机密档案随着游戏进行，主线会发展出三个故事。“基本路线”与TV与剧场版故事相同，玩家可以透过主角剑崎的观点，经由与EVA驾驶者和NERV其它成员的互动中再次体验新世纪福音战士的世界观。在“主角路线”中，与美里、律子和加持曾为同窗的剑崎，发现自己也带有使徒的遗传因子，并为此而苦恼，重新思考了自己的方向。“瞳路线”则是透过游戏里另一位新登场的原创角色，参与Dummy System和Dummy Plug开发的科学家加贺瞳的观点，在看到初号机与第14使徒的作战后感受到的恐怖与威胁感。

　　游戏分章节进行，三个故事共有37话，每个章节的一开始玩家将会获得一定数量的行动点数，无论是进行主线或支线剧情都会消耗一点行动点数。如果行动点数消耗完毕却无法完成该章节的主线剧情，游戏即宣告结束。游戏进行的过程中，主角可以提升与真嗣和明日香的关系，这也会触发不同的结局。

　　PC版的《机密档案》还加入了EVA问答游戏，游戏共有三个难度等级，150道与《EVA》有关的问题，由明日香或零在各难度的题目中各抽出10题，通过3个等级后就有机会得到精美的CG做为奖励。自认是《EVA》死忠粉丝的玩家可以试试看自己对福音战士的了解成度。

　　剧情发展到一定程度后，玩家有机会看见以3DCG绘制，在动画中消失的四号机出现，以及它与初号机展开的精彩对决。而隐藏在NERV内的阴谋与人类补完计划所留下的种种谜团，在《新世纪福音战士：机密档案》中也会随着玩家的推理而逐步解开。在三部全新剧场版陆续推出前，《机密档案》即将补完《EVA》遗漏的篇章，一切真相都将得到答案。

　　9《必胜柏青哥攻略系列》

　　游戏发行日期为2010年11月18日，由D3 PUBLISHER INC./GAINAX合力制作。

　　柏青哥新作《必胜柏青哥柏青嫂攻略：携带版Vol.2 - CR新世纪福音战士起始的福音》将以《新世纪福音战士》为基础制作，在继承了原作上获得好评的各种机能的前提下，玩家可享受随时随地研究实机的乐趣。此外，本作也再现了为实体机制作的原创演出。

　　10《新世纪福音战士外传 第二印象》

　　作品于1997年在SS平台发行。1996年初，《新世纪エヴァンゲリオン》的第一部游戏在SS上出现，游戏的动画相当丰富，而且除了片头和片尾采用的和TV版相同的设置之外，其余全是新作。作为敌人的使徒也是游戏原创的角色，而并非动画中的十七使徒。

　　由于第一部作品操作繁复极难上手，(不知是不是受动画的意识流影响过深了)因此毁誉参半，并没有引起很大影响。到了97年，第二部作品《新世纪エヴァンゲリオン——2nd Impression》上市，此代吸取了上代的教训，各个系统都得到强化，很多的小游戏穿插其中，作战系统也从难懂的纯动画形式转为多边形方式。

　　11《新世纪福音战士外传 真夏夜之梦》

　　此作是一款纯攻略游戏，绫波线路和香线路都支持多结局，游戏中可以浏览事件原画，也可以用搜索房间来保存原画。

　　12《新世纪福音战士 战斗乐章》 

　　作品PS2版本于2007年6月28日发售，售价7140日元，豪华版10500日元。PSP版发行时间为2009年7月30日，为BROCCOLI/GAINAX制作的FTG PSP游戏。

　　PSP版《新世纪福音战士：战斗弦乐携带版》是原PS2版的移植作品。游戏是以著名动画作品《新世纪福音战士》为背景改编的多人大乱斗式对战游戏，移植到PSP掌机后将针对PSP的机能做出调整，例如追加新角色、增加WIFI无线通信对战等。 

　　在追加角色方面，有新剧场版的初号机、零号机的新机型，以及“莉莉丝”，其中莉莉丝的必杀技更重现剧场版中的“巨大绫波丽”镜像。

　　游戏利用PSP的AdHoc无线网络功能，在对战模式中可以实现最多4人的游戏大乱斗， 或也可与一名好友一起与CPU进行2V2小队对战，多种战斗设定能让玩家充分体验对战的乐趣。

　　而游戏的主要内容就是驾驶EVA与来犯的使徒进行决战，完成总共6个舞台的任务。除了原作的内容外，游戏还会加入部分原创要素，战斗结束后系统会根据玩家的战斗用时、机体损坏度，给予从E－S的不同评价以及不同数额的“开发费”，玩家可以使用开发费在商店中购买新人物等。

　　13《新世纪福音战士魂之轨迹》

　　作品发行时间为2010年6月3日，由D3 PUBLISHER INC.GAINAX制作发行。

　　本作是一款柏青哥游戏，而且还融入了《新世纪福音战士》最新剧场版《新世纪福音战士破》的人设和场景，并且在软件数据上基本与街机一致，可以方便玩家在PSP上使用和研究。

　　本作将会同时移植PSP和NDS平台，但是PSP平台独有一个欣赏模式，可以在里面看到剧场版中没有收录的影像以及进行游戏音乐欣赏。