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本次SD高达在战场方面和PS的《吉伦的野望》相近，MS可以最大三部组成一个小队，而大型（L型）的MS或是MA就只能一队一部了。小队还可以合并，比如A小队有两部小型MS，而B小队只有一部小型MS，这时B小队就可以移动到A小队上合并成一个小队。
战斗中的小队指令菜单：
移动：分为单体移动和全体移动，顾名思义，单体移动就是只移动小队中某一部机体，而全体移动就是全小队一起移动，注意这时的移动力是按移动力最低的单位来算的。
队列：编成小队的队列，小队的一号队员只能攻击敌方小队的一号队员，二号和三号依此类推，但是当敌人小队的战斗单位小于我方小队战斗单位的时候，我方多出来的小队成员会向敌小队一号队员进攻（例如我方有三名队员，而敌方只有两名，这时我方的第三名队员就会攻击敌方的第一名队员）。利用队列的战术也很多，比如敌小队二号队员的实弹武器攻击力很高，而我方小队里恰好有SEED系的高达，这时候就可以将我方SEED系的高达调至二号，然后就可以利用SEED系高达的PS装甲来防御住敌人的实弹攻击了。
攻击：直接攻击只能攻击邻接的敌人，有六方向，选定攻击目标小队后进入设置画面，此时可以选择武器攻击，回避和ID。射击攻击有残弹限制，格斗武器无限制，有些武器是消耗机师的SP的；选择回避的话，选择回避的机体本次不参与攻击但是回避率得到提升。ID相当于机器人大战中的精神指令，就是原作中该机师比较著名的台词，使用后可以提升机师或是机体的能力，有SP限制。攻击时射击攻击会先制于格斗攻击,即攻方射击->守方射击->攻方格斗->守方格斗，不过有时机师也能发动先制攻击。
间接：此指令一般为母舰或是炮击型MS单位所有（比如钢加农等），选择此指令后可以选择长距离炮击型武器对敌小队实施远程打击，被攻击的敌小队无法反击，但是可以选择“散开”指令来躲过攻击，但是散开后可能因为落单而被各个击破，且当四周围都有小队在的时候无法散开（总不能站人家头上去吧……），有的机师拥有阻止散开的ID，这种机师一定要给他分配具有强力远程武器的机体啊。
ID：在战斗地图画面的菜单里的ID一般是使用对我方大范围有效的ID，例如主舰的舰长可以使用散布米粒子的ID来增强指挥范围内我方机体的回避能力。
变形：某些MS具有变形能力，可变成MA等。
捕获：机体和资金的重要来源，要想得到好的机体或是抢来敌人机体拿去卖钱的话，就要靠这一着了。当我方有将敌人包围时（三个小队与敌人邻接，位置不限定，包围的小队越多，成功率越高）出现，还会有成功率提示（BOSS机无法捕捉），是抓是杀全在于玩家了，有的机师拥有可以提升捕获率的ID，一定要善加应用。
交信：相当于机器人大战里的“说得”选项，当战场中可以发生对话的两名机师所在小队邻接的时候就会出现，此时可以对敌方角色进行说得等。熟悉原作的玩家应该记得在什么情节里会有哪些人会出现对话吧，那么就赶快试试吧。
母舰专有的"发进"和"归舰":机体从母舰里出发的时候可以是整个小队一起出发.而当机体受伤或是弹尽的时候可以回到母舰里补给和修理。
被敌方间接攻击的时候,我方会有"散开"和"维持"两个选项,选择"散开"的话,会有较高的机率躲过敌人的攻击,但是队员们却会被分散开,有被各个击破的危险,所以有时候要选择"维持"来保持队型,但是这时就要靠机师的能力来躲避攻击了.要注意的是母舰是不能散开的，所以面对敌人的远程攻击时，只能硬接下来了。
在战斗地图上，在小队图标上按下B键，可以进入小队状态画面，然后可以选择机体，再按左或是右键查看机体或机师资料。按下选择键则可以查看缩略地图。
战斗中的系统菜单：
在地图空处按下A键就会出现系统菜单：
1.TURN END：结束我方的行动，轮到敌人行动。总行动顺为：我军->敌军->友军->第三军。
2.中断：战场记录。
3.状况：可以查看现在敌我双方的状态。
4.部队一览：查看我方部队状况。
5.设定：系统设定，第一项是是否确认攻击方式，即选择好攻击所使用的武器后电脑会提示你是否确定开始攻击。第二项是是否自动跳过对话，当你长时间不按键进行对话的时候，会自动跳到下一个对白。第三项是信息速度，可按自己喜好来调节游戏信息的速度。
过关后的奖励：
这次的金钱都用补给点来表示，过关后可以得到补给点，发生剧情对话也能得到补给点的奖励。在编成时也可以通过卖掉敌人的机体来获得补给点，有些关卡过关后还能得到改造用的部件。
编成画面菜单：
作战
1.作战：确认下一关的作战目的，玩家可以通过作战会议了解一下下一关的情况。
2.索敌：相当于奖励关，可以无限进入，里面是随机配置的敌人，当感觉自己的补给点不够或是需要什么机体的时候就索敌看看吧，说不定会有意外的收获。
3.进击：进入下一关。
4.记录：不用说了吧……本次的记录档只有一个。
5.读取：这个我看也不用说了……
编成
1.配属：将机师和MS或MA配置于母舰上。要注意的是有的机师是只能要乘坐专用机的。
2.补给：分为补给和处分两个选项，补给选项是消耗补给点来购买机体和组合部件，而处分则是将已有的机体或是组合部件卖掉从而获得补给点。
3.部队一览：查看所有单位的资料。
开发
1.改造：本次的SD高达与PS上的一系列SD高达都不相同，由于机能的关系，将原有的设计、开发和生产等项目都取消，而改为“改造”，就是将得到的组合部件与机体相组合，从而组合出新的更强的机体，例如“高达”+“マグネットコーティング”就可以组合出MC高达，要特定的机体和特定的部件才能组合出新的MS或是MA，所以，为了能拥有更强大的机体，大家快去敌人身上搜刮零件吧。
另一个选项"强化",是消耗一定量的金钱来强化机体的能力和武器的攻击力,每部机体只能强化两次,但是当强化过的机体又一次被改造或是分解之后,强化效果也会消失,所以在强化高级机体的时候一定要三思,不要白白让补给点打了水漂.
