天已经黑了，エステル还在等着身为游击士的父亲カシウス回来，不想父亲回来的时候还抱着一个黑发的小男孩，并且决定收养他，从此三人开始了一起的生活。
　　 一转眼エステル和当年的黑发男孩ヨシュア已经在カシウス的教导之下修行了5年，这天カシウス让两人前往ロレント市进行准游击士测试，同时带一份名为“リベール通信”的杂志回来。从家里出来后沿着小路走很快就可以到达ロレント市，杂货店的店主说リベール通信还没来，不过他送了一份料理清单给エステル，以后只要是品尝过的料理，具体的制作方法都会被记录在这份清单上。来到游击士协会的二楼和シェラザード对话，闲聊一番后她就带着两人下楼找アイナ去拿游击士手册，并且告诉エステル可以从游击士协会里接受各种各样的任务来提升自己的准游击士阶级，当然完成任务之后不要忘记向アイナ报告。
　　 介绍完游击士协会之后，シェラザード把两人带到了结晶工房介绍结晶回路的合成以及导力器的使用方法，把シェラザード提供的七耀石碎片合成为“HP1”，然后装备到エステル身上，再和シェラザード对话就可以完成结晶回路的知识介绍。看到エステル已经掌握了游击士的基本知识，シェラザード安排了最后一项测试，就是从下水道中找到一个箱子，然后把箱子里的东西带回游击士协会。
　　 シェラザード把两人带到了下水道的入口处，接下来就要看エステル和ヨシュア的本事了，其实下水道里的敌人很弱，而且这里还有回复装置，可以迅速回复HP和EP，因此战斗是相当轻松的，在下水道左下角有一个由怪物看守着的箱子，消灭怪物打开箱子会发现两个小箱子，这就是シェラザード要的东西。带着两个小箱子返回游击士协会，先向アイナ报告任务的完成情况，然后上楼与シェラザード对话，原来这两个小箱子里面就是准游击士的纹章，也就是说エステル和ヨシュア已经顺利的通过了准游击士的测试，正式跨入了准游击士的行列。

　　 看看时间已经不早了，两人来到杂货店买到リベール通信后准备回家，刚要离开ロレント市时アイナ叫住了他们，原来城里的两个小孩子パット和ルック跑到了经常有魔兽出没的翡翠之塔，于是エステル和ヨシュア就接受了成为准游击士之后的第一项任务：营救误入翡翠之塔的パット和ルック。从ロレント市北面出口出城沿着マルガ山道前进，中途向西的岔路口就通向翡翠之塔，刚走进翡翠之塔就听见了两个小孩子的对话，生气的エステル就在翡翠之塔的入口大吼了起来，但是一点回应也没有，两人之后继续往翡翠之塔的上层前进。来到二层就听见了两个小家伙的呼救声，这里选择和ヨシュア一起突进吧，随后进入与魔兽的战斗，这里一定要保护两个小孩不能被打倒，尽快消灭敌人才是关键。解决掉魔兽之后エステル忍不住要教训一下パット和ルック，没想到一只魔兽突然从自己身后出现扑了上来，千钧一发之际老爹カシウス赶到，一击就干掉了魔兽，当然他也不会错过这个给エステル和ヨシュア上课的好机会。
　　 カシウス要送パット和ルック回家，因此让エステル两人自己去游击士协会报告，正好アイナ也有一封从外国来的信件要交给カシウス，顺便就拜托给エステル了。回家之后把リベール通信和那封信都交给父亲，结果晚餐的时候父亲说明天一早就要离开，不过由于他在ロレント市的游击士协会接受了一些任务，因此这些任务都落到了エステル和ヨシュア身上。深夜エステル已经进入了梦乡，カシウス一个人坐在院子里沉思，这时睡不着的ヨシュア走了过来询问那封信的事情，原来这件事和エレボニア帝国有关，所以カシウス要前往王都的帝国大使馆调查一些事情。

序章　父、旅立つ
　　 次日清晨，エステル、ヨシュア还有シェラザード将カシウス送上了前往王都グランセル市的定期飞行船，随后来到游击士协会看看有什么可以接受的任务，アイナ告诉他们パーゼル农园有魔兽出没，农园主希望有游击士可以去帮助他们解决这一难题。

　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受两个分支任务“光る石の搜索”和“ミルヒ街道の手配魔兽”。）
　　 光る石の搜索：先到结晶工房西侧门外和カレル对话，他说自己喜欢的光る石在杂货店的门口掉了，希望エステル可以帮他找找，来到杂货店门口搜索，调查排水口会发现从下水道里有光亮发出来，于是从礼拜堂后的入口进入下水道调查（就是完成准游击士测试的下水道），拿到光る石交给カレル即可完成任务。
　　 ミルヒ街道の手配魔兽：出城后沿着ミルヒ街道前进，在第三个场景西北方向会发现一只名为“パインプラント”的魔兽，消灭它即可完成任务。

　　来到パーゼル农园，和ティオ对话得知魔兽只会在晚上出现，于是两人决定吃过晚饭再来仔细搜索。夜幕降临后エステル和ヨシュア开始调查整个农园，首先会在牛棚里发现魔兽的踪迹，不过魔兽警觉性很高，察觉到有人就跑开了，随后在温室里、菜地里都看到了魔兽，最后在温室前面终于堵住了魔兽，开始战斗。打败魔兽之后会让玩家决定如何处置它们，看在它们没做什么太可恶的事情，放过它们就行了。返回游击士协会报告，アイナ又说クラウス市长又提供了新任务，具体的任务细节市长会详细说明。来到市长宅邸和クラウス市长对话，原来他希望エステル两人可以去マルガ矿山，从矿山长手里拿回七耀石并且安全的带给市长。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受四个分支任务“キノコ狩リ”、“街道灯の交换”、“药の材料采集”和“兵士训练”。）
　　 キノコ狩リ：在飞行船场的オーヴィッド先生想得到“ホタル茸”，这是一种生长在マルガ山道上的草状物，前往マルガ山道的第三个场景，在东北方的草丛里可以发现这种植物，但是这里居然有魔兽，消灭魔兽之后就可以顺利的采到ホタル茸，交给オーヴィッド即可完成任务，不过エステル对于他隐瞒任务危险程度的做法相当不满。
　　 街道灯の交换：和结晶工房的フライディ对话，他说ミルヒ街道上一盏街道灯坏掉了，需要去更换，就是从ロレント市方向算起的第六盏，开启街道灯的密码是544818。在ミルヒ街道的第二个场景中可以找到这个坏掉的街道灯，正准备更换的时候一群魔兽出现了，原来是魔兽破坏了街道灯，这里需要选择对付魔兽和更换街道灯的人选，如果让エステル去对付魔兽，那么ヨシュア会顺利的更换街道灯，如果让ヨシュア对付魔兽，エステル就会忘记密码，这时就要看玩家是不是记下来了，更换好街道灯之后返回结晶工房和フライディ对话即可完成任务，同时得到结晶回路“妨害2”。
　　 药の材料采集：礼拜堂的デバイン教区长为了调配药物需要一些相关的材料，分别是“ベアズクロー”和“魔兽の羽”，从ロレント市南面出口出城后沿着エリーズ街道前进，在第二个场景中向东进入ミストヴァルト，在最深处宝箱附近的草丛里可以找到“ベアズクロー”，“魔兽の羽”可以通过打倒一些昆虫系的魔兽得到，收集到这两样材料之后和デバイン教区长对话即可完成任务。

　　 兵士训练：沿着ミルヒ街道一直走可以到达ヴエルテ桥，和房间里的アストン队长对话，他希望エステル和ヨシュア可以帮助他训练士兵，实际上就是和他手下的两名士兵进行战斗，不管战斗是否获胜都可以完成任务，不过为了得到更高的评价还是尽量追求胜利的好。
来到矿山后把市长的介绍信交给矿山入口处的矿工，不过他说矿山长在矿坑里，让エステル自己下去找。进入矿洞后发现一辆运矿车，先扳动矿车旁的开关，然后上车前进到深入矿坑的电梯前，不过附近没有开启电梯的钥匙，看来要找人问问。乘坐运矿车返回开关处，把开关复原后乘坐运矿车就会找到另一名矿工，说明来意拿到电梯钥匙，再次返回电梯，终于可以进入矿坑了。在矿坑最深处找到矿山长，得知エステル两人的任务后矿山长拿出一块漂亮的七耀石结晶交给エステル，玩性大发的エステル拿着七耀石结晶就在原地转了起来。突然传来一声巨响，矿坑发生了塌方，而且还有大量的魔兽从塌方的位置冲了出来，现在必须尽快的救出所有的矿工。这些矿工分别分布在三个不同的地点，而且エステル还要带着没有战斗能力的矿山长，所以最好迅速解决战斗，不过矿坑里面有回复装置，这样难度就小得多了，救出所有的矿工之后乘坐电梯离开矿坑，还好七耀石结晶没有被掉在矿坑里，现在可以带着七耀石结晶返回ロレント市了。

