这里有一段历史：1991年的海湾战争时期，Fisher和Coste都是“海豹”特种部队的一员，在迪瓦尼耶(Diwaniya)，两人所在的小队遭遇伏击，结果Fisher被俘。Coste拒绝执行撤退命令，只身一人找到了Fisher，在空军火力支援的帮助下，两人成功从虎口中逃脱。20年后，Coste与他的前任长官成立了一家安全顾问公司，从事电磁研究的“白盒”实验室(White Box Technologies)正是他的前客户，同时也是Fisher的调查对象。得知Fisher的境遇后，Coste毫不犹豫地向老友伸出援手。

　　【故事线】为了保险起见，Fisher选择在华盛顿纪念碑下举行的大型嘉年华中与Coste见面，但到达游乐场，Fisher发现至少有3名特工在跟踪Coste的行踪，看来他们已经预料到了Fisher首先会去找谁。

　　打发掉几个盯梢，两位多年未见的生死战友终于见面，简单的寒暄后，Coste告诉Fisher，自己曾经的前客户“白盒”被一个名叫Lucius Galliad的人收购，他同时也是“黑箭”的老板，他将整个实验室的领导层全部被解雇，只留下了科研人员。大量实枪荷弹的“黑箭”佣兵，以及“白盒”正在紧锣密鼓中进行的EMP研究，使看似毫无头绪的调查工作有了明确的方向。还没有来得及感谢Coste的无私帮助，“黑箭”佣兵伪装成城市救援人员，以游乐场附近出现瓦斯泄漏为由驱散了这里的游客，准备解决掉Fisher。再度逃脱后的Fisher的下一个目标，就是“白盒”。

　　遗憾的是，Fisher晚来了一步——“黑箭”已经将改造完成的EMP炸弹运走，剩下的佣兵正在负责毁灭证据和屠杀参与此事的研究人员。Fisher的调查陷入了死胡同，唯一剩下的线索，就是“白盒”的新老板。Anna分析了Fisher上传的计算机数据，发现Lucius Galliad与Tom Reed私交甚密。至此，整个阴谋的管理层、执行层和支援层已经付出了水面：3E与“黑箭”实为蛇鼠一窝，然而这个阴谋的目的、实施方式以及它的执行时间究竟是什么？通过日程表交叉比对，Anna发现Reed和Galliad即将在于林肯纪念堂会面。此时总统准备给予Fisher支援，特勤局探员给了大叔一张记者证，帮助他混进会场。

　　黑手浮现

　　——林肯纪念堂窃听

　　【Megiddo】Megiddo是《定罪》中引出的一个势力遍布全世界的神秘组织，地位类似于《潜龙谍影2》中的“爱国者”。他们对全世界的政治、经济和军事有着重大的影响力，但只有极少数权贵才知道他们的存在。女总统Caldwell由于拒绝合作，而成为了他们急于铲除的对象。

　　【故事线】在林肯纪念堂的会面中，Galliad以自己是“Megiddo的人”自居，对Reed出言不逊，他没有料到的是，Reed是Megiddo安插到美国政府高层中的一个内鬼，也是此次阴谋的执行者。Reed离开后，Fisher将Galliad制服，并且审问到了重要的情报：“黑箭”已经在华盛顿安装了3枚足以覆盖全城的EMP，利用电磁脉冲瘫痪整个华盛顿的电力和通讯系统，具体的行动时间就在当晚！正当Fisher希望得到进一步情报时，Galliad被一名伪装成摄影师的杀手爆头，随后这名杀手也被汽车炸弹轰上了西天，一条线索彻底中断……

　　故地重游

　　——3E总部

　　【Irving Lambert】Lambert不仅是3E的总指挥，也是Fisher的良师益友，尽管从年龄上看，Lambert应该叫Fisher一声大哥才对。作为Fisher最信任的人，Lambert的阵亡是他离开3E的直接原因之一。在SCC发售前，不少玩家通过IMDB信息看到了配音演员Dennis Haysbert的名字，因此开始期待这位黑大叔的“复活”。正式版游戏选取了Lambert在JBA总部被Fisher枪击身亡这个情节选择分支，作为官方设定。Lambert留下的一段录音，却为Fisher揭开了一个难以接受，却又不能不去面对的真相。

　　【故事线】Fisher决定马不停蹄前往3E总部，Tom Reed会有他想知道的答案。躲藏在特勤局SUV后备箱中的Fisher顺利潜入3E的地下停车场，并成功潜入至Tom Reed的办公室，但他没有想到，在这里坐镇的居然是诱捕自己的大恶棍Andriy Kobin。这个一脸欠揍像的家伙再度被Fisher海扁了一顿，这次他对大叔毫无保留地说出了一切：Megiddo希望女总统Caldwell能够像前任那样，成为他们控制的傀儡。遭到拒绝后，他们寻求副总统Calvin Sampson的合作，并且激活了安插在3E中的内鬼Reed。华盛顿EMP袭击的目的，就是造成全城电力传输与通信中断，从而赶在陆军救援部队到达前杀入白宫，干掉总统，将Samson按照《宪法》的总统继任程序“合法”扶正。Reed在这次行动中也可以让3E避免被裁撤的命运，从而实现自己的野心。Kobin还表示自己根本就不认识Sarah，他只是奉命提供一具体貌特征与其类似的尸体。当初是Lambert告诉自己Sarah遭遇意外身亡的消息，“凶手”Kobin却声称自己根本就没有这场谋杀，而Anna则表示Sarah正在自己的监护之下。女儿究竟是生是死？坠入云雾中的Fisher只能前往Anna的办公室寻找真相。