2.分解：将组合过的机体分解为原来的机体和部件。某些高级的部件要从敌方的高级机体身上拆下来才有可能得到。
3.设计图：所有已经组合成功后的机体都会在这里显示出来并有组合方案。
通关后：
通关后可以接记录继续玩，不过此时只能在玩过的关卡里索敌，不过索敌几次后就会出现隐藏关。在おまけ里可以查看所有见过人物和机体的资料，还可以听游戏中的音乐。
机体开发表
按作品年代划分
改造前 加装配件 改造后
ガンダム マグネットコーティング MCガンダム
MCガンダム ムーバブルフレーム GP01ゼフィランサス
ジム カスタムパーツ ジム·コマンド
Ez8改 サラミス炮 Ez8HAC
Ez8改 ベクタードスラスター Ez8HMC
アプサラスⅡ クリアランスパーツ アプサラスⅢ
エルメス サイココントローラー キュベレイMKⅡ
ザクⅡFZ ハイクリアランスバーツ ギラ·ドーガ
ザクⅡFZ クリアランスパーツ ハイザック
ザクⅡFZJ カスタムパーツ グフ
ザクⅡ カスタムパーツ ザクⅡFZ
ザクⅡF 陆战キット ザクⅡJ
ザクⅡFZ ムーバブルフレーム ザクⅢ
グフ カスタムパーツ グフカスタム
ゲルググ スナイバーライフル ゲルググJG
ゲルググ カスタムパーツ ゲルググM
ゲルググ ハイクリアランスパーツ R·ジャジャ
ドム クリアランスパーツ ドム·グロースバイル
ドム カスタムパーツ ドム·トローペン
ドム 高机动スラスター ドム·バインニヒツ
ドム ムーバブルフレーム ドライセン
ズゴック カスタムパーツ ズゴックE
ハイザック ムーバブルフレーム バーザム
ビグロ Iフィールド ノイエ·ジール
ビグロ クリアランスパーツ ヴァル·ヴァロ
NT-1 アレックス アーマーユニット アレックスFA
GP01ゼフィランサス 高机动スラスター GP01フルバーニアン
GP01ゼフィランサス クリアランスパーツ ガンダムMKⅡ
GP03Sステイメン アームドベース GP03デンドロビウム
ジム·コマンド カスタムパーツ ジムカスタム
ジムカスタム クリアランスパーツ ジムⅡ
ジムカスタム ビームキャノン ジムキャノンⅡ
ジムⅡ ムーバブルフレーム ジムⅢ
ジムⅢ アップグレードバーツ ジェガン
ノイエ·ジール ハイグレードパーツ αアジール
Zガンダム インコム スベリオルガンダム
Zガンダム ハイクリアランスパーツ リ·ガズィ
Zガンダム ハイメガキャノン ZZガンダム
ガンダムMKⅡ ディフェンサーユニット スーパーガンダム
リック·ディアス 可变フレーム メタス
リック·ディアス アップグレードバーツ リックディアスS
リックディアスS ディフェンサーユニット スーパーディアス
メタス ムーバブルフレーム 百式
百式 メガバズーカランチャー 百式（MBL）
百式 アップグレードバーツ 百式改
百式 バイオセンサー Zガンダム
百式改 アーマーユニット フルアーマー百式改
サイコガンダム インコム ガンダムMKⅤ
ガンダムMKⅤ ハイグレードパーツ ドーベンウルフ
ZZガンダム アーマーユニット フルアーマーZZ
キュベレイMKⅡ ビームキャノン 量产型キュベレイ
ガザC ガンダリウムγ ガザD
ガザD アップグレードバーツ ガザE
ザクⅢ ハイグレードパーツ ザクⅢ改
ジェガン ハイクリアランスパーツ ヘビーガン
リ·ガズィ BWS リ·ガズィ（BWS）
リ·ガズィ フィンファンネル υガンダム
ギラ·ドーガ サイココントローラー ヤクト·ドーガ
ヤクト·ドーガ サイコフレーム サザビー
Vガンダム ビームキャノン V'ガンダム
剧情攻略
宇宙世纪（UC）0079年一月三日，距离地球最远的殖民卫星--SIDE3宣布独立，建立吉恩(ジオン)公国，并且对地球联邦宣战。当时地球联邦的综合国力是吉恩的20倍，无论是谁都相信一定会是地球联邦压倒性的胜利，只不过事实总是超乎人们的想象之外的……通过遗传因子操作的人类--COORDINATOR，以及他们的军队--ZAFT，还有位于欧洲的实力强大的罗姆菲勒(ロ—ムフェラ)财团及其私兵部队--OZ，在这些第三势力的介入下，吉恩军从战争初期开始取得了压倒性的胜利……战争就这样持续了半年，地球联邦、吉恩公国、OZ、ZAFT，还有月之民(ム—ンレィス)……0079年九月中旬，吉恩与联邦的战斗越来越激化，
第一关:它的名字是“高达”·"G" on the ground
SEED第一话的剧情,ZAFT的库鲁泽(クルーゼ)队袭击了奥布的殖民卫星海里奥波里斯欲夺取联邦军的新造兵器,大和吉良(キラ=ヤマト)在寻找避难所的途中无意间在工厂里发现了联邦军的新式机动兵器“G”，而且前来夺取它的ZAFT士兵居然是从前的好友阿斯兰(アスラン=ザラ)，为了逃生，吉良只好乘上了强袭高达（ストライクガンダム）……
第一战比较容易，一开始玛琉(マリュ—=ラミアス)会询问是否需要指导，选第一项的话可以在玛琉的指导下轻松消灭敌人，选第二项的话就要靠自己努力了，建议第一次玩的人还是选第一项好。干掉三部敌机后被库鲁择追击的穆(ムゥ=フラガ)出现，可以让吉良和他组成一队再攻击敌人，过了几回合母键ＡＡ（アークエンジェル，简称AA）就会赶到支援。对付库鲁泽的时候只要多多利用ＩＤ就可以轻松解决。
第二关：从宇宙落下之星·Descend to earth
ＡＡ要突入大气圈进入地球，联邦军的ＬＵＮＡ２的瓦肯舰队来护卫。库鲁泽队和吉恩军的“红色闪电”乔尼·莱丁恶狠狠地……追杀过来，而吉良的好友－阿斯兰也在其中……