来到市长宅邸，エステル发现这里有一名穿着ジェニス王立学园制服的少女正在和市长交谈，看到エステル回来了，市长向他们介绍说这名少女是来自王立学园的ジョゼット，闲聊一阵后エステル把七耀石结晶交给市长，从市长口中大家才知道这是整个ロレント市的市民准备献给アリシア女王60寿辰的贺礼，随后市长将七耀石结晶锁进了保险柜，并且打算过几天找结晶工房的工匠来打磨一下。
　　 离开市长宅邸后来到游击士协会报告，受到アイナ夸奖的エステル兴奋不已，随后アイナ宣布了カシウス所接受的最后一个任务，协助リベール通信杂志社的记者进行新闻素材采集，现在记者就住在ロレント市的旅馆里。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受两个分支任务“子猫の搜索”和“エリーズ街道の手配魔兽”。）
　　 子猫の搜索：与酒馆西门附近的イーダ对话，得知她的小猫不见了，于是开始搜索这只小麦色小猫的行动。首先可以在计时台的背后发现这只猫，接着可以在杂货店的门口看见，一路追到计时台前，小猫跑进了礼拜堂，最后在礼拜堂的二楼把小猫堵住，不过任凭エステル如何恐吓发飙小猫都拒绝束手就擒，最后还是靠ヨシュア才能顺利的抓住它，再回去和イーダ对话即可完成任务。
　　 エリーズ街道の手配魔兽：出城后沿着エリーズ街道前进，在第二个场景的桥上会发现一只名为“ライノサイダー”的魔兽，消灭它即可完成任务。

　　 进入旅馆之后并没有发现记者的踪影，和旅馆老板对话才知道他们去了酒馆，来到酒馆总算找到了看起来有点邋遢的记者ナイアル，而且他还很不礼貌的怀疑エステル和ヨシュア的办事能力，争执一番之后ナイアル也只能接受这个现实。跟着ナイアル来到结晶工房找到他的摄影师助手ドロシー，一行四人出发前往翡翠之塔，ナイアル的目标是翡翠之塔顶层的古代文明遗迹，要注意在战斗中ナイアル和ドロシー既不受控制也不会攻击敌人，而且还要保证他们的安全，实在是一件比较麻烦的事情。
　　 一路杀上翡翠之塔顶层，却没想到这里居然已经有人了，他自称是アルバ教授，也是因为对古代遗迹有兴趣才会来到翡翠之塔的，但是上来容易下去难，所以只好在塔顶等着游击士来救自己下去，恰好就碰上了エステル他们。接下来各人分头行动，玩家控制エステル和其他角色进行对话，不过ヨシュア的情况似乎不是太好，好象不太舒服似的，与ヨシュア进行第二次对话之后记者也收集到了足够的素材，终于可以回城里去了。
　　 回到ロレント市，ナイアル、ドロシー还有アルバ教授都各自忙着自己的事情去了，エステル和ヨシュア也该去游击士协会报告此次的任务情况，在这里又碰上了好久没见的シェラザード，报告完毕之后大家正在聊天，クラウス市长突然冲了进来，并且说自己家里失窃了，于是三人跟着市长一起来到市长宅邸进行调查。市长的房间被翻得乱七八糟，但是盗贼的目标很明确，就是市长准备献给女王的七耀石结晶，空空如也的保险柜就是最好的明证。シェラザード让エステル和ヨシュア在整个宅邸中调查可疑的东西，自己则向市长询问相关的情报，首先调查有保险柜的房间，包括保险柜、箱子、书架、书桌等等都可以进行调查，然后来到阳台栏杆边发现这里有人为造成的伤痕，此外在阁楼上还会发现一张掉落的树叶，再和市长夫人还有女仆对话，最后下楼去调查玄关，全部调查完毕之后与シェラザード对话并且把自己的判断告诉市长。这里共有4道选择题，第一个问题是盗贼的目标，很明显就是保险柜里的七耀石结晶，因此选第二项；第二个问题是犯人的规模，从市长夫人以及女仆的口中可以得知这批盗贼大概是由3～4人组成的，因此选第二项；第三个问题是盗贼从什么地方进来的，根据阳台栏杆上的伤痕可以断定是从二楼的阳台潜入，因此选第三项；最后一个问题是盗贼可能会是什么人，从盗贼留下的蛛丝马迹上可以看出应该是近几天进入过市长的书房，因此选第四项，而可疑的人选就只有杂志社的记者和少女ジョゼット了，而案发时记者正在翡翠之塔，因此ジョゼット就是最大的嫌疑人。
依次向旅馆老板和飞行船场的接待员打听ジョゼット的行踪，所有的证据都显示她很有可能就是真正的罪犯，而且在市长家阁楼上找到的树叶只会生长在ミストヴァルト，于是エステル、ヨシュア和シェラザード三人一起前往ミストヴァルト调查，在ミストヴァルト深处的一条小路尽头终于找到了ジョゼット，而和她在一起的就是盗贼们，三人上前将他们全部打倒后拿回了七耀石结晶，但正准备抓住他们时一艘飞行船出现救下了ジョゼット，原来是她哥哥赶到了，面对装备有导力铳的飞行船硬拼当然是不明智的，不过对方也无心恋战，将ジョゼット救出之后就匆匆飞走了，虽然没能抓住罪犯，不过七耀石结晶毕竟拿回来了。

　　 回到游击士协会，アイナ告诉他们为了成为正游击士，必须得到全国各地的游击士协会的推荐，当然鉴于两人在ロレント市的优异表现，现在就能拿到本地区游击士协会的推荐书了。正当エステル高兴的时候通信器响了，アイナ听完消息脸色大变，原来一艘定期飞行船在ボース区域附近失踪，乘客和船员全都下落不明，而这恰好就是カシウス乘坐的那一艘飞行船，因此カシウス的名字也出现在了失踪者的名单上。

第一章　消えだ飞行客船
　　 父亲失踪的消息让エステル大受打击，不过生性开朗的她很快振作了起来，她决定前往ボース市，一方面继续进行准游击士的修行，一方面调查飞行船失踪的真相，而シェラザード也表示会和他们一起出发，不过由于飞行船的失踪事件，各城市之间的飞行船往来已经暂时停止了，因此必须步行前往ボース市。
　　次日三人来到游击士协会向アイナ说明了自己的打算，通情达理的アイナ自然也不会拒绝，出发前エステル带着ヨシュア来到了城里的计时台前，原来十年前リベール王国和エレボニア帝国爆发了百日战役，当时エステル的母亲就是在这里用自己的生命保护了自己的女儿，现在父亲也失踪了，自己一定要振作才可以。
　　 （离开ロレント市之前可以从游击士协会的揭示板上接受本城的最后一个分支任务“亲书の配达”。）
　　亲书の配达：デバイン教区长有一封信要交给ボース市的ホルス教区长，帮他把信带过去即可完成任务。

　　 离开ロレント市沿着ミルヒ街道前进，到达ヴエルテ桥后与队长对话办理过关手续，然后穿过关卡就进入了ボース地区的东ボース街道，一直走下去很快就可以到达ボース市了。ボース市游击士协会的负责人是ルグラン老人，向他说明自己的来意后ルグラン介绍了一些当前的局势，目前负责调查飞行船失踪事件的是百日战争时的英雄モリガン将军，而非军方人员在接受正式委托之前是不允许进行相关调查的，因此ルグラン建议エステル去找ボース市的市长，只要接受了正式的委托事情就好办多了。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受三个分支任务“山道の魔兽搜索”、“食材の收集”和“东ボース街道の手配魔兽”。）
　　 山道の魔兽搜索：ラヴェンヌ村附近出现了大量的魔兽，而且没人知道为什么会这样，因此村长希望游击士可以解决这一难题。沿着西ボース街道前进，在第二个场景处向北进入岔路就可以到达ラヴェンヌ村，与村长对话后往北面的矿山方向前进，在第二个场景中会发现巨型的魔兽，这就是魔兽大量出现的原因，消灭它之后回去ラヴェンヌ村长对话即可完成任务。
　　 食材の收集：ボース市东北角的酒馆里，グルナ正在为练习用的食材不足而发愁，其实她需要的食材很简单，只不过是5个“魔兽の鸟肉”，按道理说靠打怪现在就应该有足够多的“魔兽の鸟肉”了，交给她即可完成任务。
　　 东ボース街道の手配魔兽：出城后沿着东ボース街道前进，一直走到第四个场景就会在路边发现一只名为“キングスコルプ”的魔兽，消灭它即可完成任务。

