在一周目剧情时，尽量不要避开训练师，因为二周目剧情触发是需要完成图鉴。与更多的训练师战斗，意味着可以得到更多的图鉴。
　　刚开始时老规矩，先听七釜户博士的讲解，之后选择第3项，会有一个精灵球出现，点击中间的按钮，会跳出棉花兔。最后就是决定性别、名字等，对手是个发型很囧的金发男。
　　主角在家看电视，看完电视准备出门时，对手跑了上来。到楼下后妈妈和你说话，让你去对手家一趟。出门时被妈妈叫住，又是堆废话…出门后，左上方就是对手家，进门时对手冲了出来把主角撞倒。他说了句很臭屁的话又回家了，跟他进去。进去后跑上2楼，发现他正在用电脑，他看见主角后又跑了…

　　出了对手家往北走，看见对手在村口等主角，并且不停催主角快点。主角和对手因为草地里有野生PM在忧郁，这是博士出现。发生剧情后，博士的孙子 (以下称副主角)，并拿出一个箱子，里面放着3个PM让你选(左边苗芽龟，中间火猴子，右边水企鹅)。选好PM后，博士离开了，对手提出挑战，迎战。对手的PM是属性克你的那个，等级为5，没难度。
　　战斗结束后，从妈妈那里得到跑步鞋，以后按着B键就可以跑步了。走到村口，遇到对手，和他一起往西边神事湖走去，在里面遇到了银河团的老大。剧情过后，银河团老大离开，对手也跑了。

　　走出湖后，沿201道路通向真砂镇，在村口遇到了副主角，他带主角来到研究所，在研究所门口，再次和对手相撞，对手马上就离开了。进入研究所，剧情过后得到图鉴。
　　离开研究所，从博士那里得到技能机27。出门后副主角向主角介绍了城市的设施。这时副主角说有事让主角回家，回家后得到日记本。这时对手妈妈也赶过来，并给主角一包裹让主角送对手。
　　然后就可以正式出发了。来到真砂镇往北走看到副主角，他会教我们怎么捉PM并给主角5个球。再往北走就会开始NPC对战。
　　沿202道路向北来到长寿市，刚进城看到副主角站在那，和他对话后进城，看到一个奇怪大叔在那里纠结，对话后大叔和副主角一起闪人了。

　　进入医院右边的学校，进去后发现对手在这里，把东西给他后，他给了主角地图后也闪人了…
　　出学校后会看到个大叔，他要主角帮忙找3个小丑。3个小丑分别在在商店门口、水池上方大厦门口处、城市左侧飘红旗的大楼门口。全部对话得到3张票子，就可以找大叔要手表了。
　　在商店正上方的房间中可以得到先制之爪。
　　西边218道路路口一个钓鱼大叔可以要到破钓竿。

　　得到手表后就可以往东走了。还没走几步路，对手突然出现挑战。
　　对手PM：
　　胖胖椋 LV7
　　初始PM LV9

　　打败这家伙后往东边的203道路走，来到个山洞。进去有个大叔，他会给主角密传机06碎石，不过因为没徽章用不来…
　　出了洞来到黑金市，一个少年把主角带到GYM门口。在GYM前遇到对手，得知馆主不在。往南走到达一个矿场，在最里面找到馆主，和他对话后他就回去了。
　　回GYM，对手已经走了…进去挑战吧!猴子学会格斗技能就可以轻松解决了，乌龟和企鹅更简单了。

　　馆主PM：
　　头盖龙 LV14
　　小拳石 LV12
　　大岩蛇 LV12
　　打赢后得到徽章和技能机76，密传机06碎石可以使用。

　　回长寿市，途中会遇到对手和奇怪大叔。回到长寿市后往北走发现副主角和神秘组织战斗，上去和副主角联手战斗。打败他们后博士告诉主角他们是反派组织银河团。
　　往北沿204道路走，进去一个洞穴。出洞继续往被来到索诺镇，里面有个花店可以拿种树果用的水壶。
　　往东205道路走看到一个小萝莉，她让主角帮忙找爸爸。继续往东来到发电站门口，发现有银河团的人，开战吧。
　　灭了他后他跑进发电站把门锁了。回索诺镇，左上方的花圃中有两个银河团的家伙，灭了他们后得到钥匙。
　　杀回发电站，在里面打倒一个银河团干部后救出了小萝莉的爸爸。

