被困的艾萨克一行人路过了停泊在殖民地旁边的石村号重力碎星舰(USG Ishimura)，艾萨克突然想到可以用石村号的人造重力场将他们乘坐的交通轨道车投向政府区。他单枪匹马地杀上石村号，战胜了尼珂幻象的不断骚扰与各种强化尸变体的围攻，成功地修复了人造重力系统，并送走了艾丽与施特劳斯，而后搭乘救生舱与二人会合。可是，此时施特劳斯的神智已经彻底崩溃，他袭击了艾丽，挖出了艾丽的一只眼睛，而后又袭击艾萨克，却死于艾萨克的反击。

　　艾萨克急于前去营救身受重伤的艾丽，却在矿道中再度被尼珂的幻象袭击。幻象锁住了艾萨克的咽喉，质问艾萨克为什么不能遗忘已经死去的尼珂。此时艾萨克道出了压在心底的想法：他一直沉浸在悲伤与内疚之中，把尼珂的死因归于自己的劝导，他认为如果不是自己说服尼珂到石村号上工作，尼珂就根本不会卷入那场灾难；而他之所以无法遗忘尼珂，是因为即使尼珂已经死去，可她还依然是艾萨克对这个世界的唯一牵挂，如果他忘记了尼珂，他将会变得与行尸走肉无异。幻象在听到答案的瞬间恢复成尼珂的本来面貌，她告诉艾萨克，“接受”是艾萨克神智恢复的最后一个阶段。

　　剧情暗线：施特劳斯在神智混乱中透露的一些信息给了艾萨克新的目标：神印是可以摧毁的，只要他和施特劳斯联手，他们就能摧毁新的神印。在这个目标的鼓舞之下，艾萨克开始与自己的潜意识抗争。尽管尼珂的幻象一再用各种方式骚扰艾萨克，但艾萨克仍然能对着幻象吼出：“你骗不了我！你根本不是尼珂！”反观施特劳斯，尽管一开始的时候他的头脑比艾萨克的还要清醒，也记得更多的事情。但是由于沉浸在自己误杀妻儿的悲痛之中无法自拔(这件事借由戴安娜之口说出)，施特劳斯的神智迅速地崩溃，满口胡言乱语，时常把出现的幻象当成真正的妻儿，并不断追逐着幻象。

　　艾萨克在逃生途中偶遇的艾丽则是一名CEC公司的重型工程设备驾驶员，事件爆发的时候她所在的班组恰好开始轮班。在无数尸变体的追击之下，班组的成员一个个横死当场，他们不得不面对由自己的朋友变异成的尸变体。当她与艾萨克相遇的时候，她所在的班组刚刚全军覆没——艾萨克问道是否可以一同前往政府区的时候，她的回答是“你以为我们在做什么？！”，这里的“我们”显然暗示着她的朋友和同事们就在刚才还是活生生的人。这个女孩很单纯很善良，尽管她口头上说着“其他人对我而言就是累赘”，可她却没有抛弃神智近乎崩溃的施特劳斯，而是凭借一把等离子切割器掩护着施特劳斯且战且退。在艾萨克多次挺身而出为他们的逃生扫清障碍之后，艾丽显然把艾萨克当作了值得信赖的伙伴，在得知艾萨克也是CEC的系统工程师后，她亲切地称艾萨克为“阿宅”(Nerd，书呆子)；而当艾萨克孤注一掷地只身登上石村号，打算用重力场把他们送往政府区时，艾丽对艾萨克的关心也尽显在只言片语当中。

　　重返石村号对艾萨克而言是一个巨大的挑战。一方面，艾萨克的挚爱尼珂就葬身在那艘巨大的飞船上；另一方面，《死亡空间1》中石村号上的惨烈景象也在艾萨克的脑中挥之不去。虽然石村号的部分舱段已经被清理，被封上了塑料膜，接上了净化设备，但艾萨克潜意识的想法仍然借由尼珂的幻象说出：“塑料膜、管道、胶带，那些已经发生的事情可以用这些东西简简单单地埋葬掉吗？”、“我(尼珂)的最终结局是什么样子？死在这艘巨舰中的某个无名角落，孤独地腐烂发臭？还是变成那些尸变体的一员，带着一张血肉模糊的面孔，拖动着残破的躯体搜寻新的受害者，甚至是毫无声息地被你(艾萨克)的武器肢解？”。

　　当艾萨克进入了尼珂生前工作的医疗舱段后，他心中的内疚与悲痛到达了顶点，而环境也变得极度压抑(医疗舱段中发出荧光的痕迹都是经过处理的血迹)。一片血迹斑斑当中，艾萨克再一次听到了尼珂的最后遗言：“艾萨克，我真的好想再见你一面……”

　　这个时候的艾萨克已经渐渐地战胜了自己的潜意识，在政府区附近的矿道中，险些要被潜意识驱使着扼死自己的时候，艾萨克大声吼道：“我忘不掉尼珂不是因为我要对她的死负责，而是因为她是我仅剩的一切，如果连她都忘掉了，我就一无所有了！”他的潜意识似乎接受了这个答案，从血腥的女鬼形象恢复成了尼珂的本来面貌。这也是艾萨克最后一次与潜意识战斗。

