太古时代，天地混沌，没有天地，日月，山河，生灵。万物还未成形，整个虚无一片。
亿万年岁月，混沌间流动的天地元气互相汇聚融合，进化成有形的形态，产生不同的灵魂。这些灵魂再度进化，形成思想，自我，仙法，道行，最终进化成为神祗，他们有莫大法力，拥有开天辟地，倾覆乾坤之能，但神识还被混沌封印，依然处于沉睡之中。
时光飞逝，神祗之中，名为盘古的神从沉睡中苏醒，运用法力，生出巨斧，劈开了茫茫黑暗。众神也随之醒来，分居大地四方。
被劈开的混沌，阳清之物上升成为天，阴浊之物下沉成为地。盘古站在天与地中，以身为柱，撑起天地之间的空间。天每日增高一丈，地每日增厚一丈，盘古也一日长一丈。撑起天地之时，盘古之泪成为江河，呼出气息成为风，发出声音成为迅雷，眼睛闭合成为闪电，盘古喜怒，世间出现晴阴之分。
如是者又一万八千年，天地定下形态。盘古耗尽法力，无法支撑，于是倒在自己创造的世界中，化为天地万物。左眼变成太阳，右眼变成月亮，手足和身躯变成大地四极五方名山，血液变成江河，筋脉变成道路，肌肉变成田土，头发和胡须变成天上星辰，皮肤和汗毛变成花草树木，牙齿、骨头、骨髓等，也都变成闪光的金属、坚硬的石头、圆亮的珍珠和湿润的玉石，就是那最没用处的身上出的汗，也变成了雨露和甘霖。“大荒”自此而存在于天地之间。
盘古之后，有蛇身人首，称为女娲的女神，因世间生灵太少，便以土，水混合，注入自身灵力和天地元气，以杨柳枝条为器，取众神形体为模，创造出“人”。人形体虽小，但身怀天地元气，体态优美，富于智慧，集天地之精华，为万物之灵长，有管理天地之气概。且因天地元气之力，人可以和神一样应天地之劫，过得三十六天劫者，可飞升天地，成为世间万物真正的统治者。
在女娲恳请之下，居极北幽都之地的土神后土，将黄土神石赠予人类。黄土神石与息壤并称为幽都至宝，息壤代表“发生”之力量，可生生不息，永不停止。黄土神石则代表“成长”之力，可吸取大地深处地脉所散发的地气，影响砖石土木运作。人类利用这种仙石，在大地之上建起了数座宏伟的城市，并寄身其中，抵御野兽和妖魔袭击，繁衍生长。
盘古死后，众神无以为尊，开始进行权力争斗，又以水神共工和火神祝融之争最为激烈。共工拥有操纵天下河川之能，祝融则掌握万物之源火之力，水火不能相容，两人自太古时代就争斗不休。祝融性子暴躁，厌恶旷日持久的争斗，于是舍去自身一万八千年修为，采五金之精，炼出可任意变幻，威力无边的离火神兵。共工坎水神诀难以抵御祝融离火神兵，无计可施，败下阵来。几千年从没分过胜败的局面就此打破。无法接受自己败阵事实的共工，暴跳如雷，竟然一头撞向不周山来发泄自己的怒气。
不周山本是盘古的身躯化成，盘古化做天地万物，身躯成为四座巨山，撑起天地，不周山便是位于大荒西北的撑天之山，在不周山之上，九天之中，是奔腾汹涌的天河。共工混杂着怒气的一撞，无形中将自身神力发挥到极致，竟然冲破不周山的仙法结界，将它拦腰撞为两截。
不周山即断，天之一角顿时坍塌，天河水倒泻而下，将中原大荒变成一片汪洋，人类面临灭顶之灾。女娲为了拯救人类，舍弃自己数万年修为，和天地之力对抗，将灌入人间的天河水逆流送回九天之上，再采天地元气，混合自身精气法力，炼制五彩石，补起了天河漏洞，但是自己也力竭而死，烟消云散。
