在这款游戏中，主角杀手47所在的杀手集团ICA面临空前的劫难，一个更强更大的杀手机构正在兴起，并且试图剿灭整个 ICA，而 ICA 的成员们也接连遇害。杀手47在一次平常的行动中突然与 ICA 失去了联络，他预感到自己将会成为下一个目标，于是决定前往美国找出事情真相。本次游戏中加入了金钱系统，杀手 47 号必须要用钱来买更好的武器及配备，好用来对付那些派来除掉他的敌人。