击一下石门，再点击一下旁边的石像，往后退后看见一堆石像。其中有两个指针放上去后会变成手的形状，将两个分别推到两个坑就能打开石门。进去后见到任夫人。
三.南宫帮主：得知丐帮新任帮主南宫灵原来是任老帮主仇家天枫十四郎的儿子，而任老帮主也是死于天一神水，接受任夫人委托调查南宫灵。到翠葱林看丐帮大会(在巨石挡路处点一下石头就能跳过去)，从头走到尾也没看到，回头重新走到原来有宝箱的那个地方发生自动剧情。大会上龙飞天出现，打败他的斗狼魔人后龙飞天逃走。
四.巧帮二侠：在翠葱林挡路的巨石处发现司空和宇文，跟着他们两个回云岭镇。刚进镇遇见司空被偷了南海奇石，帮偷回来之后让小柔给他送回去。去客栈发现董大空，发现他可能被呼延相点穴，觉得司空会有危险，出去找他。从铁匠那里得知司空要去埋花居，两人赶到太湖村，在宓红和客栈的阿二那里得知司空去了奇枫林。
五.慈母心：在云岭水潭边救下一个欲自尽的老太太，得知她被一个自称魔帅的人抢去钱，给她500钱后还答应帮她带信给在青城的儿子阿成。
六.常呼悠的烦恼：在云岭遇到他，得知他被假楚留香抢去松鼠，帮他去翠葱林抓3只给他。在山洞边发现松鼠(每次只看到一只，进出后还会出现)，打到三只后带回云岭给他。
PS：五、六可以在找铁匠前做。另外五的任务偶在还没去青城的时候已经说任务完成，结果在青城遇见阿成的时候跟他说话都没反应。
七.真假楚留香：在同阿二的问话中还得知魔帅可能是罗刹教的人，并且已经乘船去埋花居，而其他的船也被打发了，阿水嫂也被抓去奇枫林。两人赶到奇枫林时司空已经救出阿水嫂，南宫灵接到青城分舵的消息后离开。楚让胡跟去太湖村后自己到翠葱林找苏蓉蓉，在山洞处发现两个白痴刺客要抓蓉蓉。打败他们后蓉蓉告知打听到的消息，向蓉蓉要了埋花居的地图后去太湖村找胡铁花。得知几人去了奇枫林，在上山的途中遇见。赶跑天枫十四郎后将地图交给司空并打发胡去青城，自己回太湖村码头找蓉蓉。两人到埋花居后刚好碰到罗刹一龙假扮的楚留香，吓跑他后离开。此时变成控制司空出厅。
八.护花情深：转为控制林寒青。在埋花居环形走廊附近找到两个丫环，打开机关后从那里离开。在入口处碰到一个埋伏的人，打败他后从屏幕左下角的通道走，一路上会遇到罗刹教的人。在出口处遇到埋伏，打败斗狼魔人，剧情后交出血连环。苏蓉蓉出现带他们到留香居。
九.生死之恋：出客房走廊后在二楼找到楚留香，得知白惜香只有七天寿命。去后甲板(屏幕最远端左边)找到白惜香。
十.万里飘香：楚留香在血连环上留下万里香的香气，跟踪到青城。在青城酒店遇见胡铁花，几人前往虎丘。碰上南宫灵，结伴前往铁衣堡，确定血连环在堡里，无奈戒备森严，只得回青城想办法。
十一.采花大盗：刚回城就见到个老头说他女儿被抢了，几人前往虎丘。遇见姑娘一个人，没见到强盗，就在这时出现一阵烟火，南宫灵说是丐帮的信号而离开，姑娘也要自己一个人回去。怀疑是调虎离山之计，对南宫也起了疑心，几人决定回青城查证。
十二.青城飞贼：回城后发现原来那老头不见了，决定在城里找刚才几个看热闹的问问。在酒店旁边场景找到老更夫，得知飞贼往城北方向去；在天阁府前场景(武器店旁边小路上去，在有马的场景正右方通道)的王员外家得知飞贼去了码头；在码头渔夫处得知贼去了城里；在有马的那个场景的屋子找到金大娘，在屋外左下找到张小妹，两人都说贼往城西去了。到酒店前自动发生剧情后去虎丘，在原先遇到姑娘的场景遇见姑娘嘴里大叫红狼。
十三.龙狼：南宫称红狼为龙狼并追踪而去，几人也一起前往。赶上南宫时正好看到南宫负伤(此处两个选项；一是控制楚追，一是控制林送南宫回城)。控制楚：在虎丘的另一个出口处赶上龙狼，却被天枫阻拦，打败后天枫也逃往铁衣堡方向。回青城酒店说明后准备前往；控制林：先在下面的山洞里面的宝箱里找到5个钱袋，然后回青城把钱还给刚才那5个人(可选择不还给王员外)，接下来到酒店等楚留香。
十四.铁衣金汤：南宫负伤不能去，胡铁花被一个女人吓跑，剩下楚和林两个。要进入铁衣堡要先找到人皮面具、女人发套、胭脂、桔子和绣花鞋五样东西。桔子和绣花鞋剧情会送；女人发套在天阁府前面场景发生自动剧情得到；胭脂在酒店左边场景找一条狗，跟着那只狗走然后救人后得到；人皮面具则要回留香居(码头大船)找蓉蓉要(在客房走廊左边的第一间房间)。找齐五样东西后前往铁衣堡，在外面待到晚上后进入。在门口遇见一只三头巨狗，打败后进入内部。在第三层遇到中间大门打不开，从右边上去遇到个胆小鬼，得知开关在左手边的控制室里，在控制室里打败一个人后(他身后有个再上一层的机关，要记得点击)，在墙上有个机关，用楚的弹指神通打，中间的大门就开了。再上一层看到有一个人和四个石像，中间的大门也不能进，此时要从左右两边上去点击机关，在正面的墙上会出现三个用弹指神通才能点到的机关(加上下面控制室那一个总共出现4个)，打后四个石像要会点火才算成功，在正中间会出现一个升降梯，坐上后就是打最终的BOSS神思者了。打败神思者后第三章也告一个段落。
以上除了五、六外都是主线，下面还有几个到青城后的支线：
九蒸素心糕：在去找蓉蓉要人皮面具的时候顺便到隔壁房找甜儿，答应帮她买一块素心斋的九蒸素心糕。在青城没找到素心斋，从酒店门口的豆腐西施口中得知素心斋没落的事，但是豆腐西施会做，买她三碗豆腐后答应免费替你做，不过要几天后才能拿。偶是等到破关后再去拿的。也可以在刚到青城的时候就回去找甜儿，这样还没进铁衣堡的时候就能拿了。
孤独的老人：从青城的岳老头那里得知他儿子自从去铁衣堡送货以后就没回来，答应帮他去找。在铁衣堡控制室下面那一层，也就是那个螺旋梯左边进去的武器房里找到他儿子，劝说后回去。
英雄本色：答应青城城门口的小青去找城西镖局的周运发质问，在城西(也就是酒店左边场景，书店也在那里)找到周运发，一番剧情后任务结束。
至于任务栏里还有个忠犬救主也就是找胭脂的时候那只狗的事了。
