清朝时期的医学发展，呈现出一个比较错综复杂的局面，中医学传统的理论和实践经过长期的历史检验和积淀，至此已臻于完善和成熟，无论是总体的理论阐述，抑或临床各分科的实际诊治方法，都已有了完备的体系，而且疗效在当时的条件下是卓著的，与世界各国医药状况相比还略胜一筹。尤其是温病学派形成，在治疗传染性热病方面，降低死亡率、预防传染，起到了积极作用。其中人痘接种以预防天花方法的大力推行，更是中国乃至世界医学史上光辉灿烂的一页。次如解剖学的革新趋向，也说明了中医学在努力寻找新的突破口。

　　到了清代，中医在治疗温病(包括传染性和非传染性发热性疾病)方面成就的代表著作有叶桂的《温热论》、薛雪的《湿热条辨》、吴瑭的《温病条辨》及王士雄的《温热经纬》等。

　　清代医家王清任(1968～1831)根据尸体解剖和临床经验写成《医林改错》,改正了古代医书在人体解剖方面的的一些错误,强调了解剖知识对医生的重要性,并发展了瘀血致病理论与治疗方法。

　　但是，长期的闭关自守，浓厚的尊经风气使这一时期的医学停滞于既有的“完美”，而不能真正全方位地有所突破。西医传入的势头在清初之后不久就低落下来，新鲜的知识和观念没有机会进入中医社会，这种冲击要到清代晚期才真正到来。中医界在寻找多途发展，但时机还没有成熟。