一、足利尊氏的举兵
贞氏的次子足利尊氏在嘉元三年(1305)出生。初名又太郎高氏(以下通称为尊氏)，母亲是上杉清子，同母弟是直义(初名高国)。尊氏的出生地有两种说法，一种是丹波国八田乡梅迫(现京都府绫部市梅迫町)被称为“尊氏诞生之井户”(山越忍济《足利的鑁阿寺》)，另外一种是镰仓。《难太平记》记载道，尊氏出生时出现奇瑞，即在新生儿初次洗澡的时候
，飞来二只青鹪，一只停在尊氏的左肩，一只停在勺柄。
尊氏由于兄长左马助高义的夭折，虽然是庶出之身最终成为嫡子，元应元年(13190十月，十五岁，叙任从五位下治部大辅。翌元应二年(1320)九月，辞去治部大辅，以后称为前治部大辅(《足利家官位记》)。不久迎娶北条氏一门赤桥久时的女儿登子(最后的执权守时的妹妹)。
当时的幕府，北条高时担任执权，而政治实权由内管领长崎高资掌握，因为他随心所欲专断妄为，使得政治混乱，御家人的不满日益高涨。另一方面，朝廷在十三世纪半以后，皇统分裂为持明院统和大觉寺统两统，围绕皇位的继承产生的激烈对立一直持续着。幕府为了解决这个问题采用两统交替即位的方式，但是两统的对立依然存在。文保二年(1318)，大觉寺统的后醍醐天皇即位。天皇趁着父亲后宇多法皇停止院政的时机，计划改革政治，设立记录所，起用人材，开始亲政。关于皇位的继承，被决定为在天皇之后是兄长后二条的皇子邦良亲王，接着是持明院统的量仁亲王(光严天皇)，两派各自出谋划策推动幕府催促天皇尽早退位。
天皇在这样的形势中，为了安定自身的皇位，也为了实现以天皇中心的政治理想，同时受到多年来学习的宋代儒学的名分思想的影响，痛感必须打倒幕府，和近臣们密议讨幕的计划。此计划在正中元年(1324)被发现，因而失败，史称正中之变。此后天皇打倒幕府的意志不曾动摇，继续拉拢奈良和睿山的僧兵等，积极准备讨幕的工作。元弘元年(1331)，阴谋再次被幕府察觉，以日野俊基为首，文观、圆观、忠圆等主谋者被抓。天皇在同年八月逃到大和的笠置举兵。以河内的楠木正成在赤坂城举兵为收，各地出现相继举兵的情况。
接到天皇举兵的通知的幕府，于九月二日下令出兵镇压，幕府军从五日到七日离开镰仓出发(《北条九代记》)。足利尊氏在九月五日失去父亲贞氏，佛事尚未结束就接到动员令。一般认为此事在尊氏的心中深深地刻上对北条氏的憎恶。
不久幕府大军将笠置城攻陷，天皇被抓，神器也被幕府交付给由幕府拥立的光严天皇(量仁亲王)。尊氏等西上军于十一月返回镰仓。
翌年三月，后醍醐天皇被流于隐岐，事件的主谋们也受到处分，元弘之乱到此结束。然而同年末，赤坂城落城时消失踪影的楠木正成在千早城，天皇的皇子护良亲王在吉野，相继举兵。进入元弘三年(1333)，播磨的赤松则村举兵等，反幕势力在各地再次蜂起。后醍醐天皇在闰二月逃出隐岐，被伯耆的名和长年迎接到船上山，向各地的武士下达纶旨呼吁讨伐幕府。幕府得报，决定派遣大军，任命北条一门的名越高家、尊氏为大将使之上洛。