　　 来到ボース北市区西侧的市长宅邸，不过市长执事说现在市长应该在礼拜堂，于是三人又急忙赶往礼拜堂，结果还是没发现市长的踪影，只看到市长的女仆リラ，她说市长前往ボース市的中心市场视察去了，大家只好又跑到中心市场去找人。刚走进市场就看到一位年轻的女士正在指责一些黑心商人的行径，看来这就是我们要找的目标メイベル市长了。
　　 エステル等人跟着メイベル市长来到城里的酒馆，交谈之后大家得知モリガン将军和メイベル市长已经去世的父亲是好朋友，而市长也希望可以尽快解决飞行船失踪的事件，于是写了一封信交给エステル，希望モリガン将军看过之后可以提供一些相关的情报，最后市长告诉エステル，モリガン将军的部队就驻扎在王国北部和帝国接壤的ハークン门。
　　 来到ハークン门之后与卫兵交谈，得知将军目前不在营地中，因此卫兵让大家先去酒馆中休息一下，将军回来之后就会来通知他们。在酒馆里碰上一个自称是流浪演奏家的金发青年，交谈几句过后卫兵前来通知エステル说将军回来了。向モリガン将军说明来意后获悉定期飞行船是被一伙空贼绑架了，目前这名为カプア一家的空贼团正向王国方面勒索赎金，不过让大家意想不到的是原来在ロレント市中偷走七耀石结晶的少女正是空贼团三兄妹之一，正当大家还想获得更多情报的时候エステル一下把自己并不是ボース游击士协会成员的事情说了出来，将军不由得大为光火，而エステル也同样毫不示弱，于是三人就被士兵们轰出了军营。
　　 在军营外又看到了那个金发的家伙，这次他居然死皮赖脸要跟着エステル一起行动，众人拿他没办法，只好带着这个名叫オリピェ的演奏家返回了ボース市，不过回城后オリピェ又离开众人不知跑到什么地方去了。エステル三人再次来到市长宅邸，在门口意外的发现了ナイアル和ドロシー，他们想采访メイベル市长，但是被リラ拒之门外了。见到市长后说明了在ハークン门发生的事情经过，于是メイベル市长答应正式把调查空贼团的任务委托给エステル，不过在接下来的闲聊中エステル把父亲的姓名说出来时，市长的表情却显得十分震惊。离开市长家来到游击士协会报告，随后大家决定先去收集空贼团的情报再开始进一步的行动。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受三个分支任务“ペアズクローの调查”、“雾降リ峽谷の手配魔兽”和“西ボース街道の手配魔兽”，此外前往琥珀之塔还可触发分支任务“琥珀の塔の不审者”。）
　　 ベアズクローの调查：ボース市中心市场的スペンス老人正在寻找一种名为“ベアズクロー”，可以作为食材的植物，还说这种植物都生长在湿气很重的地区，而附近最符合这个条件的就只有雾降峡谷了。沿着东ボース街道前进到第四个场景，然后往北走就可以进入雾降峡谷，之后有两条岔路，不论往那条岔路走都可以找到ベアズクロー，拿回去与スペンス老人对话即可完成任务。
　　雾降リ峽谷の手配魔兽：进入雾降峡谷之后选择往西边的岔路，在峡谷深处就会发现一只名为　　“マスタークリォン”的魔兽，消灭它即可完成任务。
　　 西ボース街道の手配魔兽：出城后沿着西ボース街道前进，走到第二个场景就会发现一只名为“サンダークエイク”的魔兽，消灭它即可完成任务。
　　 琥珀の塔の不审者：出城后沿着アンセル新道前进，走到第二个场景后往西边岔路进入琥珀之塔，在1层会听到有人说话的声音，然后一直上到5层就会发现アルバ教授，打倒袭击教授的魔兽之后带着教授返回ボース市即可完成任务。

为了获得更多的空贼团情报，エステル在酒馆里找到了ナイアル帮忙，在答应帮助他顺利采访到メイベル市长之后，ナイアル提供了一条很有用的消息，据说在ラヴェンヌ村有人看到过飞行船的踪影，众人决定前去打听更加详细的情报。
（进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受两个分支任务“护卫の依赖”和“アンセル新道の手配魔兽”。）
　　 护卫の依赖：ハトル要前往クローネ峠的关所，不过一路上有魔兽出没，因此他需要游击士的护送，在旅馆1层房间内找到ハトル，他会先去ボース市的西门附近等待，准备好之后就可以去那里找他一同出发。在行进到クローネ山道上的吊桥时会遇上魔兽的袭击，2场战斗后消灭魔兽，然后将他护送到クローネ峠的关所即可完成任务。
　　 アンセル新道の手配魔兽：出城后沿着アンセル新道前进，走到第二个场景的尽头处就会发现一只名为“アンバータートル”的魔兽，消灭它即可完成任务。

　　 在前往ラヴェンヌ村的途中大家碰上了一个背着巨剑的红发青年，交谈中エステル被他取笑了一番，不过听ヨシュア和シェラザード说这名红发青年也是一个很有名气的游击士，人称“重剑のアガット”。来到ラヴェンヌ村向村长打听飞行船的消息，才知道原来是村里小孩ルゥイ看到了飞行船，不过村子里的大人都认为这不过是小孩子做梦罢了。エステル来到村子东南角与ルゥイ对话，他说飞行船是向着北边废矿区的方向去了，于是三人又急急忙忙往废矿区赶去。
　　 来到废矿区入口才发现大门被上了锁，为了继续深入调查一行人只好又返回村子寻找进入废矿区的方法，在村子的墓地里找到村长，对话之后拿到废矿区大门的钥匙。再次来到废矿区进行调查，果然在废矿区深处发现了失踪的定期飞行船，此外还有空贼团三兄妹中的キール和ジヨゼツト两人以及一帮空贼手下，虽然他们不是エステル等三人的对手，但借助キール的烟雾弹依然驾驶着飞行船逃走了。进入遗留在废矿区中的定期飞行船调查，三人查看过全部船舱之后来到飞行船三层的甲板讨论有关案件的问题，正当大家准备离开飞行船的时候モリガン将军带着军队赶来，居然将三人以嫌犯的理由加以逮捕，并被带往ハークン门的监狱中关押了起来。
　　 经过讨论，大家都觉得在军队中一定有人在给空贼们通风报信，而这也正是军队迟迟无法侦破空贼团案件的最大原因，正说话间从隔壁牢房中传来了大家熟悉的声音，原来是那个流浪演奏家オリピェ因为吃了价值50万的霸王餐而被关在这里。次日一早有士兵前来通知大家被无罪释放了，原来是メイベル市长出面和モリガン将军进行了交涉，不过将军似乎也和エステル的父亲相识，并且对他选择成为游击士相当有意见。在离开军营的时候大家顺便把オリピェ也一起救了出来，因此他再次加入到了エステル的队伍之中。回到メイベル市长的家里后听说前一天在ボース市的南街区上发生了大规模的盗窃事件，很有可能就是空贼团所为，因此大家决定去南街区打听一下消息。
　　 在结晶工房遇上ナイアル两人，交谈之后来到武器店对面的民宅中向这里的老婆婆询问有关盗窃事件的情况，但却遭到了士兵的阻挠，而且在离开这间民宅后还被一队士兵拦下进行盘查，这时王国军的リシセール大佐出现替大家化解了这一麻烦，少掉这些碍事的士兵事情就好办多了，再去和那位老婆婆对话，随后出现的老爷爷告诉大家最近一段时间在他钓鱼的地方经常有人说看到奇怪的东西，看来又有必要前去仔细的调查了。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受分支任务“盗まれた指轮”，此外在空贼老巢中还能触发分支任务“黑いノート”。）
　　 盗まれた指轮：在发生的这一大规模盗窃事件中，ラーナ的“贵石の指轮”被盗了，在南街区最东面的屋子可以找到ラーナ，而这枚“贵石の指轮”要到本章快结束的时候在空贼团老巢的宝箱里才能找到，届时带回来给她即可完成任务。
　　 黑いノート：进入空贼老巢之后可以在某一个房间中发现类似吸尘器的东西，调查之后得到道具黑いノート，本章结束后前往ハークン门军营的地下监狱，与这里的士兵对话得知他们正在调查一个犯人犯罪的证据，而黑いノート正是士兵在寻找的证据，交给士兵即可完成任务。

　　 沿着アンセル新道来到ヴァレリア湖畔，和旅馆里的服务员对话得知经常和ボース市里老爷爷一起钓鱼的客人现在正好在湖边的栈桥上垂钓。来到湖边向ロイド先生询问他所见到的情形，原来他在夜里曾经在这附近看到过一男一女的人影，而且其中的女性还穿着学生制服，看起来没找错地方。回旅馆后与老板娘对话，众人决定在这里等到夜间看是否有所收获，由于天色尚早，シェラザード拉上オリピェ喝酒去了，エステル想去钓鱼，而ヨシュア则找了个地方看书。先到旅馆下方的栈桥调查一番，然后向旅馆老板娘借到钓竿之后就可以去栈桥上钓鱼了，直到黄昏过了一把钓鱼瘾的エステル才起身寻找ヨシュア，结果只看到座位上放着一本《实录·百日战役》，在西南边的栈桥上找到ヨシュア，闲聊中ヨシュア拿出口琴又吹起了那首熟悉的“星の在り处”，想到从他被カシウス收养到现在已经5年了，不由感叹时光飞逝如斯。看看时间差不多了，两人来到旅馆吃晚饭，这才发现オリピェ已经被シェラザード灌得烂醉如泥了。吃过晚饭后将オリピェ送回房间休息，其余三人准备开始调查旅馆周围，先来到西南方向的栈桥上查看，然后上旅馆2层阳台正对着街道入口的位置，果然看到了キール和ジヨゼツト这两个熟悉的身影。三人跟着他们再次来到了湖边，从偷听到的对话中得知空贼团的老大，也就是キール和ジヨゼツト的大哥ドルン最近的行为一直有些反常，特别是劫持飞行船勒索赎金这件事，难道说这其中还有什么阴谋吗？这时一艘小艇从湖面上驶来，艇上一个穿黑衣戴面具的家伙向空贼兄妹透露了相当多的消息，エステル三人商量后决定前往街道方向寻找空贼艇的下落。
　　 很快众人在琥珀之塔发现了空贼艇，而且醒过来的オリピェ也赶到了，不多时キール和ジヨゼツト两人回来了，众空贼驾驶着空贼艇“山猫号”返回空贼老巢，而谁都没有注意到艇上多了四个人。
　　 空贼艇降落之后一干空贼纷纷回到自己的房间休息去了，エステル等人乘机在这里展开了搜索，注意在空贼老巢中有很多房间，上了锁的房间会引发剧情，因此可以先开启所有没上锁的房间从宝箱里得到一些装备和道具。在一个房间里打倒一群空贼喽罗后众人找到了定期飞行船上的船员和乘客，可全部的人质只有16人，就是没有看到カシウス，这时船长告诉エステル曾经有一名乘客在中途就下船了，但是乘客记录并没有来得及更新，因此当飞行船被劫持之后对外宣布的消息是共有17名人质，看来父亲根本就不在这里。

