《帝国时代3》将会突破所有人对《帝国时代》系列的传统认识。Bruce Shelley表示本作的目标是带给玩家全新的感觉。《帝国时代3》在系统上与之前的作品最大的区别就在于其放弃了时代升级系统。各个时代或者说纪元的进化升级是《帝国时代》的标志性特色，而本作则放弃了这一系统，向普通RTS游戏靠拢，并且游戏中不再会出现古老的石器时代、青铜时代等。事实上本作的时代跨度仅有数百年，从公元1500年开始，玩家将从哥伦布发现新大陆开始进入游戏，到美国内战爆发之前，也就是1850年结束。另外原作中玩家要收集资源就要建立相应的建筑，例如要获得木材就要有伐木场，而要获得食物就要有磨坊。本作放弃了该系统，玩家只要派农民采集资源，采集后资源就会自动加到相应的类型中。各种资源的丰富程度取决于地图的地形。

　　放弃了时代升级系统，《帝国时代3》的标志性系统在于“母城(Home City)”系统，在该系统中，玩家所选择的欧洲国家的首都将会成为其征服新大陆的重要后援。游戏中有8个欧洲国家可以选择，目前确定的有法国、西班牙和英国。按照制作人的形容，“母城”就相当于RPG中的角色，会随着获得经验值而升级。不过本作中母城对于玩家军队作战实力的影响并没有MMORPG那么明显，操作技巧才是决定胜负的关键。母城的等级上限暂定为100级。