尊氏遵从幕府的要求，写下没有异心的起请文，以妻登子、四岁的嫡子千寿王(义诠)为人质。三月二十七日，隐藏着对北条氏的不满，带领一族、被官以下三千余骑离开镰仓(《太平记》)。在途中的三河国，向一族的吉良贞义咨询举兵之事，贞义认为现在讨幕也算很晚，劝说尊氏背叛幕府(《难太平记》)，同时在近江国镜之驿，细川和氏和上杉重能向尊氏宣布后醍醐天皇下达的纶旨，催促尊氏举兵(《梅松论》)。尊氏四月十六日进京后，为了作好举兵的周全准备，等待时机。《太平记》记载，尊氏到达京都的次日，派遣使者到伯耆向天皇表明归顺，要求下赐讨伐朝敌的纶旨。二十二日，秘密向上野国的同族岩松经家送出追讨北条氏的内书催促举兵(正木文书)。尊氏在二十七日根据六波罗的军议，出京向山阴道的伯耆进发。当天山阳道的大将名越高家与赤松则村交战，败死。于是尊氏终于下定决心，进入丹波国篠村着阵。同日向陆奥的结城宗弘、信浓的小笠原贞宗、石见的益田、岛津周防五郎三郎、野介高太郎等各地武士发出军势催促状，通过敕命呼吁合作，要求他们成为协助后醍醐天皇的伙伴(白河证古文书、小笠原文书、萩藩阀审阅录、岛津家文书、前田家所藏文书)，二十九日，向大友贞宗、阿苏惟时、岛津贞久等九州豪族发出密书也要求合作(大友文书、阿苏家文书、岛津家文书)。尊氏的举兵按照以前的说法是四月二十九日，当天尊氏在篠村八幡宫的社前旗扬，在同社献上愿文进行祈祷。此说的根据是篠村八幡宫存在尊氏的元弘三年四月二十九日付愿文，而今枝爱真对愿文进行调查研究后，确定是后世的伪作(《在丹波篠村的足利尊氏的举兵及其愿文》《史学杂志》七十一)。
尊氏举兵后一段时间等近国武士的聚集，五月七日，大举攻进京都，之前抵挡住赤松军攻势的六波罗军终于失守，六波罗失陷。尊氏立刻设立奉行所维持京都的治安，同时各国的武士大多进入尊氏的旗下，尊氏俨然是代替六波罗探题的新势力。
关东方面，上野的新田义贞在五月八日举兵，二十一日攻进镰仓，翌二十二日，激战结束，镰仓终于失陷，北条高时以下自杀，幕府灭亡。之前逃出镰仓的尊氏的嫡子千寿王，在五月九日于武藏国与义贞集合，参与进攻镰仓。《太平记》记载由于千寿王的参加，加入讨幕军的人数逐渐增加。《梅松论》记载，镰仓陷落后，从属义贞的并比千寿王旗下的多。事实上根据常陆的武士大冢员成的申状，员成在镰仓战役的时候，“承及若御料(千寿王)御座之由，御方驰参”，在新田一族大馆幸氏旗下作战，此后的六月一日对千寿王的居所二阶堂的后山的阵屋勤仕(大塚文书)，从这些可以看出足利氏的动向对武士们的去就起到很大的影响。
正木文书应永三十三年(1426)七月日付的岩松满长代官申状记载，北条氏追伐之事为尊氏下赐御教书以满长的曾祖父岩松经家和新田义贞为两大将。关于义贞的举兵，除了义贞的自身意愿之外，还有尊氏的劝诱。义贞之所以能够集结大军，不能不提到尊氏对武士的号召力(高柳光寿《足利尊氏》)。
尊氏占据京都之后，马上让细川和氏兄弟东下，收拾北条氏灭亡后的混乱，同时控制镰仓(《梅松论》)。
尊氏的举兵导致庶长子竹若的牺牲。在伊豆山的竹若知道父亲的举兵，与叔父密严院别当觉遍(加子基氏之子0等秘密上洛，在途中的骏河国被幕使发现遭到杀害。同国的宝树院(废寺)为其菩提所(宝树院文书)。
二、建武新政和足利氏
光严天皇在幕府灭亡时被废，六月五日，后醍醐天皇归还京都，所谓的建武新政就此开始。尊氏在同日被容许内升殿并担任镇守府将军，十二日叙任从四位下左兵卫督，弟直义也成为左马头。八月五日，尊氏升叙从三位兼武藏守，并得到天皇下赐偏讳，将“高”字改为“尊”字。当时作为对打倒幕府有功的将士的赏赐，尊氏与直义分别得到三十所、十五所的所领、所职。比志岛文书留有所领目录，如下。