在告诉船员和乘客安心在此等待之后，エステル和同伴们继续寻找空贼团的头目，向前走一点会看到另一个上了锁的房间，空贼三兄妹正在商量今后的计划，而且ドルン还声称要在拿到赎金之后杀死所有的人质，结果与自己的弟弟妹妹发生了冲突，不过エステル的出现打断了他们之间的争吵。打倒空贼三兄妹之后ドルン似乎从梦中醒来一样，完全不记得自己劫持飞行船的事情了，キール故伎重施使用烟幕弹逃走，不过毫无疑问他们一定是往空贼艇的方向逃跑了，众人一路追过去，中途还消灭了不少冲出来为三兄妹争取时间的空贼，结果赶到空贼艇处才发现大量的王国士兵已经把这里团团包围了，甚至连リベール通信杂志社的记者二人组都赶来了。空贼三兄妹被带走之后モリガン将军和リシセール大佐出现，将军很不满这些游击士的出现，但リシセール大佐却对エステル等人的表现赞赏有加，随后与部下カノーネ大尉一起去营救被囚禁的人质。
　　 顺利完成任务的エステル等人回到了ボース市的游击士协会，报告完任务之后同时也得到了ボース市游击士协会的正游击士推荐书，正当大家为不知下落的カシウス担心的时候，飞行场的邮递员送来因为空贼事件而被耽搁的一封信和一个包裹，信是父亲寄给エステル和ヨシュア的，他希望两人可以为成为正游击士而努力，而那个寄件人不明的包裹居然是寄给カシウス，里面是一块奇怪的黑色物体，一个署名为K的人希望父亲可以把这件物品交给“R博士”去研究，根据オリピェ的判断这很有可能是古代文明遗留下来的导力器。一方面为了继续寻找父亲的下落，一方面为了获得正游击士的资格，エステル和ヨシュア两人决定继续前进，将シェラザード和オリピェ送上返回ロレント市的飞行船后，两人展开了新的旅程，而他们所不知道的是シェラザード已经察觉了オリピェ的真实身份是エレボニア帝国的谍报员，而且エステル的父亲カシウス的名字也出现在了他们的对话中，只不过这个名字前加上了诸如“稀世之谋略家”、“剑圣”等很多的头衔而已，原来他才是オリピェ来到リベール王国的真正目标。 　　第二章　白き花のマドリガル
　　 离开ボース市后沿着西ボース街道和クローネ山道来到クローネ峠的关所，天就要黑了，于是エステル和ヨシュア打算先在这里休息一夜，明天再继续赶路，与关所内的士兵队长对话后就可以去隔壁房间休息了，正在吃晚饭的时候又来了一个过夜的游击士，居然就是那个一向看不起人的重剑のアガット，还是不要去招惹他比较好。当夜关所突然遭到了狼群的袭击，从ボース地区这边的大门出去会看到士兵们正在与狼群搏斗，而ルーアン地区那边的大门外也有狼群出现，エステル两人急忙冲过去对抗狼群，在アガット的协助下总算是把狼群给消灭了。第二天醒来之后发现アガット已经先出发了，エステル和ヨシュア准备一番之后也告别关所的士兵向ルーアン市前进。
　　 （在去マノリア村之前可以到バレンヌ灯台触发分支任务“灯台の魔兽扫讨”。）
　　 灯台の魔兽扫讨：与灯台门口的フォクト老人对话，得知灯台里聚集了大量的魔兽，接受任务之后进灯台消灭每一层的魔兽，然后出来与フォクト老人对话即可完成任务。

　　 沿着マノリア间道来到マノリア村，和旅馆的老板对话后得到两个弁当，老板还建议两人去村子南边的展望台一边吃弁当一边看风景，结果エステル出门的时候和一个少女撞在了一起，她还向エステル询问是否见过一个戴着帽子10岁左右的小男孩，随后又匆匆的离去了。エステル和ヨシュア来到村子南边的风车下吃完弁当，在回旅馆的路上エステル又撞上了一个小男孩，看他的外貌和那位少女要找的正是同一个人，把这件事告诉小男孩之后他哈哈两声也跑开了，ヨシュア很快反应过来，原来刚才的小男孩是个小偷，两人的游击士纹章眨眼间就被他给偷走了。与杂货店外的サティ对话得知那个戴着帽子的男孩很有可能是附近マーシア孤儿院的孩子，于是两人决定去那里看看。
　　 离开村子后沿着メーヴェ海道走很快就能看见指向孤儿院的路标，果然一进孤儿院就看见了刚才那个小男孩，他正和另外两个小孩子在说话，随后エステル就和这个小男孩クラム在孤儿院里展开了追逐战，クラム一口咬定自己没有偷游击士的纹章，エステル只好使用暴力来对付他了，这时在マノリア村见过的少女出现，不过她和ヨシュア一样束手无策，最后还是孤儿院的テレサ院长出面クラム才不得不把纹章还给了エステル。之后テレサ院长请两人进屋休息一下，闲谈中エステル知道了少女的名字叫做クローゼ，是ジェニス王立学园的学生，休息的时候就会来孤儿院给テレサ院长帮忙，而她身边那只可爱的白鸟叫ジーク，クローゼ还表示可以带エステル两人前往ルーアン市。
　　 离开孤儿院之后沿着メーヴェ海道前进，在接下来的场景中会听到有人呼救，冲过去从魔兽群里救出呼救的男子吧。来到ルーアン市的游击士协会，但是协会的负责人不在，一位名叫カルナ的游击士让三人过一段时间再来，于是三人开始在ルーアン市里闲逛起来。先去参观一下“ラングランド大桥”吧，接着来到南街区看看这里的大型仓库，但是在一个门口エステル被这里的门卫给拦住了，不过エステル并没打算和他们争论什么，没想到当三人准备返回北街区的时候三个和仓库门卫一样打扮的家伙过来找茬了，正当ヨシュア想要教训他们一下的时候ルーアン市的市长秘书ギルバート出现了，随后ダルモア市长也赶到，加上エステル表露了自己的游击士身份，那几个家伙才灰溜溜的跑掉了。
　　 这时再回到游击士协会就会见到负责人ジャン了，他说因为有一位王族成员即将来到ルーアン市视察，而游击士协会必须负责街道的警戒，所以显得有些人手不足，ヨシュア还提起刚才在南街区发生的事情，ジャン告诉他们那些家伙是仓库团伙“レイヴン”的成员。离开游击士协会后天色也已经不早了，恰好“ラングランド大桥”也升起来让船只通过，看完这一情景的エステル才想起应该去旅馆找房间休息了。
　　 （之前经过メーヴェ海道的时候会触发分支任务“メーヴェ海道の手配魔兽”。）
　　 メーヴェ海道の手配魔兽：在前往ルーアン市的途中肯定会遇上名为“ジャバ”的魔兽，消灭它即可完成任务。

来到旅馆和老板对话后定下了房间，这时クローゼ也要返回ジェニス王立学园了，临走前她还邀请エステル和ヨシュア去参加他们学园的学园祭。和クローゼ分手后回到旅馆，上二楼进入老板特别优惠提供给他们的豪华套房，两人刚准备好好享受一下舒适的房间，一个贵族打扮的男子就冲了进来，他自称是女王的外甥デュナン公爵，并且要求两人马上立刻这个房间，虽然エステル和ヨシュア对他的身份表示怀疑，不过在公爵执事フィリップ的劝说下还是把这个房间让了出来。可是旅馆老板说已经没有房间了，幸好记者ナイアル出现，并且愿意让エステル两人和他共用房间，来到地下一层的房间里和ナイアル闲聊一阵后一天就这么过去了，但是谁也不会想到マーシア孤儿院就在这个夜里发生了意外。
　　 第二天エステル和ヨシュア来到游击士协会，ジャン让他们去调查一下マーシア孤儿院发生火灾的事件，听到这个消息后的两人大吃一惊，急忙向孤儿院赶去。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受三个分支任务“仓库の键”、“试作品の搜索”和“アイナ街道の手配魔兽”。）
　　仓库の键：南街区的ハーグ把仓库的钥匙弄丢了，他希望游击士可以帮他找回来，与南街区最西边码头的ハーグ对话得知他昨天喝醉酒后不小心把仓库钥匙掉进了海里，可以在酒馆前横着的木板上发现海里有光亮发出来，然后去酒馆向老板借钓竿，再到木板上就可以把钥匙钓起来，还给ハーグ即可完成任务。
　　 试作品の搜索：武器店的カルノー说自己在アイナ街道上遭到了魔兽的袭击，结果把研制中的导力铳掉了，完成“アイナ街道の手配魔兽”之后就能得到这个导力铳，拿给カルノー即可完成任务。
　　 アイナ街道の手配魔兽：出城后沿着アイナ街道前进，走到第二个场景向西进入绀碧之塔，在塔附近就会发现一只名为“ヘルムキャンサー”的魔兽，消灭它即可完成任务。

