《古墓丽影3》关卡上最大的不同就在于其非线性的关卡自由选择。在劳拉获得了Infada神像之后，便可自由选择顺序前往伦敦、南太平洋岛屿以及内华达沙漠和51号地区。在完成了这三处的冒险之后，最后劳拉将前往神秘的南极。每个地区由三到五个小关构成，总共20个关卡。游戏的丰富性不仅体现在关卡数的提升，该作中过关方式不再是单一路线和解迷顺序，玩家可以以不同的方式过关。
古墓丽影系列的标志性之一——丰富的动物种类，在该作中更是花样百出，鳄鱼、猴子、龙、爱斯基摩狗、鲸鱼、食人鱼等动物还有更加出色的AI表现。Core方面还请来了动物职能专家汤姆·斯科特指导游戏的AI设计，该作中人类和动物敌人群体行为的AI模式让人印象深刻。游戏中还有利用猴子等动物取得一些隐藏物品的设定，确实十分有趣。