女娲牺牲自己阻止了天灾，但不周山之祸却远不止天河之难。极北之地幽都山，自太古便存在，任何神力都无法开启的巨大铜门因不周山之断，紊乱无序的天地元气冲击之下，竟然自行开启，铜门之后，从不为人所知的世界就此展现在世人的面前。
原来混沌之初，天地元气因两极之分，流动不均，不但孕育出有神识的神祗，同时还由浑浊之气造就出拥有“魔识”，法力通天的“妖魔”，浑浊之气化成的妖魔乃是只懂杀戮，征服的个体存在，如它们随神祗一起苏醒，世间必将陷入万劫不复之境。但冥冥之中，似有天意主宰，盘古分开天地之际，妖魔陷于阴浊之气，不能脱身，并随之下沉，流入与人间界平行的异世界中。妖魔世界与人间界唯一通路便是幽都山的太古铜门，然而太古铜门所处的幽都山正处于人间界地脉中心所在，被天地元气和地气所形成之“天元地极锁”镇封的铜门，无论是人类还是妖魔，抑或神仙，哪怕法力再高，道行再深，也无法打开，妖魔界从此也就成为不为人知的所在。
不周山带来的紊乱冲击撞开太古铜门，窥伺人间界已久的妖魔借机大举冲出。妖魔界的统治者——幽天魔帝，率领手下五方八部六天妖魔，利用“人”在女娲制造时元气分配不均而在心中产生的劣根性，将他们引入魔道，成为自己的部属，迅速扩大势力，试图击败和自己同时出现的“神”，取代后者的地位。
这时，大荒之中，华胥氏之子伏羲应完三十六天罡，七十二地煞之劫数，飞升登天，成为天帝，四方诸神归于其统治之下。面对妖魔的咄咄进逼，天帝率领诸方仙神，同幽天魔帝进行决定天地命运的一战。决战结果，仙神虽死伤无数，但仍大败幽天魔帝，五方八部六天妖魔损失殆尽，魔帝被迫率众退回妖魔界，第一次神魔之战以妖魔的失败宣告结束。
神魔之战后，天帝合众神之力，重新关闭太古铜门，并在其上加注十三道黄土封印，以增厚地气，加强“天元地极锁”功效。此外，天帝更派土神后土永世坐守太古铜门，防止妖魔的再度侵入。同时，天帝在九天之上用巨大法力建起天宫，为诸仙神居所，作为人间界大荒的庇护者和统治者，仙界正式形成。
神魔之战也给大荒之地带来了巨大的影响。人类了解到自己身体内原来蕴涵有惊人的潜力，于是一些人开始进行修行，试图象伏羲一样，飞升成仙。道术仙法的修行激发出他们体内的天地元气之力，让他们拥有如同仙神般飞天遁地，负海担山的能力。另一方面，妖魔也打开了人心中邪恶的匣子，种种以前不曾有过的劣根性都显露了出来。权谋，诡计，奸诈，自私，邪恶的心性让许多修行之人走火入魔，堕入魔道成了妖魔，也让大荒之上充满了争斗和杀戮，原来的乐土不复存在。妖魔退去之后不足百年，人间界立刻爆发大乱。
