《口袋妖怪 不可思议的迷宫》发生在一个没有人类的纯粹口袋妖怪的世界中。游戏最大的特点就是结合了《不可思议的迷宫》系列的迷宫自动生成系统，每次进入迷宫看到的都是不一样的场景，无论是迷宫中的机关、出现的敌人还是地形都是随机生成的。本作中的口袋妖怪也能够学到4种技能，活用这些技能和迷宫中散落的各种道具就可以让战斗更加轻松。在游戏最初会有一些心理测试题，根据玩家的不同回答，进入游戏后分配给你的口袋妖怪主角也是不一样的。本作中出现的口袋妖怪数量高达380种以上。