倭寇入侵，洪武年间已经出现，嘉靖时发展为严重祸患。明朝实行海禁政策，除了政府之间可以实行朝贡外交，不许百姓出海、私通国外或是与外国人交易。虽然政策时宽时紧，但总的倾向是禁止。

　　明代中国被纳人世界贸易体系，通过双边交易，沿海官绅百姓以及周边国家都获得了巨大的经济利益。因不满政府的海禁政策，部分中国民众与日本人勾结，占据沿海某些岛屿，或是私下到中国沿海交易，或是采用不法手段抢劫居民财物。所谓倭寇，绝大多数是中国人。这些倭寇并非中国与日本双方政府所能控制，因为当时日本国内藩镇割据，群龙无首，无力控制沿海武装力量。

　　倭寇在太祖称帝以前就已存在，张国珍、张士诚的余党曾带领日本人骚扰东南沿海，洪武二年(1369)、三年(1370)太祖派使臣前往日本，质问日本权臣足利良怀。足利良怀称臣纳贡，并送还明州、台州二地七十余名被掳男女。洪武年间常有小股倭寇前来，洪武二十年(1387)，太祖命周德兴、汤和在福建兴建防倭城，布置六七万士兵，倭寇人数大为减少。

　　水乐元年(1403)，日本权臣足利义满在向明成祖上表进贡，为表示诚意，他于次年捕杀了对马壹岐等岛屿的若干海盗，永乐三年(1405)派使臣押解到南京，成祖让日本自行治罪以示宽大。永乐六年(1408)，足利义满去世，成祖派人致祭，封其子源义持为日本国王，事实上，日本另有天皇，源义持在国内的爵位只不过是“征夷大将军”。源义持的力量无法阻止日本海盗来华。

　　中日之间官方的朝贡贸易依然在进行。宣宗时，贡使随员由二百人增至三百人，贡船两艘增为三艘，实际来华的人数，船只经常超出这一限制。一些贡使和随员夹带十倍于贡品的私货，在中国市场出售，购买中国货物回国，牟取高额差价。他们携带武器，经常强买强卖，遇到中国官兵，便亮出贡使身份。景泰四年(1453)，临清地方的指挥使为劝阻贡使抢劫百姓货物，几乎被打死，景帝宽大为怀，不予追究。弘治九年(1496)，贡使在济宁杀人，孝宗下旨，此后日本贡使只许五十人进京，其他人在港口原地等候。

　　为取得商业利益，日本贡使之间发生内讧，嘉靖二年(1523)，大内氏贡使与细川氏贡使发生争斗。明武宗时，源义澄的贡使宋素卿是中国人，依中国法律，中国人私自通蕃冒充蕃人应该处死。宋素卿贿赂当权太监刘瑾黄金千两，嘉靖二年(1523)宋素卿再次以贡使身份到宁波，同时到达的有另一位日本贡使宗设，两人互证对方是假贡使。当时宁波市舶提举司的主管、太监赖恩请二人赴宴，赖恩事先收受宋素卿的贿赂，在招待规格上抬高宋素卿，并提前把宋素卿的货物验放过关。宗设愤而动武，杀了与宋索卿同行的日本人瑞佐，从宁波一直追击宋素卿到绍兴城边，在折返宁波途中放火抢劫，驾船扬长而去。浙江都指挥刘锦在追击战时阵亡。宋素卿虽逃出宗设之手，但被明政府关人大狱，最后死于牢中。

　　嘉靖皇帝以此事件为由，断绝了双方的朝贡关系，直到嘉靖十八年(1539)七月才恢复。民间走私贸易因官方交易的断绝更为活跃，走私团伙规模扩大，携带武器，勾结沿海势家豪族，将中国的生丝、棉布、陶瓷、药品等日常生活必须晶偷运到日本，赚取厚利。一些失去衣食来源的市井小民纷纷加入走私团伙，或交易或抢劫，混乱随之加剧。史称“嘉靖大倭寇”，是明代倭寇为害最烈的时期。

　　嘉靖十八年(1539)，双方虽然恢复了朝贡贸易，但规模大大缩小，贡使随员以一百人为限，三艘贡船，贡期十年一次，远远满足不了市场的需要。嘉靖二十三年(1544)七月，日本贡使不到十年便再次来到宁波，明政府拒绝此次进贡，将沿海文官武将一概治罪，严禁百姓与日本贡使私下交易。嘉靖二十八年(1549)是十年一次的进贡期限，源义晴派周良为贡使，于嘉靖二十七年('548)秋冬之际来到宁波，六百名随员分乘四条贡船，要求暂泊宁波，以待来年。明朝皇帝不许日方的申请，勒令其回国。十二月，便有几股倭寇大掠温州台州二府，以发泄对明政府的不满。嘉靖二十八年(1549)六月；周良按时来到中国，率百名随员进京。周良向明廷申诉，由于贡船高大，随员百人不够驾驶，必须五百人，贡船三艘，为防备沿途海盗，必须有一艘护航，并非有意违背明朝意志。

　　嘉靖二十八年(1549)，沿海最大的走私团伙王直集团侵扰沿海，地方官仓皇塘报，明政府正式称为“倭人人寇·，实际是中国首领、以中国人为主，有若干日本人依附的海上武装走私集团。为行动方便，他们也乐意装扮成日本人，同时在中国沿海岛屿及日本九州一带拥有数个据点。如倭寇王直，绰号“老船主”，自称“净海王”，原是徽州海商，因贸易不通便以抢劫为生，流亡日本，盘踞五岛列岛为根据地，在日本平户有家，经营多年，成为最大的海盗首领。同时，因为捕获“真倭”赏赐更多，明朝官兵也乐意把敌人统统虚报为倭寇。(明史·日本志)说：“大抵真倭十之三，从倭者十之七。·应是真实情况的反映。

　　兵官，兼辖苏松诸郡，俞大猷歼灭徐海后，进剿倭寇在舟山的老巢，获胜后升任“都督同知”。戚继光则到义乌、东阳、浦江等县募兵练兵，共四千余人，在编制、武器、训练各方面作了革新，尤其是武器方面，专门针对倭寇和弱点而设计，简单实用，他率领这支部队屡战厦胜，号称“戚家军”，倭寇因此不敢进犯台州，戚继光因此升任都指挥。嘉靖四十一年(1562)，嘉靖帝任命俞大猷为福建总兵官、戚继光为福建副总兵，两人合作扫平了福建的倭寇，嘉靖四十三、四十四两年，两人又联手荡平了广东的海盗吴平。

　　与此同时，明政府逐渐放宽海禁。朝廷中一些官僚意识到海禁过严，使沿海百姓失去谋生手段，“市通则寇转为商，市禁商转为寇”，开放海禁是彻底解决倭寇问题的唯一办法。嘉靖以后，明政府采用较为开放的政策，倭寇问题迎刃而解。