神农部族炎帝姜榆罔，天生火灵之身，拥有随心所欲控制火焰和热量的能力；有熊部族黄帝姬轩辕，是剑仙广成子的门人，曾跟广成子一起畅游天下，学道练剑，实力非凡。两人皆具雄才大略，有一统大荒的雄心，在逐渐吞并周围的小部落，扩大势力之后，神农部族和有熊部族终于不可避免地开始正面冲突。两族实力相当，互相攻伐多次，都没有结果，于是两人不约而同向仙界众神求助。适逢天帝为了苦思对付妖魔之策，闭关未理政事，素来不服天帝的火神祝融竟然违犯天帝不准参与凡间争斗的禁令，将自己的离火神兵借给了炎帝。而因共工之败，对祝融早有不满的雷神雨师也借此机会，采首山之铜，为黄帝铸就了天下第一神兵——轩辕剑，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策，乃是一统天下之用的王道之剑。
得到神兵的两人率领军队，在阪泉展开决战。炎黄二帝在九天之上，以神兵进行惊天动地的对决，最终王道之剑胜过了五金之精，离火神兵断为两截，散于人间，消失无踪。而炎帝军则大败，被黄帝赶到南方偏远的九黎之地，苟延残喘，姬轩辕成为了人间界中原大荒的统治者。
炎黄之战虽以黄帝之胜宣告结束，但带来的祸害却远未有人能够预料。离火神兵与轩辕剑的对决，带来巨大能量冲击，不仅对人间界造成巨大损害，毁灭了地上无数人的家园，而且在西蜀之地，巴山之上劈开一个巨大裂口。被称为“万魔渊”的裂口因天地元气异变而成为连接妖魔界的通路。借由此处，妖魔不需要通过太古铜门就可以来往于人间妖魔两界，一时间，妖魔又大有蠢蠢欲动之势。黄帝之师广成子见万魔渊魔气冲天，不忍人间生灵涂炭，于是舍全身法力，将自己肉身和佩剑化为锁妖塔，沉入万魔渊中，封住了裂口。更命自己弟子后人在巴山上建起名为弈剑听雨阁的剑派，永远镇守万魔渊。
万魔渊虽被广成子以牺牲自己的方式所封印，但因充斥其间的天地元气太过杂乱，仙界已无法将其修补。修炼出关的天帝对此结果大为震怒，将祝融打下人间界，经七世轮回，才可重回仙界，并下令关闭人间界与仙界的通路，严禁众仙神与人随意进行接触，从此人神完全隔绝。然而世间的动乱还并未走到终结之地。
迁居九黎的炎帝部族，逐渐和当地苗民融合，繁衍发展，并衍生出以火为尊的荒火教。荒火教起初只是作为一种信仰在苗民之间传播。但在蚩尤的带领调教之下，修习武技术法，招揽高人异士，逐渐成为拥有强大力量的组织。蚩尤本是炎帝后裔，传说天生神力，武技高超，有万夫莫敌之能，他一直对炎帝之败耿耿于怀，认为黄帝胜得并非光明正大，神农部族应积蓄力量，再图中原。但炎帝已失去逐鹿大荒的雄心，并认为黄帝是天选中之人，不愿再兴起刀兵，给人间带来动荡。
蚩尤屡次进言都被炎帝所拒，心生怨咎，怨气直冲到妖魔界，被魔帝所察觉。魔帝利用蚩尤心中怨咎，允诺给予蚩尤打倒黄帝的力量，诱使蚩尤堕入了魔道。魔化的蚩尤心中只有打倒黄帝，夺取大荒的执念，不顾一切，放逐炎帝，取得神农部族的统治权，率领荒火教众和神农部族军队，发动了对黄帝的战争。
黄帝救下被蚩尤放逐的炎帝，并和炎帝一起迎战蚩尤。但蚩尤军队不仅由剽悍善战的苗民组成，更有妖魔的存在，虽然万魔渊被封，法力高强的妖魔无法通过，但低级妖魔反倒可以来到人间，魔帝派遣五方八部妖魔众加入蚩尤的军队，帮助蚩尤作战。八部妖魔众使用邪法做起漫天大雾，黄帝军队目不能视物，在雾中方向难辩，战斗异常艰辛。五方妖魔众中的魑魅魍魉也是黄帝军队首次得见，魑魅人面兽身，有四足，会发出怪音，闻者浑身发软，无法动弹。魍魉黑里透红，样子像个小娃娃，也会发出怪音，闻者心智丧失，为魍魉所操纵。黄帝军队无法抵敌，大败而逃。