本关任务是防卫ＡＡ六回合，一开始友军战舰就会冲上去并放出多队的核战机来攻击敌人，不过在敌人面前只有挨打的份，吉良和阿斯兰交手后两人可以交信。数回合后，高达Ｘ里的ＢＴ兄弟来袭，吉良看见ＡＡ被攻击，当即爆ＳＥＥＤ将两人击退。瓦肯司令在这场战斗中也会被库鲁择所击败。六回合后，ＡＡ突入大气层，同时TURN A高达的主角罗兰(ロラン=セアック）也做为月之民的“地球回归计划”的先遣部队而降落地球，但是吉良在准备归舰的时候被突然出现的飞翼零式(ウィングガンダムゼロ)攻击，受重伤后掉落地球……
第三话：战场是荒野·Escape in ruines
本关是ＷＢ(ホワイトベース，简称WB)队击毙吉恩军司令卡鲁玛·扎比(ガルマ=ザビ)的剧情，夏亚(シャア)的复仇计划第一步。我方的目标是将敌人引到ＷＢ的埋伏范围内，一开始布莱德会作出说明，红色的区域即是。让阿姆罗上前和夏亚交手会发生对话，阿姆罗和敌军中的库库鲁斯（ククルス·ドアン）交手后也会发生对话，然后可以交信（这是进入ＥＸ第一关的条件）。当卡鲁玛所乘坐的母舰进入范围后，会发生原著剧情，ＷＢ将卡鲁玛击毙，同时敌军的其他母舰也会撤退，但是ＭＳ部队会留下来，所以这时候就可以放开了随便打了，如果可以的话抓一部扎古回家收藏收藏。
Ex第一关：库库鲁斯的岛·Desert soldier
阿姆罗出舰侦察后被不明炮火击中，醒来后发现自己身处一座小岛中，原来击落他的就是在上一战中交手过的库库鲁斯，这时却有数部吉恩军的扎古来袭，原来库库鲁斯为了保护孩子们而当了逃兵，而吉恩军是来清理门户的。
第二回合库库鲁斯就会出来支援，两人将扎古队全灭后又出现了新的敌人，这时库库鲁斯怒槽爆发，发动ＳＵＰＥＲ模式……将敌军全灭……然后母舰来到，接走了阿姆罗，同时库库鲁斯为了能保护更多在战争中受苦的孩子，也加入了ＷＢ队。
第四话：吉恩的威胁
WB队在前往联邦军总基地加布罗的途中。在经过沙漠的时候，和吉恩军的王牌机师--“青色巨星”兰巴·拉鲁(ランバ=ラル)所带的部队遭遇。
本关敌人还是不太多，开战后，塞拉（セイラ)会驾驶核战机出击挑战兰巴，但是却被重创（HP减半）。这时可以让WB和塞拉邻接后交信，塞拉就会重新听从指挥。数回合后，阿鲁夫（アルフ）博士带着勇(ユウ=カジマ)的BD小队出现在左上方，同时在左下方也出现了乘坐着同样拥有EXAM系统的依夫里特(イフリ—ト)的尼姆巴斯(ニムバス)。这时可以让勇发动BD-1的EXAM系统（用ID）然后再和尼姆巴斯交战，由勇打倒尼姆巴斯的话可以得到奖励点数。
过关后，WB队决定与同在沙漠中的AA队会合。
第五话：沙尘的尽头·Desert tiger,Blue giant
在AA队和WB队会合的时候，ZAFT军号称沙漠之虎的安多留·巴鲁特菲鲁德(アンドリュ=バルトフェルド)来袭，在沙漠之虎开始进攻后，兰巴·拉鲁所率领的吉恩军也开始了进攻，我方呈被敌两面夹击之势。
本关可令WB队和AA队分别迎击上下两方的敌人，WB队方面，最好是让塞拉和阿姆罗编在一队，这样和兰巴交战的时候就可以一次性对话完毕，多运用钢加农(ガンキャノン)和钢坦克(ガンタンク)的远程攻击分散敌人然后再加以各个击破。勇的队伍最好是去支援WB队。
在AA队那边，第一回合结束后卡嘉丽(カガリ)就会率领游击队乘扎古出击，同时罗兰也会乘座MSフラット在左方出现，不过这时候他们都是友军，可以让大天使号靠近卡嘉丽进行交信，然后他们就会加入我方。吉良也可以和卡嘉丽进行交信。敌军的MA巴库（バクゥ）实力较强且都带有远程武器，如果能让AA受重伤的话，吉良就会发动SEED，这样就容易多了。
战斗结束后得到新的补给，强袭高达的空战装备也得手了，还有强化了的MC高达，马上就要开始奥得塞攻略战了。
第六话：哀战士·Battle in Odessa
本关是与“青色巨星”队和“沙漠之虎”队的决战，我方的小队配置最好是和上一关相同。
开战后，建议先攻击兰巴队，由阿姆罗击倒兰巴后会发生剧情，兰巴自尽而亡（如果在击倒兰巴之前先击到他的妻子哈蒙（敌母舰）的话，可以进入EX第二关）。沙漠之虎方面，由吉良将安多留击倒后也会发生剧情。将敌人消灭到一定数量以下的时候，在地图中央的湖下方，黑色三连星会带着四队扎古增援，让阿姆罗攻击黑色三连星小队的话会发生剧情，玛奇露达为了掩护阿姆罗而被黑色三连星杀死，而阿姆罗也在这个时候击毙了三连星中的马修。事件后，三连星的其余两人撤退，可以放心打扫战场了。
战斗结束后收到消息，雷比尔将军已经成功拿下奥德塞，吉恩军的玛·库贝司令（マ=クベ）逃往宇宙。同时，雷比尔将军将AA队和WB队编成为第十三独立舰队，并任命AA为旗舰（终于，0079被SEED完全压过了……），玛琉为舰队的总指挥。这时警报响起，原来吉恩军已经开始了加布罗攻略作战，在空中更是出现了由爱娜（アイナ）驾驶的MA阿布萨拉斯(アブサラス)……
Ex第二关：战斗只能加深仇恨·A song of hate they hear……
安多留的情人爱沙为了给安多留报仇而带队来袭。在第二回合会有两部敌机增援，让吉良攻击爱沙会有对话，第三回合结束时，哈蒙会驾驶着装满了炸药的陆上战舰出现欲撞击WB，现在玩家的首要目标就是要击毁哈蒙的战舰。将敌人全灭后，吉恩军的残党也投降了，但是突然出现的联邦军的巴斯克却让强化人零将投降的吉恩军消灭，玛琉舰长看不过，决定让吉恩军的人先逃跑，而由我方舰队来拖延时间。此时的任务目的是拖延时间到八回合以后，不过巴斯克的战舰会一直冲向前来，玩家如果想快点解决的话直接将战舰击毁就可以了。
第七话：突袭加布罗·Jabro raided
阿鲁夫博士制造好了高达BD3，并将其交与勇。在地面上打得热火朝天时，夏亚正率队偷袭加布罗的地下港。
