“内蒙古”这个名称形成于清代。它基本上来源于清代的“内札萨克蒙古”一词。所谓“内札萨克蒙古”是专指当时漠南地区的哲里木、昭乌达、卓索图、锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭六盟及其所属的49旗。到了20世纪20年代，“内蒙古”这个名称又有了新的地域概念，即指“六盟二部四特别旗”。其中“六盟”当然是指上述清代的六个盟，“二部”则指呼伦贝尔和察哈尔，“四特别旗”则指不属于盟的伊克明安、归化城土默特、阿拉善、额济纳四旗。从地域和建制来说，我们今天所说的“内蒙古”已经与清代的“内札萨克蒙古”大不相同，而且与近代的“六盟二部四特别旗”的地域概念也不完全相符。从今天的行政建制而论，“内蒙古”这一名称是指拥有118.3万平方公里土地、2 300万人口、下辖12个盟市的内蒙古自治区。

　　在清代，内蒙古与清王朝有着非常密切的关系。当17世纪初，满洲人从东北的白山黑水间崛起之时，漠南地区的科尔沁、察哈尔、土默特、鄂尔多斯等蒙古各部正处在各自为政、相互争战的状态。努尔哈赤和后来的皇太极采取结盟联姻、引诱分化或武力征服等手段，最后打败了全蒙古大汗──林丹汗，将漠南蒙古各部置于自己的统治之下。1636年4月，漠南蒙古16部49名贵族会聚盛京(今沈阳)，承认皇太极为蒙古可汗大统的继承者，并上“博克达·彻辰汗”(宽温仁圣皇帝)尊号，奉戴为共主。从此，漠南蒙古各部便正式成为清王朝的藩属。

　　清王朝根据蒙古原有的“爱马克”(部)、“鄂托克”等社会制度，参照满洲八旗制，在漠南地区推行蒙旗制。对归附的蒙古各部逐一编旗，划定旗界，并从成吉思汗后裔黄金家族成员中选任“札萨克”(执政)，管理旗政。漠南蒙古24部相继被编为49个旗。又根据蒙古人定期会盟的传统制度，指定若干旗在一处会盟，从而形成了会盟制。在漠南地区共设哲里木、昭乌达、卓索图、锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭6个盟。盟的名称则以初次会盟地命名，每个盟设盟长一人，从所属的旗札萨克中选任。这样，便形成了一整套盟旗制度。另外，在今天的内蒙古自治区范围内，当时还有不属这6个盟的一些札萨克旗和总管旗、都统旗。如呼伦贝尔的新巴尔虎八旗、索伦八旗，还有布特哈八旗、察哈尔八旗、归化城土默特旗以及属于“外札萨克蒙古”的阿拉善旗和额济纳旗。

　　清王朝为了有效控制蒙古各部，在中央特设理藩院，专门负责处理有关蒙古的事务。在地方上，设黑龙江、吉林、盛京、绥远、宁夏将军，热河、察哈尔都统，陕甘总督等，分别兼辖内蒙古地区军政事务。

　　清王朝对归顺和降附的内札萨克蒙古封建主，按照他们原来地位的高低和对清朝皇帝的效忠程度，功劳大小，比照满洲贵族的爵职，分别授以亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、铺国公等爵位，并世袭罔替。又对成吉思汗家族众多的贵族，授以一至四等台吉的世爵。亲王以下的六等爵位的袭封者，每年可以从国库得到数量不等的银两、绸缎等，作为“奉禄”。王公台吉等都有额定的“阿拉巴图”，即“随丁”。为了羁縻蒙古贵族，清朝统治者采取“北不断亲”的联姻政策。清朝皇帝及其宗室王公迎娶蒙古贵族女子为皇后或贵妃；同时将皇帝的公主及宗室女嫁给蒙古贵族。清朝统治者还在蒙古人中极力提倡喇嘛教，笼络宗教上层，给予各种名号和特权。对于喇嘛则免除其兵役、赋税及差役等。在内蒙古地区建立众多的寺庙，使得入庙当喇嘛的人数不断增加。清朝统治者在蒙古地区推行了严格的封禁政策。封禁包括两个方面，一是严禁蒙古各盟旗之间越界游牧和随便往来；二是严禁蒙古人与汉人通婚和学习汉文，严格限制汉人到蒙地贸易和耕种。

　　清朝统治者对蒙古采取上述高官厚禄、世结姻亲、提倡黄教、厉行封禁等政策，使得蒙古地区成为它安定的后院和坚固的屏障。

　　鸦片战争以后，清王朝陷入内忧外患日渐加深的境地。当西方列强用坚船利炮从东南沿海打开中国大门的时候，沙皇俄国也从北面侵入内蒙古。沙俄等列强，通过一系列不平等条约，在内蒙古地区取得了种种政治、经济特权。这样，内蒙古地区一步一步地变成沙皇俄国等列强输出商品和资本的市场以及掠夺工业原料的基地之一。随着中国半殖民地半封建化进程的加剧，内蒙古地区也开始了这一变化。另外，由于列强入侵和国内连年战乱、灾荒，内地大批汉族农民纷纷涌入内蒙古，使得这一地区的民族构成、经济形态等发生了一系列变化。到了近代，由于内蒙古地区的各种社会矛盾日趋激化，各族人民的反封建斗争此起彼伏，接连不断。

　　19世纪50年代，哲里木盟南部发生了汉族佃农抗租事件，并持续了6年之久。卓索图盟土默特右旗爆发了“八枝箭”蒙古人民抗官差、拒摊派的斗争，与旗官府对峙达十多年。60年代，卓索图盟土默特左旗蒙古人民采用“老头会”的形式，掀起了抗拒官差，反对私放旗地的斗争。伊克昭盟人民则以“独贵龙”组织形式，反对旗府官员的苛捐摊派、兵差徭役和出卖蒙地的罪行。“独贵龙”运动从1858年起，相继在伊盟各旗不断兴起。1861年，在内蒙古东部发生了白凌阿起义。这次起义与东北汉族农民反清起义联合起来，形成了三四千人的队伍，转战卓、昭、哲盟和吉林、奉天二省。1868年起义被清军镇压下去。到了90年代，在昭乌达盟敖汉旗发生了汉族农民秘密结社──“金丹道”暴动；在哲里木盟科右前旗和科右中旗发生了图合木起义及花里亚荪等造反逼死王爷的事件。

　　总之，20世纪即将到来之际，一向被清王朝认为是安宁后院的内蒙古，已经打破了长期封闭的状态，各种社会矛盾日渐激化，成了危机四伏的北疆，清王朝的后院也开始着火了。