　　银河团干部PM：
　　超音蝠 LV15
　　蓝胖猫 LV17

　　走出发电站，遇到奇怪大叔，发生剧情后奇怪大叔跑了。
　　从发电厂左边的桥上去，沿205道路一直走。这里很多训练师，在前面有间屋子可以休息恢复HP。
　　然后进入白岱森林，有个姐姐会和主角组队，这里很多双人战，不过每场战斗过后都能自动恢复。出了森林和姐姐分开了。继续从205号道路往西走。
　　来到白岱市，医院右边的房子里的老爷爷会给你地下探险的装备。
　　医院上方对手出现，在神像前遇到银河团老大。回到医院上方，茜罗娜出现并给主角密传机01居合斩。
　　进入GYM挑战。在里面不停地找训练师主动对战即可。

　　馆主PM：
　　樱花 LV20
　　草苗龟 LV20
　　假面玫瑰 LV22
　　打赢后得到徽章和技能机86，密传机01居合斩可以使用。

　　出GYM后去城市北边的大楼，用居合斩砍树进去(如果没有适合的PM，在205道路的草地上有抓龅牙狸)。里面发现奇怪叔叔(在当卧底)和银河团的人，灭了他们救出自行车店的BOSS

　　银河团干部PM：
　　超音蝠 LV21
　　毒臭鼬 LV23

　　然后就可以去自行车店那里拿自行车了，按B键可以换档变速。途中茜罗娜给了主角一个蛋(是波克比)。
　　往下方进入自行车道206道路，路口有博士助手，如果图鉴登陆30只PM以上可以拿到学习装置。
　　沿206道路走(途中可以去黑金市补给)，到207道路往东到尽头，在山洞口遇到副主角，得到对战搜索机。
　　进山洞后，再次遇到银河团老大。出洞后再往东沿208道路到达绿城。

　　刚进城会遇到个女士得知这里有选美大会。城中央的工作人员会带主角到选美场，在里面见到妈妈和对手的妈妈，寒暄后她们离开。和选美场里那个紫发阿姨对话，她会回GYM。
　　医院右边的房间可以得到伊布。
　　进入GYM挑战。里面漆黑一片，是个小迷宫，进错门会退回到起点，但难度不大，多走几次即可。主角会用手表当电筒用。

　　馆主PM：
　　夜游灵 LV24
　　鬼斯通 LV24
　　梦魇 LV26
　　打赢馆主得到徽章和65号技能机

　　刚准备往209道路走，就遇到对手，和他开战。

　　对手PM：
　　对手主要PM LV27
　　胖胖椋 LV25
　　不确定PM LV23

　　不确定PM LV23(这两个按主角选PM的属性变化而变化，我选火猴子时，分别是玫瑰和小火马)
　　战胜对手后，来到209道路，河边有个钓鱼大叔可以要到好钓竿…往北有很多训练师。中途有个墓地，进去练级吧。里面的大雾天气有点不爽。
　　出坟墓后再北就是花蕊镇。镇里有个培育所，以后有用(生蛋用)。右方有遗迹，里面有未知图腾抓。密传机05驱雾在遗迹最里层拿。
　　往北边的210道路出发，中途有个饭店，里面可以对战。旁边的路被可达鸭堵了，没办法只有往东215道路走了。215道路开始下雨，火系会不利。
　　沿215道路走出了雨地，来到了户张市。很大的城市，有游戏厅、百货大厦，某个房子里有个小丑和主角玩游戏，猜对了得到游戏厅必备的游戏盒子。
　　这里有GYM，进去挑战。在GYM门口遇到副主角和水戏GYM馆主。
　　推动那些红色沙袋，就可以清除障碍物前进了。