本关一开始敌人出现在地图的右下角，在正式开始战斗后，尼姆巴斯偷取了高达BD2在地图的右方出现。而乘上了BD3的勇也已经出击，当然对付尼姆巴斯的最好方法就是让勇发动EXAM后用特技攻击。第二回合开始后08小队的西罗（シロ—)带队在地图左方出现增援。将敌人消灭到一定数量的时候，爱娜乘坐着MA布萨拉斯出现在地图左下方，同时黑色三连星的剩余两位也驾驶着新型的MS加入战斗。当夏亚攻击WB的时候会发生剧情，伍提为了掩护WB而被夏亚杀死，而塞拉和夏亚交战后双方可以交信。击退爱娜后，西罗和原著剧情一样追击阿布萨拉斯而去，全灭敌人后，总部也传来了撤退命令，原来加布罗已经完全失守了，众人正要离去时，那该874的福罗斯特兄弟又出现了，不但自身乘坐着高达，还带来了一批阿布萨拉斯……
此时玩家的任务就是要让AA逃离到地图下方区域，玛琉舰长会指示出来，接着就是……逃吧……
其实大家可以趁这个时候抓一两部阿布萨拉斯回家的，这可是好东西啊~~~~只要小心欧鲁巴（オルバ）的攻击就行了，其他的敌人都是用远程攻击的，可以利用散开来回避。
一行逃出加布罗后，加布罗便被吉恩军完全占领，地球联邦陷入了非常不利的境地，雷比尔将军只好率部撤离到澳洲继续指挥反抗作战。虽然这里有新型的战舰和MS，但吉恩军的魔爪也已经伸到了这里……
第八话：强夺高达·Encounter in two soldiers
在联邦军新型战舰阿鲁比安(アルビオン，以后简称ARU)停靠在基地内的时候，吉恩军的王牌机师--有着“所罗门的恶梦之称的阿纳贝尔·卡特(アナベル=ガト—)潜入基地内并成功夺取了搭载有核弹头的最新试制MS-高达GP-02，在他夺得机体的同时，联邦军的士浦木 宏(コウ=ウラキ)发现了此情况，便随即搭乘上同样是新型试制MS的高达GP-01欲阻止卡特。
本关开始便是宏和卡特的单挑，把宏的ID全用上吧，不出差错的话两次攻击就能解决掉GP-02，不过在卡特强大的实力下（其实是像小强一样复活了……），宏还是没能阻止得了他。在卡特撤退后，吉恩军的掩护部队登场，巴尼(バ—ニイ)也在其中。这回的敌人数量比较多，而我们的独立舰队又不能马上出击，在基地中担任试飞员的克丽丝(クリス）怕宏一个人应付不过来，便乘上高达NT-1出击。一开始先不要过去攻击敌人，让敌人先靠近，等第三回合开始主舰出击后在让大伙儿一起上，如果上关有捕捉到阿布萨拉斯并改造出阿布萨拉斯3的话，就能利用直线型的地图武器攻击将大部队的敌人分散开来，这样就比较容易击倒敌人了，敌人中有几部水战MS，如(ズゴックE、ハイゴッグ),质量还是不错的，抓一两部来吧。当克丽丝和巴尼交战的时候他们会有对话，然后用克丽丝击倒巴尼就可以救得到他。全灭敌人后即可过关。
过关后会有数名新的机师补充，总算是陷入人多位子少的局面了……一名自称卡缪(カミ—ユ)的年轻人出现，他就是将基地内的情报出卖给吉恩军的联邦军士官福兰克林(フランクリン)的儿子。他要求加入我方但是却遭到玛琉舰长的拒绝。随后，ARU舰长西拿普斯(エイパ—=シナプス)决定开始追击卡特。
第九话：热砂的攻防战·For Zeon,For glory
ARU队找到了吉恩军的基地，此时卡特正准备和GP-02一起上宇宙，于是西拿普斯舰长下令ARU队先行开始进攻。
初期敌人不是很多，但是敌人在攻击时大都会使用ID，且我方一开始的人数较少，最好不要马上就冲上去。第二回合结束后，卡缪的父亲会驾驶着红色角马来进攻我方，同时卡缪也从机库里偷乘高达MK2出击阻止父亲。在第三回合，AA和WB赶到，同时敌人也会派出增援。这时可以放心进攻了。让卡缪和他父亲交战会有对话，但是不要将其击倒，下一回合开始后，东方不败会出现，将卡缪父子好好教训了一顿后，出手将卡缪的父亲打倒，并让徒弟多蒙(ドモン=カッシュ)将其绑到AA上，随后两人即加入战斗。在我方母舰接近吉恩军基地（也有可能是第四回合开始后我方行动后）时，卡特终于不忍丢下同伴不顾而驾机出击，而吉恩军的基林(キリング）中佐却不愿干这傻事而离去。击倒卡特后就可以回收GP-02（但是用不到……）。
战斗结束后，东方不败师徒来到AA上，东方不败想把弟子留在舰队里“体验生活”，西拿普斯舰长怕麻烦就把一切都推给玛琉舰长自己却跑了……盛情难却，玛琉舰长只好留下了多蒙，同时康复后的巴尼也加入队伍中。
此时，在宇宙，基林中佐正为了将核弹头带了出来而暗暗高兴，没想到却接到了有一部不明身份的MA接近的报告……而飞翼零已经瞄准了目标……
后篇：穿过宇宙的流星·The 3rd "GUNDAM" appears
此关乃希罗的个人秀，基林派出的MS根本就不能和零式相匹敌。解决了敌人后，希罗又收到的新的任务，向着目的地而去……（如果四回合内能过关，就能进入Ex第三关）
为了夺回加布罗基地，第十三独立舰队被编入加米托夫准将的心腹---巴斯克的部队中，这时众人才得知原来加米托夫已经取代了雷比尔将军的位置。西罗因为在撤出加布罗基地后和敌军的爱娜在一起而被怀疑是间谍，为了洗清自己的嫌疑，他要求下一次战斗时一定要让他出击，同时在吉恩那边边，爱娜也同样因为曾和联邦军的西罗在一起而受到她的哥哥基尼阿斯（ギニアス）的责怪。这时在宇宙中，阿斯兰也作为ZAFT的增援而被派遣到加布罗基地。
Ex第三关：和高达相会的日子·Boys meet "G"
OZ袭击了西布克所在的城市，因为西布克的母亲是高达F91者，所以联邦士兵想让他看看能不能启动F91，没想到真的成功了，于是西布克就驾驶着F91单枪匹马出击迎敌。在第二回合，伍索看见OZ在城市里引发战斗后十分气愤，居然爬上敌人的MS将机师打出来后乘上了敌方的MS，西布克感应到那部MS并不是敌人后便让伍索与其会合。第三回合我方舰队登场，而刚才被伍索打落的敌BOSS也重新带兵上场。将敌两BOSS都消灭后，希罗和泽古斯两人出现且泽古斯想要和希罗分个身负，不过在希罗强大的火力下……全灭敌人后就可过关。
