公元2758年，仙女星云佛里斯星恐怖分子将3座脉冲粒子助推器安装在一颗直径10公里的小行星上，准备推动小行星撞击地球，使地球毁灭，地球上发生大规模的恐慌，科学家们宣传末世论，恐怖分子兴风作浪，各国政权动荡不安，为此地球仲裁委员会附属合金战机研究所决定将研究中的MS－01A战机投入实战，以阻止这场末日浩劫的来临。