desmond,主角,酒保,某日被某制药公司绑架,成为17号实验体,推上床,要他恍神.

制药公司abstergo,拉丁译为"清洁者",乃圣堂武士在现代的之一,
抱有变态父母心,为了和平,所以打算把大家洗脑,反对不能洗脑的就"清掉"

lucy身为abstergo的员工,研究的主要进行者,其实真实身份乃是现代assassin组织的卧底,
其多次帮助desmond,提供密码,信息,拖延实验进度,电子邮件中可以发现她就是abstergo情资对外泄露的管道,
并且在杀手组织来营救主角前,适时的有一封不具名电子邮件指出"我们马上就要进去了..."

值得注意的是游戏的背景,
游戏中不止一次提到,整个基督信仰是一个由圣物(伊甸碎片)制造的洗脑幻觉,
伊甸碎片建基于希腊神话的三个金苹果,和地图对照,应有三个,作用是操纵他人的思想
而耶稣基督只是凡人,被塑造为神之子来洗脑民众,来达到统一思想的手段.

另外,整个基督体系和奇迹的体验都是幻觉...吓不到人的...
以上幻觉都是经由伊甸碎片的力量导产生的幻象,敝人无宗教立场,纯叙述游戏设定,日后也可能改动,勿批

另外一个重要的设定就是记忆仿真机,
为什么物种会存在与生具来,不需学习的本能?这里的解释是dna遗传因子包含了一切先祖的记忆...
一般来说,这些记忆被潜意识压抑着,而透过模拟机则可以身历其境的将其提取出来.

从电子邮件中可以看到abstergo对模拟机的另一种理论,指模拟机可能是用来连结另一个平行时空,
也就是并不是提取记忆,而是连结了自我再两个不同时空的存在

所以说...desmond到底是不是atair(阿塔易)?
制作小组抱持半肯定的态度,回答了,"现在不是"这个答案,
据称随着记忆机的作用,在记忆同步达到某程度下,试验者将难以辨认自我概念,
也许最后desmond和atair终将会同化.官方说法验证了三部曲的存在,desmond将逐渐取回atair所有能力

最后,是实验体16号(主角的前任)留下来记号的诸多迷团,

22:13,为圣经中上帝以燃烧灌木现身时,自述的一节,我是创始,同是结束.
两项数字连结到2012年12月21日,马雅文明指称的世界末日,为abstergo执行最后计划之日
其它像马雅,金字塔,上帝之眼图腾,不甚重要

较为重要有趣的简列以下:

1.16号自述:他们榨干我的灵魂,我只能用榨干肉体来告诉你
记忆机夺取了16号的灵魂(记忆),所以他用身体(血液)来血书警告后辈,可惜被洗掉了,直到主角鹰眼觉醒才得见

2.16号对敌人动机陈述:他们将宝物投入天空,引致地上诸国俱服从.
显示了现代圣堂武士很变通...打算利用人造卫星送宝物上太空,洗脑全人类...

3.16号说明穆宗取得了一个伊甸碎片,造通天塔,圣堂武士是效法他来的...(小老不清楚历史...讨饶)

4.16号说出下一代游戏的可能地点,是在日本冲绳西南的与那国岛

其它历史纪录:

1908年7月30,通古斯河流域疑似被陨石撞击,发生大爆炸,
事实真相是在地<圣堂武士上市股份有限公司.co.org>被<杀手事业会社.jp>大规模攻击,
情势不妙之下,干脆投了原子武器,导致了这次灾难

其实abstrago执行计划只需要一枚伊甸碎片,并且曾经取得过,
在先前的计划上,发射了搭载伊甸碎片(二号)的火箭,结果引发爆炸,20人死亡
之后为了跟上进度,绑架了desmond来寻找3号

仅此,欢迎补充指正