　　馆主PM：
　　愈加猴 LV28
　　鲁卡里奥 LV32
　　豪力 LV29
　　打赢馆主得到徽章和技能机60

　　一出GYM，副主角来求救，他被银河团的人欺负了。城市上方有银河团的人，灭了他们。之后奇怪大叔出现，带主角进了仓库，得到密传机02飞天，但深处进不去。
　　再就是往南进入214道路，这段路很长，注意回复。一直往南走来到个海滩，穿过海滩继续走，过了213道路来到野濑市。

　　对手PM：
　　胖胖椋 LV34
　　对手主要PM LV36(未2次进化)
　　不确定PM LV32
　　不确定PM LV32 (这两个按主角选PM的属性变化而变化，我选火猴子时，分别是玫瑰和小火马)

　　然后就去战GYM。地面上黄色、绿色是使水面或下降，蓝色的是使水面上升。水面上升可使黄色的木板漂起当作路，让主角通过，主角不能直接通过有水的地方。

　　馆主PM：
　　暴鲤龙 LV33
　　呆呆蝾 LV34
　　浮鼬王 LV37
　　打赢后得到徽章和技能机55

　　走出GYM时，遇到了对手，GYM的馆主也出现。剧情过后，去追一个银河团团员，往沙滩方向追去。几次追综之后，和银河团团员开战。打败他后，茜罗娜出现，给了主角密传药，便可以去210道路餐厅旁边的可达鸭处。
　　来到210道路尽头把药给了可达鸭，它们就会走了，然后茜罗娜又过来给了主角一串奇怪的项链。

　　沿210道路走没多久就出现迷雾天气，虽然不用驱雾也能摸路走过，但还是推荐用驱雾，毕竟有道具拿，而且迷雾天气命中率那个低啊…驱雾在未知图腾遗迹最深处拿…
　　走出这段路，到达冠凤市。中间有个有壁画的洞穴，打败门口的银河团团员。战斗胜利后来了个老奶奶，她说那串项链是这里的，那就把项链还她。和她一起进洞穴，看到了神秘壁画。银河团老大突然进入洞穴，这次要和他战斗了。

　　银河团老大PM：
　　纽拉 LV34
　　大嘴蝠 LV34
　　黑暗乌鸦 LV36
　　胜利后，作为感谢，老奶奶给了主角密传机03冲浪。

　　出了洞穴，茜罗娜出现，发生剧情后，赶往美央市。直接用飞天到长寿市，往西走，在218道路用冲浪来到美央市。
　　到达美央市后，在桥上会遇到对手的挑战。

　　对手PM：
　　椋鸟 LV36
　　赫拉克罗斯 LV37
　　对手主要PM LV38(完全进化)
　　不确定PM LV35
　　不确定PM LV35(这两个按主角选PM的属性变化而变化，我选火猴子时，分别是假面玫瑰和烈焰马)

　　又有GYM，是在升降板上飞来飞去，没有什么难度，多走几次就能破解

　　馆主PM：
　　三磁怪 LV37
　　大钢蛇 LV38
　　壁垒龙 LV41
　　打赢获得徽章和技能机91。

　　出门后，遇到对手，他让主角去钢铁岛拿密传机04怪力。
　　坐船来到钢铁岛，从洞口的波导勇者处拿到密传机04怪力。洞里的分支剧情暂时先不管。
　　回到美央市，和对手对话，进入图书馆。突然地 震，博士让主角去律诗湖(即最右边那个湖)调查。
　　飞到野濑市右边的海滩上面(213道路)，路口的挡路的两人已经不在了，进入律诗湖畔。
　　湖水被抽干，满地尽是鲤鱼王…进入洞里打败银河团干部。

　　银河团干部PM：
　　大嘴蝠 LV38
　　毒斗蛙 LV40
　　古铜镜 LV38

　　回家旁边的神事湖，看到博士和副主角被银河团的人包围，上去战斗。

　　银河团干部PM：
　　大嘴蝠 LV38
　　蓝胖猫 LV40
　　古铜镜 LV38

　　然后飞回冠凤镇，往左来到洞穴前，进入，向洞穴的更里面进发。洞里有雾，不过不想拿道具的话不用驱雾也可过。
　　出洞是一个下雪的地方216号道路，视线非常不好。在这里战斗尽量速战速决，因为雪天每回合不停地少血，在途中会有一个小屋可以回复。
　　顺路走来到217号道路，雪会更大，而且老是会陷进雪里。尽量贴着左边的道路走，有个房子后面有密传机08攀岩拿。
　　走出217道路，来到英知湖，看见对手在高台上打招呼;这个高台需要密传机08攀岩才可以上去，虽然已经拿到了08，但是没有徽章用不来。
　　所以先去金岬市打GYM。这个GYM比较烦，在冰上走路不遇到障碍就一直滑行…主要就是想办法把雪球全撞破就可以了