西拿普斯舰长正在责怪联邦士官随随便便让外人接触军部机密，而玛琉舰长却说这事交由她处理就好了，而西布克也有加入我方的意思。伍索为了寻找自己的父亲也加入了舰队。
第十话：震动的大地·Darkness crawl
夺回加布罗的作战已经开始了，第十三独立舰队奉命在加布罗地下港吸引敌军注意力好让联邦主力部队能够顺利攻下加布罗。进入地下港后，吉恩军已经摆好了阵势准备欢迎我军……
本关最好让三个部队都从左边进攻，西罗已经出击。吉良可以在和敌军中的阿斯兰交手后与其交信，但是两个人都说服不了对方，用吉良击退阿斯兰可以得到奖励。敌军中的诺里斯(ノリス)在被打倒后还会再复活一次，然后再用西罗击倒他就会发生剧情，西罗在被诺里斯重创后仍不放弃，坚信自己一定要见到爱娜而拼死向诺里斯发起攻击，在最后一刻，诺里斯终于知道眼前的对手就是爱娜所思念的人……
消灭全部敌人后，基尼阿斯和爱娜驾驶着完成了的阿布萨拉斯3出现，同时巴斯克也在加布罗地下设置好了独眼巨人系统(サイクロブス)，想将吉恩军和第十三独立舰队一网打尽。当敌人开始行动后，阿鲁夫博士发觉了这一情况，原来是加米托夫为了在夺回加布罗后顺便削弱雷比尔将军的力量而搞的鬼，这次参加进攻的也差不多都是原雷比尔将军的部队。知悉了这一情况后，西拿普斯舰长决定尽快消灭剩余的敌人后再逃走。
在引发这一剧情前玩家们最好将己方部队往下放一点，因为阿布萨拉斯3的攻击力和命中都很高，万一被其击中后果不堪设想……将阿布萨拉斯3的HP打到快完时会发生剧情，爱娜因不同意哥哥的做法而被基尼阿斯枪击，随后愤怒的基尼阿斯向我军发起了猛攻（HP全回复）。再一次用西罗击倒他后，西罗和爱娜便会两人合力给予阿布萨拉斯3最后一击，终于将其消灭，可同时两人也卷入了爆炸中，幸好被桑达斯救回。
消灭了阿布萨拉斯3后战斗就会结束，我军正准备逃离的时候，又一次，那BL兄弟带兵挡在我军面前。希罗在此时及时赶到，消灭了挡路的敌军后带领舰队逃出了即将爆炸的加布罗……
逃出成功之后，众人正为以后该怎么办而着急，这时与希罗同来的J博士（ドクタ—J）出现在AA的舰桥通过J博士的话众人才知道，原来加米托夫已经和OZ勾结在一起了，吉良认为现在的目应该是致力于将战争本身消灭掉，于是玛琉舰长决定全舰队退出联邦军，以后的目标就是要尽力阻止战争。
第十三独立舰队经过数场恶战，迫切需要进行修理和补给，于是J博士就将舰队带往中立国奥布接受整修，而奥布的领导人伍兹米（ウズミ=アスハ）也希望AA舰队能将战争结束回复和平。独立舰队补给整修完后利用奥布的质量加速器进入宇宙，而库鲁泽也在这个时候率舰队来袭。
第十一话：必须要与其战斗的东西·Their goal has not seen,yet
在上一关结束后是没有进入编成画面而直接进入本关的。开始战斗后，我方只有AA一艘战舰，敌方同样
也只有一艘战舰。当勇开始行动后会发生剧情，BD3的系统似乎感应到了什么东西，这时也会在地图上用
红色区域标明，玩家所做的就是要让勇进入这个区域，然后会发生BD3暴走事件，随即BD3就消失了（进入EX第四关的条件）。将敌人消灭到只剩三四部机子的时候，亚赞（ヤザン）所带领的联邦军就会出现，万
万没料到的是他居然给库鲁泽带来了自由高达(フリ—ダムガンダム)，随后库鲁泽就换乘上了自由高达。
正当库鲁泽的部下对自己上司的行为感到不解的时候，库鲁泽对着自己的战舰开火了……
亚赞的机体是高达MK5，而且是可以捕捉的！只不过机率比较低，可能要多试几次才能成功。用卡缪
攻击亚赞、用吉良和穆攻击库鲁泽都会发生对话。击倒库鲁泽后他会离去，此时在地图下方居然又出现了
阿布萨拉斯3，原来是在加布罗被福罗斯特兄弟捡了回来并改造成了MA。爱娜见到此景不禁伤心地回想起了自己的哥哥，而西罗为了亲手结束阿布萨拉斯的恶梦而驾机出击。
由于西罗的机体是陆战型，所以在宇宙里是根本动弹不得，而且阿布萨拉斯3的护卫MS也都较强，幸好西罗的ID可以大大加强回避率，此时应该让AA接近吸引火力（敌人会以攻击AA为优先），然后再慢慢料理阿布萨拉斯。
本关出现了许多新型的MS，玩家们应该知道要干什么了吧？挑中意的带回家去吧……
过关后西拿普斯舰长来到，要求AA队回去联邦军，虽然西拿普斯舰长只是奉命行事，并且声明如不遵从就要动用武力，玛琉舰长还是在严词拒绝后离开了。
由于勇驾驶着BD3失踪了，所以要派人去搜索。西罗为EZ-8不能在宇宙中战斗而苦恼不已，但是J博士却信心满满地说有办法可以将EZ-8改装成宇宙战模式。
Ex第四关：被制裁的人·A girl in cage
勇在宇宙中找到了呼唤自己的东西，原来就是驾驶着BD2的尼姆巴斯，两人间的决斗不可避免地开始了……
本关一对一的决斗，玩家可以让勇发动EXAM后再攻击尼姆巴斯，应该很容易就能得胜。击倒尼姆巴斯后，他仍然没有放弃要打败勇的信念，BD2也发动了EXAM模式。此时我方母舰到达，尼姆巴斯为了不让自己的决斗被妨碍，派出四部MS来阻止我军。再一次用勇击倒BD2后发生剧情，疯狂的决斗以BD2被击破而宣告结束，BD3也因为损坏严重而爆炸（就这么没了……），所幸勇被救了出来。在最后一刻，尼姆巴斯仍然不明白为什么EXAM没有选择自己而是选择了勇……
过关后回到舰上，阿鲁夫博士对勇说出了一切，原来EXAM系统是原吉恩军的库鲁斯特博士开发的用来对付新人类的人工NT系统，是将一名叫玛丽安(マリオン)的NT少女的思维脑波植入MS的电脑系统而形成的。当勇向玛丽安问起她为什么会选择自己时，玛丽安的回答是：只有勇一个人没有把她当成是一个系统来看待……