　　剧情明线：艾萨克和艾丽在一台巨型挖掘机前会面，艾萨克修复了挖掘机，二人利用它挖出了一条通往政府区的通道。在那里，艾丽找到了一艘完好的炮艇机。艾丽兴冲冲地认为这是一个共同逃生的好机会，但是艾萨克却在控制室遥控启动了炮艇机，让它载着艾丽逃生，自己独自留下来摧毁新的神印。

　　尼珂的幻象出现在政府区，指引艾萨克寻找神印。为了进入封藏神印的政府区基地，艾萨克切断了基地外部的能源供应。在一片黑暗与混乱之中，顺着挖掘机隧道赶来的尸变体大量涌入政府区，泰德曼口中的“两百名武装保卫人员”根本不堪一击。虽然泰德曼尽力阻止，但是无数的尸变体还是冲进了摆放神印的巨大舱室，“聚合效应”( convergence effect)开始启动，整个基地面临爆炸的危险。

　　在基地内部，艾萨克找到了施特劳斯一直念叨着的那台机器。尼珂的幻象引导艾萨克躺进机器，通过插入艾萨克右眼的探针启动了艾萨克脑中被封存的记忆——神印的信息就隐藏在其中。尼珂指引着恢复记忆的艾萨克前往神印，突然出现的再生怪(Ubermorph)紧追其后，欲取艾萨克的性命。

　　在神印的脚下，被严重烧伤的泰德曼试图用标枪发射器(Javelin)杀死艾萨克，阻止艾萨克接近尼珂的幻象，却被艾萨克夺下武器，当场射杀。尼珂的幻象拥抱着艾萨克，告诉他现在神印必须吸收创造自己的人以完成自己的躯体，也就是说，艾萨克必须去死！

　　在艾萨克的意识中，他与化身为尼珂的神印展开了决斗并将其击溃。毁灭了神印后，了无牵挂的艾萨克坐在地下准备从容赴死。但是艾丽的呼叫却在他耳边响起，在艾萨克的头顶上，艾丽驾驶炮艇机轰开了舱室穹顶，把艾萨克拉进了炮艇机。

　　艾萨克靠在座椅上面，缓慢地将头扭向右边，看到了艾丽的笑脸。

　　剧情暗线：艾萨克送别艾丽时的话解释了他能够支撑自己战胜潜意识的部分原因——“我没能救出尼珂，但我还能救走你，艾丽”——艾萨克的责任感不允许他屈服于潜意识，他必须护送这个善良勇敢的女孩平安逃生。只有完成了这个任务，他才能算是了无牵挂。

　　尼珂的幻象出现在了政府区，可是这一次尼珂的幻象显得目的性十足——她告诉艾萨克“我们可以联手摧毁神印”，并且引导艾萨克去寻找施特劳斯描述的那个机器，其目的显然就是解锁艾萨克脑中封存的有关神印信息的记忆。在解锁了艾萨克的记忆后，幻象又指引他奔向神印，以便让神印吸收制造自己的艾萨克，完成所谓的“聚合”。与前两个阶段的幻象相比，这个幻象显得判若两人。

　　剧情疑点

　　疑点1：尼珂的幻象是否有两个？

　　在游戏的第一章到第十一章，尼珂的幻象一直是以口眼放光、血迹斑斑的形象出现。这个幻象一直在谴责艾萨克，认为是艾萨克害死了自己，还几次试图杀死艾萨克。直到在矿道中的最后一次会面，幻象才终止了对艾萨克的谴责，恢复了尼珂的正常面貌。而在游戏即将结束的第十三章到第十五章，幻象一直都保持着尼珂生前的面貌，她积极主动地帮助艾萨克，指引艾萨克寻找那台开启记忆的机器，带领艾萨克寻找神印，最终在神印面前展露出她的狰狞面孔，试图杀死艾萨克。

　　笔者认为，这两个幻象是相互独立的，彼此没有联系。理由是，两个幻象行动的目的截然相反。

　　在游戏后期出现的那个幻象，其目的是开启艾萨克被封印的记忆，然后将恢复记忆的艾萨克引导到神印前杀死，让神印吸收艾萨克，以实现神印的完美聚合(这个幻象在最终的决战中亲口说出了自己的动机——吸收制造者，变得完美)。换句话说，如果艾萨克在记忆恢复之前就被杀死，那么神印就无法吸收艾萨克脑中的记忆，因此让艾萨克过早死去并不符合神印吞食制造者的目的。

　　而在游戏前期出现的幻象，曾试图用注射器戳穿艾萨克的眼睛，试图在矿道里扼杀艾萨克。这两次袭击都发生在游戏的第十三章之前，如果当时艾萨克被幻象杀死的话，他脑中的记忆还没被恢复，神印吞食制造者的目的也就无法实现。