　　来到孤儿院后与在场的村民交谈得知テレサ院长和孩子们都很安全，目前正在マノリア村的旅馆中休息，于是两人开始调查现场，调查所有的地点并且与两个村民对话之后，两人根据发现的线索判断这应该是有人故意纵火，也就是选择第二项，此时クローゼ出现并且要求和两人一起对这件事情进行调查。三人一起来到マノリア村的旅馆向テレサ院长询问当时的情形，院长说曾经看到了一个银色头发的年轻人出现，这时ダルモア市长和ギルバート秘书到来，他愿意在孤儿院重建的这段时间里，提供自己在王都附近的别墅给孩子们居住，此外ギルバート还表示レイヴン的成员可能有很大的嫌疑。
　　 离开旅馆的时候クラム的同伴说クラム刚才听到了ギルバート的话，已经跑去找レイヴン团伙的成员了，三人急忙赶回ルーアン市，谁知大桥就在这个时候被拉起，而クラム已经跑到对岸去了，还好在旅馆后面有一艘小船，从旅馆地下一层出去和小船上的老爷爷对话借到小船，三人立刻向南街区冲去。
　　 上岸后来到之前曾经到过的仓库，杀进仓库果然看到了クラム，于是大家也上前和レイヴン的成员交起手来，当这些家伙被打倒之后一个エステル熟悉的身影出现了，居然是アガット，他教训レイヴン团伙的手段简直让エステル等人自愧不如啊。随后テレサ院长赶来带走了クラム，エステル也可以去游击士协会报告了，クローゼ再次邀请大家去参加学园祭，现在エステル和ヨシュア总算有时间和她一起前往ジェニス王立学园参观一番。
　　（前往ジェニス王立学园之前可以从游击士协会的揭示板上接受五个分支任务“整备用カハンの搬运”、“古地图の调查”、“探索の护卫”、“烛台盗难事件”和“旅行者の说得”。）
　　 整备用カハンの搬运：バレンヌ灯台定期检查的时间到了，因此结晶工房的ソームズ希望游击士能够将所需的整备用カハン运送过去，与ソームズ对话后前往バレンヌ灯台和フォクト老人对话即可完成任务，此外如果和酒馆老板对话，还可以帮他带一份アゼリア·ロゼ给フォクト老人。
　　 古地图の调查：礼拜堂里的ジミー声称メーヴェ海道上有海盗的宝藏，来到礼拜堂和他对话，他说这个地点就在メーヴェ海道靠近东南角的沙滩上。从ルーアン市进入メーヴェ海道的第一个场景中沿着海岸线一直往南走，在尽头的沙滩上会发现一个木桶，调查木桶可以得到一份古地图以及一把短剑，带回去与ジミー对话即可完成任务。
　　 探索の护卫：マノリア村的アメリア说自己的叔叔要去クローネ山道，希望有游击士可以进行护卫工作，赶到マノリア村与村子北边房屋前的アメリア对话才知道她叔叔已经单独跑到クローネ山道上去了，进入クローネ山道的第三个场景会找到アメリア的叔叔，这时大家才发现原来他就是分支任务“キノコ狩リ”的委托人オーヴィッド先生，真是人生何处不相逢啊，带着他返回マノリア村即可完成任务。
　　烛台盗难事件：ダルモア市长家的祖传家宝“苍耀の灯火”被盗了，ギルバート秘书急于寻求帮助。来到市长宅邸和ギルバート对话，然后调查犯罪现场发现了盗贼留下的卡片，根据卡片上的线索依次调查北街区的灯台、酒馆二楼的轮盘赌桌、飞行船场下的电动车、南街区码头上的起重机，然后与分支任务“仓库の键”中的ハーグ交谈得到仓库钥匙，打开仓库后就能找到被盗的“苍耀の灯火”，即可完成任务。
　　旅行者の说得：エア＝レッテン关所来了一个十分讨厌的旅行者，闹得其他的旅行者都不得安宁，因此关所的ハーン队长希望有人能够尽快解决这个问题。沿着アイナ街道走到尽头就可以到达エア＝レッテン关所，不过大家都没想到这个讨厌的旅行者就是デュナン公爵，而エステル就需要去说服他让他离开这里，进入食堂之后开始和デュナン公爵进行交涉，如果不想用暴力驱赶公爵的话，那就按照2-1-1-2的顺序来选择对话，当然不按此顺序エステル同样会挥舞着棍子吓唬公爵，反正把他弄走即可完成任务。

进入ジェニス王立学园之后三人先来到本馆拜访学园长，随后又来到食堂二楼的生徒会室，在学生会长ジル的强烈要求之下，エステル和ヨシュア同意参加学园祭中的话剧表演，剧名就是《白き花のマドリガル》。不过这次表演的最大特色就是男女反串，也就是说エステル和クローゼ会扮演骑士，而ヨシュア将扮演美丽的公主，于是在学园祭开始之前，エステル和ヨシュア就留在学园中一直进行着话剧的排练，很快学园祭举行的日子就要到了，在学园祭的前一天，话剧的排练已经结束，与学园长对话之后，エステル来到食堂和ヨシュア等人交谈，之后便可以回寝室休息了。
　　 （前往食堂之前可以在ジェニス王立学园内触发三个分支任务“旧校舍魔兽退治”、“研究资料の收集”和“校庭の饰リ付け”）
　　 旧校舍魔兽退治：从学园东边出口来到旧校舍，会看到从里面慌慌张张跑出来一个学生，并且说里面有魔兽，进入旧校舍打倒4组敌人即可完成任务。
　　 研究资料の收集：与食堂2层资料室中的ロジック老师对话，得知他正在寻找《ルーアン经济史》这一资料，该资料共有三册，分别前往资料室旁边的男子更衣室、本馆1层的职员室以及男生寝室1层右下房间桌上调查可以拿到，之后拿回来交给ロジック老师即可完成任务。
　　 校庭の饰リ付け：和本馆门外的用务员パークス对话，得知装饰学园的彩带条幅还没有全部弄好，不过他一时发现不了还有哪里被遗漏了，因此请エステル在整个学园中看看，如果发现有这种情况就来通知他。调查男生寝室大门、讲堂大门右侧和本馆的东侧连接食堂的走廊即可完成任务。

　　 盛大的学园祭终于开始了，由于话剧的演出被安排在下午，因此エステル可以有半天的时间在学园中参观，在食堂里会看到アルバ教授，同他对话两次后选择第二项，把他带到本馆中社会科教室去。下楼后看到了マーシア孤儿院的院长和孩子们也来参加学园祭了，于是ヨシュア带着孩子们去看会在演出中使用的华丽服装。当エステル和クローゼ来到舞台后台时却只看到了孩子们，听他们说ヨシュア追着一个银发的男子出去了，在白鸟ジーク的指引下两人来到了学园的旧校舍里。上到旧校舍的二层后看到了ヨシュア，不过并没看到那个银发男子，和ヨシュア对话之后听到学园中召集话剧演员的广播，排练多时的《白き花のマドリガル》终于可以展示给大家了。
　　 整个话剧的表演非常成功，而且学园祭活动募集到了相当一大笔资金，学园长把这些资金赠送给テレサ院长作为孤儿院的重建费用，并且安排游击士カルナ将院长护送回マノリア村。エステル和ヨシュア也准备离开ジェニス王立学园了，クローゼ将两人送到メーヴェ海道上，就在他们准备分手的时候一个村民匆匆赶来，说テレサ院长一行在半路上遭到了袭击，三人赶紧前往マノリア村查看情况。
　　 （前往マノリア村的途中会触发分支任务“メーヴェ海道の手配魔兽2”。）
　　 メーヴェ海道の手配魔兽2：在前往マノリア村的途中肯定会再次遇上名为“ジャバ”的魔兽，消灭它即可完成任务。
　　 来到マノリア村旅馆二楼，和孩子们交谈过后アガット也赶来了，众人决定设法找出犯人的踪影，大家跟随着白鸟ジーク来到了バレンヌ灯台，在这里居然看到了レイヴン团伙的成员，而且看他们的样子似乎被什么人控制了，一路将这些家伙打倒后冲上灯台顶层，看到的竟然会是ギルバート秘书和两名黑色装束的男子，原来所有的这一切都是ダルモア市长为了夺取孤儿院和灯台附近的土地而制定的计划。战斗后那两名黑色装束的男子居然以灯台老爷爷和ギルバート秘书为人质逃走了，アガット孤身一人赶了上去，エステル他们则留下来进行善后处理。
　　 将ギルバート秘书和レイヴン团伙的不良青年都押回マノリア村之后，エステル回到ルーアン市的游击士协会进行报告，然后三人一起来到市长宅邸要揭穿ダルモア市长的真面目。来到市长宅邸的二楼见到正在和デュナン公爵交谈的ダルモア市长，当大家把事情的真相揭露出来的时候市长居然放出在家中偷偷饲养的魔兽来攻击エステル。消灭魔兽之后ダルモア市长拿出一根古代文明遗留下来的魔杖，用魔法将三人定身，关键时刻エステル身上的黑色导力器突然发出光破解了市长的魔法，见势不妙的ダルモア市长立刻从密道溜走驾船逃上了海面。虽然大家也驾船追了上去，不过ダルモア市长的船要快那么一点点，眼看他就要顺利逃脱，女王直属亲卫队的飞空艇从天而降将他捉拿归案。
　　 返回游击士协会后负责人ジャン说“R博士”很有可能是有工房都市之称的ツアイス中的某位科学家，于是エステル和ヨシュア决定向着ツアイス市前进，临行前也得到了ルーアン市游击士协会的正游击士推荐书。此时追踪着两个黑衣人的アガット也遭遇了戴着面具的黑衣人队长，他还使用分身之术在战斗中顺利脱身，究竟他会是什么人呢？