足利殿(尊氏)
伊势国柳御厨泰家跡尾张国玉江庄贞直跡远江国池田庄泰家
骏河国泉庄同同国佐野庄贞直跡伊豆国仁科同
伊豆国治须乡同武蔵久良郡同国足立郡泰家
同国麻生乡時显三河国重原庄贞直小山边庄守時
同二宮庄常陆国田中庄泰家同国北郡大方禅尼
近江国池田庄同国岸下御厨泰家信乃国小泉庄
奥州外浜同同国糠部郡同上田庄同
佐渡国六斗乡同筑前国同丰前国门司关同
肥后国健军社日向国富庄同同岛津庄守时
左马头殿(直义)
相模国弦间乡贞直同国怀岛同伊豆奈古谷乡
武藏国赤塚常陆国那河东维贞远江国谷和乡同
同国宇狩乡同同国下西乡伊与国久米良乡同
近江国広濑乡贞直备后国高野播磨国垂水乡
备后国城山佐渡国羽持郡同同国吉冈同跡
几乎是北条氏的没收地，大部分是地头职。对足利氏这样的厚赏，明显可以看出其行动对打倒幕府起到的决定性作用。
天皇在新政之始，恢复记录所审议重要政务，设立恩赏方、杂诉决断所，分别处理赏赐问题和所领诉讼。这些机关的职员，除了在杂诉决断所半数左右为武士之外，大部分是公家。在记录所和恩赏方的武士只有楠木正成、名和长年等数名。虽然尊氏被赐予极高的官位，但是并没有处于政治中枢。相当于统辖武士和警备皇宫的武士所头人的地位也被给予新田义贞的一族。足利氏方面，仅仅是被官高师直、上杉宪房担任杂诉决断所的职员。
新政府在地方并设国司与守护，由对打倒幕府有功绩的公家和武士担任。尊氏成为武藏的国司守护兼上总的守护。北畠显家与尊氏被任命为武藏守的同日成为陆奥守，十月奉义良亲王(后村上天皇)陆奥下向，相当于奥羽两国的行政，负责牵制足利氏在关东的势力，与尊氏方对抗。十一月，直义也受到相模守的任命，十二月奉成义亲王下向镰仓，成功将关东十国置于管辖之下，于是足利氏在关东的地位越发巩固。
新政府在初政政策上出现诸多失误。赏赐方面，经常出现给予数人一地的错误，造成原来拥有的知行被他人所夺等许多混乱、不公平之事，而且向各国的地头征收修缮内里的费用，辜负了武士们的期待，所领问题的处理也无视武士社会的习俗，缺乏恰当的措施，结果武士对新政越来越失望，希望复兴武家政治的武士变得越来越多。
如此形势下，公武之间产生激烈的对抗。作为代表，担负武士们的众望的尊氏与对尊氏抱有警戒心的护良亲王的对立表面化。亲王谋划袭击尊氏，等待时机，由于尊氏用强大的兵力守卫自身，亲王的计划未能成功。建武元年(1334)十月，尊氏对天皇施加强大压力，于是天皇向尊氏屈服，下令抓拿亲王。翌月亲王被护送到镰仓的东光寺幽闭。
建武二年(1335)七月，北条高时的遗子时行在关东举兵，对新政不满的近国武士们聚集，很快就成为极大的势力。时行带领大军迫近镰仓，直义迎击，战败，之后杀死幽闭中的护良亲王，奉成良亲王西走。尊氏接报，向朝廷请求让自己东下讨伐时行，并要求担任征夷大将军和诸国惣追捕使。然而得不到敕许，结果成良亲王成为征夷大将军。如此尊氏没有得到朝廷的准许，在八月二日离京，在三河国与直义势合流，在各地击破叛军陆续前进，十九日收复镰仓。此即中先代之乱。尊氏对诸将进行赏赐，并停留于镰仓。
四月三日，尊氏让一色范氏等在九州留下，率领少贰、大友等九州势离开博多。途中与中国、四国势会合，在备后的鞆兵分两路，尊氏从海路，直义取陆路向东进发。同月二十五日，在兵库和田岬击败新田义贞军，在凑川全歼楠木正成的军队。后醍醐天皇在二十七日逃往睿山，二十九日直义的军队进入京都。尊氏也在六月十四日奉光严上皇及其皇弟丰仁亲王进京，八月十五日亲王在没有神器的情况下即位成为光明天皇。
