《美少女梦工厂之数独》是以现今风靡全球的益智类游戏《数独》为原型设计的，特别加入通关模式和经典模式。在通关模式中主要讲的是天才少年智野想要教训并征服澄云女子学院那些自以为是自作聪明的美女们，只身潜入校园挑战她们的故事。在通关模式中玩家能够购买各种有趣的道具在游戏中刁难这些美女们，各种道具的使用效果与《数独》这款游戏的高投入感完美融合，带给玩家不一样的游戏体验。经典模式就是让那些喜欢数独的爱好者们直接进入游戏，没有任何道具或剧情的概念，令玩家感受到《数独》这款游戏原始的乐趣与魅力。