人间界不过数年又发生战乱，惊动了仙界，天帝察觉到魔帝阴谋，但因妖魔界并未大举进入人间，仙界也无法公然派遣仙神帮助黄帝作战。于是天帝传仙箓予黄帝，指示黄帝寻找人间奇人异士。黄帝依仙箓指引，在大荒西方的流沙国中寻到智者风后，又在凶犁之丘以三拜之礼请到将才应龙。得风后与应龙之助，黄帝重整军势，再和蚩尤作战。
风后采大荒极北出产黑色磁石，以之制成名为“指南车”的器具，指南车无论在任何地点，车头玄旗小人始终指向北方，黄帝军队使用指南车，在大雾中也能辨别方向，破去了八部妖魔众的邪术。风后又以牛羊之角为号进行吹奏，其声如同龙吟一般，送入众人耳中，令人精神振奋，魑魅魍魉邪音再无法奏效，五方妖魔众也被击退。同时，应龙也指挥军队，成功击退荒火教部众，蚩尤军节节败退。
不利军势令蚩尤大怒，心中魔性再度加强，而他的“魔识”也因此苏醒，原来蚩尤本身便是随混沌一起成形的上古妖魔，只不知什么原因流落到人间，转世为人。魔帝不知何故洞悉了这个秘密，于是诱使蚩尤堕入魔道，重新成为妖魔之身，在人间掀起大乱。魔识苏醒的蚩尤现出自己妖魔真身——巨大化的牛首人身怪，吞云吐雾，飞沙走石，并将跟随自己的荒火教部众全数妖魔化，大举屠戮黄帝军队，黄帝再次惨败。
上古妖魔出现在人间界令仙界无比震惊，天帝派遣九天玄女下凡，赠予神兵昆吾剑，并传授黄帝克制蚩尤之术。黄帝手下大将应龙学得九天玄女传授之玄天阵法，挑选精锐黄帝军士，组建名为天机营的部队。营内军士均修习玄天阵法，以克制妖魔化的荒火教教众。黄帝又依九天玄女之言，斩杀东海流波山的夔牛和南方雷泽中的雷兽，以夔牛皮革制成八十一面大鼓，雷兽巨骨制成鼓槌，再度挑战蚩尤，双方在涿鹿展开决战。
黄帝军队敲起夔鼓，荒火教妖魔听到如同雷鸣一般的声音，骨酥筋软，无法发挥全力战斗，而天机营军士使用的玄天阵法，在互相配合支援下能成倍增加战力，此消彼长，蚩尤手下的妖魔部众无法抵挡，四散溃逃。同时在九天之上，应龙和蚩尤都现出自己真身，本为天界神龙转世的应龙化身为九翼神龙，双手同持轩辕剑和昆吾剑，和牛首人身的上古妖魔苦战三日三夜，终于借助两大神兵之威，斩杀蚩尤。黄帝与蚩尤之战，本是人间界的争斗，但因蚩尤妖魔之身，实则是仙界与妖魔界借人间势力之战，因此又被称为第二次神魔之战。
涿鹿一战，死伤无数，血流成河，天为之悲，降大雨三日不止。蚩尤身躯虽灭，一腔怨气却直冲天地之间，动摇锁妖塔根基，震开太古铜门黄土封印，整个天地为之动荡，其灵魂则连仙界也无法湮灭，只得将其镇压在锁妖塔底。蚩尤的灵魂在锁妖塔底每日诅咒天地，等待复仇的时机。
第二次神魔之战后，九黎苗众再不与中原往来相通，荒火教更是和天机营结下了不解的夙仇。不久黄帝应劫飞升而去，继任帝君治国无方，天下再陷动乱之局，各部族势力纷起，纷争不休，皆想成为大荒人间界统治者。妖魔界魔帝和众妖，则试图冲破万魔渊和太古铜门，再度前往人间。
我们的时代，自此而始!!
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