在战斗时，驯兽师会指派数码兽进行战斗。

　　驯兽师可以透过数码之魂让数码兽持续进化，不仅会间接的影响战局，数码兽在 11 级后还可以进化为成熟期、满 25 等可以进化为完全体、达 41 等级则可以进化为究极体，之后还有爆裂形态可以进化。

　　需要注意的是，只有搭档数码兽在爆裂形态之前的进化是依照等级，爆烈形态需进化极限，数码兽 71 级后才可使用，但目前尚未开放。其它佣兵数码兽则都是需要进化器才能学会进化形态，而且驯兽师和数码兽的等级是分开计算的，进化器可以透过商城或是打怪掉落的数码蛋扫描取得，活动也会赠送。

不过究极体进化相当花费驯兽师的数码之魂

　　此外，驯兽师的血量会化为疲劳值，玩家在野外进行战斗就会随着时间被扣除，血量太低时则无法进行战斗，玩家可以透过向道具商人购买的食物进行血量(疲劳值)的补充，或是透过回城镇自动补充。驯兽师本身能力值同时也会影响到数码兽的能力，服装素质也会加在数码兽的能力值上，所以驯兽师也算是另外一种的参与战斗。

　　人物能力值有 AT(攻击力)、DE(防御)、HP(生命力)和 DS(数码之魂)，其中只有 AT(攻击力)和 DE(防御)会影响数码兽成长；而数码兽能力值有 HP(生命力)、DS(数码之魂)、AT(攻击力)、AS(攻击速度)、CT(暴击)、HIT(命中)、DE(防御力)、BL(格挡)和EV(回避)，服装的效果则是直接以这些数值的 % 数作增幅。

回城镇也可以恢复人物的血量

　　数码兽本身也有属性上的相生相克，本身属性分为二种，元素属性和数据属性，元素属性分为火、冰、水、木、风、雷、金、光和闇，而数据属性分为疫苗(Va)、资料(Da)、无属(No)和 Un(不明)。