之后两军也持续交战，后醍醐天皇侧由于名和长年等人的战死，败势逐渐变浓。天皇命令义贞奉恒良、尊良两亲王前往北陆，自己则于十月十日按照尊氏之前的邀请返京，十一月二日，授予光明天皇神器。如此建武新政在仅仅二年半后就宣告结束。
三、幕府的开设和内乱
十一月七日，尊氏公布二项十七条的建武式目，向天下宣布幕府的复兴同时出示今后施政的基本方针。幕府的组织大体上从建武三年(1336)到四年(1337)得到确立(佐藤进一《室町幕府开创期的官制体系》《中世之法和国家》)。尊氏在期间得到北朝的委任，叙权大纳言，历应元年(延元三年)(1338)八月十一日就任征夷大将军，同日位阶进入正二位，如此室町幕府正式成立。
后醍醐天皇在建武三年(1336)十二月二十一日秘密逃出京都，潜行至大和吉野，开设朝廷=南朝与尊氏拥立的京都朝廷=北朝对抗。如此二个朝廷和二个年号并立的南北朝六十年的内乱就此开始。
天皇呼吁全国讨灭足利氏，派遣皇子、诸将在各地努力扶植收复京都的势力。作为对应，尊氏任命一族为守护配置于各国，关东、九州等前代以来的有力豪族拥有守护职的地方设置关东管领、九州探题与南朝势力对抗，以之作为全国支配的布局。
两军的战斗在各地展开。北陆方面，新田义贞进入金崎城，与本据地上野、越后联络开始活动。重视事态的尊氏让越前守护斯波高经、若狭守护斯波家兼兄弟负责对付义贞，并派执事高师直之弟师泰作为后援。师泰等在建武四年(1337)三月，攻陷金崎城，尊良亲王自杀，恒良亲王被捕。斯波军在此后与新田军激战。翌历应元年(1338)闰七月的藤岛之战，义贞败死。
奥州方面，北畠显家受到足利军的猛攻不得不放弃多贺国府。建武四年(1337)正月，转移到伊达郡的灵山，由于后醍醐天皇的命令再度踏上西上之途。同年八月，带领十万精锐出发。十二月导致在镰仓辅佐义诠的的斯波家长败死。翌历应元年(1338)一月，到达美浓。于是尊氏派遣高师冬防御显家军，师冬的军势在同国青野原大败。显家军自此南进伊势，经伊贺向奈良进发，准备进攻京都。对此足利方的高师直率大军南下，二月，在般若坡击破显家军，连战之末的五月，显家在和泉石津败死。
北畠显家、新田义贞的相继阵亡，对于南朝方来说是极大的打击。后醍醐天皇为了挽回颓势，采用再次派遣皇子到各地的策略。同年九月，怀良亲王作为征西大将军下向西国，义良、宗良两亲王与北畠亲房及其次子显信等下向东国。伊势出航的义良亲王一行，在途中遭遇暴风雨，义良亲王(后村上天皇)被吹回伊势，宗良亲王漂至远江，只有亲房成功到达目的地常陆。进入常陆的亲房为争取南朝的据点而奋斗，不久由于关东执事高师冬的东下逐渐受到压迫。康永二年(1343)十一月，亲房含恨返回吉野。
自此之后，后醍醐天皇在历应二年(1339)得病，八月十六日在吉野结束一生，义良亲王即位，也就是后村上天皇。
尊氏接到天皇驾崩的通知后，十分感慨，立刻停止幕府的杂务沙汰七天表示哀悼之意。同年冬，为了吊唁天皇的菩提，在洛西之地创建天龙寺。历应四年(1341)七月同寺竣工之时，尊氏与直义一起出席，亲自负责着土(天龙寺造营记录)。尊氏虽然决定背叛天皇，但还是表现出对天皇的敬爱。
