神秘岛系列围绕着一段已经被遗忘的文明——德尼文明而展开。早年的德尼文明曾经拥有最辉煌的时代，但最终由于德尼人的傲慢与狂妄消湮在历史中。剩余的德尼人都留在各个独立的空间里，他们称之为时代。通过传送书，人可以在这些割裂的时代中自由移动。 　　

　　神秘岛的的主要剧情主角是亚崔斯(ATRUS)，他是半德尼人，一生致力于发掘德尼文化。他的三个子女西路斯(sirrus)阿克纳(achenar)依莎(yeesha)都曾经在以往各代中登场。本代的剧情主角不再是亚崔斯，而是在四里失踪的小女儿依莎。这次依莎被困在神秘岛中，她请求游戏主角(也就是你)，一个偶然进入神秘岛的游客，帮助她找到黄金石板，并把她从时代中释放出来。