　第三章　黑のオーブメント
　　 クローゼ将エステル两人送到了エア＝レッテン关所，向士兵办理完毕通行手续后，三人来到关所二层的大坝上依依话别。告别了クローゼ，エステル和ヨシュア进入了通向ツアイス市的必经之路——カルデア隧道，前进到第三场景时一名少女匆匆从ツアイス方向跑来，对话之后得知她要去修理隧道中发生故障的街道灯，想到一个女孩子孤身一人在隧道里实在是太危险了，于是两人转身也追了过去。果然没过多久就看到那个女孩子招惹到了一群魔兽，赶快上去帮忙吧，消灭这些魔兽之后和少女闲谈起来，原来她是ツアイス市中央工房的职员ティータ。三人一起穿过カルデア隧道之后到达ツアイス市的中央工房的地下一层，乘坐电梯进入中央工房大厅，和ティータ分手后两人前往游击士协会办理相关的手续。
　　 ツアイス市游击士协会的负责人是キリカ，她对于エステル两人的来意也十分清楚，于是把他们一封给中央工房工房长的介绍信交给了他们，现在就可以去拜访工房长了。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受两个分支任务“临时司书求む”和“トラット平原道の手配魔兽”，并且完成“临时司书求む”后还可触发三个分支任务“临时司书の残业”、“续·临时司书の残业”和“续续·临时司书の残业”。）
　　 临时司书求む：中央工房2层资料室的コンスタンツェ希望有游击士帮助他找回没有归还的书，找到她对话后前往中央工房3层的设计室、4层的实验室和医务室拿回三本书交给她即可完成任务。
　　 トラット平原道の手配魔兽：出城后沿着トラット平原道前进，在第二个场景中间部分会发现一只名为“クロノサイダー”的魔兽，消灭它即可完成任务。
　　 临时司书の残业：コンスタンツェ还要寻找一本名为《エルベキツツキの生态》的书，根据她提供的情报，来到ツアイス市往南走的温泉村ェルモ，在旅馆后面走廊下方的石像上可以找到，带回去即可完成任务。
　　 续·临时司书の残业：コンスタンツェ还要寻找一本名为《ハーツ少年の冒险·下》的书，根据她提供的情报，来到接近红莲之塔入口的地点，然后从东边的路口进入一个封闭的场景中，在中间的石头上可以找到这本书，带回去即可完成任务。
　　 续续·临时司书の残业：现在是コンスタンツェ要找的最后一本书了，书名是《31本の丝杉》，出城后沿着リッター街道一直走到セントハイム门，然后来到三楼调查正对着楼梯的木桶之后可以找到，带回去即可完成任务。

　　 来到中央工房之后和大厅里的接待员对话，然后上2楼见到マードック工房长，说明来意之后得知所谓的“R博士”指的就是中央工房的天才导力学者ラッセル博士，接着工房长还把ラッセル博士的孙女介绍给大家，原来她就是之前在隧道里见过的少女ティータ。跟着ティータ一起来到ツアイス市区西南角的家里，ラッセル博士正在楼上埋头于自己的研究，不过在看到奇怪的黑色导力器之后兴趣马上就转移过来了，并且立刻就开始了对这个导力器的分析，谁知道就在进行研究时导力器再次发出了奇怪的光，并且使整个城市的导力停止而导致全城一片黑暗。
　　 次日在游击士协会报告导力停止现象后前往中央工房，听マードック工房长说博士正在3层的工作室里，于是エステル又来到3层找ラッセル博士，因为黑色导力器会导致导力停止，因此博士正试图用非导力的内燃机关来切开它的外壳进行研究，但是博士却忘记了哪里才有内燃机关，最后还是ティータ提醒大家可以去5层的演算室查看导力演算器。来到演算室后调查演算器，查看“关联情报检索”中的所有选项，现在终于知道内燃机关的保管者是飞行船场的グスタン整备长了，来到飞行船场与售票员对话，恰好看到中央工房的飞行船回来了，两人向グスタン整备长说明来意后很快就拿到了内燃机关。不过要启动内燃机关还需要ガンリン作为燃料，和中央工房地下一层生产工场里的工作人员对话后就能拿到一箱ガソリンタンク燃料，然后回到3层的工作室把内燃机关和燃料都交给博士，博士马上就开始了切割导力器的工作。本来エステル等都对这个奇怪的导力器大感兴趣，但工房长这个时候却跑来说温泉村ェルモ的机器出了问题，需要马上去修理，因此エステル和ヨシュア只好保护着ティータ一同前往温泉村。
　　 （进行此任务前可以从游击士协会的揭示板上接受五个分支任务“新制品のテスト”、“运搬车の搜索”、“新食材の调达”、“禁烟强化周问”和“リッター街道の手配魔兽”，此外完成“搬运车の搜索”后可触发分支任务“运搬车の修理”，前往ヴオルフ砦还可触发分支任务“复活爱の使者”。）
新制品のテスト：中央工房4层实验室的ティエリ研制了一双被命名为ストレガ—α的靴子，为了试验这双靴子的耐磨能力，需要找实验者，和ティエリ对话之后得到这双靴子，只要让エステル装备这双靴子去过ヴオルフ砦、セントハイム门、温泉村ェルモ以及レイストン要塞，回来和ティエリ即可完成任务。
　　 运搬车の搜索：一辆往ヴオルフ砦方向行驶的运搬车迟迟没有抵达，游击士协会要求游击士尽快前往トラット平原道搜索这辆失踪的运搬车，出城后在トラット平原道的第二个场景西南方向可以发现这辆运搬车，消灭出现的魔兽后得知车辆发生了故障，驾驶员让エステル回到中央工房找3层设计室的プロメテ帮忙，回城即可完成任务。
　　 新食材の调达：酒馆里的ベン要研究新的料理，因此需要新的食材，到中央工房4层实验室的温室内进行调查可以得到“にがトマト”，拿给ベン即可完成任务。
　　 禁烟强化周问：中央工房4层医务室的ミリアム说有人从医务室里偷走了烟草，唯一的目击者是医务室的小猫アントワーヌ，拿新鲜ミルク给小猫就可以让它跟着エステル一起行动，ミリアム认为最有可疑的是演算室的トランス主任和1层的フーゴ先生，不过小猫アントワーヌ对他们都没反应，最后在工房长的房间调查时小猫终于有反应了，找到工房长房间暗室的钥匙后开门就能找到烟草，回去和ミリアム对话即可完成任务。
　　 リッター街道の手配魔兽：出城后沿着リッター街道前进，在第二个场景岔路附近会发现名为“メルクリバイパー”的魔兽，消灭它即可完成任务。
　　 运搬车の修理：找到プロメテ对话，然后前往5楼的演算室，查看演算器中关于运搬车的情报，然后进入地下工场与ルーディ对话得到驱动用部件，再返回发生故障的运搬车处把驱动用部件交给驾驶员即可完成任务。
　　 复活爱の使者：与ヴオルフ砦外站岗的士兵ブラム对话，然后把ブラム的信交给中央工房地下工场中的女工フェイ即可完成任务。如果买了杂货店的もこもこニット帽或者是武器店的作业服和信一起交给フェイ，任务完成后的评价会提高。 来到温泉村后与旅馆老板对话拿到机器房间的钥匙，这个房间就在村子的东北角，在ティータ维修机器的时候エステル回到旅馆休息，结果听到店员说有个女客人一个人跑到危险的草原上去了，两人只好出村找这个不知死活的女人，结果和大家想得一样，她就是记者ナイアル的摄影师助手ドロシー。从魔兽口里救出ドロシー后返回温泉村，然后和ティータ一起向旅馆老板报告修理结果，在旅馆老板的热情挽留大家决定在这里休息一夜，于是晚上可以好好泡一下温泉了。
　　 次日三人启程返回ツアイス市，中途有一个身材如同熊一般的东方男子向他们问路，回到城里发现中央工房方向一片骚动，原来是工房大楼发生了火灾，而且ラッセル博士还留在工作室里没能出来。由于电梯已经无法使用，三人赶快从紧急楼梯冲上三楼，但是工作室并没有博士的身影，那个黑色的导力器也失踪了，这时アガット出现和大家一起开始调查，整个火灾的场面很明显是有人故意造成的，众人来到5层的楼道中发现三名黑衣人正带着博士从电梯逃走，但是当大家从楼梯下来并向工房外的众人询问此事时，得到的答案居然是几个穿着军服的士兵刚刚从这里离开，エステル等人虽然迅速对周围地区进行了搜索，可是依然找不到ラッセル博士的踪影。
　　 为了获得绑架博士的犯人资料，众人来到游击士协会打听情报，在这里会看到 アルバ教授，他说看到过这样的一行人往红莲之塔的方向去了，因为此行太过于危险，ヨシュア和アガット劝说ティータ留了下来，随后三人向红莲之塔赶去。来到红莲之塔顶层，果然看到了那三个黑衣人，虽然众人上前打倒了他们，但这些家伙会以博士为人质而准备逃走，这时担心爷爷的ティータ赶来，结果アガット为了保护她而受伤，同时黑衣人也乘机逃走了。
　　 无法可施之下众人只好返回ツアイス市再做打算，中途又碰上了那个熊一般的男子，互作介绍之后大家得知他名叫ジン，也是一个游击士，突然アガット伤势发作倒在地上，检查之后才发现原来黑衣人的攻击导致他中毒了，在ジン的帮助下大家迅速返回市区并且把アガット送到了中央工房里的医务室。医务室的医生说アガット中的是一种特殊的毒素，因此普通的解毒药是毫无作用的，不过她建议エステル去找礼拜堂的ビクセン教区长。
　　 与教区长对话后得知要配置解毒药需要一种名为ゼムリア苔的原料，这种植物生长在カルデア隧道附近的钟乳洞里，众人来到游击士协会向负责人キリカ询问有关这种植物的详细情报，而ジン也同意和他们三人一起前往钟乳洞中的洞窟湖。
　　 洞窟湖在钟乳洞中的西北方向，调查洞窟湖边的大石头就可以得到ゼムリア苔，正当大家准备离开这里的时候从湖水里出现了魔兽，齐心协力消灭魔兽后尽快返回ツアイス市吧，把得到的ゼムリア苔交给教区长就能得到解毒药了，有了这个解毒药アガット总算脱离了危险。
　　 第二天大家来到飞行船场送ジン离开，正巧碰上了ドロシー，她拍摄的照片中有一张引起了大家的注意，在这张セントハイム要塞的照片中居然有黑衣人那艘飞空艇的影子，エステル和ヨシュア立刻动身前往セントハイム要塞进行调查，但却被要塞的守备队长シード少佐拦住了，不过要塞大门关闭时出现的导力停止现象更让他们确定博士一定就在这里。
　　 （前往セントハイム要塞前可以游击士协会的揭示板上接受分支任务“リッター街道の手配魔兽2”。）
　　 リッター街道の手配魔兽2：沿着リッター街道向セントハイム要塞前进，在中途会发现一只名为“ブラディセイバー”的魔兽，消灭它即可完成任务。

