游戏主角依旧是红色紧身衣下的Peter，由于和同名电影的紧密联系，Peter将继续和超级名模MaryJane展开他们的爱情故事，同时也会继续和他的百万富翁朋友HarryOsborn保持着微妙的关系，因为后者始终认为蜘蛛侠是杀害自己父亲的元凶。正当Peter试图摆脱这复杂而尴尬的境地时，新的麻烦又降临了，一个挥舞着机械触须的家伙，专门以制造各种各样的罪恶勾当为生平所好，除此之外，越来越高的城市犯罪率也是Peter不得不考虑的问题。

　　《蜘蛛侠2》的故事剧情将以基于任务的章节体结构加以描述，同时游戏的自由度也会较前作大大提升，当玩家在城市中遇到特定人物时，可以发现他们头顶会出现不同颜色的标识，如果你走过去和他们交谈，就会卷入一系列随机的任务中去，或是触发一些特殊的事件从而带动整个故事主线向深处发展。游戏中将会有100个挑战性质的任务遍布于整个纽约城，如在规定的时间内从城市一端跑到另一端，如果任务顺利完成，蜘蛛侠的体力和技巧值将会得到相应的提高。