公元2108年，人类的脚步已遍及银河系。地球上90%的陆地由于气候变化，变成海洋，大部分人类已经移居到其它星球。

　　地球仅剩下南海站、纽约站、布拉格站和伊斯坦布尔站这四个地区可供人类生活。由于原华人在全球议会中占有30%的议席，所以南海站成为世界中心。此时，能源成为左右全人类政治、经济的最终筹码。联盟实验室便成为政治较量最重要的机构。超过半数的议员都曾在这里工作过。

　　秦破天是第三十七任联盟实验室主管，管理开发、探索新能源。由于新实验太过危险，联盟不同意提供专项资金，所以秦破天用自己的积蓄私下进行实验，发生了事故，被联盟免除实验室主管职务。然而他仍不甘心，找到新一任的实验室主管艾博士请求支援。艾博士曾经是他的导师。

　　艾博士研究了秦破天的实验，发现这极有可能是人类历史上具有里程碑意义的科研探索，也许将彻底解决人类的能源问题。而先前的事故是由于秦破天的实验设备不够精良引发的。艾博士决定冒险一试。经过周密的计算，发现一周后的十五点十五分，在R星球C区用四级爆炸可能会打开时空隧道。 此消息传到军部，受到了将军大力的支持。

　　同年，时空隧道架设成功，命名为：“时空之门”。新能源代号为“龙魂”。秦破天官复原职。

　　在深入研究“龙魂”时，秦破天意外的发现了将军的疯狂计划。原来将军也在秘密研究“龙魂”能力，并进行了“活体实验”。意图靠这些怪物消灭人类，重新谱写历史。为了阻止疯狂的将军，秦破天与其助手影、暗流三人利用时空隧道回到了过去。决心想办法关闭“时空之门”。

　　将军——联盟军方首领。在时空隧道架设成功后，也在秘密研究“龙魂”力量，将军派遣手下少将司原(云月组织)穿越不同时空召唤来恶灵武士和邪神魔王等，并用“龙魂”改造强化其身体，控制其思想，组成神秘军团“云月社”。将军意欲率领魔兵凶兽消灭人类，重组世界。

　　当得知自己的秘密被秦破天发现并出逃后，将军假借正义之名博得联盟一致的认可，拿到了对秦破天的“格杀令”。(其借口也无非是“阻止秦破天破坏历史等”)。

　　接着，将军便下令全联盟征兵，利用艾博士、秦风盈以及从所有星球和各个空间站招募来的志愿者玩家，达到铲除劲敌的目的。

　　一场精心策划的阴谋已经揭幕了……