ARU号马上就要追上来了，难道非和自己人战斗不可吗……
第十二关：螺旋的邂逅·A battle no one wish
战斗还是不可避免地发生了，AA号被击中，引擎出了问题而无法动弹，西拿普斯舰长和布莱德舰长又一次劝玛琉舰长回心转意，但玛琉舰长还是拒绝了。身为军人，服从命令是天职，无奈之下，ARU队和WB队只得开始攻击AA队……
本关敌人有强大的MA--GP-03S，但是不能捕捉……尽可能快的将敌人的数目减少吧，因为本关也有EX关，进入方法是四回合内将敌人打至四部以下，可以利用飞翼零的全体攻击来给敌人造成较大的损伤（配合希罗的ID敌全体能力下降效果非凡）。
将敌人打到四部以下的时候，玛琉舰长下令停止战斗全员归舰，她认为再这样继续和同伴战斗是毫无意义的，西拿普斯舰长也决定不再追击。在这时候，一艘和AA号非常相似的战舰--主天使号(ドミニオン，以后简称DOMI)出现了，而舰长居然是娜塔鲁(ナタル=バジルル)！在巴斯克的命令下，主天使号将ARU和WB打成重伤，ARU和WB不得已撤退，玛琉舰长下令全军开始迎击新的敌人。
亚赞真的是一个很好的人啊，你看，他又带了一部MK5来孝敬我们了……照上次那样把他抓起来。将敌人打到只剩两机的时候，巴斯可命令强化人零·村雨出击迎敌，这时可以让AA靠近他并交信，阿鲁夫博士会说服零，零听了阿鲁夫博士的话后顿然醒悟，决定再不听巴斯克的指使而加入我军，全灭剩下的敌人后即可过关。
战斗结束后ARU队和WB队（其实现在主舰已经换成ア—ガマ了，所以以后改为AG队）复归，两舰长都觉得已经不能再继续听加米托夫一派的指使了，遂决定离开联邦军，并且还拥护玛琉舰长为新舰队的总指挥官。为了揭发OZ的罪行，J博士提议让雷比尔将军来发表演讲，可是雷比尔将军现在却被OZ软禁了，于是众人决定要先救出雷比尔将军，在那之前，要先到月面上的基地去进行修理和补给，所以舰队开始向月球进发。但是在半途中AA的推进剂已经见底了，所以就要到附近的殖民卫星“香格里拉”进行补充。
在机库中，罗兰看见了新制的粉色强袭高达，他以为吉良什么时候喜欢上了这种恶趣味的颜色，没想到却激怒了旁边的卡嘉丽，原来这部强袭是她的……
Ex第五关：香格里拉的少年·Young Newtypes
听说有联邦军的战舰要入港，捷多(ジュド—=アシタ—)就想和几个朋友一起到战舰上去偷一部MS来……潜入成功后，捷多在机库内发现了Z高达，正在欢喜的时候，高达X的主角-卡罗德(ガロ—ド=ラン)出现了，原来他也想来这里挣点外快，可惜却被捷足先登。正当两人开始争吵之时，阿鲁夫博士发现了他们，情急之下捷多乘上Z高达就跑，而卡罗德也紧追其后，布莱德刚想叫住两人，却发现三艘战舰都出了问题无法控制了，原来是捷多装置好的陷阱，偏偏此时玛·库贝又出现在此地……捷多和卡罗德只得暂时休战先对付共同的敌人……
一开始两人先向下移动，第二回合开始后阿姆罗和勇会来增援，同时玛·库贝也亲自驾机出击，和他一起出击的还有玛丽安（这回是本尊了……）。用勇和玛丽安交信后玛丽安就会加入我方，她的坐机丘贝蕾（キュベレイ）带有浮游炮（ファンネル）是非常强力的武器能远程攻击也能直接攻击且对象是敌整个小队。用阿姆罗击倒玛·库贝可以得到特殊奖励。敌军中的那部扎古3(ザクIII）记得要抓到手。
几个小偷被押到舰桥，捷多在妹妹莉娜(リィナ)的威胁下只好乖乖道歉，接着莉娜又命令捷多他们几个在舰上劳动以将功赎罪。穆对卡罗德的身手挺中意，遂邀请他留在舰上，卡罗德也爽快地答应了。J博士又设计好了EZ-8两种新的改造方案，玩家可以根据战况或是自己的喜好来改装。
补给完毕正要离去时，突然有求救信号传来，原来是玲(レイン=ミカムラ)乘坐的太空梭被OZ的部队攻击，多蒙一听到马上就驾驶闪光高达出击，玛琉舰长也下令全军跟上。
第十三关：月世界的门·Ambition of OZ
太空梭情况紧急，哈里（ハリ—=オ—ド）为了保护玲和她的父亲而单枪匹马出击，此时我军即时赶到，多蒙更是发动了明镜止水，誓不让OZ碰玲一跟毫毛。
本关敌人有三位强手，分别是OZ的“闪光伯爵”泽古斯·马其士（ゼクス=マ—キス）和那BT福罗斯特兄弟，不过在多蒙的闪光高达SUPER模式面前统统都不值得一提。一开始可以先让多蒙和玲交信。如果罗兰有上阵的话，让他和敌军中的ボゥ交战会有对话，击倒后她会再复活一次。哈里和泽古斯战斗的话会有对话（一个面具男一个眼镜男……），希罗和泽古斯可以交信，之后再用希罗击倒他可以获得奖励点。将敌人全灭之后在左下方出现了吉恩军，而领军的居然是基尼阿斯，在加布罗之战中他在阿布萨拉斯3爆炸之前成功逃了出来，而且之后又开发了新型的MAグロムリン，今天他就是来试验的。随后基尼阿斯就离去了。
敌人的增援中有两部丘贝蕾，最好是将它们捕捉到，MAグロムリン在HP低下时会逃跑且不能捕捉，所以要用较强力的攻击将其击破。击倒グロムリン后它就逃走了。
战斗后哈里等人来到舰桥说明了被袭击的经过，原来是OZ袭击了月之民的居住地冯市（フォン·シティ），并且囚禁了月之民的女王迪阿娜（ディアナ），哈里只能带着玲和她的父亲逃出来，而且多蒙的父亲也被囚禁了。玛琉舰长于是决定要去营救出女王，并决定用舰队本队来吸引敌人注意力而派遣别动队前去救出女王。
第十四关：月之民·Help the queen,Diana
本关的敌人都带有I力场等护罩，对射击武器的防御能力很强，所以要尽量挑选格斗能力较好的机体出击。一开始的敌人并不是很强，用格斗攻击或是浮游炮类的武器就可以解决。
