郑成功死后，他的儿子郑经继续管理台湾，再接着是郑经的儿子郑克爽，郑氏祖孙三代管理台湾共达21年。1683年清朝政府进军台湾，郑克爽经过谈判向清朝政府投降，台湾重新开始由中央政府管理，使中国实现了政治统一。清朝政府在台湾设立了台湾府和台湾、凤山、诸罗3个县，都归福建省管辖。

　　清明政府刚开始管理台湾的时候，由于台湾社会秩序较为混乱，清明政府禁止大陆人移民台湾。但那时候在大陆，由于耕地少，战乱频繁，饥荒连年，福建闽南和广东嘉应州一带的大陆居民，照样一大批一大批地向台湾迁移。清明政府没办法只好逐渐放宽限制，直到最后取消禁令，允许大陆人携家带口迁居台湾。

　　据统计，清朝政府刚收回台湾时，台湾的汉人只有10多万，但到了1877年，汉人已增加到300多万。移民的增加和清明政府前期推行的少收租税和政策，促进了台湾土地的开垦和农业的发展，到了10世纪中期，也就是距现在250年前，台湾已成为"糖谷之利甲天下"的祖国宝岛了。

　　从公元1840年开始，因为清王朝日益腐败无能，西方列强不断来我国东南沿海地区捣乱，先后发动了多次侵略战争。台湾因为地理位置非常重要，又出产很多东西，更是英、法、日、美等列强想霸占的目标。

　　从1840年开始的50多年里，台湾不断遭到这些资本主义列强的侵略。这种情况使清朝政府终于认识到台湾地理位置的重要性，所以在1885年正式在台湾建立省，并任命在抗法战争中有功的福建巡抚刘铭传为台湾首任巡抚。

　　刘铭传在台湾执政6年，积极推行近代化的管理政策，对台湾的国防、行政、财政、生产、交通、教育等事业，进行了大胆的改革，使台湾的面貌焕然一新。台湾第一条铁路和许多近代的设施就是在他的领导下创建的。直到今天，台湾人民还深深怀念着这位台湾近代化的奠基人。在台北市有以"铭传"名字命名的学校，在基隆火车站前还有为刘铭传立的纪念碑。

　　清朝政府在台湾经营212年，使台湾成为我国一个重要的省份，使海峡两岸融为一体。