　　 返回游击士协会之后众人商议决定利用中央工房的飞行船潜入セントハイム要塞，不过要塞方面会用生体感知器来查看是否有生物潜入，要顺利通过这一检测就必须拿到博士研制出的妨害器，在博士家中的二楼可以找到这个妨害器，然后在游击士协会拿到セントハイム要塞的概略图，全部准备就绪之后エステル、ヨシュア、ティータ以及伤愈的アガット登上中央工房的飞行船向要塞出发了。
　　 在飞行船上和所有人物对话一番之后就要到达目的地了，グスタン整备长让四人躲进一个货柜箱里，飞行船降落之后士兵开始用感知器进行检测，结果只发现了藏在一个货柜箱里的小猫アントワーヌ，エステル等算是顺利的通过了这一关。士兵们离开后大家开始了营救行动，按地图前进来到中央研究室，然后为了避开放哨士兵的注意贴着下方的墙壁前进到研究室侧面的窗户处，隔着窗户大家看到的居然是リシセール大佐和黑衣人队长ロランス少尉，原来幕后的黑手就是他们。这两人离开之后大家冲过去打倒放哨的士兵救出了博士，但是在逃走的时候却被发现了踪迹，避开巡逻士兵后进入司令部寻找出路，没想到在地下的牢房里看见了久违的空贼三兄妹。
　　 一行人在司令部里没能找到出路，于是决定冲出司令部再想办法，这时传来一个神秘的声音指引大家来到一个房间，可救出大家的居然就是要塞守备队长シード少佐，对话中大家发现王国军内部有着相当腐败的现象，之后シード少佐安排大家从暗门进入下水道逃生。逃出生天的众人决定分头行动，アガット会保护着ラッセル博士以及ティータ暗中逃亡，而エステル和ヨシュア要尽快赶往王都グランセル，双方约定将在王都汇合，告别アガット等人后エステル两人向着目的地继续进发，但就在他们出发之时王都方面也发生了意外，由于リシセール大佐的阴谋，女王直属亲卫队被判处叛国罪，クローゼ虽然有亲卫队中队长ユリア中尉的拼死保护，但还是落在了リシセール大佐的手中。

终章　王都撩乱
　　 回到ツアイス市的游击士协会，キリカ告诉他们前往王都的定期飞行船将在11点起飞，当然也把ツアイス市游击士协会的正游击士推荐书交给了他们，于是两人来到飞行船场准备尽快赶到王都去。和售票员对话后得到两张飞行船票，但在登船的地方却发现因为之前发生的空贼团事件，军方对于乘坐飞行船的旅客都会进行严格的检查，为了躲过リシセール大佐的耳目，两人还是决定步行前往王都グランセル。来到セントハイム门时还是碰上了士兵的盘查，幸好アルバ教授出面给他们解了围，两人顺便护送教授平安到达了グランセル。
　　 来到グランセル市的游击士协会向负责人エルナン办理相关的手续，但是想要见到女王肯定不是一件容易的事情，于是两人先来到北街区的グランセル王城打听消息。和守门士兵对话之后得知只能在女王诞辰那天才有机会和女王见面，而且两人还发现デュナン公爵现在居然是女王的代理身份。听说公爵要去参观武术大会，エステル和ヨシュア也跟着来到了东街区的王立竞技场。
　　 在旁边的售票窗口买票之后进入竞技场，然后来到2层的观众席观看比赛，第一场获胜的是四个游击士组成的队伍，第二场则是两人认识的壮男ジン一人干掉了他的对手。比赛结束后来到1层左侧的休息室，获胜的游击士小队说比武大会的最终获胜者会被邀请进入王城，因此两人决定和ジン组成一队参加比赛。
　　 回到游击士协会和エルナン对话之后她建议两人去附近的酒馆以及共和国大使馆找找看，结果在酒馆里没有遇到ジン，倒是碰上好久不见的オリピェ，结果原本应该很高兴的会面场景以オリピェ被エステル暴打而告终。接着来到东街区的共和国大使馆，门卫告诉他们ジン可能去エルベ周游道附近修行去了，于是两人赶紧往エルベ周游道跑去。来到エルベ周游道东南方向的岔路尽头会碰上一名被魔兽袭击的修女シスター，消灭了第一批魔兽之后又会有一群魔兽出现，这时ジン出现加入两人的队伍，消灭第二批魔兽后两名情报部的特务兵赶来，在众人表露身份之后护送着シスター修女离开了。
　　 三人一同回到城里的酒馆商量参加武术大会的事宜，不过第四个人选让他们大伤脑筋，这时オリピェ又跳出来了，于是所有的人员也就这么确定了下来。休息一夜后四人在旅馆会合进行比赛前的准备工作，武器、道具之类都准备好就可以前往竞技场了。在1层右侧的房间休息时和所有人物对话，随后比赛就会正式开始，游击士小队首先赢得了第一场比赛，エステル四人的对手则是ルーアン市的不良团伙レイヴン，打败他们之后轮到其他的队伍进行比赛，胜出的分别是空贼三兄妹的空贼队以及由ロランス少尉率领的特务兵小队。今天的比赛已经全部结束了，在离开竞技场的时候レイヴン团伙的成员交给大家一枚王都地下水道的入口钥匙，这样就可以去下水道里挑战更厉害的魔兽。
　　 在游击士协会报告后来到旅馆，记者ナイアル已经在这里等候多时了，而ヨシュア也想请他帮忙调查一下リシセール大佐、カノーネ大尉以及ロランス少尉的资料。第二天还要继续进行武术大会，今天的对手是游击士小队，打败他们之后就轮到空贼队和特务兵队比赛了，结果当然是毫无悬念的由特务兵胜出。比赛结束后来到西街区的リベール通信杂志社找ナイアル拿到他调查得到的情报，然后去游击士协会报告，可以拿到另一把地下水道的钥匙。返回旅馆后两人发现自己的房间里有人进来过，并且留下了一张字条，让两人天黑后去西街区的大圣堂见面。
（前往地下水道的东区和西区可以触发分支任务“地下水路东区画の手配魔兽”和“地下水路西区画の手配魔兽”。）
　　 地下水路东区画の手配魔兽：在地下水路东区可以发现名为“ボーンフィツシュ”的魔兽，消灭它即可完成任务。
　　 地下水路西区画の手配魔兽：在地下水路西区可以发现名为“シザーハンズ”的魔兽，消灭它即可完成任务。
　　 夜里王都内有不少士兵在巡逻，前往大圣堂比较稳妥的方法是通过南街区再到西街区，来到大圣堂之后发现在此等候的就是之前在エルベ周游道救出的修女シスター，而她居然是ユリア中尉假扮的，她把一封写给王城女官长的信交给两人，希望两人能够成为武术大会的优胜者，并且以此身份参加王城里的晚宴，伺机和女王进行接触。
　　休息一夜之后来到竞技场，经过一场苦战之后终于打败了特务兵队，也拿到了デュナン公爵颁发的晚宴招待状，不过可怜的オリピェ刚走出竞技场就被从帝国来的同伴拉走了无缘晚宴，余下的三人则一起来到了王城中。在晚宴开始前的自由活动时间里，エステル和ヨシュア来到王城顶部的空中庭院，并且顺利的见到了女官长ビルダ夫人，看到ユリア中尉的信后ビルダ夫人让两人在晚宴结束后去王城一层的女仆房间见她。
　　 晚宴准时开始了，リシセール大佐竟然在晚宴上宣布女王即将把王位传给デュナン公爵，这个消息让大家都吃惊不小。好不容易捱到晚宴结束，エステル两人急急忙忙前去和ビルダ夫人见面，半路却被リシセール大佐拉去闲聊，还提到不少有关父亲的往事。从リシセール大佐处脱身后尽快来到一层的房间，为了见到女王エステル化装成女仆的样子，ヨシュア也不得不再次男扮女装。
　　 在ビルダ夫人的带领之下进入女王宫，然后把之前所发生的事情一一向女王汇报，从女王的口中两人才知道原来リシセール大佐的真正目的是王城地下的古代遗迹，最后女王拜托两人将落入敌人手中的クローディア公主救出来。告辞女王之后两人返回王城的房间准备休息，却遭到了カノーネ大尉的盘问，还好及时出现的ジン替两人遮掩过去了。
　　 次日来到游击士协会和エルナン商量如何解救公主，根据目前掌握的情报，公主被关在エルベ离宫的可能性最大，不过仅仅依靠几个人的力量肯定是不够的，因此エルナン让エステル去找武术大会上的游击士小队，并且和ユリア中尉取得联系。在东街区中心市场、南街区武器店、南街区酒馆和北街区旅馆可以找到游击士小队中的四名成员，不过大圣堂的司教说中尉已经离开了。回到游击士协会，正在大家制定营救计划的时候ユリア中尉出现了，她说已经联系到了隐藏在王都各处的亲卫队队员，众人详细安排了营救行动的计划之后向着エルベ离宫前进。

