故事描述由于在东京突然发生的一场大地震，导致街道崩坏损毁，同时还浮现出一座诡异的黄金之城。为此身为胧流忍者当家主人的秀真受到首都夺还的命令而单独潜入妖魔、式神横行的毁坏东京中调查事情真相，并打败事件背后的黑手……

　　游戏中玩家必须操纵忍者秀真和被神秘的阴阳师所操纵的过去伙伴展开一场场的忍术大对决。同时在这魔都东京中，还会出现有时帮助主角、有时与主角为敌的忍者朱刃，以及掌握事件关键的巫女篝、戴着面具的神秘忍者苍蛟龙等众多角色与主角相会，带领玩家一步步接近事件的真相。