外头的战斗开始后，希罗等人成功潜入了冯市。众人正在通路前进时，诺因（ルクレイツィア=ノイン）出现并告知前方路上有守卫，并将众人带往女王的所在地。哈里不明白她为什么要帮助我们，诺因说这都是泽古斯指示她做的。第二回合开始后众人终于见到了迪阿娜女王。
第四回合开始后，罗兰驾驶着迪阿娜女王授予他的TURN A高达登场，迪阿娜女王也会转移到AA上，这时如果敌人中的フィル和ボゥ还存活的话，可以让AA和他们交信说得他们。同时泽古斯因不满OZ利用人质这种卑鄙的行为而加入我方，而诺因则带着迪阿娜女王先行归舰。同时新的敌人在左方出现，要注意的是ビルゴI带有可防御所有射击武器的护罩，所以一定要用射击以外的武器来攻击才能奏效。
清光地图后，敌人宣布投降。而福罗斯特兄弟早带着多蒙的父亲卡修博士到了宇宙，原来他们的目的是卡修博士正在研究中的ULTIMATE高达……
独立舰队的下一个目标是OZ的宇宙要塞巴鲁基（バルジ），雷比尔将军正是被囚禁在那里，迪阿娜女王也会让自己的舰队加入战斗。此时J博士又带来一个好消息，现在机体可以进行二段改造了，只不过所耗费的金钱数目大得惊人，如果玩家金钱不够充裕的话，还是多多去索敌捕捉敌机来卖钱吧。
第十五关：巴鲁基攻防战·Challenge to OZ
本关开始布莱德舰长换乘新战舰ネェル·ア—ガマ。本关要让卡罗德上场。
当迪阿娜舰队引开大部分的敌人时，AA舰队从另一面开始进攻巴鲁基，OZ的狄鲁迈由(デルマイユ)似乎不以为然，只派出少数部队来迎击。消灭掉两队敌人以后，又会有新的MD（机动木偶）增援，而其中一部MD的作战方式引起了J博士等人的注意力，它的行动和希罗十分相似，J博士认为一定是OZ把W高达的战斗数据应用到MD身上了。击破这台特别的MD（H·Y）后它自爆了（这点还真是像希罗……），狄鲁迈由又派出了三部X高达，其中的队长机更是立即用月光炮攻击AA，幸好AA即时闪过，这时卡缪和阿姆罗都感应到乘坐在X高达里的NT少女提法（ティファ），J博士认为她是被OZ利用她的NT能力来通过FLASH系统控制X高达行动的，玛琉舰长就下令想法令X高达无法行动（将其打到快死，可以利用手加减的ID）并救出提法。卡罗德有上场的话，让卡罗德攻击提法会有对话。用卡罗德将X高达的HP打到差不多时
卡罗德就会突入X高达救出提法并且直接换乘上X高达。成功救出提法后福罗斯特两兄弟却出现了，他们当然不会让卡罗德带走X和提法，但是提法却协助卡罗德使用月光炮攻击两兄弟，两兄弟见势不妙就马上撤退了。这时雷比尔将军也成功地从要塞内逃了出来，不过狄鲁迈由公爵还是执迷不悟要顽抗到底。
将本关一开始的两名BOSS其中一名击倒后，两兄弟又出现了，并且将他们认为已经没有用处的狄鲁迈由消灭。卡缪对两兄弟这种连自己的同伙也不放过的卑鄙行为感到十分愤怒，冲上前欲杀之而后快，此时多蒙却叫住了他告诉他不能失去理性且教会了卡缪明镜止水的奥义，随后卡缪发动Z高达的HYPER模式用超大光剑将两兄弟KO，从此卡缪就多了能使Z高达HYPER化的ID。
将剩余敌人全灭后OZ宣布投降。AA号收到讯号，有大量的舰队正在前往吉恩军的所罗门要塞，于是玛琉舰长和雷比尔将军决定到所罗门去看看加米托夫到底在玩什么花样。阿纳海姆公司又造好了新的MS，妮娜想叫阿姆罗去进行试飞。
第十六关：光之宇宙：A swan will pass away……
0079中的悲剧重现，阿姆罗在试飞时夏亚和拉拉（ララァ）到来，和拉拉战斗两次后就会发生事件，拉拉替夏亚挡下了致命的一击……拉拉死后，阿姆罗和夏亚都陷入无比的痛苦中，这时基西莉亚的部队来到，夏亚归队重新开始攻击，所幸我方舰队即时赶到，玛琉舰长下令以保护阿姆罗为最优先全员出击。
一开始不要让阿姆罗走得太左边，不然当他是友军状态时可能会有危险。当我方可以行动时，应马上让吉良上前与阿姆罗交信，在吉良的鼓励下阿姆罗振作起来复归战线。零如果有上场的话，让他和敌人中的NT-001交火会发生对话，随后就可以交信说得。再一次击倒夏亚后他会离去。击毁基西莉亚的战舰后，基西莉亚刚想逃走，不料西玛（シ—マ）舰队却出现，西玛是奉吉恩军总帅吉伦（キレン）的命令来除掉基西莉亚的。在基西莉亚化做宇宙中的尘埃之后，西玛就准备要清理现场了。
西玛小队的MSド—ベンウルフ不错，最好是能让其散开后抓一两部回去，全灭敌人后即可过关。
AA舰队继续向所罗门而去，在另一边，福罗斯特兄弟又和西玛联手了。在所罗门那边，阿斯兰也做为ZAFT的援军参加所罗门防卫战。
第十七关：所罗门攻略战·Prepare for the Big Devil
在前线部队战斗得水深火热之时，加米托夫却在后方下达了用太阳反射激光连同己方部队一起消灭掉的命令，这样一来他在联邦军之中就没有敌手了。此时AA舰队到达，我们的目标就是一方面阻止反射激光照射，一方面保护友军不被全灭。
一开始穆和吉良就出现在反射镜下方，先让他们上前去对付娜塔露的大天使级战舰，这艘舰就是整个反射系统的控制舰(注意它和大天使号一样有ラミネ—ト装甲，一定要用实体武器攻击，TURN A高达的最后一个武器就不错），击破它后，为了能彻底毁坏反射镜，娜塔露愿意牺牲自己让大天使号将自己的战舰击破来引发爆炸。情非得已，玛琉只好下令主炮发射……将反射激光成功破坏后，恼羞成怒的加米托夫派出巴斯克的舰队在地图右方登场欲直接将我军扫荡干净，而大好人亚赞又给我们带来了一部MK5……击破巴斯克的战舰后加米托夫也与舰同亡了。在所罗门的另一面，让宏和卡特交战会有对话发生之后就可以交信，但是这次还是不能说得他的，所以还是击落他吧。将吉恩军消灭到只剩五机的时候，阿斯兰作为敌增援在所罗门右边登场，可是他却不想在受库鲁泽的摆布，库鲁泽因此而要将其除掉。