　　馆主PM：
　　雪女 LV44
　　狃拉 LV40
　　大牡丹 LV40
　　雪人王 LV42
　　打完后得到徽章和72号技能机

　　既然可以使用攀岩了，马上去英知湖。在湖边看到对手和银河团干部在战斗。银河团干部看到主角后，马上就走了。

　　飞往户张市的银河团总部决战。城右边的大厦门口雷达前看到一个正在自言自语的团员，他看到主角后马上闪人了，奇怪大叔这时出现。前往银河团仓库，奇怪大叔把仓库的门打开了。
　　然后会到一栋大厦，和初代红绿一样，不停地飞啊…在里面找到银河团总部钥匙。
　　拿到钥匙后就离开这里，去城中央的银河团大厦。
　　在大厦内部，遇到了奇怪大叔，并与他一起偷听银河团大会。
　　在大厦里不停地飞、不停地打，终于飞到了最深处，和银河团老大对战。

　　银河团老大PM：
　　纽拉 LV41
　　双翼蝠 LV44
　　绅士鸦 LV46

　　战后，从老大手里得到大师球。并继续往里走，来到一个研究室，里面的仪器上放着三圣菇，打败银河团干部后把三圣菇放生。

　　银河团干部PM：
　　大嘴蝠 LV42
　　古铜镜 LV42
　　毒斗蛙 LV44

　　从207号道路进山洞，来到殿元山。在山洞内部遇到奇怪大叔，对话后继续前进。不停地进洞出洞来到山顶，途中自然有许多的银河团杂鱼干扰。
　　在山顶，遇到了两个银河团干部。这时对手出现，和主角联手战两个干部。

　　银河团干部PM(双打)
　　古铜镜 LV44 古铜镜 LV44
　　大嘴蝠 LV44 大嘴蝠 LV44
　　蓝胖猫 LV46 毒臭鼬 LV46
　　战斗之后，回复HP

　　银河团老大把时间和空间两大神兽都召唤了出来，两只神兽发出愤怒的光芒。这时，三圣菇出现，暂时平息的神兽的怒火。地面突然冒出一个影子，张开巨大的翅膀，创造出反转世界，把两大神兽和三圣菇全都吸了进去。
　　茜罗娜出现，和主角一起进了反转世界。里面是个很难形容的地方，在里面人可以飘浮，可以飞檐走壁。还好，岔路不多，在每个浮动平台的四个孔里都站一下，就能找到路。
　　在里面遇到银河团老大，对话后来到一个浮动平台不停变幻的地方。在里面有圣菇不停指引你把石头推进洞里。
　　将三块石头填进三圣菇面前的洞里后，去找茜罗娜，茜罗娜带主角来到最深处，遇到了银河团老大，与之开战。

　　银河团老大PM：
　　地狱狗 LV45
　　双翼蝠 LV46
　　暴鲤龙 LV46
　　绅士鸦 LV47
　　玛纽拉 LV48

　　打败银河团老大后，他离开了。茜罗娜给主角回复HP后，主角将迎来神兽冥王龙的挑战。
　　47级的冥王龙实力自然非常强大，经过艰苦的战斗后，将其收服。
　　之后便可以离开反转世界了。出来后，来到DP中的密泉之道，但地图显示是殿元山山脚。经过次元联接，回到了律诗湖边。鬼龙也变成了DP里的形态形态…
　　去研究所找博士对话后，便可以向律诗湖东边的222道路进发了。
　　来到名木市，进去时遇到一个红头男奥巴(四天王之一)。
　　来到城市东南方的塔顶，和一个金发男对话，他就会回GYM(他是GYM馆主)。之后就可以去挑战最后的GYM了。
　　这个GYM的迷题是旋转齿轮，踩有绿蓝红色标志的齿轮中心就会是齿轮发生转动(蓝色顺时针，绿色逆时针，红的旋转180度)——同时其他齿轮也会转动，所以如何产生通路就要靠不断的转动了。

