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1644年，明朝灭亡，清朝建立了全国统治。清初，西藏地区处于蒙古和硕特部的军事控制之下，在蒙古军队的支持下，15世纪开始创建的格鲁派(黄教)，此时已在西藏各教派中取得了绝对优势。清朝政府从当时的西藏实际出发，一方面敕封和硕特蒙古领袖固始汗为“遵行文义慧敏固始汗”，让他以汗王身份代表清朝中央管理西藏地方；另一方面则给予黄教领袖以崇高的荣誉，先后敕封阿旺洛桑嘉措(即五世达赖)为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，敕封罗桑益西(即五世班禅)为“班禅额尔德尼”从此确定了“达赖”、“班禅”两系传承的名号和他们的宗教领袖地位。蒙藏上层统治集团之间的纷争，引起清朝中央对西藏地方的密切关注。
1709年，清廷认为“西藏事务不便令拉藏汗独理”，遣待郎赫寿赴藏“协同拉藏办理事务”，这是清朝直接管理西藏事务的开端。
1718年和1720年，清朝两次出兵西藏，驱逐了准噶尔部，杀拉藏汗，结束了蒙古和硕特部在西藏的统治，安定了西藏的社会秩序。此后，清朝中央即农步加强了对西藏地方的管理。1 721年，清廷为除了西藏的第巴职位，四名噶伦共同管理西藏事务。
1727年，清廷正式设立驻藏大臣办事衙门，派遣办事大臣和帮办大臣二人常驻拉萨，督办西藏事务。
1751年，清廷建立噶厦，作为西藏地方政府。
1757年，七世达赖圆寂，清廷委派第穆图克图摄理西藏政教事务，在新达赖未寻到和未成年之前，代行达赖的职权。从此，确定了西藏方政府的摄政制度。
1791年，西藏发生了廓尔喀大人举入侵事件。八世达赖、七世班禅与驻藏大臣联名向清朝中央政府报告，请求速派大宫入藏抵御外侮。清廷立即征调大军进藏，在西藏各阶层人民的支持下，于第二年5月将入侵的廓尔喀军队全部逐出国境。事后，清朝为了加强西藏的防务和行政管理，于1793年颁布了“藏内善后章程二十九条”，对西藏地方政府的组织、政治、财政、金融、军事外交以及宗教等各方面的制度作了明确规定，使清朝中央政府在西藏地方宗教等各方面的制度作了明确规定，使清朝中央政府在西藏地方的施政更加完备，更加具体。“藏内善后章程”所规定的施政纲领，基本上一直沿用到1959年西藏民主改革以前。
1840年鸦片战争以后，西方资本主义势力侵入中国，也逐步侵入西藏地方。早在18世纪时，英国便蓄意对西藏进行侵略。19世纪中叶釉后，英国逐步控制了喜马拉雅山区诸国的同时，积极派遣特务分子以“游历”、“传教”为名，进入西藏地区进行侦察活动，并且提出了“通商”、“划界”等无理要求。由于西藏人民的坚决反对，英国侵略者的上述阴谋始终未能得逞。
1888年，恼羞成怒的英国侵略者借口边界纠纷，悍然发动了第一次武装侵略西藏的野蛮战争。西藏人民的衩迫进行了英勇的反击。昏庸懦弱的清朝政府竟将支持西藏抗敌的驻藏大臣文硕革职，任命降派升泰作为驻藏帮办大臣。在升泰等卖国贼的压制和破坏下，西藏人民的抗敌斗争遭到了失败。英国通过中曲会议签订的“藏印条约”和“藏印续约”，占西藏属部哲孟雄为其保护国并开亚东为商埠。
19世纪末和20世纪初，帝国主义列强掀起了瓜分中国的狂潮。英帝国主义为了独霸西藏，并把西藏从中国分裂出去，以“华官无权，不能整治西藏”为借口，企图抛开清朝中央政府，直接与西藏地方政府交涉。
1899年至1901年，英印总督寇松先后3次写信给十三世达赖喇嘛，阴谋制造英藏直接对话的既成事实。洞悉英帝罪恶用心的十三世达赖喇嘛严正表示：在没有与驻藏大臣商量以前，按照以往的规定，他不能与外国政府通信。寇松来信均被原件退回，英国策划的“直接交涉”阴谋终于破产了。1911年，辛亥革命爆发，推翻了清朝统治，建立了民国政府。清朝驻藏大臣衙门无形中撤销，驻藏官员和军队发生了分裂，西藏政局一时呈现混乱。处心积虑侵略我国西藏的英帝国主义认为时机已到，于是指使它在西藏的官员和军队，组织所谓“民军”向四川、西康地区进犯，对坚持反帝爱国立场的西藏僧俗人士进行了残酷的镇压和屠杀。接着，经过密谋策划，于1913年公开打出了“西藏独立”的反动旗号。
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