冲进离宫后把房间内的敌人全部打倒，与其中一个房间内的执事对话得知大门钥匙隐藏在展示室里，调查展示室房间中的大壶得到钥匙后开启大门，在这里大家发现了被抓的クローゼ和记者ナイアル，原来クローゼ就是女王的孙女クローディア公主。这时守卫离宫的特务兵中队长带着部下跑了出来，还挟持了モリガン将军的孙子，不过他们身后突然出现了シェラザード和オリピェ，三下两下就把这帮敌人给解决掉了。
　　 脱险之后クローゼ请求大家设法救出女王，这种请求当然不能拒绝，于是全体队员分为两只队伍分头行动，ヨシュア、オリピェ和ジン将借助クローゼ提供的王都地下水道地图寻找地下水道中的暗门潜入王城，エステル、シェラザード和クローゼ则会乘坐抢到手的飞空艇从空中突击王城，准备就绪之后两边人马都开始了行动。
　　根据地图的指引可以找到地下水道中暗门的位置，随后ヨシュア三人便可以潜入王城，然后从东南角的楼梯上去打倒房间里的士兵就行了。接着轮到エステル一方，飞空艇降落之后会遭遇カノーネ大尉，将其打倒后继续前进，又碰上了デュナン公爵，当然这个家伙比カノーネ大尉更差劲。不过当三人进入女王宫后发现ロランス少尉正等在这里，拿掉面具大家才发现原来他就是那个银发男子。和ロランス少尉的战斗会相当辛苦，不过这里失败也没有关系，战斗结束后ロランス少尉便会从阳台跳下离开，不过他为リシセール大佐拖延时间的目的已经达到了。
　　 众人会合之后在女王的带领下来到王城地下通往古代遗迹“封印区画”的大门处，这时アガット、ティータ和ラッセル博士也赶来了，选择同行的队员之后进入封印区画，之后还可以在博士这里更换队员。一路前进到封印区画3层的中央区域，大家又看到了阴魂不散カノーネ大尉，再次将其打倒吧。
　　 最终的决战将在封印区画的最下层，也就是第五层展开，众人在这里发现了正要开启古文明七至宝之一“辉之环”的リシセール大佐，而他要开启“辉之环”的原因是想让王国不会再受到侵略的威胁，但是当ヨシュア质问他怎么知道这个地下遗迹时他居然完全没有印象，看来他也是被人利用，而且记忆上也出现了问题。当大家上前将リシセール大佐击倒之后“辉之环”居然自行启动了，而守护这一遗迹的“环之守护者”也出现在众人面前，这一战斗中要注意当“环之守护者”蓄力准备攻击一条直线上的敌人时一定要躲开，否则会遭受沉重的打击。经过一场苦战之后“环之守护者”被打倒，但它居然组合成为了另一种形态，不但拥有高达20000的HP，而且还有极为强力的攻击技能，因此在这一最终决战中一定要随时注意回复，然后逐步消耗守护者的HP直到胜利。
　　 打倒“环之守护者”后众人都已经累得气喘吁吁了，没想到“环之守护者”还有战斗的能力，ヨシュア拼起最后的力量挡在エステル身前，不过出人意料的是リシセール大佐出手和守护者斗在一起，并且让エステル等人尽快逃走，虽然リシセール大佐的剑术不凡，但他使用的武器很快就被守护者打断了，眼看他就要丧命于此，一个熟悉的声音传来，而后一条人影闪过废掉了守护者的右臂，原来是カシウス及时赶到，接下来エステル等人还要和“环之守护者”再打一场，不过此时的守护者只有5000点HP，而我方四人的CP全满，因此很轻松就能获胜了，之后其余的同伴纷纷赶到，而カシウス在教导リシセール大佐一番之后也表示将重新返回王国军队中。
王都的动乱终于结束了，一周之后アリシア女王的生诞祭也如期举行，完成一系列任务的エステル和ヨシュア也拿到了グランセル市游击士协会的正游击士推荐书，如此5个地区的正游击士推荐书都得到了，因此两人也获得了正游击士的称号。
　　 （此时先去王城中的酒吧和オリピェ对话，然后可以在游击士协会的揭示板上接受最后一个分支任务“帝国大使馆の依赖”。）
　　 帝国大使馆の依赖：帝国大使馆的武官ミュラー正在寻找一个金发白衣，自称是演奏家的人，这个人怎么看都是オリピェ，再次来到王城2楼的酒吧和オリピェ对话，然后带着他来到游击士协会，当ミュラー赶来带走オリピェ后即可完成任务。

　　 两人在王都大街上散步，来到东街区中心市场附近的休憩所时ヨシュア提议坐下来休息一下，闲谈一阵之后エステル跑去买冰淇淋，这时アルバ教授出现了，ヨシュア对他的真实身份提出了怀疑，原来在翡翠之塔和他第一次见面时ヨシュア就觉得有一种很不好的感觉，但ヨシュア没想到的是自己的记忆也被这个人更改了，随着アルバ教授一声响指，ヨシュア所有的记忆都回来了，他也认出这个自称アルバ教授的其实是“蛇之使徒”那7人中的“白面”ワイスマン，而ヨシュア本身的真实身份是绰号“漆黑之牙”的“执行者”13号。王国发生的所有事件几乎都是在ワイスマン的暗中摆布下发生的，他声称这一切只不过计划中的第一阶段，而且在过去的5年中，ヨシュア还因为ワイスマン的暗示，把有关カシウス的资料都报告给了他，但是这一切ヨシュア根本就没有任何的记忆。
　　 ワイスマン走后不久エステル就拿着冰淇淋回来了，ヨシュア还要装出什么事都没有一样和她闲聊。晚上エステル考虑再三决定向ヨシュア表达自己的爱意，不过在ヨシュア的房间却没看到他，这时传来了ヨシュア吹奏的“星の在り处”，来到空中庭院找到了ヨシュア，他把自己的身世完完全全告诉了エステル，5年前的他是被称作“漆黑之牙”的杀人兵器，他接到最后一个指令的暗杀目标就是エステル的父亲カシウス，只不过双方的实力悬殊实在是太大了，这一任务只能以失败而告终，因此ヨシュア也遭到了身为杀手的同伴的追击，反而是カシウス救了他并将他带回家中收养，就这么渡过了5年的时光。其实ヨシュア也同样对エステル怀有强烈的感情，但是为了カシウス和エステル的安全他决心离开他们父女，在亲吻エステル的同时ヨシュア把即时生效的睡眠诱导剂送入了エステル的口中，エステル昏睡前听见的最后一句话就是“再见，エステル”。

　　 整个游戏攻略可以说到此就全部结束了，不过故事还没有完结，爆机之后玩家将会看到空之轨迹第二篇章的预告动画，エステル将踏上寻找ヨシュア的全新旅途，届时让我们再来品味这一精彩的故事吧。