　　馆主PM：
　　雷伊布 LV46
　　雷丘 LV46
　　猛电兽 LV50
　　雷电狮 LV48
　　打完后得到徽章和57号技能，密传机07攀瀑可以使用。

　　出GYM往上走，看到了金银版中的钢系GYM馆主，她给主角密传机07攀瀑，然后在223道路上一路向北。登上瀑布后进入冠军山洞。
　　洞很大，不过地形不复杂，没有什么需要动脑子的地方。从一个地方攀岩上去就出洞了。
　　进入联盟内，会和对手战斗。

　　对手PM：
　　椋鹰 LV48
　　赫拉克罗斯 LV48
　　卡比兽 LV51
　　对手主要PM LV51
　　不确定PM LV47
　　不确定PM LV47(这两个按主角选PM的属性变化而变化，我选火猴子时，分别是假面玫瑰和烈焰马)

　　打败对手后，去补给一下，多买回复药，然后就是准备挑战四天王+冠军。四天王分别是虫地火超。

　　虫系天王亮
　　古蜻蜓 LV49
　　钢铁螳螂 LV49
　　女王蜂 LV50
　　赫拉克罗斯 LV51
　　毒龙蝎 LV53

　　作为第一个天王，实力并不是非常强大。古蜻蜓的耐久都不高，可以强攻秒之。钢铁螳螂4倍怕火、赫拉克罗斯有4倍怕飞行系的特点，也可以轻松秒之。只有女王蜂和毒龙蝎比较讨厌，女王蜂拥有压力特性，与之战斗时要注意PP值;毒龙蝎攻防两端都比较强大，建议用地面系技能攻击。

　　地系天王菊野
　　天蝎进化 LV53
　　重甲暴龙 LV55
　　地 震鲶鱼 LV50
　　隆隆岩 LV52
　　沙暴河马 LV55

　　个人感觉很废柴的一个天王，草系PM可以轻松将其击败。就算没有草系PM，只要注意别被克制，仍然可以轻松击败他。

　　火系天王奥巴
　　烈焰马 LV58
　　地狱狗 LV52
　　鸭嘴暴龙 LV57
　　火伊布 LV55
　　豪火猴 LV55

　　火系天王的实力与DP相比，强大了很多，不过全是耐久不高的PM，有水系就很好对付。就算没有，对攻战也可战胜他。比较麻烦的是豪火猴和鸭嘴暴龙，不用相克属性很难秒杀，而他们的攻击力非常强大。

　　超能系天王五洋
　　吸盘魔偶 LV53
　　光伊布 LV55
　　超能斗士 LV59
　　胡地 LV56
　　古铜钟 LV54

　　每只PM都很难对付。好在每个PM的弱点都比较明显：超能斗士攻击力异常强大，但速度和耐久比较低;胡地和超能斗士类似，虽然拥有很高的速度，但是耐久更低;吸盘魔偶的物理耐久低;古铜钟速度慢，本身的攻击能力平平，看准机会猛攻就可以灭之。

　　冠军茜罗娜
　　鬼盆栽 LV58
　　波可基古 LV60
　　假面玫瑰 LV58
　　鲁卡力欧 LV60
　　美蛇兽 LV59
　　地龙 LV62

　　本作的冠军实力强大到逆天。鬼盆栽耐久高，并且没有弱点属性，只有靠强攻击败。鲁卡力欧在攻击端接近完美，但耐久一般，用高攻技能可以迅速击败。美蛇兽的耐久恐怖，并且有一系列的辅助技能，非常讨厌。地龙作为准神级别的PM，能力自然不用说，速度快物攻高，耐久也凑合，龙遁可以秒杀大多数低耐久的PM，好在其有4倍弱冰的属性。