自此南朝方逐渐丧失势力，贞和四年(1348)正月，楠木正行在河内的四条畷败死，后村上天皇也逃往奥地的贺名生，南朝完全成为徒有其名的存在。此时足利方出现尊氏与直义兄弟的不和，发生内部纠纷(即观应之扰乱)，尊氏也因此一时向南朝投降。延文三年(1358)四月三十日，尊氏背部出现肿瘤，在京都二条万里小路邸结束了五十四岁充满波折的一生。遗骸被埋葬在洛北衣笠山的等持院。法号为等持院殿仁山妙义。关东方面则称为长寿寺殿，由尊氏创立的镰仓长寿寺是他的菩提所。相当于百筒日的同年八月十一日，足利庄的鑁阿寺大御堂为了祈冥福而进行曼荼罗供(鑁阿寺所藏文书鑁阿寺文书一一○)。
四、南北朝的统一
尊氏死后，幕府的主人变为其子义诠。义诠在元德二年(1330)六月十八日出生，母为北条久时之女登子，妻子为一门涩川义季之女幸子。
延文三年(1358)十二月十八日，义诠就任征夷大将军。时年二十九。强化幕府权力，并压制南朝这两件事就成为义诠的最大课题。之前幕府内部因为二头政治出现权力的分裂，由于直义之死得到解决，也就开始了将军专制的道路，有力武将也因此围绕着统辖幕政的执事(将军的辅佐役)的地位展开争斗。
义诠为了提高将军的权威，任命一族的斯波义将执事等，图谋幕府的稳定。尽管屡次发生有力武将的反抗，各国的武士逐渐向幕府靠拢，内乱也随之向逐渐平息的方向发展，而实际的统一必须等到三代的义满时代。
义诠在贞治六年(1367)十二月七日，以三十八岁离开人世，埋葬于洛北衣笠山之麓。法号为宝箧院殿道权瑞山。
继承义诠的义满，在延文三年(1358)八月二十二日出生，当时为十岁。母亲是石清水八幡宫的检校法印良清之女，义诠之妾纪长子。应安元年(1368)四月元服，同年十二月三十日就任征夷大将军。
义诠死期望被任用的新管领细川赖，由于将军义满年幼，赖之首先必须使将军的地位绝对化，才能稳定幕府。作为开始，赖之就任管领不久，首先颁布五条禁制，纠正幕府内的纲纪，同时利用义满的元服的仪式、判始、诸社参拜等提高将军的权威，举行极为威严盛大的仪式(小川信《细川赖之》)。
作为对南朝的战略，赖之引诱被南朝孤立的和平论者楠木正仪，应安二年(1369)二月成功让正仪归顺幕府。
另一方面，九州南朝方奉怀良亲王，依然处于优势。赖之决定起用今川了俊(贞世)为九州探题。了俊在应安四年(1371)九州下向，对少贰、大友、为岛津等传统豪族和在地武士们进行引诱和组织化工作，由于巧妙的军略和用兵，逐渐压迫南朝方。应安五年(1372)八月占据大宰府，让怀良亲王逃到筑后。应安七年(1374)八月进攻筑后，将亲王等逼至肥后菊池，大体上恢复九州全境。
随着义满的成长，对于管领赖之的幕政专断，诸将的不满情绪日益高涨。康历元年(1379)闰四月，斯波、土岐、山名、佐佐木等诸将团结一致，逼迫义满罢免赖之。义满不得已之下罢免赖之，任命足利一族的名门斯波义将为管领。
通过对赖之的罢免，二十二岁的义满从辅佐中解放出来，对幕政进行亲裁，终于开始走向专制君主之道。
成功讨伐宿将土岐、山名两氏守护势力以后，接下来最后的课题就是与南朝进行和平谈判，最终达到目的。明德三年(1392)闰十月，南朝的后龟山天皇还幸京都，向北朝的后小松天皇进行让国仪式，授予神器，实现两朝的合一。如此室町幕府成为支配全国的统一政权
