放弃了时代升级系统，《帝国时代3》的标志性系统在于“母城(Home City)”系统，在该系统中，玩家所选择的欧洲国家的首都将会成为其征服新大陆的重要后援。游戏中有8个欧洲国家可以选择，目前确定的有法国、西班牙和英国。按照制作人的形容，“母城”就相当于RPG中的角色，会随着获得经验值而升级。不过本作中母城对于玩家军队作战实力的影响并没有MMORPG那么明显，操作技巧才是决定胜负的关键。母城的等级上限暂定为100级。