　　Anna通过视频电话系统，为Fisher播放了Lambert殉职前的一段录音：“我得到了可靠情报，3E内部有人要对Sam的女儿Sarah Fisher不利。一旦Sarah被挟持，可能造成Sam的行动被第三方控制，这是我不能允许的。所以我做出了这样一个艰难的决定：雇佣Kobin伪造了Sarah身亡的假象，更换了Sarah的身份，并且将她转移到华盛顿，使这个无辜女孩的生命避免成为恐怖势力的筹码。我对最好的朋友撒了谎，我很遗憾为了国家利益做出这一选择，但在内鬼查明前，没有更好的办法能够保证Sarah的生命安全。内奸一日不除，Fisher就只能生活在这个弥天大谎中……”

　　已经不再是3E一员的Fisher听到这段录音后怒不可遏，因为他最好的朋友与最信任的人居然欺骗了他，并且让他在过去3年里一直活在悲痛与懊悔中。现在当务之急是找到自己的女儿，没想到Anna此时依然将女儿与即将爆炸的EMP“捆绑”到一起，她告诉Fisher，其中的一枚EMP就部署在密歇根大街蓄水池，而Sarah就住在附近。此时已经来不及同时阻止3枚EMP的引爆，只能解除其中一枚，避免华盛顿全面瘫痪，同时也挽救女儿的生命。在要求Coste驾驶直升机火速前往女儿的住处接应后，大叔冲出了启动自毁装置的3E总部，马不停蹄赶往EMP装置所在地现场，准备放手一搏。

　　Coste是个值得信赖的朋友，在他的协助下，Fisher毁掉了EMP装置，与女儿团聚。望着一片大乱的华盛顿，Fisher决定不再趟浑水。幸亏女儿要求父亲赶快前往白宫协助Anna，Fisher才意识到不铲除这群叛国者，自己和女儿永远也不会有安宁。他接过Coste递上的作战背心，火速前往白宫救驾……

　　断罪

　　——白宫血战

　　【Calvin Sampson】当初竞选时，Sampson就对自己作为副总统参选表示不满，这意味着他梦寐以求的总统梦无法实现，Sampson一直希望取代Caldwell。他与正在酝酿颠覆政府阴谋的Megiddo组织一拍即合，林肯纪念堂演讲的目的，就是提供一个与Megiddo代理人，以及Tom Reed详细磋商计划细节的机会。EMP席卷华盛顿后，还没有确认Caldwell的死亡，Sampson就迫不及待地前往白宫新闻发布厅，宣读早已经准备好的演讲稿：Caldwell在恐怖袭击中被前3E的叛逆特工Sam Fisher暗杀，自己已经成为美国的新任总统。

　　【Caldwell】David Bowers总统任期结束后，Caldwell成了美国历史上的第一位女总统。与前任的国家安全观不同的是，Caldwell奉行“程序正义”，而非“目标正义”，对以反恐为名行违反宪法、侵犯人权的“第五自由”极度反感，上任后的第一件事就是着手关闭3E，但苦于没有充分的证据。

　　【故事线】与白宫中血流成河相比，此时华盛顿街头的混乱如同一场聚会般轻松：总统幕僚和白宫工作人员被屠杀殆尽。穿越尸山血海，Fisher终于与Anna见面，Anna要求大叔再做出一次牺牲：让自己打一枪，然后押解到椭圆形办公室，完成Reed交代给自己最后一项任务——活捉Fisher，把刺杀总统的罪名栽赃到他的头上。

　　Caldwell已经被控制，Tom Reed与一群“分裂细胞”特工在总统办公室中等候Fisher的到来，好为这个罪恶的计划划上句号。

　　Reed已经按捺不住成功的喜悦。他将自己精心设计的计划和盘托出：华盛顿遇袭，陆军即将前来控制局势。如果陆军先于自己得手之前到达，那么就任由“黑箭”和军队交火，3E趁乱干掉总统，让“黑箭”背起颠覆政府的黑锅。如果在得手后军方抵达，那么“黑箭”就用来充当救驾援军，自己则摇身一变，成为挽救副总统生命的英雄。Lambert一直没有查出来的内鬼，其实就是Reed。正是这样一个意图绑架Sarah用以要挟Fisher为Megiddo卖命的内鬼的存在，使得Fisher度过了整整3年的痛苦时光。Reed没有想到的是，Anna反戈一击，与Fisher在最后关头成功上演大逆转。将Reed一拳打倒在“坚毅桌”(美国总统办公桌的别名，源于它是由英国皇家海军“坚毅号”上的木板打造而成)上，Fisher也用手中的武器，实施了自己的定罪裁决。

　　不是结束

　　与女儿团聚、救总统于水火、铲除危害国家安全的奸党，Fisher实现了自己职业生涯的又一个大满贯。然而，神秘的Megiddo究竟是何方神圣？不甘心失败的他们又在计划着怎样的新阴谋？大坑已经挖下，看来SCC还不是大叔的谢幕演出。两位合作模式中的新主角的“打酱油”命运，暗示着Ubisoft Montreal目前还并不准备为大叔寻找继任者。

　　在享受天伦之乐之余，他注定还得为下面的冒险再做准备。