阿斯兰虽说发动了SEED，可是在强大的自由高达面前还是撑不了多久，所以玩家在引发这一事件之前一定要让穆和吉良赶到所罗门附近（可以用母舰来载），当然阿斯兰出现后可以用吉良交信，然后再用吉良将其击坠就可。穆和吉良同库鲁泽交战时都有对话，击破自由高达后，库鲁泽终于也“壮烈”了……全灭敌人后，守卫所罗门的多兹鲁(ドズル=ザビ)中将驾驶着グロムリン在所罗门中央出现，卡特也在所罗门右边复出，不过现在已经没什么对话了，直接击到他们就可以。所罗门陷落，多兹鲁战死，这下吉恩军就实力大减，而ZAFT也失去了库鲁泽，这么说故事是不是就要结束了呢……
本以为事情已经结束了，可没想到突然收到了一个震惊的消息，夏亚恢复他原来的名字加斯巴鲁·戴肯(キャスバル=ダイクン)并且成立新吉恩对地球联邦宣战，而且新吉恩舰队已经向LUNA2进军欲夺取储存在LUNA2的核兵器，玛琉舰长向雷比尔将军请求让AA舰队先行前往LUNA2。J博士回收了在战斗中损坏的自由高达并加以修理，下一关开始就能让吉良乘坐了，其阿斯兰也会加入我方。与此同时，在宇宙中，福罗斯特两兄弟不知又在计划着什么……
第十八关：从梅比乌斯之轮而来·Beyond the time
新吉恩舰队正要开始进攻LUNA2的时候我军到来，玛琉舰长向夏亚说明了一切，并希望停止无意义的战斗，但夏亚还是坚持已念，所以这一战是非打不可了。
开始战斗后我军不要急于接近敌人，因为敌人的前锋有能使用浮游炮远程攻击的机体，应该要将敌人引诱过来再加以消灭。第二回合原吉恩军的王牌“白狼”松永真(シン·マツナガ)和“红色闪电”乔尼在地图左上以第三军身份出现。当阿姆罗和夏亚交战时会有对话，随后再用阿姆罗将夏亚击倒就会发生两人的决斗事件，不过在阿姆罗即将给夏亚致命一击时，拉拉的灵魂之光却出现了，夏亚感应到了拉拉的心意，决定先暂时于AA舰队共同战斗，此时所有剩下的新吉恩军都转变为友军。干掉白狼和红色闪电后，基里乘坐着完成型的グロムリン·フォズィル出现，并一击就将新吉恩舰队扫干净，他还希望爱娜能回到他身边，当然爱娜再一次拒绝了他。
基尼阿斯的MA有九千HP，现在就是大家秀必杀技的时候了，闪光高达的黄金指剑，X高达的月光炮，Z高达的突击……别忘了最后一击要让西罗和爱娜来，击倒基尼阿斯后他会复活并且离去，原来他在MA身上运用了ULTIMATE高达的细胞，所以是会无限再生的。
过关后，雷比尔将军认为一定要消灭挑起这场战争的源头--吉恩军总帅吉伦·扎比，而夏亚也有相同的想法，所以他愿意让新吉恩军和AA舰队共同作战，并且还将自己的战舰送于AA队，此时可以决定是否让夏亚担任舰长，选第一项是让夏亚担任舰长，第二项是让西拿普斯舰长来担任。
第十九关：宇宙要塞阿·保阿·库·Sunset at Zeon
战斗开始前，吉伦的父亲迪金公王想和雷比尔将军议和，而吉伦却已经把卫星炮对准了父亲的舰队……迪金公王和雷比尔将军都葬身在闪光中……
AA舰队来到了吉恩军最后的阵地--宇宙要塞阿·保阿·库，而吉伦也准备好了盛大的欢迎式，而卡特也在其中。敌人分布在三个方向，我方只要让一队去攻击上方的敌人，其余的由中路进攻就可以了。白狼和红色闪电被打倒后都会再复活一次，而西玛被打倒后会撤退。让宏将卡特的HP减到三分之二以下时会发生剧情，卡特又会补满HP，再用宏将他击倒就会有对话，宏没有给予卡特最后一击，而是说服卡特不要再互相争斗而应该去面对真正的敌人。全灭了地图上的敌人后，吉恩军总帅吉伦亲自出马，而且基尼阿斯也在场，但基尼阿斯却因为吉伦曾经下令中止他的阿布萨拉斯开发计划而记恨着吉伦，随后基尼阿斯就将吉恩军舰队消灭。福罗斯特出现后想要将他们认为已经无用的吉伦消灭时基尼阿斯却朝他们开火了，数次对着自己的同伴开火的两兄弟也尝到了被同伴背叛的滋味。
グロムリン一击将阿·保阿·库打成两半。面对拥有如此强大火力和无限再生能力的敌人，众人都感到十分担心，而J博士却鼓励大家说，无论它能怎样再生，只要我们不停地攻击，总能将它完全消灭的，于是众人重新拾起信心准备最后一战。刚才在战场中消失的卡特也来要求加入，我军又添了一份强大的战力。
最终关：狂妄与执着一同结束的时候·The end of ambition
终于来到最终关了，一开始迎接我们的是西玛舰队，全部消灭后就是基尼阿斯本人登场的，他带的部队实力较强，都是大型MA和能防御远程攻击的MD，玩家最好先消灭这些敌人后再专心和基尼阿斯交战。基尼阿斯的ID能大幅增强他的能力，而且还能复活两次，第二次复活后卡修博士会出现，他会告诉我们如何才能打败基尼阿斯，原来在グロムリン身上的ULTIMATE细胞是不完全的，它是根据操纵者的意志来增强机体的能力的，只要以高过基尼阿斯的战斗意志来攻击的话，就能让ULTIMATE细胞停止活动。然后只要让多蒙攻击基尼阿斯就可以引发剧情，在闪光高达的一击下，グロムリン·フォズィル的再生机能完全失效了，集合所有的力量进行最后一次攻击吧。最后一次击倒グロムリン·フォズィル后它的外部武装脱落，露出了里面的グロムリン，最后再将其击破，战争结束了，世界清静了，基尼阿斯也在火光中化为灰烬……
一年战争结束，吉恩公国改名为吉恩共和国，PLANT也重回联邦军管理之下，但是故事还是没有完全结束，我们的独立舰队被任命去扫讨吉恩和OZ的残党，杰库斯正准备要进行地球肃清行动，还有很多的事等着玩家去解决呢……
通关后可以接记录继续玩，不过现在只能索敌，隐藏关也会在索敌战斗之后出现，那么，继续奋战吧各位！
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